genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20991048--20991283	117	2.0	117	100	0	472	30	28	16	25	1.96
20993017--20993052	3	12.3	3	88	5	56	66	0	2	30	1.06
20993126--20993177	22	2.3	23	87	9	72	71	1	7	19	1.20
20998029--20998083	17	3.3	17	67	23	53	43	3	0	52	1.18
20998025--20998128	31	3.3	32	89	7	153	40	4	0	54	1.21
20998025--20998128	30	3.4	31	90	5	149	40	4	0	54	1.21
20998133--20998192	27	2.2	29	80	17	83	53	1	0	45	1.10
20999570--20999600	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
21000503--21000548	20	2.2	21	85	14	60	28	2	0	69	1.00
21006019--21006128	26	4.2	26	97	0	193	33	6	24	35	1.81
21007615--21007667	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
21011772--21011878	26	4.1	26	92	0	160	34	5	24	35	1.79
21013360--21013412	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
21013658--21013944	137	2.1	137	96	0	520	24	18	24	31	1.98
21014909--21014954	14	3.4	14	81	3	58	47	28	0	23	1.52
21014894--21014934	21	2.0	21	85	0	55	41	29	2	26	1.69
21014918--21014991	21	3.6	21	70	21	57	48	31	0	20	1.50
21018320--21018399	26	3.2	26	92	3	137	36	26	6	31	1.81
21025117--21025158	16	2.6	16	96	0	75	4	30	4	59	1.39
21025216--21025297	26	3.2	26	96	0	155	36	26	6	30	1.81
21026769--21026887	41	2.9	43	85	6	156	35	25	21	18	1.95
21026984--21027041	27	2.1	29	87	6	84	51	18	1	27	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21031662--21031776	42	2.7	42	82	6	133	35	25	14	24	1.94
21031683--21031776	42	2.2	43	88	1	136	37	24	12	25	1.91
21031931--21031957	9	3.0	9	100	0	54	44	11	0	44	1.39
21034093--21034137	22	2.0	22	91	8	74	33	6	6	53	1.53
21035559--21035589	12	2.6	12	94	0	53	45	0	3	51	1.17
21036079--21036117	3	13.3	3	94	5	71	69	0	0	30	0.89
21036217--21036258	3	13.7	3	95	5	75	64	2	0	33	1.07
21039006--21039052	11	4.2	11	83	2	58	57	38	0	4	1.18
21040139--21040244	3	35.3	3	68	17	51	33	5	1	59	1.32
21040179--21040244	20	3.3	20	78	2	71	31	6	1	60	1.30
21040376--21040501	3	43.3	3	71	20	90	30	2	3	63	1.23
21040387--21040498	20	5.6	20	74	10	86	29	2	3	64	1.24
21041684--21041714	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
21044920--21045076	43	3.7	43	77	6	156	29	15	23	31	1.96
21045713--21045830	43	2.7	43	96	0	209	24	19	31	24	1.98
21045901--21045983	31	2.6	31	80	3	85	60	20	2	16	1.47
21051846--21051973	9	13.6	9	76	9	121	31	0	21	46	1.57
21051846--21051973	57	2.2	57	85	0	175	31	0	21	46	1.57
21052093--21052765	241	2.8	240	96	1	1226	32	14	18	34	1.91
21056042--21056077	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
21056652--21056745	40	2.4	41	82	10	115	19	15	20	44	1.86
21056676--21056762	40	2.2	39	80	12	97	22	18	17	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21056798--21056848	25	2.0	25	96	0	93	15	13	21	49	1.79
21057251--21057289	13	3.0	13	96	0	69	46	2	7	43	1.46
21057821--21057883	21	3.0	21	76	2	54	26	0	22	50	1.49
21058185--21058506	41	7.9	41	85	4	337	25	16	24	32	1.96
21058173--21058502	122	2.7	121	81	7	294	25	16	25	32	1.97
21060795--21061030	27	8.7	27	82	0	220	31	21	6	39	1.80
21060795--21061030	54	4.4	54	86	0	274	31	21	6	39	1.80
21060795--21061030	81	2.9	81	82	0	274	31	21	6	39	1.80
21061027--21061125	27	3.7	26	81	5	108	35	20	20	24	1.96
21061022--21061129	54	2.0	53	87	1	153	37	19	18	25	1.94
21061470--21061529	27	2.3	26	82	2	66	21	20	20	38	1.94
21061654--21061741	6	14.3	6	71	17	65	19	18	13	48	1.80
21061657--21061720	25	2.6	25	92	0	101	18	21	14	45	1.85
21062433--21062746	163	1.9	163	85	3	427	27	22	17	33	1.96
21062722--21063096	115	3.3	114	78	6	382	37	22	13	26	1.92
21062722--21063146	29	14.8	29	78	6	357	37	22	13	26	1.91
21062709--21063111	86	4.7	85	77	6	393	36	22	13	27	1.92
