genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59970411--59970645	120	2.0	113	90	5	362	30	7	31	30	1.85
60023582--60023733	27	5.6	27	90	2	223	26	14	28	30	1.95
60023582--60023733	55	2.8	55	89	2	234	26	14	28	30	1.95
60023582--60023733	82	1.9	82	91	0	250	26	14	28	30	1.95
60035420--60035444	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
60037144--60037355	46	4.6	46	79	8	200	24	28	18	28	1.98
60040628--60040770	27	5.3	27	82	1	110	30	12	18	38	1.88
60040668--60041152	54	8.8	54	77	10	371	33	9	18	38	1.82
60040668--60040773	27	3.9	27	82	7	126	33	9	18	38	1.83
60040738--60040811	38	1.9	38	86	0	103	33	10	16	39	1.83
60040776--60041143	27	13.7	27	82	7	360	33	9	18	38	1.83
60040711--60040838	65	2.0	65	89	3	195	32	10	17	39	1.84
60040693--60040863	92	1.9	92	86	2	245	35	9	18	37	1.83
60040814--60040916	26	3.9	26	80	8	102	37	4	16	40	1.70
60040776--60041152	80	4.7	81	77	7	401	33	9	18	38	1.82
60041444--60041552	29	3.9	29	84	5	136	26	33	17	22	1.96
60047906--60048031	47	2.7	45	81	11	139	21	28	19	30	1.97
60057000--60057158	43	3.7	42	79	7	144	32	27	18	22	1.97
60056995--60057164	86	2.0	85	81	7	202	33	26	17	22	1.96
60062476--60062564	28	3.3	27	84	7	117	35	21	21	21	1.96
60062666--60062729	26	2.4	27	86	2	94	28	9	25	37	1.87
60069886--60069921	10	3.6	10	96	0	63	66	0	2	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60070374--60070436	28	2.2	28	91	0	99	39	20	19	20	1.92
60070540--60070601	25	2.4	26	81	13	83	29	8	25	37	1.85
60090094--60090118	11	2.3	11	100	0	50	20	32	0	48	1.50
60094249--60094305	26	2.2	25	81	6	69	42	10	17	29	1.83
60099965--60100090	39	3.2	39	89	0	189	23	21	27	26	1.99
60099965--60100124	39	4.1	39	85	1	178	23	21	27	26	1.99
60099965--60100108	78	1.8	78	85	2	200	23	22	27	25	2.00
60101386--60101460	20	3.6	21	85	12	84	48	4	8	40	1.51
60102864--60102910	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
60105610--60105715	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
60107383--60107429	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
60114125--60114211	45	1.9	45	97	0	165	40	22	11	25	1.88
60115882--60115966	25	3.4	24	76	9	73	24	20	24	30	1.98
60116621--60116663	21	2.0	22	81	4	52	32	23	4	39	1.75
60116873--60116926	20	2.8	19	71	17	58	29	11	1	57	1.44
60118977--60119416	44	10.2	44	80	8	440	30	13	26	30	1.94
60119101--60119416	87	3.6	88	87	2	440	28	14	27	29	1.95
60118970--60119416	131	3.5	130	84	6	561	29	13	26	29	1.94
60119389--60119443	27	2.0	27	96	0	101	34	14	32	18	1.91
60119345--60119486	71	2.0	71	88	2	214	32	15	28	23	1.95
60120989--60121048	25	2.4	25	73	15	61	40	3	1	55	1.27
60121762--60121815	27	2.0	27	96	0	99	40	5	14	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60132202--60132740	47	11.7	47	94	4	933	31	8	30	29	1.87
60132202--60132740	96	5.8	94	95	3	933	31	8	30	29	1.87
60132202--60132740	143	3.9	141	95	4	933	31	8	30	29	1.87
60132529--60132602	22	3.3	22	64	17	62	29	10	31	28	1.91
60132918--60132995	36	2.1	37	90	2	122	23	19	32	25	1.98
60134634--60134736	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
60134718--60134789	27	2.6	29	88	4	103	26	16	31	25	1.96
60135098--60135241	40	3.6	40	81	11	154	25	23	27	22	2.00
60135216--60135372	40	3.9	40	90	0	233	22	22	29	24	1.99
60138675--60138753	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
60138659--60139272	47	13.1	47	95	2	1076	32	8	30	29	1.87
60138659--60139272	93	6.5	94	94	3	1076	32	8	30	29	1.87
60138659--60139272	283	2.2	282	96	0	1124	32	8	30	29	1.87
60139390--60139468	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
60144049--60144628	44	13.3	44	84	6	619	28	13	26	30	1.94
60144143--60144220	37	2.1	37	88	4	113	30	11	24	33	1.91
60144049--60144608	132	4.3	133	83	6	684	27	14	26	31	1.95
