genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.179.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57928190--57928446	38	6.6	39	80	9	249	27	28	19	24	1.99
57928191--57928446	78	3.3	78	79	8	204	27	28	19	24	1.99
57928378--57928455	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
57935974--57936194	40	5.6	40	75	5	200	24	24	23	26	2.00
57935974--57936194	80	2.8	79	81	8	227	24	24	23	26	2.00
57939888--57940044	43	3.7	43	78	9	153	32	25	17	24	1.97
57939897--57940002	42	2.5	43	86	4	144	30	26	18	24	1.98
57954398--57954453	25	2.2	25	96	0	103	28	14	23	33	1.94
57961533--57961608	33	2.3	33	93	0	125	28	18	25	27	1.98
57962866--57962983	48	2.5	47	85	1	146	35	29	16	17	1.93
57964328--57964400	36	2.0	37	89	2	112	15	19	19	46	1.84
57967360--57967406	23	2.0	23	91	0	76	31	40	8	19	1.81
57973374--57973606	49	4.7	50	82	2	281	25	17	26	30	1.97
57973377--57973620	100	2.5	98	86	3	319	25	18	26	29	1.98
57978597--57978842	49	4.9	50	84	2	307	27	18	25	29	1.98
57978600--57978843	100	2.5	98	86	3	319	27	18	25	29	1.98
57982663--57982807	53	2.7	53	80	8	150	22	20	19	37	1.94
57984560--57984599	13	3.0	13	80	20	55	32	2	12	52	1.52
57996472--57996599	27	4.7	27	91	0	193	28	21	10	39	1.86
57996496--57996611	54	2.1	54	83	0	151	30	23	9	37	1.86
57996591--57996821	53	4.3	53	79	8	227	41	20	9	29	1.83
57996591--57996823	80	2.9	80	87	4	319	40	20	9	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57996591--57996931	53	6.3	54	75	8	189	40	19	9	30	1.84
57996586--57996933	27	12.9	27	73	7	215	39	19	9	31	1.84
57996965--57997056	27	3.4	27	82	8	107	34	18	26	20	1.96
57997839--57997974	52	2.7	51	93	5	224	27	21	23	27	1.99
57997839--57997974	26	5.3	26	88	3	190	27	21	23	27	1.99
57999012--57999179	38	4.4	38	84	1	192	36	26	17	19	1.94
57999012--57999229	76	2.8	78	79	5	219	35	27	17	19	1.94
57999012--57999199	38	4.9	38	82	2	180	35	26	18	19	1.95
58006732--58006941	55	3.9	53	75	9	201	34	18	24	22	1.96
58007179--58007209	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
58027138--58027275	48	2.9	46	77	7	152	38	27	15	18	1.91
58029806--58030466	335	2.0	337	93	1	1137	35	20	8	35	1.84
58037979--58038016	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
58038790--58038849	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
58040621--58040670	23	2.2	23	85	7	66	34	24	26	16	1.95
58043096--58043130	16	2.1	17	89	10	54	2	25	2	68	1.17
58044726--58044800	34	2.2	33	81	6	87	24	25	25	25	2.00
58046551--58046688	50	2.8	50	85	4	181	31	27	15	25	1.95
58051265--58051397	50	2.7	50	89	1	187	28	27	18	25	1.98
58061979--58062085	47	2.3	47	83	0	124	49	14	11	25	1.75
58062105--58062138	16	2.1	16	88	5	50	50	11	5	32	1.63
58063211--58063248	15	2.4	17	82	13	53	50	39	2	7	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58063215--58063248	8	4.4	8	85	7	52	52	35	2	8	1.47
58064721--58064752	16	1.9	17	93	6	57	37	12	0	50	1.41
58065317--58065444	63	2.0	63	98	0	247	25	14	11	47	1.78
58066732--58066792	30	2.0	30	84	6	79	29	22	8	39	1.83
58068101--58068155	16	3.4	16	89	0	65	47	18	21	12	1.82
58068110--58068160	16	3.2	16	94	0	84	49	15	21	13	1.79
58068371--58068485	29	4.0	29	86	6	155	26	14	29	28	1.95
58069554--58069588	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
58070963--58071414	47	9.6	47	92	2	719	29	29	8	33	1.86
58071013--58071091	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
58076811--58076861	25	2.0	25	82	14	61	50	33	5	9	1.59
58086488--58086564	37	2.1	37	100	0	154	20	29	28	20	1.98
58088196--58088363	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
58088219--58088363	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
58096245--58096380	41	3.3	41	82	8	170	25	26	23	25	2.00