21065157--21065305	42	3.6	42	77	8	144	30	23	14	31	1.95
21075131--21075180	21	2.4	21	82	0	64	50	28	2	20	1.59
21075157--21075225	14	4.9	14	70	5	50	46	30	4	18	1.69
21075131--21075229	28	3.5	28	71	4	83	49	28	3	19	1.63
21076660--21076703	23	1.9	23	90	0	70	56	9	0	34	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21080043--21080129	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
21081578--21081613	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
21082276--21082401	60	2.1	60	82	7	148	41	17	7	33	1.79
21084650--21084676	12	2.2	12	100	0	54	44	25	14	14	1.84
21089926--21090142	41	5.4	41	86	3	264	36	21	22	19	1.95
21090313--21090395	21	3.6	21	71	20	67	28	1	25	44	1.62
21090315--21090411	49	2.0	46	90	5	149	29	2	25	42	1.67
21091008--21091046	17	2.3	17	95	0	69	30	5	17	46	1.70
21094697--21095009	43	7.3	43	79	5	301	22	16	32	28	1.96
21094697--21094933	128	1.9	128	88	3	361	23	14	33	29	1.94
21094689--21095009	129	2.5	128	80	7	382	22	17	32	28	1.96
21094689--21095009	86	3.7	86	82	2	376	22	17	32	28	1.96
21095696--21095759	19	3.3	19	78	12	67	73	4	0	21	1.01
21097945--21097989	22	2.0	23	86	4	65	53	2	8	35	1.45
21099730--21099819	40	2.3	39	86	9	128	38	1	6	53	1.35
21106406--21106503	9	11.1	8	70	19	54	56	2	2	39	1.23
21106422--21106489	27	2.6	27	80	11	79	57	2	1	38	1.23
21106437--21106571	18	7.0	19	69	14	71	53	2	2	42	1.25
21106437--21106503	19	3.5	20	76	8	61	53	1	1	43	1.19
21106467--21106560	31	3.2	30	78	14	88	54	2	2	41	1.24
21106483--21106541	22	2.8	19	76	20	55	54	1	3	40	1.27
21106669--21106759	10	9.2	10	70	13	55	62	2	3	31	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21106375--21106759	20	20.3	18	65	20	110	58	3	2	36	1.28
21106649--21106750	10	10.3	10	70	18	54	61	1	1	34	1.18
21113603--21113642	20	2.0	20	85	0	53	30	5	2	62	1.29
21116939--21117058	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	22	1.80
21118474--21119089	47	13.3	47	86	6	302	32	9	30	27	1.88
21118661--21118732	22	3.2	23	65	21	62	31	11	33	23	1.90
21118664--21118734	21	3.3	21	66	14	63	32	11	32	23	1.90
21118465--21119089	94	6.7	94	85	6	760	32	9	30	27	1.88
21118473--21119068	141	4.3	140	89	5	822	32	9	30	27	1.88
21120995--21126193	568	9.2	566	78	5	4579	32	16	15	34	1.91
21129416--21129500	35	2.4	35	76	9	84	31	16	12	38	1.87
21134608--21134660	26	2.1	25	82	3	61	18	20	20	39	1.92
21137565--21137903	134	2.5	134	83	0	392	33	17	11	36	1.86
21138005--21138538	292	1.8	292	82	4	684	35	14	17	33	1.90
21139617--21139710	47	2.0	47	91	0	152	30	14	12	41	1.84
21139787--21140875	542	2.0	542	89	2	1652	32	16	16	34	1.91
21139906--21141267	542	2.5	539	83	7	1555	32	16	16	34	1.91
21141014--21141499	263	1.8	263	81	1	607	33	14	19	32	1.92
21140445--21142068	833	2.0	830	81	4	1926	32	16	16	34	1.92
21143584--21144813	568	2.2	563	77	6	1226	33	16	14	35	1.90
21145303--21145872	287	2.0	288	85	1	768	31	17	13	36	1.89
21151407--21151497	20	4.3	21	90	8	141	54	6	5	32	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21151407--21151493	44	2.0	42	93	4	147	55	5	5	33	1.48
21151553--21151679	25	5.3	23	74	20	95	55	7	3	33	1.45
21151562--21151640	23	3.6	21	77	19	81	58	7	1	32	1.34
21151543--21151631	43	2.0	43	81	10	101	57	8	1	32	1.37
21151562--21151615	19	2.7	20	85	8	65	57	7	1	33	1.37
21151616--21151681	27	2.5	26	83	11	82	54	6	6	33	1.50
21152234--21152304	19	3.8	19	74	18	62	64	1	2	30	1.16
21153777--21153885	45	2.4	45	83	3	148	28	20	19	32	1.97
21153864--21154011	63	2.3	63	89	0	233	25	28	17	29	1.97
21154209--21154242	13	2.5	14	85	9	52	67	5	8	17	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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