genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77166272--77166471	53	3.7	53	79	4	186	23	24	18	35	1.96
77166283--77166485	54	3.7	55	79	4	189	22	23	17	36	1.95
77166458--77166577	47	2.6	47	91	0	195	26	24	12	36	1.91
77166718--77166801	44	1.9	44	85	4	116	25	23	11	39	1.89
77169272--77169355	31	2.7	31	96	1	152	27	27	17	27	1.98
77169379--77169512	42	3.2	42	94	0	241	32	20	15	31	1.94
77169647--77169730	25	3.4	24	84	9	107	26	22	22	28	1.99
77170539--77170603	27	2.4	27	82	5	78	24	24	15	35	1.94
77170634--77170870	27	8.7	27	79	3	161	31	9	19	39	1.83
77170745--77170903	54	2.9	54	81	3	187	28	11	21	38	1.88
77170745--77170903	81	2.0	81	82	7	198	28	11	21	38	1.88
77170902--77171045	54	2.7	54	86	2	191	39	9	24	26	1.86
77170902--77171045	27	5.3	27	82	3	173	39	9	24	26	1.86
77170886--77171065	81	2.2	81	77	4	195	38	10	21	29	1.87
77176375--77176573	43	4.6	42	75	7	168	31	28	15	25	1.96
77186968--77187189	40	5.6	40	91	1	358	22	22	26	27	1.99
77192431--77192539	43	2.6	42	79	7	130	28	22	14	34	1.93
77192418--77192539	43	2.9	42	78	7	129	27	23	14	33	1.94
77192688--77192737	23	2.1	25	82	14	61	46	10	4	40	1.56
77197431--77197476	19	2.5	19	85	3	58	65	2	0	32	1.05
77197437--77197476	13	3.2	13	92	3	64	67	0	0	32	0.91
77197421--77197508	25	3.6	24	74	8	70	68	3	4	23	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77201070--77201122	28	1.9	27	100	0	97	49	0	15	35	1.45
77204195--77204312	57	2.1	57	100	0	236	31	21	9	38	1.85
77210785--77210863	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
77210982--77211499	47	11.1	47	94	1	862	28	29	8	32	1.88
77210982--77211499	140	3.7	141	95	0	871	28	29	8	32	1.88
77210982--77211499	234	2.2	234	92	1	860	28	29	8	32	1.88
77214974--77215025	25	2.1	25	82	7	61	30	28	7	32	1.85
77215188--77215341	40	3.8	40	94	0	254	23	26	23	26	2.00
77215188--77215429	40	6.0	41	82	6	248	24	26	22	26	2.00
77215729--77215807	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
77215789--77215972	43	4.4	43	90	6	306	27	34	14	23	1.94
77215789--77215972	81	2.2	85	93	4	313	27	34	14	23	1.94
77217821--77217898	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
77218017--77218562	47	12.0	47	87	9	796	29	29	8	32	1.87
77218017--77218562	86	6.0	93	88	9	790	29	29	8	32	1.87
77222070--77222221	27	5.6	27	92	3	232	30	28	14	25	1.95
77222070--77222221	55	2.8	55	92	0	250	30	28	14	25	1.95
77230148--77230300	27	5.6	27	93	3	243	30	28	13	26	1.94
77230148--77230300	55	2.8	55	94	0	261	30	28	13	26	1.94
77233044--77233084	19	2.2	19	91	8	66	9	31	0	58	1.31
77239735--77239892	43	3.7	43	73	9	119	25	24	21	28	1.99
77244041--77244069	14	2.1	14	100	0	58	27	13	13	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77245633--77245996	174	2.1	174	88	0	539	19	25	28	26	1.99
77257489--77257610	43	2.9	40	76	13	129	26	18	23	31	1.98
77261660--77261708	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
77271928--77271960	15	2.2	15	100	0	66	15	6	0	78	0.93
77274864--77275005	67	2.1	67	85	5	185	32	21	27	19	1.97
77274935--77274986	27	2.0	27	84	3	70	34	21	26	17	1.95
77275584--77275637	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
77275639--77275784	27	5.4	27	86	1	175	26	19	17	36	1.94
77275639--77275780	55	2.6	54	84	2	176	26	18	18	36	1.94
77277983--77278240	40	6.5	40	92	1	403	25	27	22	24	2.00
77289071--77289131	30	2.0	30	93	0	104	24	27	4	42	1.75
77289729--77289814	43	2.0	43	97	2	165	30	16	11	41	1.83
77294079--77294230	40	3.8	40	96	0	268	23	25	28	23	1.99
77299829--77300191	49	7.7	48	75	11	229	25	28	19	26	1.99
77300067--77300199	46	2.9	45	85	9	173	24	29	19	27	1.98
77301487--77301782	35	8.5	35	87	2	328	30	25	15	28	1.96
77308687--77308725	20	2.0	20	90	5	62	38	12	10	38	1.78