58097587--58097662	38	2.0	38	97	0	143	32	23	11	31	1.91
58106451--58106492	19	2.2	19	100	0	84	16	4	30	47	1.67
58119055--58119103	21	2.4	21	80	6	57	26	0	0	73	0.83
58119551--58119577	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
58123422--58123530	37	2.9	37	91	0	164	28	31	19	21	1.97
58123680--58123861	48	3.8	48	94	2	294	30	25	7	36	1.83
58123831--58124020	47	4.0	47	90	0	281	25	28	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58123877--58123995	23	5.1	22	62	28	59	24	31	13	31	1.93
58128133--58128521	40	9.8	40	91	1	586	24	29	22	23	1.99
58128133--58128521	158	2.5	158	90	1	591	24	29	22	23	1.99
58129790--58129897	36	2.9	37	91	2	173	27	30	18	23	1.98
58130046--58130221	46	3.8	48	91	6	281	31	25	6	36	1.82
58130046--58130221	94	1.9	94	91	4	293	31	25	6	36	1.82
58130153--58130363	47	4.5	47	88	2	275	27	27	10	34	1.90
58130284--58130355	22	3.1	22	66	24	58	25	29	12	33	1.92
58130212--58130337	25	5.3	25	62	24	65	28	28	10	32	1.90
58140270--58140344	36	2.1	36	92	0	123	32	5	16	46	1.69
58141712--58141879	46	3.6	45	74	13	153	28	27	21	22	1.99
58141711--58141883	93	1.9	93	88	0	265	27	28	21	21	1.99
58141712--58141898	46	4.0	46	72	15	136	28	28	20	21	1.98
58142282--58142339	30	2.0	29	86	3	80	27	22	8	41	1.83
58144248--58144286	15	2.6	15	87	0	60	58	10	17	12	1.61
58144248--58144295	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
58148770--58148893	27	4.5	28	89	3	164	25	12	29	32	1.93
58148770--58148893	55	2.3	55	85	5	162	25	12	29	32	1.93
58148798--58148906	27	4.0	27	88	5	114	28	11	26	33	1.92
58156650--58156774	28	4.5	28	89	4	173	25	12	28	32	1.93
58156650--58156774	54	2.2	57	87	4	175	25	12	28	32	1.93
58156678--58156787	28	4.0	26	89	5	96	28	11	26	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58169072--58169108	16	2.3	16	100	0	74	18	29	0	51	1.47
58170930--58171031	43	2.4	43	91	0	150	19	24	31	24	1.98
58175413--58175469	29	1.9	29	86	10	80	29	21	3	45	1.68
58185312--58185438	68	1.9	68	83	6	168	32	14	28	24	1.95
58187993--58188073	26	3.1	26	83	0	99	37	23	18	20	1.94
58188075--58188212	20	6.9	20	83	0	168	39	22	21	16	1.92
58188079--58188239	40	3.9	40	83	3	187	40	22	20	16	1.91
58188856--58188905	16	3.2	16	80	2	57	14	20	18	48	1.82
58200581--58202770	729	3.0	728	96	1	4082	35	8	18	37	1.81
58202988--58203160	43	4.0	43	77	8	181	23	15	27	33	1.95
58205937--58206195	68	3.9	63	77	11	220	29	15	30	24	1.96
58206012--58206195	67	2.8	63	80	8	210	28	16	31	23	1.96
58209271--58209331	31	2.0	31	100	0	122	19	14	29	36	1.92
58213469--58213584	58	2.0	58	91	0	187	15	7	17	59	1.59
58214283--58214405	43	2.9	42	79	4	131	24	20	24	30	1.98
58215126--58215171	23	2.0	22	91	4	74	15	2	26	56	1.50
58215126--58215169	10	4.1	10	81	16	52	15	2	27	54	1.53
58216481--58216703	50	4.5	48	79	12	211	32	25	16	26	1.96
58216481--58216703	101	2.2	99	84	6	272	32	25	16	26	1.96
58224090--58224186	48	2.1	48	86	3	135	28	23	13	34	1.93
58230769--58230927	43	3.7	43	81	9	191	31	26	16	25	1.97
58247801--58247845	17	2.6	17	89	3	63	60	6	2	31	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58249483--58249522	21	1.9	21	89	0	62	50	0	0	50	1.00
58249792--58249861	22	3.3	22	69	18	76	42	7	21	28	1.79
58249791--58249873	41	2.0	41	100	0	166	38	7	21	32	1.81
58251130--58251212	41	2.0	41	100	0	166	30	31	2	36	1.71
58254322--58254373	26	2.0	26	92	7	88	50	15	15	19	1.79
58259718--58259887	22	7.3	21	65	26	69	34	12	28	24	1.92
58259603--58259930	141	2.3	141	89	2	480	33	12	29	24	1.92
58259603--58259890	47	6.1	47	94	0	495	34	12	28	24	1.91
58259914--58260040	46	2.8	46	87	0	182	33	9	32	24	1.87
58266227--58266294	33	2.0	34	82	2	84	29	17	26	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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