genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  227  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74494294--74494405	6	18.3	6	68	17	70	46	14	19	19	1.84
74494315--74494396	43	1.9	43	83	14	107	43	14	21	19	1.87
74495020--74495109	27	3.3	27	81	9	103	22	21	20	36	1.95
74499954--74500176	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
74500108--74500185	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
74510103--74510163	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
74514532--74514592	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
74516824--74516929	27	3.9	28	85	4	137	21	23	19	34	1.96
74516823--74516929	55	2.0	54	85	5	144	21	23	19	35	1.96
74518589--74518630	22	2.0	22	85	4	59	11	33	35	19	1.88
74522055--74522093	20	2.0	20	85	10	53	38	2	7	51	1.44
74531095--74531333	40	5.9	40	90	1	343	25	28	21	24	1.99
74531095--74531330	122	1.9	122	88	0	355	24	28	22	25	1.99
74536561--74536626	15	4.4	15	82	0	60	59	9	18	13	1.60
74547871--74547931	27	2.2	28	82	2	70	44	22	6	26	1.77
74547879--74547937	28	2.1	27	90	3	91	42	23	6	27	1.79
74548045--74548159	27	4.3	26	87	6	149	19	22	21	36	1.95
74552129--74552192	28	2.3	27	81	7	76	34	23	7	34	1.84
74552296--74552410	27	4.3	26	88	7	149	18	23	22	35	1.95
74565543--74565758	40	5.5	40	86	6	273	24	24	28	23	2.00
74575657--74576063	47	8.7	46	75	12	314	24	28	19	28	1.99
74575756--74576065	91	3.4	91	88	6	439	24	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74580282--74580491	104	2.0	104	97	0	393	31	21	18	28	1.97
74593440--74593594	38	4.0	39	85	3	138	26	30	20	22	1.98
74593472--74593594	38	3.3	38	88	5	178	26	30	18	24	1.98
74601205--74601333	38	3.4	38	89	1	186	23	27	22	26	1.99
74603787--74603977	40	4.8	40	87	2	242	23	24	28	23	1.99
74611863--74612051	40	4.8	40	88	4	251	23	24	29	23	1.99
74613804--74613858	26	2.1	26	100	0	110	29	30	7	32	1.84
74616284--74616316	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
74620464--74620647	40	4.6	40	81	10	216	25	28	22	23	2.00
74620466--74620647	79	2.3	80	83	7	228	24	28	23	24	2.00
74625063--74625152	5	16.8	5	74	19	67	18	7	1	72	1.15
74625064--74625136	32	2.3	32	83	9	87	17	6	1	73	1.11
74625114--74625149	18	2.1	18	89	5	56	16	11	2	69	1.29
74625114--74625152	17	2.3	17	86	8	53	17	10	2	69	1.28
74628055--74628087	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
74630262--74630382	55	2.2	56	82	5	149	26	33	20	19	1.96
74631136--74631413	47	5.9	46	73	13	183	25	28	17	28	1.98
74633651--74633742	34	2.6	35	84	8	100	21	28	22	27	1.99
74633667--74633748	34	2.4	34	84	9	123	25	24	21	28	1.99
74647071--74647115	23	2.0	23	82	8	56	31	11	20	37	1.87
74650461--74650498	18	2.1	19	85	5	51	36	7	5	50	1.54
74659252--74659349	27	3.5	28	87	5	119	24	13	28	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74659280--74659362	27	3.0	27	84	5	87	28	12	25	33	1.92
74660856--74661027	46	3.7	45	78	11	188	29	27	20	22	1.98
74660861--74661031	93	1.8	93	92	0	288	29	28	20	21	1.98
74667735--74667793	30	1.9	31	82	3	75	38	3	22	35	1.71
74668212--74668386	46	3.8	44	74	13	165	21	20	28	30	1.98
74668209--74668379	93	1.8	93	88	0	261	21	20	28	29	1.98
74677754--74677842	34	2.6	34	91	3	144	40	14	17	26	1.89
74679003--74679161	27	5.9	27	82	11	184	34	22	24	18	1.96
74679021--74679161	54	2.6	54	93	2	239	34	23	24	17	1.96
74680710--74680817	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
74688669--74688722	27	2.0	27	96	0	99	37	12	3	46	1.60
74690329--74690431	42	2.4	41	80	7	109	24	19	27	29	1.98
74690316--74690462	43	3.5	41	78	8	143	25	18	26	29	1.98
74693220--74693319	34	3.0	34	73	16	84	30	22	20	28	1.98
74694695--74694727	17	1.9	17	88	11	50	60	24	9	6	1.49
74703222--74703393	56	3.1	56	89	0	256	34	22	12	29	1.91
