genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19068397--19068885	205	2.4	205	90	0	764	30	18	21	29	1.97
19068897--19069655	44	17.2	44	75	8	634	31	17	24	26	1.97
19068910--19069633	132	5.5	132	92	0	1144	30	18	24	26	1.98
19069919--19070070	13	12.6	13	71	25	113	37	49	0	13	1.42
19069919--19070013	22	4.1	22	88	10	145	37	48	0	13	1.43
19069937--19070070	35	4.0	35	73	16	120	38	49	0	12	1.41
19069992--19070029	17	2.2	17	100	0	76	39	55	0	5	1.23
19069919--19070070	22	6.3	25	78	18	114	37	49	0	13	1.42
19071212--19071244	13	2.4	14	85	10	50	78	0	3	18	0.87
19071266--19071324	9	6.1	9	77	14	64	35	49	0	15	1.45
19071257--19071359	22	4.9	22	73	17	85	35	48	0	15	1.45
19071257--19071377	31	3.8	31	86	7	163	36	48	0	14	1.44
19071315--19071371	13	4.8	12	74	22	57	38	49	0	12	1.41
19071767--19071839	3	24.3	3	72	25	50	30	2	1	65	1.15
19071767--19071843	15	5.1	15	80	14	79	31	2	1	64	1.15
19073198--19073267	35	2.0	35	91	0	113	25	17	8	48	1.75
19074099--19074131	10	3.4	10	87	4	50	48	0	0	51	1.00
19075321--19075367	20	2.3	20	100	0	94	27	0	17	55	1.42
19075755--19075867	45	2.5	45	91	0	181	20	18	19	41	1.90
19075845--19075888	6	7.2	6	84	5	61	18	20	15	45	1.85
19077945--19077977	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
19079046--19079138	28	3.3	28	93	0	159	35	26	6	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19084091--19084353	131	2.0	131	98	0	508	40	17	7	34	1.78
19086718--19086761	23	1.9	24	86	9	65	56	2	4	36	1.32
19087032--19087144	60	1.9	60	83	3	147	25	16	9	47	1.77
19101357--19101393	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
19102735--19102771	18	2.1	18	89	0	56	21	8	18	51	1.72
19105809--19105844	14	2.5	14	90	4	54	30	5	8	55	1.52
19106728--19106770	21	2.0	21	86	0	59	30	44	18	6	1.76
19113103--19113353	126	2.0	126	88	0	367	29	15	16	39	1.89
19113424--19113509	34	2.8	29	75	17	82	41	18	1	38	1.58
19113430--19113505	34	2.2	35	86	9	104	40	17	1	40	1.57
19113536--19113572	17	2.1	18	90	5	58	43	13	0	43	1.44
19113544--19113585	22	1.9	22	95	0	75	42	11	0	45	1.41
19113641--19113718	41	1.9	41	91	0	129	42	17	0	39	1.50
19113684--19113754	34	2.1	34	81	5	81	46	16	0	36	1.48
19118834--19118937	55	1.9	55	88	7	158	46	2	0	50	1.23
19124536--19124583	15	3.3	15	76	2	53	45	0	8	45	1.33
19125126--19125211	44	2.0	44	97	0	163	34	2	17	45	1.61
19134930--19135141	46	4.5	47	78	10	186	27	17	30	24	1.97
19135019--19135243	96	2.4	93	83	10	262	25	20	31	23	1.98
19134930--19135243	47	6.6	49	76	10	248	26	18	30	23	1.98
19141726--19141952	43	5.2	43	87	1	310	24	19	30	25	1.98
19142024--19142082	31	1.9	31	85	0	82	55	20	5	18	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19142785--19142813	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
19147843--19147939	9	11.0	9	73	10	67	36	1	16	46	1.54
19148355--19148381	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
19148354--19148393	14	2.8	14	84	3	53	72	0	0	27	0.85
19148273--19148485	110	1.9	110	93	0	363	55	3	5	35	1.40
19148381--19148521	42	3.2	41	67	20	104	51	3	5	39	1.43
19148265--19149056	105	7.7	102	84	12	969	55	4	5	34	1.41
19148555--19148581	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
19148554--19148593	14	2.8	14	84	3	53	72	0	0	27	0.85
19148197--19149056	201	4.2	203	91	5	1335	55	3	5	35	1.41
19148474--19149056	104	5.6	105	89	7	866	56	4	5	34	1.41
19151907--19151957	19	2.4	21	81	15	61	66	5	3	23	1.30
19169696--19169749	16	3.8	16	70	27	57	48	3	9	38	1.53
19169865--19169931	7	9.0	7	73	12	53	43	35	0	20	1.53
19169865--19170019	15	9.9	15	69	14	64	38	38	1	21	1.62
19169866--19169932	22	3.0	22	84	2	80	43	34	0	22	1.54
19169940--19169991	7	7.1	7	76	6	50	28	44	1	25	1.65
