genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83307574--83307609	17	2.1	17	94	0	63	38	5	27	27	1.79
83308438--83308660	40	5.7	40	90	4	303	22	22	27	26	1.99
83308438--83308685	79	3.2	80	87	4	328	23	22	27	26	2.00
83308438--83308685	40	6.3	40	89	3	294	23	22	27	26	2.00
83313540--83313580	15	2.7	15	92	3	64	24	26	0	48	1.51
83315982--83316157	46	3.8	46	78	12	198	20	21	29	28	1.98
83315979--83316150	93	1.8	93	93	0	299	20	21	29	27	1.98
83319530--83319681	42	3.5	42	78	8	135	29	25	17	28	1.97
83319587--83319681	44	2.2	43	84	3	118	30	27	15	26	1.96
83328769--83328944	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
83330080--83330264	40	4.7	40	80	7	200	24	22	28	25	1.99
83330135--83330297	79	2.1	79	82	6	197	26	20	28	25	1.99
83336720--83336889	56	3.1	56	96	2	310	44	9	22	22	1.81
83338003--83338185	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
83338004--83338187	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
83338056--83338220	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
83348502--83348674	56	3.1	56	84	12	223	45	10	22	21	1.82
83349933--83350041	41	2.5	43	76	15	109	26	20	30	22	1.98
83349964--83350071	41	2.7	41	80	8	105	25	24	29	21	1.99
83356953--83357129	56	3.1	55	80	16	214	42	11	20	24	1.86
83364701--83364923	39	5.7	40	85	7	257	25	22	26	25	2.00
83364701--83364956	79	3.3	79	80	10	208	26	21	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83372849--83373072	40	5.7	40	84	8	266	25	22	26	25	2.00
83372849--83373078	79	2.9	79	82	10	213	26	22	26	24	2.00
83372849--83373105	79	3.3	79	78	11	192	26	22	26	24	2.00
83377173--83377279	40	2.7	40	100	0	214	20	23	26	29	1.99
83386723--83386806	38	2.2	38	85	4	116	20	19	26	34	1.96
83386799--83387010	43	4.9	43	92	1	334	12	24	32	30	1.92
83386799--83387010	87	2.5	86	89	0	334	12	24	32	30	1.92
83395273--83395304	12	2.7	12	95	0	55	18	28	28	25	1.98
83400831--83400889	30	2.0	30	82	0	73	27	27	3	42	1.71
83409214--83409416	39	5.1	40	80	9	220	25	28	22	24	1.99
83409235--83409416	79	2.3	79	83	6	226	25	28	22	24	2.00
83410550--83410720	56	3.1	56	95	4	298	22	23	8	45	1.79
83417142--83417361	40	5.7	40	84	10	278	25	27	22	24	2.00
83417142--83417361	75	2.8	78	85	8	279	25	27	22	24	2.00
83417142--83417361	115	1.9	117	83	9	290	25	27	22	24	2.00
83421959--83422065	40	2.7	38	87	8	151	28	26	24	20	1.99
83424968--83425152	40	4.6	40	97	0	343	22	22	27	27	1.99
83431150--83431343	40	4.9	39	88	3	253	21	29	24	24	1.99
83437995--83438190	53	3.6	53	77	3	167	38	17	23	20	1.93
83442243--83442276	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
83448667--83448913	40	6.2	41	76	13	196	23	22	27	26	2.00
83448707--83448890	79	2.3	80	88	0	262	23	22	27	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83448707--83448913	79	2.6	78	83	5	245	23	22	27	26	2.00
83453310--83453354	22	2.0	22	83	8	56	53	0	8	37	1.32
83454662--83454701	2	20.0	2	100	0	80	50	50	0	0	1.00
83456935--83457159	40	5.7	39	89	3	308	25	28	23	22	1.99
83456935--83457159	79	2.8	78	86	4	308	25	28	23	22	1.99
83465086--83465292	40	5.2	39	86	6	240	26	28	23	22	1.99
83465109--83465292	40	4.6	40	90	4	268	26	28	23	21	1.99
83467854--83467954	52	2.0	50	84	7	132	34	14	13	36	1.86
83471355--83471403	21	2.3	21	96	0	89	22	22	26	28	1.99
83472460--83472495	18	2.0	18	100	0	72	50	16	5	27	1.68
83484682--83484909	48	4.9	48	72	11	193	28	25	20	25	1.99
83493425--83493513	43	2.1	43	100	0	178	40	14	17	26	1.89
83496179--83496337	39	4.1	39	90	0	246	25	29	23	21	1.99
83505129--83505209	24	3.2	24	66	27	69	45	6	9	38	1.62
83505114--83505216	51	2.0	51	100	0	206	47	5	11	34	1.64
83510243--83510283	20	2.0	20	85	0	55	36	4	7	51	1.51
83512205--83512410	61	3.4	61	75	7	168	31	16	23	29	1.96
