genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42014049--42014123	26	2.9	26	83	13	84	28	20	24	28	1.99
42014062--42014135	26	2.9	27	88	8	109	25	21	24	28	1.99
42014180--42014227	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
42014263--42014310	25	1.9	25	91	0	78	29	14	22	33	1.94
42017239--42017369	43	3.0	43	74	6	138	25	19	22	31	1.98
42022724--42022841	29	4.1	29	75	6	107	25	30	14	29	1.95
42024291--42024322	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
42029659--42029803	28	5.2	28	74	9	109	28	17	29	23	1.97
42029659--42029820	56	2.9	56	83	7	204	28	17	29	24	1.98
42029889--42029960	31	2.3	32	90	2	119	37	11	26	25	1.89
42033052--42033129	24	3.2	24	82	12	97	21	26	19	32	1.97
42034979--42035048	28	2.5	27	77	6	77	31	11	22	34	1.90
42037794--42037971	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
42037795--42037950	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
42037791--42037971	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
42038717--42038741	10	2.5	10	100	0	50	68	16	0	16	1.22
42049833--42049867	13	2.7	13	95	0	61	25	28	17	28	1.97
42051853--42051922	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
42059258--42059435	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
42059259--42059414	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
42059255--42059435	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
42063075--42063287	40	5.3	40	87	5	236	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42063075--42063285	80	2.6	78	85	4	260	25	21	27	25	2.00
42063023--42063320	80	3.7	80	80	7	223	26	21	27	24	1.99
42063079--42063316	119	2.0	120	80	5	268	25	21	27	25	1.99
42087342--42087519	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
42087343--42087498	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
42087339--42087519	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
42090175--42090280	48	2.2	48	89	0	158	32	27	5	34	1.80
42095649--42095708	29	2.1	29	100	0	120	35	6	10	48	1.63
42095649--42095723	29	2.6	28	89	8	89	34	8	9	48	1.65
42096409--42096852	224	2.0	224	99	0	879	35	9	18	36	1.84
42116377--42116433	20	3.0	19	77	12	55	66	0	1	31	1.02
42119949--42120024	25	3.2	25	67	14	79	47	14	17	21	1.82
42121525--42121653	65	2.0	65	98	0	249	46	6	8	37	1.61
42125668--42125701	17	2.0	17	88	0	50	32	2	2	61	1.26
42134703--42134739	18	2.1	18	90	5	58	56	5	8	29	1.51
42143976--42144018	14	3.0	14	89	3	59	79	0	18	2	0.85
42153957--42154022	34	1.9	34	90	0	105	27	22	22	27	1.99
42158273--42158429	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
42158273--42158429	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
42160338--42160555	48	4.5	48	95	0	391	35	5	27	31	1.81
42160429--42160678	124	2.0	123	95	0	446	35	6	28	30	1.81
42160525--42160583	28	2.1	28	93	0	100	37	5	28	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42160477--42160631	76	2.0	76	93	0	265	36	5	27	30	1.80
42160553--42160796	48	5.1	48	95	2	431	35	6	28	29	1.82
42160553--42160831	141	2.0	142	87	4	402	34	6	28	29	1.83
42160937--42161073	37	3.8	37	96	2	244	24	19	32	23	1.97
42162344--42162558	40	5.4	40	96	0	385	25	20	26	27	1.99
42162590--42162717	28	4.5	28	84	5	159	21	18	28	31	1.97
42162586--42162745	85	1.9	85	81	2	196	21	18	30	30	1.97
42166252--42166750	48	10.1	48	89	6	737	35	6	27	30	1.81
42166525--42166552	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
42166477--42166600	62	2.0	62	98	0	239	36	4	27	31	1.78
42166381--42166696	158	2.0	158	95	0	569	35	5	27	31	1.79
42166498--42166596	31	3.2	31	63	21	80	35	6	28	30	1.81
42166332--42166870	206	2.5	213	91	3	849	35	5	28	30	1.81
42166285--42166750	254	1.8	254	93	0	806	35	6	27	30	1.81
42166721--42166825	27	4.1	27	69	18	98	33	4	30	31	1.78
