genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80359776--80359887	39	2.8	39	84	1	143	22	25	29	23	1.99
80363320--80363462	38	3.8	38	86	1	198	20	16	24	38	1.93
80363320--80363484	38	4.4	37	79	9	154	19	16	23	40	1.91
80366082--80366149	30	2.3	30	97	0	127	36	19	11	32	1.88
80378370--80378621	40	6.6	39	79	13	212	24	27	22	25	2.00
80378449--80378551	31	3.0	32	79	20	136	25	26	23	25	2.00
80378409--80378551	70	2.0	72	93	2	245	25	26	22	25	2.00
80378481--80378571	39	2.4	39	98	1	175	24	28	21	25	1.99
80386355--80386617	39	6.7	40	87	5	324	25	27	21	25	1.99
80391998--80392088	46	2.0	46	86	0	128	27	31	6	34	1.83
80392105--80392180	22	3.3	22	66	28	59	23	27	13	35	1.92
80392246--80392321	22	3.3	22	67	22	66	26	30	11	31	1.92
80392102--80392691	47	12.6	47	91	0	874	25	27	11	34	1.91
80398422--80398470	24	2.0	24	96	0	89	44	22	16	16	1.86
80404680--80404864	45	4.0	46	83	8	200	27	16	29	26	1.97
80404680--80404868	48	4.0	46	84	5	204	26	16	29	26	1.97
80407842--80408075	39	6.0	39	77	1	182	34	30	16	18	1.94
80407898--80408075	79	2.3	78	83	1	212	32	32	17	17	1.94
80408163--80408234	36	2.0	36	94	0	126	41	19	11	27	1.85
80411480--80411596	42	2.7	42	80	6	128	31	27	17	23	1.97
80415645--80415702	22	2.7	22	75	15	59	37	0	22	39	1.54
80424784--80425152	48	7.8	47	74	10	186	26	17	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80424928--80425154	96	2.3	96	82	7	264	26	18	29	25	1.98
80424979--80425154	47	3.6	48	79	7	169	26	18	29	25	1.98
80434686--80434910	40	5.7	40	85	5	269	25	28	21	24	1.99
80434688--80434910	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	24	1.99
80436041--80436160	56	2.1	56	98	0	231	23	23	9	44	1.82
80437298--80437369	11	6.7	11	77	4	76	36	13	18	31	1.90
80437298--80437369	21	3.4	22	80	5	76	36	13	18	31	1.90
80437290--80437367	32	2.5	32	81	4	88	37	14	16	32	1.89
80437401--80437473	25	2.9	25	81	0	83	27	20	21	30	1.98
80445217--80445267	25	2.0	25	84	0	66	35	19	21	23	1.96
80445297--80445363	10	6.6	10	77	6	64	34	11	19	34	1.88
80445297--80445363	21	3.3	21	83	4	75	34	11	19	34	1.88
80448297--80448322	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
80449700--80449849	40	3.8	40	95	0	264	22	20	27	29	1.99
80456348--80456373	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
80457758--80457992	40	5.9	40	91	5	370	23	21	26	28	1.99
80457758--80457992	119	2.0	120	92	4	395	23	21	26	28	1.99
80460718--80460892	49	3.5	49	82	3	233	29	26	17	26	1.98
80460710--80460897	100	1.9	100	94	0	331	29	25	19	26	1.98
80465152--80465203	25	2.1	25	96	0	95	32	3	21	42	1.71
80467292--80467335	13	3.3	13	81	12	54	15	13	15	54	1.71
80468933--80468987	27	2.0	27	82	6	67	18	21	23	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80468981--80469038	23	2.5	23	91	0	89	22	20	17	39	1.92
80480742--80480779	9	4.1	9	86	6	58	5	10	0	84	0.77
80480739--80480781	10	4.3	10	79	8	52	4	13	0	81	0.84
80482390--80482520	48	2.7	48	84	0	163	25	19	24	30	1.98
80487604--80487669	34	1.9	34	87	0	96	28	30	9	31	1.88
80497808--80497837	15	2.0	15	93	0	51	26	40	3	30	1.72
80510194--80510260	31	2.2	31	100	0	134	34	29	11	23	1.91
80512403--80512505	37	2.8	37	95	0	179	23	32	20	24	1.98
80512646--80513054	48	8.5	48	96	0	710	32	27	6	34	1.81
80517355--80517583	40	5.7	40	94	0	395	26	27	20	26	1.99
80519604--80519865	39	6.7	40	87	7	328	24	22	27	24	2.00
80524218--80524478	39	6.7	40	87	8	328	25	22	27	24	2.00
80524218--80524478	77	3.3	79	87	8	333	25	22	27	24	2.00
80528566--80528793	40	5.7	40	88	2	332	26	26	21	25	2.00
80531207--80531428	46	4.7	46	78	13	211	22	28	21	27	1.99
80538595--80538661	33	2.0	33	91	0	107	34	16	23	25	1.95
80540137--80540279	48	3.0	48	88	0	223	20	18	29	31	1.96
