genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67763043--67763205	40	4.1	40	92	1	265	22	23	28	25	1.99
67771053--67771227	40	4.4	40	89	2	255	24	22	27	25	2.00
67772985--67773246	40	6.6	40	87	3	316	24	20	27	26	1.99
67772986--67773281	80	3.7	79	82	5	262	25	20	28	25	1.99
67780920--67781181	40	6.6	40	87	3	316	24	20	27	26	1.99
67780921--67781216	80	3.7	79	82	5	262	25	20	28	25	1.99
67784294--67784326	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
67785461--67785580	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
67786708--67786930	78	2.8	78	85	6	288	24	21	27	25	1.99
67786708--67786930	40	5.7	40	86	6	287	24	21	27	25	1.99
67786708--67786928	118	1.9	118	83	5	295	24	22	27	25	2.00
67786708--67786963	40	6.5	40	81	8	231	25	21	27	25	1.99
67790339--67790418	6	14.8	5	71	23	56	73	2	5	18	1.13
67794142--67794288	48	3.1	48	87	0	222	36	5	25	31	1.79
67794240--67794323	35	2.4	35	89	0	123	41	8	22	27	1.82
67794195--67794371	83	2.1	83	89	0	264	38	6	24	29	1.81
67794278--67795234	48	19.9	48	91	0	1473	36	6	25	31	1.82
67795375--67795477	37	2.8	38	94	2	174	24	18	32	25	1.97
67796682--67797047	40	9.1	40	90	0	525	25	21	27	25	2.00
67796816--67796882	23	3.2	23	60	24	56	25	23	26	23	2.00
67796687--67797033	120	2.9	120	94	0	586	25	22	27	24	2.00
67800712--67801581	48	18.0	48	89	0	1308	35	6	26	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67801722--67801824	37	2.8	37	93	0	179	23	19	31	26	1.98
67805287--67805457	93	1.8	93	89	0	270	21	19	28	30	1.97
67805291--67805508	46	4.7	46	79	9	237	21	20	28	29	1.98
67819020--67819101	42	2.0	42	87	0	119	50	13	2	34	1.55
67823917--67824047	41	3.1	41	66	12	113	25	25	19	29	1.99
67823869--67824103	84	2.8	84	92	0	389	25	26	18	28	1.98
67823934--67824063	42	3.1	42	68	12	131	29	23	16	31	1.96
67827483--67827660	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
67827504--67827659	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
67834693--67834869	27	6.6	27	83	5	196	29	27	15	27	1.96
67834714--67834868	81	1.9	81	86	5	224	29	27	15	27	1.96
67836799--67837019	119	1.9	119	83	7	297	25	21	27	25	2.00
67836803--67837009	40	5.2	40	90	4	287	24	21	27	26	1.99
67842524--67843224	353	2.0	353	99	0	1393	30	17	25	27	1.97
67845059--67845246	40	4.7	40	85	3	254	24	20	27	28	1.99
67845059--67845269	80	2.7	80	78	8	254	25	20	26	27	1.99
67850080--67850210	41	3.1	41	67	12	122	25	25	19	28	1.99
67850064--67850266	84	2.4	84	93	0	352	25	29	18	26	1.98
67850116--67850253	43	3.3	43	68	15	124	25	27	17	29	1.97
67856147--67856404	131	2.0	131	98	0	498	37	19	6	36	1.78
67868097--67868146	18	2.7	19	75	9	50	36	18	24	22	1.95
67868541--67868713	27	6.6	27	80	7	160	36	14	16	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67868626--67868668	21	2.0	21	95	0	77	32	13	25	27	1.94
67870641--67870674	5	6.6	5	93	6	59	76	2	0	20	0.92
67871500--67871614	44	2.7	43	80	7	119	25	20	26	28	1.99
67879843--67880198	27	13.2	27	89	0	471	41	8	21	28	1.81
67879843--67880198	81	4.4	81	92	0	550	41	8	21	28	1.81
67886260--67886296	18	2.1	18	100	0	74	32	16	21	29	1.95
67891498--67891676	39	4.5	39	90	2	261	18	22	29	30	1.97
67896372--67896567	67	3.0	65	80	9	193	22	27	17	32	1.96
67897269--67897329	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
67907551--67907593	17	2.6	16	85	10	59	62	0	25	11	1.29
67910671--67910731	30	2.0	30	96	0	113	22	6	24	45	1.76
67914419--67914636	110	2.0	110	97	0	409	40	20	11	27	1.86
67918207--67918478	40	6.8	40	92	1	436	23	28	21	26	1.99
67918207--67918486	122	2.3	122	91	1	449	23	28	21	26	1.99
67926594--67926864	40	6.8	40	92	2	445	23	29	21	25	1.99
67926594--67926864	82	3.4	80	93	2	454	23	29	21	25	1.99
67926594--67926872	122	2.3	121	92	2	456	23	28	21	26	1.99
