genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72287765--72287981	47	4.6	47	92	1	344	28	30	8	32	1.86
72295367--72295428	30	2.1	30	96	0	115	45	8	9	37	1.67
72299905--72300208	47	6.4	47	90	3	407	33	9	29	26	1.88
72304308--72304389	43	1.9	43	85	5	112	31	28	17	23	1.96
72308257--72308337	39	2.0	40	90	4	128	40	11	9	38	1.74
72312786--72312908	41	3.0	41	87	1	174	40	20	15	23	1.90
72315613--72315662	25	2.0	25	100	0	100	28	8	8	56	1.57
72322156--72322219	24	2.6	24	92	2	101	28	12	7	51	1.67
72324279--72324413	42	3.2	42	79	2	137	29	25	13	31	1.93
72325147--72325172	9	2.9	9	100	0	52	65	23	0	11	1.25
72326923--72327281	47	7.7	45	72	10	206	26	20	30	23	1.99
72326921--72327277	94	3.8	94	73	9	248	26	20	29	23	1.99
72330303--72330488	40	4.7	40	88	5	234	26	27	22	23	1.99
72333348--72333408	24	2.7	22	80	9	68	37	16	16	29	1.91
72333349--72333394	24	1.9	24	95	0	83	41	17	15	26	1.88
72337567--72337742	46	3.8	46	77	14	200	20	19	29	30	1.97
72337564--72337735	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
72342054--72342102	22	2.2	22	100	0	98	28	20	16	34	1.94
72343993--72344039	22	2.1	22	100	0	94	40	19	8	31	1.81
72345382--72345467	28	3.1	28	100	0	172	36	24	10	29	1.89
72347486--72347657	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
72347433--72347655	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72347513--72347690	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
72349476--72349523	11	4.4	11	78	17	55	52	27	2	18	1.57
72349480--72349523	23	1.9	23	90	0	70	52	27	2	18	1.57
72350240--72350372	42	3.1	41	77	13	135	33	26	17	23	1.96
72350240--72350372	43	3.1	41	82	11	151	33	26	17	23	1.96
72351940--72352497	279	2.0	279	92	0	936	28	13	19	37	1.90
72354955--72355021	33	2.0	33	100	0	134	35	11	20	31	1.89
72356193--72356399	28	7.4	28	92	1	299	35	28	11	25	1.90
72363490--72363621	66	2.0	66	100	0	264	28	9	21	40	1.83
72366349--72366493	44	3.3	44	88	1	204	22	13	26	37	1.92
72371088--72371128	22	1.9	22	85	5	57	14	2	24	58	1.49
72377368--72377590	40	5.6	40	86	3	245	24	20	27	26	1.99
72377443--72377625	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
72501290--72501474	40	4.7	40	80	6	207	25	27	22	24	2.00
72501292--72501474	79	2.3	80	80	7	203	25	27	22	25	2.00
72506462--72506564	29	3.6	29	74	10	102	28	29	17	25	1.97
72506431--72506595	58	2.9	57	90	2	249	29	25	18	26	1.98
72506494--72506593	29	3.4	29	76	10	114	31	23	20	26	1.98
72506750--72506885	43	3.2	42	89	4	193	30	33	22	13	1.93
72508443--72508569	38	3.3	38	84	3	139	35	25	18	19	1.95
72508443--72508598	77	2.0	78	79	8	167	33	25	19	21	1.97
72512480--72512702	48	4.6	48	76	2	207	24	27	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72512477--72512705	96	2.4	96	83	5	277	24	27	20	28	1.99
72517673--72517701	15	1.9	15	100	0	58	62	13	0	24	1.32
72520275--72520406	49	2.7	49	79	11	144	24	23	19	32	1.98
72520424--72520592	48	3.6	48	79	3	216	23	27	20	29	1.98
72525613--72525768	23	6.8	23	82	5	172	23	22	24	29	1.99
72525606--72525768	46	3.5	46	89	3	231	23	22	23	30	1.99
72537613--72537646	17	2.0	17	88	11	52	20	41	26	11	1.87
72538964--72539016	25	2.1	25	82	6	63	13	30	3	52	1.57
72538975--72539025	25	2.0	25	92	0	84	11	35	5	47	1.65
72539441--72539582	56	2.5	56	91	0	239	32	23	14	28	1.95
72543722--72543781	28	2.1	28	87	0	84	30	28	13	28	1.94
72543765--72543979	40	5.3	40	85	2	252	33	25	15	24	1.95
72551790--72551940	28	5.4	28	93	1	232	34	27	11	26	1.91
72559810--72559959	28	5.4	28	93	2	232	34	27	12	26	1.92
72562717--72562772	21	2.7	21	91	0	94	25	26	33	14	1.94
72564568--72564606	19	2.1	19	95	0	69	28	10	10	51	1.68
72564669--72564713	10	4.9	9	81	13	56	22	0	22	55	1.44
72564668--72564713	18	2.5	18	86	10	58	21	0	21	56	1.42