77310502--77310544	22	1.9	23	85	4	61	25	4	20	48	1.69
77310917--77310960	22	2.0	22	95	0	79	36	20	6	36	1.79
77311791--77311892	27	3.8	27	80	2	116	37	16	25	20	1.93
77311789--77311938	54	2.8	53	82	6	160	37	17	26	19	1.93
77315977--77316014	6	6.3	6	100	0	76	84	0	0	15	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77321364--77321396	13	2.6	13	90	4	50	51	15	0	33	1.43
77327552--77327886	39	8.6	39	90	4	482	30	28	22	19	1.98
77327960--77328041	28	3.0	28	76	5	87	29	20	9	40	1.85
77334132--77334431	39	7.7	39	90	1	442	29	29	22	18	1.97
77334504--77334585	28	2.9	28	81	0	92	28	24	10	36	1.89
77339095--77339260	38	4.3	38	84	3	190	34	25	19	20	1.96
77339086--77339289	76	2.6	76	82	6	214	33	26	19	20	1.97
77346083--77346445	49	7.7	48	75	11	238	25	28	19	26	1.99
77346179--77346449	46	5.8	45	76	12	171	24	29	19	25	1.99
77347739--77348037	35	8.6	35	85	4	309	31	24	15	29	1.96
77347742--77348040	105	2.9	105	84	3	345	30	24	15	29	1.96
77348065--77348091	12	2.2	12	100	0	54	25	33	7	33	1.84
77354977--77355015	20	2.0	20	90	5	62	38	12	10	38	1.78
77359075--77359112	6	6.3	6	100	0	76	84	0	0	15	0.63
77364477--77364509	13	2.6	13	90	4	50	51	15	0	33	1.43
77368814--77368855	22	1.9	22	90	9	68	45	14	2	38	1.58
77378166--77378349	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
77378166--77378346	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
77386096--77386279	40	4.6	40	83	6	205	23	21	27	27	1.99
77386096--77386276	80	2.3	81	84	9	230	23	21	27	27	1.99
77390677--77390724	8	6.2	8	81	13	57	2	20	0	77	0.88
77390670--77390724	24	2.3	23	79	17	58	3	21	0	74	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77401470--77401869	198	2.0	199	98	0	775	32	30	13	23	1.93
77404466--77404490	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
77405036--77405214	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
77405038--77405193	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
77405034--77405214	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
77411718--77411764	24	2.0	24	84	12	62	70	0	17	12	1.17
77412508--77412532	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
77413082--77413262	27	6.6	27	80	9	170	27	15	28	29	1.96
77413084--77413241	84	1.9	83	86	3	228	27	15	28	28	1.96
77413167--77413273	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
77415213--77415474	47	5.6	47	94	0	425	28	30	8	33	1.86
77415263--77415341	25	3.3	25	63	22	69	30	29	5	35	1.79
77424811--77424957	64	2.2	66	81	8	163	32	16	29	21	1.95
77424835--77425018	67	2.8	64	77	8	194	28	16	30	23	1.96
77429911--77430086	67	2.6	66	81	7	178	31	15	30	22	1.95
77429935--77430119	67	2.9	64	77	8	196	29	15	30	24	1.96
77440401--77440592	40	4.8	40	88	3	280	23	21	28	26	1.99
77445497--77445648	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
77445497--77445673	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
77453627--77453778	27	5.6	27	89	3	214	30	27	13	28	1.94
77453627--77453803	55	3.2	55	86	2	221	31	28	12	27	1.93
77459944--77460093	40	3.8	40	89	1	221	23	22	30	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77461634--77461690	27	2.0	27	83	6	69	43	12	8	35	1.73
77461968--77462033	28	2.5	27	85	7	82	60	6	1	31	1.30
77461968--77462033	26	2.5	26	87	7	89	60	6	1	31	1.30
77464111--77464254	75	1.9	75	91	2	236	36	24	16	22	1.94
77464258--77464291	14	2.4	14	90	0	50	58	2	17	20	1.51
77464278--77464413	70	1.9	70	85	2	184	34	22	19	23	1.97
77464351--77464595	89	2.7	90	82	7	311	34	20	17	26	1.95
77464660--77464703	14	3.2	14	87	3	54	61	6	13	18	1.54
77464656--77464703	13	3.6	13	83	5	69	56	6	14	22	1.61
77464920--77464953	14	2.4	14	95	0	59	58	5	17	17	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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