42166673--42166825	75	2.0	75	92	0	252	35	5	28	30	1.79
42166625--42166870	123	2.0	123	92	1	413	34	5	28	30	1.80
42166748--42166870	48	2.6	48	97	0	228	33	4	30	31	1.79
42167014--42167150	37	3.7	37	95	1	231	25	19	32	22	1.98
42171410--42171504	25	3.8	25	73	4	75	34	22	21	22	1.97
42171392--42171504	52	2.2	50	82	6	129	34	21	21	23	1.97
42172833--42173015	69	2.7	69	82	8	228	20	22	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42180631--42180798	41	4.1	41	84	4	207	37	20	23	18	1.94
42180967--42181020	7	7.7	7	78	0	54	24	0	25	50	1.50
42180975--42181059	21	3.9	21	76	11	89	28	0	25	45	1.54
42180981--42181072	46	2.0	46	95	0	166	29	0	26	44	1.54
42181313--42181376	22	2.9	22	86	9	94	25	3	46	25	1.67
42181749--42181976	76	3.0	75	89	2	350	54	8	10	26	1.62
42182106--42182149	18	2.4	18	85	7	54	22	40	0	36	1.54
42185600--42185640	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
42185889--42185992	43	2.4	43	88	0	145	21	20	31	26	1.98
42190526--42190586	17	3.6	17	77	0	59	19	18	27	34	1.95
42195299--42195346	23	2.1	23	92	0	78	45	14	14	25	1.83
42196333--42196560	28	8.3	28	80	10	238	27	12	28	31	1.93
42196333--42196560	56	4.2	56	85	6	279	27	12	28	31	1.93
42196355--42196514	79	2.0	79	91	0	257	28	11	28	31	1.92
42196333--42196529	107	1.8	107	90	2	315	27	13	27	30	1.94
42196488--42196577	28	3.2	28	69	17	78	26	15	30	27	1.96
42203647--42203765	41	2.9	39	81	12	134	27	26	16	28	1.97
42203691--42203783	40	2.3	40	87	3	125	32	24	17	25	1.97
42207149--42207416	40	6.7	40	95	0	464	22	26	20	30	1.98
42216891--42217195	40	7.7	40	95	1	551	21	27	20	29	1.98
42216891--42217195	158	1.9	159	96	1	567	21	27	20	29	1.98
42219963--42220230	40	6.7	40	95	0	464	22	26	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42227041--42227097	28	2.0	29	86	3	80	45	1	19	33	1.61
42227041--42227106	28	2.3	28	84	2	78	45	1	19	33	1.60
42228731--42228867	46	3.0	46	86	0	193	25	30	8	35	1.86
42228841--42229082	47	5.1	47	89	4	349	26	29	11	31	1.92
42228841--42229060	98	2.3	97	90	3	338	26	29	11	31	1.92
42229008--42229083	23	3.3	23	63	23	59	28	31	10	28	1.90
42241128--42241278	79	1.9	79	91	0	248	23	28	25	22	1.99
42242163--42242293	40	3.3	40	81	9	151	29	28	16	26	1.97
42243958--42244017	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
42247450--42247642	28	6.9	28	86	0	242	30	11	27	30	1.92
42255011--42255234	40	5.6	40	83	3	252	25	23	25	25	2.00
42255015--42255234	83	2.7	80	83	5	248	24	23	26	25	2.00
42258144--42258277	40	3.3	40	79	12	132	30	25	16	27	1.97
42264773--42264829	28	2.0	29	89	3	89	43	1	21	33	1.63
42264773--42264838	28	2.3	28	86	2	87	43	1	21	33	1.62
42264774--42264846	29	2.6	28	82	6	67	46	2	19	31	1.64
42266874--42266999	40	3.2	40	91	0	198	26	25	23	24	2.00
42266847--42266999	80	1.9	79	86	1	216	24	25	24	25	2.00
42271625--42271848	79	2.8	80	84	7	280	24	22	27	25	2.00
42271625--42271848	40	5.7	40	85	7	280	24	22	27	25	2.00
42271625--42271881	119	2.2	119	80	8	276	25	21	26	25	2.00
42300203--42300361	79	2.0	79	92	0	264	22	29	25	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42301211--42301368	40	3.9	41	80	8	130	30	27	15	26	1.96
42301237--42301367	40	3.3	42	80	9	132	29	29	15	25	1.96
42303020--42303079	27	2.3	27	85	2	77	21	21	20	36	1.95
42306519--42306708	28	6.8	28	81	0	218	29	13	27	28	1.94
42306519--42306711	84	2.3	84	82	0	251	29	13	27	29	1.95
42309933--42310110	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
42309954--42310109	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
42315813--42315988	27	6.6	27	84	3	194	29	28	15	26	1.96
42315813--42315988	54	3.3	53	84	4	219	29	28	15	26	1.96
42315834--42315987	80	1.9	81	88	4	231	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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