genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17057217--17057246	14	2.1	15	93	6	53	66	0	0	33	0.92
17068722--17068785	22	2.8	23	90	7	103	68	0	23	7	1.15
17072808--17072914	27	3.9	27	84	9	128	17	23	22	36	1.95
17072808--17072915	54	2.0	54	85	3	146	17	23	22	37	1.94
17079793--17079904	27	4.1	27	82	3	118	17	24	22	35	1.95
17079793--17079904	54	2.1	54	86	3	154	17	24	22	35	1.95
17085435--17085495	23	2.7	23	87	2	88	44	42	1	11	1.50
17088172--17088252	23	3.4	23	78	6	90	45	37	3	13	1.61
17095701--17095755	22	2.5	22	88	5	76	27	21	20	30	1.98
17106497--17106548	25	2.0	26	85	3	70	25	23	0	51	1.48
17109828--17109872	11	4.3	11	81	15	51	26	2	0	71	0.98
17123183--17123292	55	2.0	55	100	0	220	21	9	29	40	1.84
17123970--17124158	94	2.0	95	95	1	344	24	14	13	48	1.79
17127109--17127161	23	2.3	23	96	0	97	20	24	5	49	1.71
17141283--17141328	24	1.9	24	100	0	92	47	4	0	47	1.21
17141463--17141487	12	2.1	12	100	0	50	0	0	8	92	0.40
17147818--17147844	13	2.1	13	100	0	54	37	0	0	62	0.95
17148713--17148745	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
17149031--17149302	92	3.0	92	91	1	422	21	24	13	40	1.89
17149031--17149302	46	5.9	46	90	2	379	21	24	13	40	1.89
17151394--17151461	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
17151800--17151913	41	2.7	41	91	2	174	25	13	22	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17170423--17170489	28	2.5	28	77	15	79	40	17	8	32	1.81
17177536--17177848	47	6.8	44	73	15	215	22	29	20	28	1.98
17177489--17177845	141	2.5	140	76	10	316	23	28	19	28	1.98
17177489--17177845	94	3.8	94	80	10	394	23	28	19	28	1.98
17178565--17178589	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
17185069--17185383	47	6.7	47	73	13	236	22	28	19	29	1.98
17185214--17185386	94	1.8	94	94	0	310	23	27	20	28	1.99
17185074--17185383	141	2.2	141	80	10	341	22	29	19	29	1.98
17188079--17188117	13	3.0	13	85	7	53	38	2	0	58	1.12
17188636--17188715	41	1.9	42	87	5	117	26	13	22	37	1.91
17191664--17191754	44	2.1	44	87	0	128	21	18	21	37	1.94
17210254--17210295	13	3.1	14	83	13	52	14	14	9	61	1.55
17212227--17212264	15	2.5	15	86	0	58	36	2	0	60	1.11
17213463--17213511	24	2.0	24	92	0	80	16	12	16	55	1.70
17214403--17214444	10	4.2	10	100	0	84	40	0	30	28	1.57
17217282--17217321	6	6.5	6	82	5	53	77	0	5	17	0.94
17218818--17218879	29	2.1	29	100	0	124	48	9	20	20	1.78
17223068--17223182	27	4.3	26	87	5	149	36	23	23	16	1.94
17223068--17223182	54	2.1	54	88	3	169	36	23	23	16	1.94
17223285--17223358	26	2.8	26	83	4	76	29	10	24	35	1.89
17224800--17224909	26	4.2	26	92	2	168	35	24	5	34	1.79
17230822--17230897	23	3.5	22	77	19	63	67	5	6	21	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17236792--17236837	19	2.4	18	82	10	56	21	23	10	43	1.84
17245111--17245747	177	3.6	177	90	1	974	32	19	22	26	1.97
17245386--17245613	44	5.2	44	65	16	132	32	19	21	26	1.97
17245398--17245641	44	5.5	44	65	18	123	33	18	23	24	1.97
17247360--17247408	11	4.3	11	76	19	55	36	2	2	59	1.21
17247481--17247518	15	2.5	15	86	0	58	36	2	0	60	1.11
17249250--17249287	18	2.1	18	95	0	67	36	5	18	39	1.73
17250205--17250242	17	2.3	17	86	4	51	7	23	5	63	1.42
17250428--17250474	24	2.0	23	84	16	60	46	2	4	46	1.34
17250419--17250569	81	1.8	83	90	2	243	43	2	4	49	1.37
17250499--17250538	21	2.0	20	85	5	53	40	0	2	57	1.12
17250554--17250589	19	1.9	18	88	5	54	52	2	0	44	1.15
17253181--17253218	18	2.1	18	100	0	76	50	10	28	10	1.70
17266013--17266042	13	2.3	13	94	0	51	33	0	0	66	0.92
17266846--17266881	15	2.2	18	85	14	51	27	0	5	66	1.13
17267173--17267203	14	2.2	14	94	0	53	25	6	6	61	1.45
17268655--17268690	13	2.8	13	91	0	54	30	2	11	55	1.49
