genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33196148--33196368	49	4.6	47	74	13	182	28	19	27	25	1.98
33196148--33196416	49	5.6	48	75	10	178	28	18	27	26	1.98
33196148--33196368	98	2.3	95	83	7	261	28	19	27	25	1.98
33196506--33196659	76	2.0	76	94	0	272	27	9	25	37	1.86
33208259--33208288	13	2.3	13	100	0	60	63	6	6	23	1.43
33215348--33215520	43	4.0	44	76	12	180	22	17	27	32	1.97
33220357--33220416	27	2.3	26	85	8	77	38	18	20	23	1.93
33221158--33221357	27	7.4	27	86	2	240	27	20	17	35	1.95
33221158--33221357	54	3.7	54	86	0	265	27	20	17	35	1.95
33221176--33221357	81	2.2	81	88	1	267	26	19	18	35	1.95
33224336--33224360	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
33229897--33229963	18	3.6	17	80	15	62	55	1	4	38	1.29
33233682--33233857	46	3.8	46	77	10	196	29	27	20	22	1.99
33247040--33247222	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	24	2.00
33247019--33247222	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
33255024--33255207	40	4.6	40	78	10	180	27	27	21	23	1.99
33255052--33255206	79	2.0	80	80	6	181	27	27	20	24	1.99
33259343--33259525	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
33259344--33259527	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
33259396--33259550	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
33265318--33265500	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
33265319--33265502	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33265371--33265525	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
33269369--33269430	26	2.3	26	80	2	70	37	29	4	29	1.78
33269537--33269629	27	3.4	28	89	2	145	19	25	21	33	1.97
33269537--33269641	27	3.9	27	88	2	140	21	25	19	33	1.97
33269537--33269641	55	1.9	54	86	5	149	21	25	19	33	1.97
33275381--33275467	27	3.2	27	85	3	113	18	22	19	39	1.93
33294861--33294900	16	2.7	14	84	7	53	52	0	2	45	1.14
33296802--33296927	42	2.9	43	80	4	130	23	16	26	34	1.95
33300957--33300981	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
33301889--33302009	21	5.9	22	70	12	69	16	20	16	46	1.84
33306294--33306347	22	2.5	22	87	0	72	46	27	14	11	1.79
33307091--33307439	27	13.0	27	77	8	228	31	9	18	39	1.83
33307099--33307404	107	2.8	107	77	6	269	31	8	19	40	1.82
33307091--33307439	80	4.3	80	74	9	221	31	9	18	39	1.83
33307428--33307503	27	2.8	27	83	0	89	30	22	15	31	1.95
33309475--33309509	12	3.0	12	87	8	54	31	0	40	28	1.57
33316312--33316412	40	2.5	39	84	4	123	25	23	25	24	2.00
33316266--33316412	39	3.7	40	80	4	129	25	24	27	23	2.00
33324328--33324543	40	5.6	40	91	5	329	24	24	28	23	2.00
33324328--33324543	79	2.8	80	90	4	329	24	24	28	23	2.00
33324493--33324612	65	1.9	60	86	11	170	25	23	27	23	2.00
33327746--33327788	2	21.5	2	95	0	77	53	0	46	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33330024--33330607	27	21.6	27	82	3	288	35	21	8	34	1.84
33329998--33330194	81	2.4	81	80	5	195	39	22	9	28	1.86
33330171--33330432	81	3.2	81	85	2	323	30	19	7	42	1.79
33330179--33330462	81	3.5	80	84	4	320	30	19	7	41	1.79
33330481--33330648	81	2.1	81	86	4	232	38	19	11	30	1.87
33330651--33330867	27	8.0	27	88	0	272	35	18	20	24	1.95
33331517--33331590	27	2.8	27	87	2	96	18	22	21	36	1.95
33331728--33331794	31	2.1	32	94	2	118	19	16	13	50	1.77
33331740--33331830	31	3.0	31	85	4	105	21	16	10	50	1.76
33336356--33336440	44	1.9	44	100	0	170	32	16	24	25	1.96
33337755--33338118	144	2.5	143	83	4	412	26	18	28	25	1.98
33337740--33338074	96	3.5	95	84	1	402	26	18	29	25	1.98
33337741--33338118	48	7.9	48	78	5	343	26	18	29	25	1.98
33342101--33342192	42	2.2	42	100	0	184	33	20	14	31	1.92
33342338--33342407	25	2.8	25	93	0	113	24	22	27	25	2.00
33343217--33343283	27	2.5	26	79	11	73	23	22	17	35	1.95
