genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.236.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77787650--77787711	24	2.6	24	87	5	90	17	22	38	20	1.93
77790244--77790428	102	1.8	103	91	1	309	27	14	17	40	1.88
77790235--77790448	27	8.1	27	80	9	246	27	13	18	40	1.88
77792681--77792803	27	4.6	27	82	3	142	30	20	23	25	1.98
77792765--77792844	41	2.0	41	87	0	115	33	23	18	23	1.97
77793073--77793123	26	2.0	26	84	0	66	15	17	21	45	1.86
77796926--77797077	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
77796926--77797077	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
77800957--77801130	46	3.8	45	80	10	208	21	21	28	28	1.98
77800953--77801124	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
77803885--77803953	15	4.6	15	85	0	84	13	15	13	57	1.64
77803876--77803955	30	2.7	30	80	7	99	12	16	15	56	1.68
77808191--77808250	26	2.3	27	91	2	95	33	21	21	23	1.97
77809393--77809603	46	4.5	44	76	10	181	32	18	25	24	1.97
77812667--77812777	55	2.0	55	96	0	204	28	13	21	36	1.92
77817285--77817392	28	3.8	29	82	4	114	29	25	14	29	1.95
77820840--77821063	40	5.7	40	83	7	242	25	27	20	25	1.99
77820840--77821063	79	2.8	78	80	6	254	25	27	20	25	1.99
77820995--77821072	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
77828764--77829026	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
77835791--77835850	31	1.9	31	86	0	84	26	20	16	36	1.93
77836070--77836165	25	3.8	26	91	5	153	28	20	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77836070--77836165	51	1.9	50	89	6	149	28	20	26	25	1.99
77836213--77836259	20	2.3	20	100	0	94	34	19	10	36	1.86
77841796--77841971	46	3.8	46	79	12	216	19	21	29	29	1.98
77841792--77841963	93	1.8	93	96	0	317	19	21	30	28	1.98
77847442--77847591	24	6.1	24	70	8	106	34	30	11	24	1.90
77856967--77856991	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
77866634--77866778	70	2.1	71	94	1	256	25	12	30	31	1.92
77867826--77867857	9	3.6	9	100	0	64	12	21	9	56	1.64
77871699--77871729	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
77871696--77871735	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
77871968--77872166	108	1.8	110	85	4	287	23	24	17	34	1.96
77871922--77872172	55	4.7	53	77	8	226	22	24	17	35	1.95
77875459--77875494	9	4.1	9	89	7	56	55	11	2	30	1.49
77878412--77878465	18	3.0	18	75	0	54	68	0	7	24	1.15
77882388--77882423	9	4.1	9	92	7	65	55	11	0	33	1.35
77887765--77887795	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
77888033--77888232	108	1.8	109	88	4	305	24	25	17	33	1.96
77887988--77888242	55	4.8	54	78	9	233	22	24	17	35	1.95
77889467--77889636	47	3.7	47	83	10	199	30	19	27	22	1.98
77891980--77892006	14	1.9	14	100	0	54	37	11	0	51	1.37
77894539--77894716	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
77894539--77894716	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77894560--77894715	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
77902782--77902997	77	2.8	76	77	8	213	26	26	21	25	1.99
77902819--77902944	38	3.3	39	85	5	168	27	26	20	24	1.99
77910661--77910883	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
77910661--77910883	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
77913076--77913176	27	3.7	27	84	5	114	18	24	20	35	1.95
77913314--77913387	31	2.4	31	83	2	94	17	14	14	52	1.75
77918478--77918508	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
77918475--77918514	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
77918747--77918954	55	3.8	53	83	6	240	24	24	16	35	1.95
77923231--77923320	45	2.0	45	95	0	162	24	21	14	40	1.90
77924768--77924944	67	2.6	67	80	8	184	32	14	32	21	1.93
77926580--77926922	40	8.6	40	88	3	415	26	27	20	24	1.99
77926854--77926931	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