17275713--17275847	67	2.0	67	95	0	243	42	17	7	31	1.77
17278320--17278356	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
17281795--17281824	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
17292013--17292067	22	2.5	22	85	5	67	32	20	21	25	1.97
17296811--17296838	10	2.8	10	100	0	56	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17301338--17301382	15	3.0	15	90	0	63	13	22	6	57	1.59
17301354--17301401	25	1.9	25	82	0	60	8	20	12	58	1.60
17302318--17302358	14	2.9	15	82	14	59	39	12	0	48	1.41
17307632--17307663	14	2.3	14	100	0	64	28	34	6	31	1.82
17320987--17321020	6	5.7	6	85	0	50	14	64	0	20	1.28
17333498--17333545	25	1.9	25	86	0	69	33	18	27	20	1.96
17333511--17333593	24	3.4	23	78	8	76	33	16	28	20	1.95
17333586--17333650	25	2.7	25	78	4	62	32	21	26	20	1.97
17333603--17333653	25	2.1	25	85	3	68	33	19	23	23	1.97
17334122--17334176	21	2.7	21	83	8	60	45	18	0	36	1.49
17334330--17334360	12	2.6	12	100	0	62	25	12	9	51	1.70
17341024--17341048	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
17345278--17345492	102	2.1	101	86	2	297	30	13	25	31	1.93
17345278--17345525	102	2.5	101	82	3	286	31	14	25	29	1.94
17346075--17346148	36	2.1	36	100	0	148	27	13	22	36	1.92
17353146--17353379	74	3.2	73	74	6	242	32	22	21	23	1.98
17353077--17353381	35	8.6	35	69	8	123	32	21	21	24	1.98
17353083--17353387	143	2.1	143	84	1	396	34	20	21	23	1.97
17353523--17353595	36	2.0	36	84	5	94	38	20	1	39	1.61
17357559--17357714	42	3.6	44	79	8	142	32	18	22	26	1.97
17357608--17357714	42	2.5	42	86	6	144	32	19	20	27	1.97
17359208--17359308	50	2.0	50	86	0	139	38	30	6	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17359403--17359465	32	2.0	32	100	0	126	44	9	12	33	1.75
17361550--17361575	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
17361364--17361654	150	2.0	143	93	4	492	36	10	9	42	1.73
17363522--17363562	21	2.0	21	95	0	73	46	26	9	17	1.79
17368902--17368961	19	3.4	19	78	21	85	48	3	3	45	1.35
17368894--17368961	33	2.1	33	100	0	136	47	2	2	47	1.32
17377140--17377198	21	2.8	21	71	0	55	44	15	23	16	1.86
17384178--17384210	17	1.9	17	93	0	57	12	27	45	15	1.81
17391582--17391649	21	3.2	21	67	8	57	22	23	33	20	1.97
17395151--17395206	27	2.1	27	100	0	112	35	3	17	42	1.67
17397769--17397892	42	3.0	42	85	3	162	31	26	12	29	1.93
17397851--17397973	47	2.7	46	83	1	147	30	26	13	28	1.94
17397999--17398116	31	3.8	31	90	0	182	24	27	20	27	1.99
17398092--17398268	50	3.5	50	91	3	275	26	22	15	36	1.93
17401564--17401619	18	3.2	17	73	16	51	66	0	5	28	1.14
17401611--17401677	24	2.6	27	76	16	77	61	0	2	35	1.12
17406269--17406426	71	2.2	72	81	13	184	31	3	1	63	1.23
17406466--17406516	21	2.4	21	96	0	93	11	31	25	31	1.92
17406784--17406970	95	2.0	95	94	0	329	43	9	16	30	1.79
17423682--17423994	156	2.0	156	91	1	502	29	19	18	32	1.96
17427055--17427151	48	2.0	48	97	0	185	41	25	6	26	1.79
17427706--17427742	15	2.5	15	95	4	67	56	18	10	13	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17432851--17432879	15	1.9	15	100	0	58	37	20	13	27	1.91
17433654--17433682	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
17435489--17435531	21	2.2	20	83	8	52	58	4	4	32	1.39
17436323--17436361	18	2.2	18	95	0	69	35	5	25	33	1.78
17437219--17437264	16	2.7	18	80	16	62	43	0	13	43	1.43
17437198--17437246	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
17437641--17437728	43	2.1	42	91	2	140	54	2	19	23	1.55
17437702--17437747	19	2.5	18	85	3	56	56	0	17	26	1.41
17439969--17440002	13	2.6	13	90	0	50	38	23	26	11	1.89
17440353--17440446	49	1.9	49	86	0	134	42	7	25	24	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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