genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95299910--95299959	21	2.3	23	82	10	68	24	30	2	44	1.65
95310606--95310675	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
95310606--95310703	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
95314993--95315054	30	2.1	30	93	0	106	37	20	14	27	1.92
95321996--95322022	13	2.1	13	100	0	54	48	14	22	14	1.81
95322221--95322348	69	1.9	69	91	3	215	47	6	25	20	1.73
95325244--95325306	31	2.0	31	96	0	117	46	20	6	26	1.75
95326783--95327107	48	6.7	48	80	2	373	27	20	28	23	1.99
95326783--95327107	96	3.4	96	89	3	483	27	20	28	23	1.99
95330148--95330181	16	2.1	16	100	0	68	47	17	20	14	1.83
95330677--95330715	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
95330797--95330837	17	2.4	17	83	0	55	65	2	24	7	1.30
95341220--95341269	19	2.6	19	84	9	66	28	20	8	44	1.79
95344363--95344512	37	4.1	37	95	0	255	26	30	19	23	1.98
95344716--95344899	47	3.9	47	89	1	280	26	28	11	33	1.92
95344808--95344883	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
95348758--95348807	25	2.0	25	84	7	66	26	32	12	30	1.92
95349036--95349382	40	8.8	40	96	1	630	23	29	23	23	1.99
95349036--95349382	78	4.4	80	97	1	630	23	29	23	23	1.99
95350658--95350770	37	3.1	37	91	5	183	27	30	19	23	1.98
95350973--95351157	47	3.9	47	91	0	289	26	28	11	33	1.92
95351066--95351141	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95359209--95359999	177	4.5	177	85	0	999	28	17	24	28	1.97
95359231--95359999	355	2.2	354	86	0	1099	28	17	24	29	1.97
95359209--95360169	177	5.5	177	81	3	625	29	17	24	28	1.97
95378205--95378376	40	4.3	40	88	3	233	25	22	26	26	2.00
95386155--95386372	40	5.5	40	90	2	325	23	23	27	24	2.00
95390101--95390147	23	2.0	24	83	4	60	19	29	31	19	1.96
95394315--95394366	16	3.2	16	88	2	77	51	28	5	13	1.64
95395898--95395999	29	3.6	29	85	1	134	26	15	30	27	1.96
95395898--95396008	58	1.9	57	87	1	159	27	15	30	27	1.96
95397381--95397405	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
95397538--95397594	26	2.2	26	100	0	114	42	7	3	47	1.47
95416334--95416478	40	3.6	40	84	4	184	23	25	24	26	2.00
95419107--95419235	27	4.8	27	83	6	156	34	21	24	19	1.97
95419097--95419238	54	2.7	54	92	2	225	34	23	23	18	1.96
95423280--95423312	17	1.9	17	88	11	50	27	18	12	42	1.85
95427752--95427835	23	3.6	22	78	13	87	33	21	20	25	1.97
95427736--95427841	23	4.5	21	74	17	77	29	20	22	27	1.99
95429125--95429239	43	2.7	42	77	6	115	29	24	15	30	1.96
95443640--95443842	40	5.1	40	83	8	245	24	22	28	24	2.00
95451755--95451957	40	5.1	40	88	5	279	23	23	28	24	1.99
95462640--95462863	46	4.7	49	74	14	159	31	16	27	24	1.96
95465466--95465707	50	4.8	50	82	4	274	29	26	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95467022--95467123	37	2.8	37	77	3	116	20	9	28	41	1.84
95469492--95469551	30	2.0	30	100	0	120	36	16	16	30	1.91
95473262--95473425	46	3.5	46	81	6	197	29	19	28	23	1.98
95479118--95479165	21	2.3	21	100	0	96	16	43	25	14	1.86
95479118--95479171	21	2.6	21	93	0	81	16	40	27	14	1.88
95481853--95481977	46	2.7	49	80	12	154	28	28	20	23	1.98
95481853--95481992	46	3.0	46	70	18	119	30	27	19	22	1.98
95484597--95484640	21	2.1	21	100	0	88	31	18	9	40	1.81
95485918--95486034	61	1.9	61	94	0	207	39	21	5	34	1.75
95492992--95493041	26	1.9	26	91	0	82	30	14	10	46	1.77
95495219--95495321	37	2.8	37	93	0	170	23	31	21	24	1.99
95495462--95496221	48	15.8	48	95	0	1367	31	27	6	35	1.81
95502730--95502760	15	2.1	15	100	0	62	48	19	25	6	1.72
95504033--95504058	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
95510351--95510522	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
95510375--95510557	67	2.8	64	77	9	194	28	16	31	23	1.96
