genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50255471--50255614	39	3.6	39	85	4	171	24	26	23	25	2.00
50258359--50258779	46	9.2	46	82	11	485	31	7	30	30	1.86
50258359--50258779	91	4.6	92	83	11	494	31	7	30	30	1.86
50258359--50258727	139	2.7	137	86	10	506	31	7	29	31	1.85
50260323--50260399	36	2.1	36	88	4	111	25	33	15	24	1.95
50260512--50260939	47	9.2	47	84	7	543	29	30	7	32	1.86
50268908--50269065	49	3.2	48	95	2	273	30	31	7	31	1.85
50269335--50269392	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
50271672--50271749	36	2.1	37	88	2	113	25	30	19	24	1.98
50271866--50272302	47	9.2	47	89	2	640	29	30	8	32	1.86
50271866--50272302	96	4.6	94	90	2	640	29	30	8	32	1.86
50271866--50272302	143	3.1	142	90	3	682	29	30	8	32	1.86
50276719--50276865	48	3.0	49	93	3	260	29	8	31	30	1.86
50276983--50277061	37	2.1	37	85	0	104	22	18	30	27	1.98
50278674--50278831	50	3.2	49	92	5	259	30	31	7	31	1.85
50281426--50281504	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
50281622--50282057	47	9.2	47	87	4	583	30	29	8	31	1.86
50281622--50282057	95	4.6	96	88	4	598	30	29	8	31	1.86
50281637--50282059	192	2.2	190	87	4	604	30	29	8	31	1.87
50288443--50288599	48	3.2	48	94	4	264	30	30	7	31	1.85
50291207--50291284	37	2.1	37	88	2	113	24	32	19	24	1.98
50291449--50291830	47	8.1	47	84	9	503	30	29	7	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50291453--50291830	95	4.0	96	85	9	517	30	29	7	32	1.85
50298926--50299041	40	2.9	40	85	0	133	25	30	21	23	1.99
50298942--50299203	40	6.6	40	79	8	216	24	28	20	26	1.99
50298952--50299203	80	3.2	78	79	9	242	25	28	20	26	1.99
50299492--50299570	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
50299552--50299696	43	3.4	43	96	0	265	26	34	15	23	1.95
50307475--50307713	99	2.4	100	85	3	320	26	18	24	30	1.98
50307475--50307752	50	5.6	50	79	8	278	27	17	25	29	1.97
50316390--50316826	219	2.0	219	89	0	660	27	24	21	25	1.99
50318785--50318935	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
50323368--50323639	48	5.7	48	73	9	250	26	18	29	26	1.98
50323353--50323636	96	3.0	96	88	0	435	25	17	29	27	1.97
50327627--50327706	38	2.1	38	88	4	117	20	23	28	27	1.99
50327678--50327797	43	2.8	43	87	2	163	15	21	31	31	1.94
50328616--50328718	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
50328891--50329251	48	7.5	48	95	0	641	30	27	7	34	1.84
50332786--50332854	28	2.5	28	95	0	120	31	26	21	20	1.98
50332886--50333019	40	3.4	40	95	2	252	26	26	21	26	2.00
50334282--50334384	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
50334557--50334917	48	7.5	48	94	0	623	30	26	7	35	1.84
50337236--50337337	43	2.4	43	98	0	195	9	25	34	30	1.88
50337667--50337793	45	2.9	43	79	9	116	25	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50340436--50340706	96	2.8	95	87	1	407	20	20	21	38	1.94
50340714--50340767	22	2.5	22	81	0	72	22	27	16	33	1.95
50343778--50343864	27	3.4	26	67	20	67	17	21	20	40	1.92
50343763--50343864	49	2.1	49	94	0	177	17	21	20	40	1.92
50343905--50343976	22	3.3	22	88	0	99	18	27	19	34	1.95
50346944--50347230	95	3.1	93	82	6	355	18	19	23	37	1.94
50347235--50347287	22	2.4	22	83	0	70	9	28	28	33	1.88
50355534--50355571	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
50355796--50355966	46	3.7	46	79	12	208	29	27	21	22	1.99
50355801--50355969	92	1.8	91	94	1	302	28	28	21	21	1.99
50355798--50355985	46	4.1	46	72	20	144	28	28	20	22	1.99
50363303--50363588	39	7.3	39	91	0	430	19	23	28	28	1.98
50366983--50367060	36	2.1	37	86	6	106	25	30	17	25	1.97
50367179--50367447	47	5.6	47	92	1	394	27	29	9	32	1.89
50370249--50370323	29	2.7	28	86	10	93	28	37	14	20	1.92
50372226--50372304	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
50372423--50372689	47	5.6	47	92	0	417	28	29	8	32	1.88