72569901--72569993	19	5.1	19	74	12	95	30	9	11	48	1.72
72569875--72570003	54	2.4	54	92	0	222	32	9	13	44	1.76
72570056--72570110	10	5.9	9	83	12	67	23	0	20	56	1.42
72570056--72570094	19	2.0	20	95	5	71	25	0	20	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72570060--72570110	19	2.7	19	85	11	61	23	0	19	56	1.42
72578591--72578635	18	2.4	20	79	20	53	2	35	0	62	1.08
72579991--72580056	34	1.9	34	87	0	96	30	24	21	24	1.99
72584011--72584169	40	4.0	40	87	0	228	27	30	19	23	1.98
72588823--72589000	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72588824--72588979	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72588820--72589000	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
72595437--72595613	40	4.4	40	91	2	286	23	29	23	23	1.99
72599448--72599499	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
72606512--72606563	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
72606602--72606661	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
72613739--72613796	24	2.3	24	85	11	73	36	13	20	29	1.91
72616900--72617007	29	3.8	29	83	10	132	30	30	13	25	1.94
72618257--72619798	771	2.0	771	99	0	3057	25	19	16	38	1.92
72621273--72621403	66	1.9	69	81	9	160	33	15	30	20	1.93
72622052--72622080	14	2.0	15	93	6	51	62	10	6	20	1.50
72628767--72628897	66	1.9	69	80	9	151	33	14	30	21	1.93
72630856--72630933	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
72630886--72631214	175	1.9	174	96	0	613	30	14	24	30	1.95
72636545--72636683	72	1.9	72	91	2	226	48	7	15	29	1.71
72643950--72644132	77	2.3	81	83	8	234	24	22	27	25	2.00
72643950--72644132	40	4.7	40	84	9	225	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72644003--72644165	80	2.1	76	84	6	202	26	20	27	25	1.99
72645886--72645934	21	2.3	21	92	0	80	12	32	28	26	1.92
72653329--72653421	43	2.2	43	83	9	120	33	22	17	26	1.96
72653589--72655448	936	2.0	934	94	1	3233	37	20	8	34	1.83
72667984--72668050	33	2.0	33	100	0	134	29	20	11	37	1.89
72672321--72672475	43	3.6	43	78	8	165	29	23	19	27	1.98
72676094--72676159	34	1.9	34	81	6	80	50	13	3	33	1.57
72679387--72679434	24	2.0	24	100	0	96	45	8	20	25	1.79
72681016--72681050	19	1.9	17	88	11	52	51	25	5	17	1.67
72682064--72682141	39	2.0	39	94	0	138	23	10	29	37	1.88
72683772--72684251	48	10.1	48	97	2	907	32	8	29	29	1.87
72683772--72684302	95	5.6	95	96	0	947	32	8	30	28	1.87
72686357--72686430	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
72686723--72686908	40	4.6	41	79	4	184	26	21	28	23	1.99
72686844--72686920	40	1.9	40	86	0	109	22	22	29	25	1.99
72688978--72689055	39	2.0	39	94	0	138	23	10	29	37	1.88
72690685--72691163	48	10.1	48	97	2	898	32	8	29	29	1.87
72690685--72691214	95	5.6	95	96	0	938	32	8	30	28	1.87
72693258--72693331	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
72693621--72693804	40	4.6	41	79	4	191	25	21	28	23	1.99
72693740--72693816	40	1.9	40	86	0	109	22	22	29	25	1.99
72695864--72695941	39	2.0	39	94	0	138	23	10	29	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72697572--72698053	47	10.2	47	95	1	838	32	8	30	28	1.88
72697572--72698053	95	5.1	95	96	0	851	32	8	30	28	1.88
72697572--72698053	189	2.5	189	95	0	856	32	8	30	28	1.88
72700705--72700876	43	4.0	43	78	6	150	31	28	16	23	1.96
72702768--72702912	40	3.6	40	84	4	184	25	24	26	24	2.00
72705233--72705261	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
72705514--72705552	20	2.1	19	85	9	53	30	5	12	51	1.62
72711048--72711117	29	2.4	30	90	4	115	37	11	25	25	1.90
72711100--72711189	45	2.0	45	84	4	119	40	10	24	25	1.86
72714854--72714959	52	2.0	52	100	0	212	35	15	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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