95513675--95513859	44	4.2	45	81	4	207	35	11	14	38	1.82
95515101--95515491	40	9.8	40	90	0	604	25	26	22	25	2.00
95516700--95516778	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
95516896--95517167	47	5.7	47	92	2	420	29	30	8	31	1.87
95520925--95521303	47	8.1	47	90	0	535	34	10	28	26	1.90
95521139--95521213	22	3.3	22	65	17	62	30	12	30	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95521160--95521238	25	3.3	25	64	16	67	32	8	27	30	1.87
95521277--95521367	46	2.0	46	88	0	137	34	8	30	26	1.87
95520925--95521352	141	3.0	139	86	3	448	34	10	28	26	1.90
95524364--95524407	19	2.3	19	84	7	54	72	0	9	18	1.10
95530010--95530287	150	1.9	149	81	5	346	20	28	3	47	1.66
95534349--95534470	45	2.8	45	87	6	162	24	20	28	26	1.99
95535005--95535037	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
95536786--95536832	16	2.8	17	81	12	53	10	8	0	80	0.89
95536797--95536832	16	2.2	16	90	9	56	8	8	0	83	0.82
95536897--95536935	17	2.3	17	90	0	60	12	17	5	64	1.46
95538662--95538695	3	11.0	3	93	6	59	64	2	0	32	1.08
95543792--95543838	21	2.2	21	92	0	76	21	25	23	29	1.99
95543971--95544039	34	2.0	34	88	0	102	24	20	24	30	1.99
95547020--95547046	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
95557354--95557561	67	3.2	64	77	12	199	30	16	29	22	1.96
95561224--95561313	32	2.8	32	81	0	108	27	16	24	31	1.97
95566272--95566301	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
95566896--95567050	43	3.6	43	83	6	224	23	18	30	27	1.97
95569240--95569300	27	2.3	27	82	5	70	26	9	24	39	1.86
95580018--95580203	40	4.7	40	86	6	261	25	26	23	24	2.00
95580018--95580203	79	2.3	79	86	4	259	25	26	23	24	2.00
95594028--95594186	43	3.7	43	81	0	174	25	18	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95602698--95602803	26	4.2	26	92	4	189	34	27	6	31	1.82
95602698--95602803	50	2.1	51	94	3	187	34	27	6	31	1.82
95606133--95606184	19	2.7	20	77	17	56	65	7	0	26	1.20
95606160--95606210	26	1.9	27	84	11	70	64	9	0	25	1.24
95610143--95610201	27	2.2	27	78	6	66	22	20	25	32	1.98
95614097--95614226	27	4.8	27	75	8	120	38	22	8	30	1.84
95614097--95614226	54	2.4	54	82	6	147	38	22	8	30	1.84
95614159--95614236	27	2.9	26	84	3	84	41	23	6	29	1.79
95614759--95614860	32	3.2	31	75	8	89	28	21	19	30	1.98
95616653--95616799	43	3.4	42	81	2	150	28	13	25	31	1.94
95618337--95618460	50	2.5	50	85	0	167	22	16	34	25	1.95
95620965--95621010	15	3.1	15	75	12	51	26	2	0	71	0.97
95623598--95623639	15	2.9	15	85	3	59	21	4	0	73	1.01
95625830--95625893	33	2.0	32	87	3	92	34	18	25	21	1.96
95638961--95638997	19	2.0	20	89	10	60	62	10	21	5	1.48
95639341--95639564	40	5.7	40	84	8	280	25	28	21	24	1.99
95639341--95639564	79	2.8	78	85	6	263	25	28	21	24	1.99
95640741--95640860	56	2.1	56	98	0	231	22	21	10	45	1.81
95644755--95644982	127	1.8	123	85	9	318	40	4	7	48	1.50
95645002--95645035	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
95660522--95660745	40	5.6	40	87	2	299	24	23	27	25	2.00
95667069--95667093	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95669993--95670059	14	4.5	15	78	10	68	76	1	2	19	1.00
95669993--95670076	35	2.4	34	83	15	100	76	1	3	19	1.00
95670008--95670083	26	3.0	24	84	9	98	78	1	2	17	0.93
95670017--95670083	10	6.6	10	81	8	73	80	1	1	16	0.86
95671844--95672009	46	3.6	45	77	15	171	21	21	28	28	1.98
95671841--95672010	93	1.8	91	91	2	277	21	21	28	28	1.99
95678573--95678801	40	5.7	40	96	0	413	30	20	27	21	1.98
95687242--95687469	40	5.7	40	96	0	411	30	20	27	21	1.98
95692111--95692189	6	12.8	6	79	10	79	79	1	3	15	0.93
95692132--95692184	16	3.3	16	80	17	65	81	0	1	16	0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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