77937121--77937222	29	3.6	29	83	1	125	25	16	30	27	1.97
77937121--77937231	58	1.9	57	83	1	141	26	16	30	27	1.96
77941023--77941193	78	2.2	78	84	4	218	25	21	28	25	1.99
77941023--77941191	40	4.3	38	86	6	196	25	21	27	24	1.99
77941050--77941226	78	2.2	80	80	5	191	25	22	28	24	1.99
77948944--77949114	39	4.3	39	85	6	211	25	21	28	25	1.99
77948891--77949114	79	2.8	79	82	7	231	25	20	27	25	1.99
77948971--77949147	79	2.2	80	82	4	200	25	21	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77956330--77956585	39	6.6	39	83	8	289	26	21	27	24	2.00
77956375--77956618	78	3.2	78	84	9	245	27	20	27	25	1.99
77958000--77958501	27	18.7	27	83	4	543	27	17	18	36	1.94
77958013--77958572	108	5.2	106	78	9	444	26	17	18	36	1.93
77958573--77958680	27	3.9	27	78	13	94	31	7	18	42	1.78
77958622--77958786	27	6.1	27	83	6	167	30	6	21	42	1.77
77958656--77958819	54	3.0	54	83	4	188	31	9	20	39	1.83
77958661--77958819	81	2.0	81	83	7	207	30	8	20	40	1.83
77958657--77958826	27	6.3	27	76	10	134	30	9	21	38	1.85
77958818--77958990	81	2.1	81	87	2	249	39	5	23	31	1.78
77958818--77958990	27	6.4	27	85	2	213	39	5	23	31	1.78
77958861--77959028	54	3.1	54	83	1	149	35	6	22	35	1.80
77958818--77959015	81	2.4	81	84	1	236	37	6	23	32	1.79
77964526--77964698	93	1.9	93	90	2	276	29	30	19	20	1.97
77964519--77964688	46	3.7	45	76	10	164	31	30	18	20	1.96
77964570--77964700	47	2.8	45	73	15	124	29	29	19	21	1.98
77967026--77967122	30	3.2	30	80	10	99	56	15	16	11	1.67
77967043--77967113	15	4.7	15	81	6	90	57	12	16	12	1.65
77967045--77967122	15	5.2	15	78	9	79	56	15	15	12	1.68
77967247--77967396	74	2.0	74	100	0	300	44	17	10	27	1.81
77970112--77970277	46	3.6	46	76	16	171	31	30	17	21	1.96
77970119--77970291	93	1.9	93	88	0	265	29	28	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77976999--77977140	40	3.5	40	86	1	196	24	27	24	23	2.00
77978910--77978941	14	2.2	15	94	5	57	56	18	0	25	1.42
77980648--77980701	21	2.6	21	75	0	63	27	33	20	18	1.96
77985963--77986057	34	2.8	34	90	0	145	23	25	23	28	1.99
77986453--77986574	27	4.5	27	89	2	183	18	18	20	42	1.89
77992331--77992441	47	2.3	46	82	11	127	36	22	15	25	1.93
77994093--77994132	20	2.0	20	85	0	53	15	12	15	57	1.66
77999816--77999845	14	2.1	14	100	0	60	43	13	0	43	1.43
78001437--78001468	16	1.9	17	93	6	57	0	18	0	81	0.70
78002448--78002487	6	6.7	6	88	0	62	80	5	0	15	0.88
78004281--78004438	43	3.7	42	81	7	194	27	29	17	25	1.98
78004276--78004438	84	1.9	84	87	4	240	28	28	17	25	1.97
78007326--78007399	17	4.4	17	73	23	57	66	4	5	24	1.30
78007350--78007404	18	2.9	19	84	13	69	69	3	3	23	1.21
78013473--78013525	27	2.0	27	92	0	88	28	16	20	33	1.95
78015413--78015488	37	2.1	37	89	0	116	26	31	19	22	1.98
78015610--78015832	47	4.7	47	90	1	322	27	30	8	32	1.88
78019514--78019865	40	8.8	40	92	0	569	25	28	21	24	1.99
78019745--78019811	23	3.2	23	60	24	56	23	26	23	25	2.00
78021082--78021160	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
78021279--78021548	47	5.7	47	93	0	425	28	31	8	32	1.87
78030265--78030316	23	2.3	23	96	0	95	15	28	32	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78034132--78034180	23	2.0	24	88	7	73	14	12	16	57	1.66
78036019--78036171	48	3.2	48	83	1	200	30	22	20	26	1.98
78037970--78038080	40	2.8	40	79	6	134	25	12	25	36	1.91
78055230--78055260	15	2.1	15	100	0	62	45	19	6	29	1.75
78055459--78055493	16	2.2	16	100	0	70	37	5	25	31	1.80
78061447--78061518	37	1.9	37	91	0	117	29	29	19	22	1.98
78061665--78061899	50	4.8	49	92	3	343	31	25	6	36	1.82
78061665--78061899	98	2.4	97	86	7	341	31	25	6	36	1.82
78061869--78062062	47	4.1	47	88	0	271	26	28	10	34	1.89
78074673--78074719	20	2.3	20	88	0	67	51	2	12	34	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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