74716392--74716576	40	4.6	39	81	5	185	24	22	28	24	2.00
74716392--74716548	79	2.0	80	83	6	203	24	22	28	24	2.00
74716445--74716609	79	2.1	79	80	6	183	26	21	27	24	1.99
74723654--74723693	15	2.5	17	76	19	50	42	2	17	37	1.63
74724025--74724133	43	2.6	42	80	10	116	30	17	20	32	1.95
74728343--74728377	18	1.9	18	94	0	61	28	11	20	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74732936--74732980	19	2.4	19	88	7	65	28	8	26	35	1.87
74735071--74735200	27	4.9	27	83	0	154	30	22	7	39	1.82
74735075--74735226	54	2.8	54	83	0	178	32	21	7	38	1.82
74735177--74735423	27	9.2	27	76	9	177	40	21	8	29	1.82
74735191--74735422	54	4.3	53	80	5	200	41	21	8	28	1.82
74735242--74735394	81	1.9	80	83	4	200	41	20	9	28	1.84
74735244--74735423	81	2.2	80	80	7	195	41	20	8	28	1.82
74735186--74735485	27	11.1	27	77	9	166	40	19	9	30	1.83
74735538--74735598	27	2.3	27	80	5	70	34	19	26	19	1.96
74736411--74736504	25	3.8	25	91	1	145	26	27	22	23	1.99
74736723--74736863	31	4.5	31	94	0	246	27	17	27	26	1.98
74736724--74736924	93	2.2	93	81	8	223	28	19	26	25	1.99
74740088--74740188	40	2.5	40	85	3	132	22	17	22	36	1.95
74744859--74744926	29	2.3	29	80	5	75	29	29	11	29	1.92
74744748--74745073	174	1.9	174	95	0	589	31	24	13	30	1.94
74745028--74745106	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
74753005--74753070	29	2.3	29	89	5	98	28	28	12	30	1.93
74752892--74753221	174	1.9	174	92	0	561	31	24	14	29	1.94
74759426--74759678	68	3.9	64	76	10	210	30	16	28	24	1.97
74759495--74759678	67	2.8	64	77	8	203	29	17	30	22	1.97
74773411--74773497	43	2.1	41	89	4	129	22	19	27	29	1.98
74773415--74773524	43	2.6	43	81	7	120	25	18	30	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74773461--74773606	40	3.6	40	67	16	93	26	18	27	28	1.98
74774571--74774689	27	4.4	27	82	0	139	36	17	21	25	1.95
74774582--74774685	54	1.9	54	88	1	156	36	18	22	23	1.95
74775340--74775391	27	2.0	26	84	3	68	21	26	17	34	1.95
74778969--74779032	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
74779247--74779365	23	5.1	23	95	1	211	30	21	21	26	1.98
74779416--74779482	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
74779519--74779566	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74787082--74787144	30	2.1	31	90	3	101	25	23	15	34	1.95
74787359--74787429	23	3.1	23	93	2	126	29	22	19	28	1.98
74787478--74787544	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
74787478--74787533	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
74791984--74792012	14	2.0	15	93	6	51	51	27	0	20	1.47
74795281--74795337	20	2.8	20	94	0	96	35	14	19	31	1.91
74795390--74795460	23	3.0	24	87	10	101	29	21	22	26	1.99
74795654--74795714	31	2.0	31	93	0	104	32	16	26	24	1.96
74800887--74801035	35	4.2	35	84	4	192	29	6	20	43	1.77
74800880--74801037	71	2.2	71	84	7	214	29	7	19	43	1.78
74803316--74803421	45	2.3	45	85	9	135	21	22	26	29	1.99
74810902--74810996	41	2.4	41	92	3	158	53	2	5	38	1.35
74812112--74812260	35	4.2	35	86	0	199	28	8	20	42	1.81
74812102--74812261	71	2.3	70	81	9	209	29	8	20	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74812239--74812336	50	2.0	50	83	4	126	31	8	19	40	1.81
74827793--74827966	46	3.8	46	78	13	203	22	21	27	29	1.99
74827790--74827960	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
74830745--74830831	40	2.1	41	83	6	115	28	17	21	32	1.96
74850810--74850863	27	2.0	27	82	7	65	40	11	12	35	1.79
74851085--74851317	49	4.7	50	81	2	290	26	18	26	29	1.98
74863671--74863701	16	1.9	16	100	0	62	38	25	9	25	1.86
74865124--74865327	40	5.1	40	79	8	211	25	27	21	25	1.99
74878687--74879012	158	2.0	160	93	1	557	33	9	14	42	1.77
74881235--74881300	34	1.9	34	96	0	123	37	12	9	40	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349