67934434--67934472	19	2.1	19	100	0	78	38	30	15	15	1.88
67936028--67936205	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
67936028--67936205	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
67936049--67936204	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
67954277--67954406	39	3.3	39	83	3	172	31	20	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67954279--67954432	77	2.0	77	84	5	204	30	21	25	22	1.99
67956314--67956482	46	3.7	47	77	16	176	21	20	29	28	1.98
67963370--67963426	30	1.9	30	85	0	78	43	8	21	26	1.81
67974329--67974362	17	2.0	17	88	0	50	35	17	8	38	1.81
67975274--67975340	25	2.8	24	82	11	82	34	22	22	20	1.97
67975269--67975340	24	3.0	24	78	13	85	37	20	20	20	1.95
67976181--67976213	16	1.9	18	88	11	52	33	9	0	57	1.30
67984176--67984212	16	2.3	16	90	0	56	51	13	18	16	1.76
67984422--67984510	29	3.1	29	93	1	144	25	15	31	26	1.96
67992422--67992645	27	8.3	27	81	3	184	40	20	8	30	1.82
67992674--67992725	27	1.9	27	100	0	104	36	19	19	25	1.95
67992674--67992754	27	3.0	27	85	0	99	35	19	19	24	1.95
67993266--67993326	22	2.8	22	78	9	70	19	21	24	34	1.96
67993595--67993735	6	22.8	6	69	16	74	21	21	12	45	1.84
67993598--67993661	25	2.6	25	87	0	92	21	23	12	42	1.87
67993617--67993695	37	2.1	37	85	0	104	24	21	12	41	1.87
67993654--67993723	25	2.8	25	88	0	104	20	21	12	45	1.84
67993595--67993723	62	2.1	62	94	0	222	21	21	12	44	1.85
67995709--67995806	27	3.7	26	87	4	133	42	22	9	25	1.83
67995709--67995887	27	6.7	27	78	7	100	40	21	8	29	1.82
67995926--67996051	27	4.7	27	81	7	148	34	17	19	28	1.95
67995896--67996008	54	2.1	54	80	3	120	33	15	17	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67995926--67996051	54	2.3	54	86	2	164	34	17	19	28	1.95
67996581--67996642	22	2.9	22	79	11	74	19	25	20	33	1.96
67996729--67996807	27	3.0	26	87	5	104	17	24	20	37	1.93
67996924--67997042	6	19.3	6	68	19	59	20	16	13	49	1.79
67996924--67997021	25	3.7	25	74	15	88	20	17	13	48	1.80
67996946--67997021	31	2.5	31	86	4	100	19	17	14	48	1.81
67998346--67998412	27	2.4	27	87	2	80	40	11	17	29	1.86
67998359--67998412	27	2.0	28	92	3	92	40	11	14	33	1.82
68017362--68017398	18	2.1	18	100	0	74	54	10	10	24	1.67
68025044--68025119	40	1.9	40	88	0	116	34	28	14	22	1.93
68030449--68030483	17	2.0	18	94	5	63	40	11	22	25	1.88
68040566--68040596	13	2.5	12	90	10	53	22	9	19	48	1.78
68046662--68046841	48	3.9	48	74	16	175	27	27	18	27	1.98
68046715--68046795	37	2.2	38	88	2	119	29	24	16	29	1.96
68046646--68046834	85	2.2	86	85	1	254	27	28	17	25	1.98
68047938--68048194	125	2.1	125	100	0	514	42	17	4	35	1.70
68050506--68050606	37	2.7	37	84	0	112	28	26	16	27	1.97
68054391--68054435	16	2.7	16	86	6	54	42	31	0	26	1.56
68055495--68055539	22	2.0	22	91	0	72	37	13	11	37	1.80
68058205--68058356	51	3.0	51	85	0	214	34	24	11	29	1.90
68059181--68059391	117	1.8	117	88	2	325	43	26	9	21	1.82
68059579--68059613	16	2.2	16	89	0	52	34	0	22	42	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68067131--68067295	48	3.6	47	83	5	171	27	27	20	24	1.99
68068431--68068515	44	1.9	44	90	4	136	18	20	30	30	1.96
68070822--68071002	49	3.7	48	76	12	165	28	18	25	26	1.98
68073127--68073173	19	2.5	19	89	0	76	19	23	42	14	1.88
68077740--68077867	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
68077739--68077867	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
68085790--68085887	28	3.5	28	88	1	133	32	24	13	29	1.93
68088847--68089019	93	1.9	93	87	2	258	31	30	18	19	1.96
68093516--68093639	44	2.8	43	81	6	142	20	16	29	32	1.95
68095878--68095976	48	2.1	48	88	0	144	20	16	33	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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