83517687--83517739	21	2.5	21	78	0	61	16	37	30	15	1.90
83522507--83522601	40	2.4	40	83	0	118	24	18	24	32	1.97
83530137--83530283	40	3.7	40	92	3	226	30	26	22	20	1.98
83538137--83538243	40	2.7	38	81	8	124	30	26	22	20	1.98
83544878--83544941	28	2.3	28	88	0	92	20	17	35	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83545266--83545730	27	17.3	27	80	4	447	40	20	9	30	1.83
83547019--83547189	93	1.8	93	91	0	279	27	28	22	22	1.99
83547014--83547186	46	3.7	46	77	10	190	28	27	21	22	1.99
83552627--83552654	14	2.0	14	100	0	56	35	28	0	35	1.58
83559207--83559241	18	2.1	16	89	10	52	28	0	2	68	1.04
83562041--83562143	50	2.1	50	98	0	197	35	11	20	32	1.89
83564260--83564284	12	2.1	12	100	0	50	24	8	16	52	1.70
83577300--83577333	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
83577455--83577517	31	2.1	31	93	3	110	58	9	1	30	1.39
83578539--83578567	15	2.0	15	93	6	51	68	0	0	31	0.89
83579297--83579350	22	2.4	23	78	9	67	22	5	0	72	1.05
83580607--83580715	52	2.1	52	91	3	175	40	11	16	31	1.85
83587762--83587801	21	1.9	21	84	0	53	42	10	17	30	1.82
83590446--83590535	44	2.0	45	97	2	173	32	21	24	22	1.98
83590952--83591174	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
83598836--83599061	81	2.8	79	82	4	242	26	27	20	24	1.99
83598836--83599061	40	5.7	40	84	5	242	26	27	20	24	1.99
83598993--83599070	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
83600840--83600929	44	2.1	43	95	2	162	35	32	14	17	1.90
83605925--83606150	48	4.7	47	82	3	254	28	19	29	22	1.98
83605917--83606192	96	2.9	96	85	2	340	28	18	28	23	1.98
83605925--83606200	48	5.8	46	76	8	194	27	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83607481--83607517	19	1.9	19	89	10	58	43	10	18	27	1.83
83607650--83607747	46	2.1	46	94	0	169	43	7	17	31	1.76
83617554--83617642	45	2.0	45	100	0	178	24	16	22	35	1.95
83623106--83623169	15	4.3	15	78	7	67	14	10	18	56	1.67
83625461--83625517	30	1.9	29	85	3	78	47	1	26	24	1.62
83626048--83626131	44	1.9	44	95	0	150	21	16	27	34	1.95
83635733--83635821	41	2.2	41	91	2	144	22	25	37	14	1.92
83637107--83637164	21	2.7	21	81	2	80	17	32	25	24	1.96
83642100--83642150	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
83643914--83643967	26	2.1	26	100	0	108	29	24	14	31	1.95
83648743--83648816	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
83654160--83654382	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
83654158--83654382	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
83663654--83663801	43	3.5	44	74	10	137	25	18	26	29	1.98
83663692--83663809	42	2.8	42	70	13	107	26	17	25	30	1.97
83663651--83663820	85	2.0	85	82	4	209	24	18	25	30	1.98
83669886--83669965	27	3.0	26	71	12	72	18	21	18	41	1.91
83670112--83670179	33	2.0	34	88	2	102	27	14	26	30	1.95
83674760--83674796	19	2.1	17	90	10	56	35	16	5	43	1.71
83678201--83678347	40	3.8	39	84	8	176	25	18	30	25	1.98
83684529--83684568	1	40.0	1	100	0	80	100	0	0	0	0.00
83688079--83688252	78	2.2	80	79	12	182	24	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83688079--83688251	40	4.4	37	77	15	120	24	22	28	24	1.99
83695963--83696224	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
83700774--83700810	6	6.3	6	96	3	67	83	0	0	16	0.64
83702885--83703001	20	5.8	20	77	3	110	41	18	3	36	1.68
83702869--83703001	40	3.3	40	81	4	144	40	18	4	36	1.71
83703219--83703273	23	2.4	23	81	6	67	30	18	25	25	1.98
83711918--83712278	47	7.7	45	73	12	248	27	19	29	23	1.98
83711921--83712279	94	3.8	92	78	12	358	27	19	29	23	1.98
83713892--83713927	17	2.1	18	94	5	65	11	47	30	11	1.74
83716425--83716486	20	3.2	20	77	13	83	38	17	1	41	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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