80543868--80543929	30	2.1	30	87	0	88	30	24	8	37	1.84
80547611--80547680	25	2.8	25	82	0	86	28	21	22	27	1.99
80548488--80548571	27	3.1	27	91	3	125	20	28	21	29	1.98
80548611--80548969	27	13.3	27	77	6	246	31	8	20	40	1.82
80548721--80548955	81	2.9	80	83	6	296	29	7	21	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80548948--80549185	27	8.8	27	91	0	323	40	8	22	28	1.83
80548946--80549185	81	3.0	81	90	0	372	40	8	22	29	1.83
80552505--80552607	37	2.8	37	92	0	170	25	31	20	23	1.98
80552780--80552896	48	2.4	48	97	0	216	29	28	7	34	1.85
80560563--80560746	40	4.7	40	82	7	207	25	28	21	25	1.99
80560563--80560746	79	2.3	80	82	6	205	25	28	21	25	1.99
80568494--80568678	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
80568475--80568678	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
80570647--80570746	49	2.0	49	92	0	164	31	19	16	34	1.93
80572254--80572429	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
80572251--80572422	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
80577292--80577383	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
80577531--80577600	25	2.8	25	91	4	106	22	24	28	24	1.99
80578403--80578467	27	2.4	27	81	2	76	21	24	16	36	1.94
80578525--80578655	27	4.7	27	74	9	102	32	8	18	40	1.80
80578506--80578681	54	3.2	53	75	10	149	32	9	17	40	1.82
80578583--80578681	27	3.7	27	81	5	94	28	7	21	43	1.78
80578713--80579101	27	14.4	27	87	1	519	40	7	21	30	1.81
80581407--80581573	31	5.4	31	95	0	289	29	27	13	28	1.94
80581597--80581688	42	2.2	42	90	0	139	33	21	14	30	1.93
80581836--80581905	25	2.8	25	86	4	97	24	24	27	24	2.00
80582708--80582771	27	2.4	27	81	5	76	21	25	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80582829--80582959	27	4.7	27	74	12	104	32	8	19	40	1.81
80582810--80582985	54	3.2	53	75	10	158	31	9	18	40	1.83
80582887--80582985	27	3.7	27	81	5	94	28	7	21	43	1.78
80583017--80583432	27	15.4	27	89	1	582	40	7	22	30	1.81
80595074--80595111	19	2.0	20	89	5	60	42	26	10	21	1.85
80603862--80604132	48	5.8	48	78	7	220	26	30	19	24	1.98
80603862--80604075	92	2.3	94	82	4	254	24	30	19	24	1.98
80614942--80615001	26	2.3	26	75	8	61	51	25	11	11	1.72
80616529--80616655	50	2.6	50	86	5	161	27	27	16	28	1.97
80616566--80616709	50	2.9	51	82	10	165	24	27	17	30	1.97
80618755--80619017	120	2.2	119	82	4	316	26	28	20	24	1.99
80618755--80618964	40	5.3	40	92	0	314	26	29	20	23	1.99
80618758--80619017	80	3.3	80	86	3	267	25	28	21	24	1.99
80618949--80619026	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
80626688--80626950	120	2.2	119	82	4	316	26	28	20	24	1.99
80626688--80626897	40	5.3	40	92	0	314	26	29	20	23	1.99
80626691--80626950	80	3.3	80	86	3	267	25	28	21	24	1.99
80626882--80626959	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
80630520--80630603	40	2.1	39	84	2	105	29	29	15	25	1.96
80630816--80630854	11	3.5	11	80	13	53	30	10	0	58	1.31
80630815--80630859	22	2.0	22	100	0	90	33	8	0	57	1.30
80630813--80630875	22	2.6	24	82	17	85	30	12	0	57	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80632110--80632376	48	5.7	46	77	8	218	26	29	17	25	1.98
80632203--80632319	47	2.5	47	89	5	168	28	29	15	26	1.96
80633464--80633570	54	2.0	54	98	0	205	26	19	13	41	1.88
80635123--80635184	30	2.1	29	96	3	115	27	4	30	37	1.78
80651360--80651433	35	2.1	35	100	0	148	33	2	21	41	1.67
80654296--80654362	27	2.4	28	83	11	77	64	0	1	34	1.03
80654907--80654944	14	2.7	14	95	0	67	39	7	18	34	1.80
80655490--80655531	15	2.9	15	79	6	52	42	0	2	54	1.13
80655535--80655594	22	2.8	22	82	5	61	50	1	0	48	1.11
80655498--80655580	31	2.5	32	75	13	80	50	1	1	46	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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