50377729--50378012	39	7.3	39	94	0	487	19	23	29	27	1.98
50382887--50383064	27	6.6	27	83	5	180	28	28	16	26	1.97
50382908--50383063	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
50396103--50396151	19	2.5	20	83	12	66	32	22	0	44	1.53
50414127--50414178	25	2.1	25	100	0	104	65	0	13	21	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50425107--50425302	92	2.1	92	89	0	293	35	27	14	22	1.93
50430482--50430682	108	1.8	110	89	4	318	21	25	18	34	1.96
50430435--50430681	55	4.7	53	80	8	222	21	25	18	35	1.95
50434127--50434365	55	4.5	52	78	9	227	36	17	23	21	1.94
50434583--50434613	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
50437310--50437351	21	2.0	21	95	0	75	50	9	0	40	1.35
50442250--50442384	54	2.4	54	85	10	166	26	18	23	31	1.98
50444105--50444171	33	2.0	33	100	0	134	29	22	8	38	1.85
50445398--50445431	17	1.9	17	88	5	50	38	5	0	55	1.24
50445483--50445549	30	2.2	30	84	7	91	55	1	0	43	1.09
50445498--50445562	21	3.2	21	78	12	64	53	3	0	43	1.16
50445535--50445705	72	2.5	72	81	11	196	47	3	1	46	1.29
50446671--50446700	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
50450116--50450151	18	2.0	18	88	0	54	44	0	0	55	0.99
50453357--50453620	40	6.7	40	89	5	360	26	21	26	25	2.00
50453357--50453653	119	2.5	118	82	9	347	26	21	26	24	1.99
50499738--50499849	47	2.4	48	83	7	149	34	23	16	25	1.95
50500614--50500650	4	9.2	4	100	0	74	0	24	0	75	0.80
50501494--50501548	25	2.2	26	80	9	69	34	20	25	20	1.96
50507442--50507534	27	3.4	27	86	5	134	29	24	7	38	1.83
50507566--50507774	27	7.7	27	79	4	195	39	19	8	32	1.82
50507574--50507774	81	2.4	83	81	4	237	38	19	8	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50507793--50507870	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
50508681--50508750	25	2.8	25	86	0	95	27	24	24	24	2.00
50508680--50508777	25	4.0	23	77	10	79	28	22	23	25	1.99
50508970--50509052	31	2.7	31	90	3	134	28	14	26	30	1.95
50516592--50516820	48	4.8	49	85	5	283	28	30	16	24	1.97
50520515--50520654	39	3.6	39	94	0	235	38	24	25	11	1.89
50524227--50524261	16	2.2	16	89	0	52	25	14	2	57	1.51
50527213--50527350	68	2.0	68	98	0	267	29	15	26	27	1.96
50530337--50530381	21	2.1	21	95	0	81	28	13	13	44	1.81
50531235--50531291	21	2.5	22	75	11	53	36	3	10	49	1.55
50535859--50535901	18	2.4	17	81	11	50	51	18	2	27	1.59
50543456--50543498	18	2.4	17	81	11	50	51	18	2	27	1.59
50545400--50545440	15	2.6	16	81	14	50	9	19	0	70	1.14
50547570--50547614	19	2.3	20	81	11	58	35	0	2	62	1.08
50547576--50547615	19	2.2	18	90	4	62	35	0	0	65	0.93
50547578--50547616	13	2.9	13	88	3	51	33	0	0	66	0.92
50547975--50548016	14	3.0	14	86	6	59	76	0	0	23	0.79
50547976--50548029	11	4.6	12	78	17	51	74	0	0	25	0.83
50547977--50548022	14	3.3	14	80	17	51	76	0	0	23	0.79
50548585--50548633	16	3.0	17	76	8	57	26	10	10	53	1.66
50549146--50549170	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
50552593--50552738	42	3.5	42	76	0	148	39	18	15	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50552672--50552751	42	1.9	42	84	5	108	45	20	13	21	1.85
50556985--50557586	40	15.1	40	95	1	1028	24	27	19	28	1.99
50558857--50558882	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
50559364--50559541	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
50559365--50559520	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
50559361--50559541	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
50567443--50567620	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
50567444--50567599	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
50567440--50567620	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
50568965--50569074	40	2.8	40	94	0	193	25	26	19	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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