33343339--33343488	27	5.4	27	79	6	156	32	7	16	44	1.74
33343339--33343476	29	4.9	29	80	5	158	33	7	14	44	1.74
33343339--33343477	56	2.5	56	93	0	233	33	7	14	44	1.74
33343454--33343577	27	4.6	27	82	6	135	28	7	21	42	1.79
33343339--33343498	56	2.9	55	88	3	212	31	6	16	45	1.73
33343609--33343792	54	3.4	53	86	3	251	41	10	21	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33343609--33343792	81	2.3	81	84	3	253	41	10	21	27	1.85
33343609--33343792	27	6.8	27	88	2	228	41	10	21	27	1.85
33343653--33343808	54	2.9	54	85	1	161	41	10	19	28	1.85
33351551--33351669	55	2.2	55	84	3	150	12	26	31	28	1.93
33363093--33363256	9	16.8	9	67	20	73	60	5	1	31	1.30
33363926--33364108	9	19.4	9	69	18	65	34	1	4	59	1.26
33363927--33363981	19	3.0	17	80	17	65	34	0	3	61	1.13
33363927--33363997	29	2.4	29	80	11	74	38	0	2	59	1.12
33363962--33364003	10	4.3	10	87	6	59	52	0	0	47	1.00
33364644--33364701	31	1.9	30	82	10	73	27	17	12	43	1.84
33367082--33367122	11	3.9	11	76	23	52	56	7	0	36	1.27
33367090--33367137	20	2.5	20	93	3	80	54	8	0	37	1.31
33367090--33367149	19	3.1	19	88	7	77	51	6	1	40	1.38
33369112--33369184	27	2.9	24	80	11	92	12	24	23	39	1.89
33369345--33369407	24	2.7	24	85	2	83	17	22	22	38	1.93
33370833--33370967	23	5.7	23	73	10	96	32	17	22	27	1.96
33377368--33377439	37	1.9	37	94	0	126	31	13	15	38	1.87
33382248--33382308	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
33389570--33390008	39	11.5	39	87	5	648	28	27	22	21	1.99
33389650--33389995	145	2.3	144	87	7	478	28	28	22	21	1.99
33389611--33389979	184	2.0	184	93	0	630	28	28	22	20	1.98
33389571--33390009	223	2.0	224	92	0	736	28	27	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33406692--33406736	22	2.0	22	83	8	56	75	6	2	15	1.11
33410151--33410176	12	2.2	12	100	0	52	42	15	0	42	1.47
33410894--33411050	43	3.6	42	77	13	158	28	24	17	29	1.97
33410894--33411067	86	2.0	86	85	8	239	29	22	16	30	1.96
33410897--33411117	86	2.6	87	81	5	234	30	23	16	29	1.96
33421348--33421555	43	4.9	42	84	7	251	30	26	15	26	1.96
33421327--33421559	86	2.7	86	81	10	280	30	27	15	26	1.95
33428827--33429049	43	5.2	43	85	4	297	29	26	17	26	1.98
33431028--33431066	19	2.1	19	90	0	60	64	0	7	28	1.21
33447654--33447811	43	3.7	42	77	5	149	27	17	24	31	1.97
33450131--33450207	37	2.1	37	85	2	102	27	31	16	24	1.97
33450325--33450737	47	8.7	47	95	2	697	29	28	8	32	1.87
33454628--33455011	40	9.8	40	93	2	645	26	27	21	24	1.99
33454628--33455011	119	3.2	118	93	3	639	26	27	21	24	1.99
33456220--33456297	37	2.1	37	87	0	111	26	32	16	24	1.96
33456415--33456779	47	7.7	47	95	2	617	29	29	8	33	1.87
33456415--33456758	189	1.8	190	96	0	636	29	28	8	33	1.87
33463617--33463840	40	5.7	40	85	6	287	24	22	28	25	2.00
33463617--33463840	79	2.8	80	84	6	287	24	22	28	25	2.00
33463656--33463873	79	2.8	79	81	9	225	26	21	27	24	1.99
33471646--33471869	40	5.7	40	85	6	287	24	22	27	25	2.00
33471646--33471869	79	2.8	80	85	6	287	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33471653--33471902	79	3.2	79	82	7	233	26	21	27	25	1.99
33476367--33476902	268	2.0	268	95	0	964	28	16	27	26	1.97
33481186--33481345	86	1.9	85	81	3	196	25	18	25	31	1.97
33481186--33481347	43	3.8	43	78	6	166	24	17	25	32	1.97
33483202--33483358	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
33483202--33483358	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
33490308--33490464	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
33490308--33490464	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
33495170--33495458	141	2.0	142	93	0	490	26	23	14	35	1.94
33512230--33512332	46	2.2	48	84	3	138	34	14	25	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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