19169940--19169998	22	2.7	22	74	10	57	30	44	1	23	1.64
19169946--19170006	29	2.1	29	84	0	77	32	44	1	21	1.62
19170031--19170215	7	25.1	7	70	12	86	47	28	0	23	1.56
19170414--19170440	14	1.9	14	100	0	54	18	0	29	51	1.46
19171112--19171409	154	1.9	155	80	4	352	31	23	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19171456--19171483	12	2.3	12	100	0	56	46	32	14	7	1.71
19173993--19174266	46	5.8	46	69	13	171	22	18	27	30	1.98
19174053--19174208	47	3.3	47	72	15	160	22	16	30	30	1.96
19173989--19174259	93	2.9	93	86	2	362	23	19	28	29	1.98
19177234--19177287	15	3.7	15	76	11	58	12	12	14	59	1.62
19178510--19178537	11	2.5	11	100	0	56	53	7	7	32	1.55
19179977--19180148	46	3.6	46	75	14	195	20	19	29	29	1.97
19180037--19180197	47	3.4	47	74	14	179	22	18	29	29	1.97
19179973--19180204	93	2.4	94	91	3	367	21	19	29	29	1.98
19185755--19185810	29	1.9	29	96	0	103	26	3	28	41	1.72
19185781--19185823	21	2.0	21	95	0	77	32	4	25	37	1.77
19195544--19195629	43	2.0	43	93	4	147	52	0	25	22	1.47
19198897--19198943	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
19199204--19199420	46	4.7	46	90	1	301	21	24	15	38	1.92
19199204--19199507	92	3.5	92	82	11	327	22	24	15	37	1.93
19199383--19199496	38	3.0	38	97	0	219	23	25	18	32	1.97
19201616--19201663	11	4.2	11	74	10	51	62	0	2	35	1.07
19201610--19201665	24	2.3	24	84	3	67	58	1	1	37	1.19
19202299--19202326	13	2.2	13	100	0	56	46	17	14	21	1.84
19204823--19204886	32	2.0	32	93	6	112	31	15	15	37	1.89
19207759--19207826	16	4.2	16	90	7	102	27	0	33	38	1.57
19207759--19207826	32	2.1	32	94	0	118	27	0	33	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19207956--19208265	157	2.0	157	94	0	539	44	3	4	47	1.41
19208019--19208268	76	3.1	81	63	24	186	46	4	3	45	1.39
19208002--19208323	157	2.0	155	81	5	349	46	4	4	44	1.44
19211453--19211487	16	2.2	16	89	0	52	42	2	2	51	1.31
19219057--19219111	27	2.1	26	83	10	67	32	1	0	65	1.03
19228506--19228530	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
19246076--19246142	33	2.0	33	100	0	134	23	14	8	52	1.70
19250717--19250761	21	2.2	20	92	4	72	26	17	26	28	1.98
19252016--19252049	3	11.3	3	87	0	50	2	32	0	64	1.08
19252105--19252145	21	2.0	21	95	0	73	29	29	17	24	1.97
19263589--19263831	86	2.8	85	82	3	317	36	23	9	31	1.86
19264035--19264082	20	2.4	20	86	6	62	54	2	2	41	1.24
19264095--19264187	19	4.8	19	73	11	82	64	2	3	30	1.21
19264108--19264188	9	8.6	9	74	14	65	65	2	2	29	1.18
19264092--19264169	38	2.0	39	87	2	113	60	2	2	34	1.24
19264493--19264549	21	2.8	20	79	17	55	35	1	1	61	1.17
19264514--19264564	19	2.7	18	77	14	50	27	3	1	66	1.20
19269283--19269524	26	9.3	26	81	0	232	20	12	27	39	1.89
19279705--19279875	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
19279700--19279872	46	3.7	46	77	13	201	28	27	21	22	1.99
19281622--19281673	19	2.7	19	85	5	61	61	1	0	36	1.07
19281641--19281686	18	2.5	19	85	3	58	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19281659--19281763	45	2.3	45	82	11	117	65	1	0	31	1.10
19281712--19281759	23	2.0	24	88	4	71	58	2	0	39	1.10
19281709--19281769	23	2.8	21	73	11	59	60	1	0	37	1.07
19281765--19281813	25	2.0	24	88	4	71	53	2	2	42	1.24
19284336--19284383	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
19284622--19284647	13	2.0	13	100	0	52	30	30	23	15	1.95
19284825--19285136	72	4.3	71	86	4	430	23	6	16	53	1.65
19287301--19287546	49	4.9	50	84	2	316	26	18	26	28	1.98
19287406--19287489	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
19287304--19287533	100	2.3	98	87	2	316	26	18	26	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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