60146328--60146361	8	4.4	8	88	3	52	38	0	0	61	0.96
60146324--60146364	13	3.0	13	89	7	55	41	0	0	58	0.98
60146289--60146362	33	2.2	33	81	9	80	36	5	1	56	1.31
60146897--60146950	27	2.0	27	96	0	99	42	7	12	37	1.72
60148581--60148630	20	2.5	20	90	0	73	30	36	22	12	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60153030--60153207	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60153031--60153186	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60153027--60153207	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60160695--60160871	27	6.5	27	83	3	203	27	15	27	29	1.96
60160696--60160851	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60160692--60160871	82	2.2	81	83	3	227	27	15	27	30	1.96
60168508--60168617	42	2.6	42	80	5	123	30	16	25	27	1.96
60169713--60169766	20	2.7	20	85	0	81	22	31	29	16	1.96
60173367--60173394	13	2.2	13	100	0	56	53	14	25	7	1.66
60181426--60181473	24	2.0	24	100	0	96	41	16	12	29	1.85
60183032--60183264	112	2.1	111	86	0	313	31	16	15	36	1.89
60184615--60184639	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
60184792--60184850	29	2.0	29	100	0	118	42	13	6	37	1.71
60185964--60186109	63	2.3	64	83	4	181	35	28	15	19	1.93
60186002--60186049	24	2.0	24	87	0	69	35	29	12	22	1.91
60187301--60187326	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
60189246--60189469	40	5.6	40	86	8	294	25	26	23	24	2.00
60189246--60189469	83	2.8	81	86	8	289	25	26	23	24	2.00
60213047--60213230	79	2.3	81	82	8	216	24	21	27	26	1.99
60213046--60213255	40	5.3	40	78	9	198	25	20	27	26	1.99
60213082--60213255	79	2.2	78	81	11	203	26	21	26	25	1.99
60215341--60215380	20	2.0	20	90	0	62	22	2	2	72	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60215354--60215427	20	3.5	20	73	22	62	27	0	2	70	1.01
60217352--60217376	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
60219657--60219715	30	2.0	30	83	6	75	23	28	25	22	1.99
60223224--60223256	15	2.2	15	100	0	66	30	0	0	69	0.88
60223224--60223264	15	2.9	15	89	7	50	31	0	0	68	0.90
60223515--60223554	20	2.0	20	90	4	64	40	25	7	27	1.82
60226492--60226519	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
60226642--60226720	19	4.2	19	88	9	117	39	8	16	35	1.80
60229731--60229783	14	3.7	14	79	20	65	24	22	9	43	1.83
60231358--60231397	21	1.9	21	85	10	55	52	2	0	45	1.14
60235300--60235427	1	128.0	1	69	0	76	84	0	11	3	0.78
60235300--60235427	14	9.5	13	81	9	127	84	0	11	3	0.78
60235300--60235425	44	2.9	43	86	8	159	84	0	11	3	0.79
60235300--60235406	7	15.6	7	87	8	150	85	0	12	1	0.74
60236318--60237421	44	25.1	44	70	12	714	31	16	24	27	1.97
60236318--60237426	132	8.4	132	92	1	1738	31	16	23	28	1.97
60238050--60238147	19	5.2	19	90	7	155	38	9	16	35	1.80
60238040--60238147	36	2.9	35	78	10	117	39	9	14	36	1.79
60238432--60238489	28	2.1	28	100	0	116	25	13	3	56	1.53
60238432--60238509	28	2.8	28	88	3	77	28	10	3	57	1.49
60240371--60240529	43	3.7	43	69	12	121	29	24	19	26	1.98
60247932--60248077	43	3.4	42	79	8	145	30	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60247932--60248077	42	3.4	44	73	13	133	30	24	18	26	1.98
60250786--60250830	20	2.2	20	88	0	63	51	2	11	35	1.50
60252704--60252759	21	2.7	21	88	0	85	17	26	33	21	1.96
60259825--60259908	25	3.2	25	73	16	73	66	1	0	32	0.99
60259843--60259900	24	2.2	25	88	11	82	68	1	0	29	0.99
60259870--60259927	17	3.5	16	73	4	53	70	0	1	27	0.97
60259894--60259951	25	2.3	24	80	11	62	70	3	1	24	1.12
60259877--60259935	17	3.4	17	75	15	57	67	1	1	28	1.10
60271192--60271221	15	2.0	15	93	0	51	23	13	6	56	1.60
60277996--60278094	33	3.0	33	93	0	171	31	41	10	17	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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