genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26050624--26050795	46	3.7	44	75	12	132	26	20	29	23	1.99
26054578--26054624	22	2.2	21	88	3	67	48	0	2	48	1.13
26054578--26054616	11	3.5	11	89	0	60	48	0	2	48	1.15
26056527--26056614	21	4.0	23	79	10	85	15	21	23	38	1.92
26056539--26056599	21	2.8	21	90	5	86	13	24	27	34	1.93
26059874--26059907	17	2.0	17	94	0	59	50	5	20	23	1.70
26062843--26062883	3	13.7	3	89	0	64	31	0	4	63	1.15
26064737--26064808	21	3.3	23	83	11	80	15	23	26	34	1.94
26064749--26064808	21	2.8	22	87	10	88	13	23	28	35	1.92
26079620--26079789	67	2.5	66	80	7	166	32	13	28	25	1.94
26088164--26088204	19	2.2	19	86	8	57	39	2	2	56	1.26
26089331--26089379	20	2.5	20	86	0	71	36	14	26	22	1.92
26097012--26097368	70	5.1	68	73	12	244	34	26	15	24	1.94
26096980--26097436	140	3.3	140	80	2	472	32	25	16	25	1.96
26100502--26100560	23	2.6	23	91	0	91	15	20	23	40	1.90
26112695--26112722	13	2.2	13	100	0	56	39	21	0	39	1.54
26122337--26122461	62	2.0	62	96	0	232	22	16	14	47	1.82
26127059--26127083	7	3.6	7	100	0	50	36	0	0	64	0.94
26127211--26127237	13	2.1	13	100	0	54	48	0	0	51	1.00
26133847--26134121	48	5.7	48	88	0	406	27	29	17	25	1.97
26140545--26140870	144	2.3	144	85	2	422	27	31	15	25	1.96
26140549--26140871	48	6.7	47	84	2	360	27	31	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26142263--26142345	29	2.9	29	81	5	96	31	25	22	20	1.98
26150429--26150477	25	2.0	24	96	4	89	20	12	28	38	1.89
26152934--26153121	40	4.7	40	86	3	254	25	28	21	25	1.99
26152901--26153115	80	2.7	80	84	4	258	24	28	21	25	1.99
26156831--26156912	35	2.3	35	93	0	137	32	24	14	28	1.94
26160899--26160991	42	2.2	42	96	0	168	24	22	34	18	1.96
26169900--26170014	57	2.0	57	100	0	230	27	12	19	40	1.87
26172476--26172510	15	2.3	15	100	0	70	20	5	34	40	1.76
26174545--26174605	28	2.2	27	85	2	77	19	14	14	50	1.77
26183384--26183476	24	3.9	24	84	0	114	31	20	21	26	1.98
26183383--26183475	48	1.9	48	88	0	141	31	19	21	27	1.97
26187082--26187120	20	1.9	20	84	5	51	38	0	17	43	1.50
26187424--26187576	43	3.6	43	75	8	136	29	15	26	28	1.96
26190433--26190649	49	4.6	48	74	9	196	25	26	18	28	1.98
26190385--26190562	98	1.8	97	89	3	277	25	25	19	29	1.98
26199437--26199471	18	1.9	18	88	0	52	20	40	25	14	1.90
26200837--26200871	17	2.1	17	100	0	70	45	11	22	20	1.82
26200837--26200871	8	4.1	9	89	10	56	45	11	22	20	1.82
26201747--26201780	12	2.8	13	86	13	54	50	0	0	50	1.00
26206397--26206455	27	2.2	27	100	0	118	32	16	11	38	1.86
26213811--26213922	23	4.8	23	78	9	84	37	16	22	24	1.93
26213818--26213888	22	3.2	22	84	7	90	36	16	21	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26215065--26215185	59	2.1	59	95	0	215	40	16	4	38	1.68
26220197--26220461	43	6.2	43	94	0	440	11	23	33	31	1.91
26220640--26220780	29	4.9	28	73	10	133	24	19	28	27	1.99
26220615--26220780	58	2.9	58	94	0	280	23	19	27	29	1.98
26220647--26220801	29	5.4	27	70	9	78	22	18	30	27	1.97
26229483--26229733	37	6.9	37	85	6	352	26	30	18	24	1.98
26229471--26229682	106	2.0	106	98	0	406	28	29	17	24	1.97
26229940--26230422	47	10.0	47	85	6	635	26	29	12	31	1.93
26229940--26230422	145	3.3	145	89	4	706	26	29	12	31	1.93
26229940--26230422	98	5.0	94	89	4	644	26	29	12	31	1.93
26232605--26232783	85	2.1	85	96	2	333	26	27	8	37	1.85
26234231--26234339	57	1.9	58	86	1	157	29	28	18	23	1.98
26234551--26234900	40	8.8	40	91	1	533	26	29	21	23	1.99
26234551--26234900	158	2.2	160	90	1	542	26	29	21	23	1.99
26236155--26236336	37	4.9	37	97	0	328	25	31	19	24	1.98
26236541--26237169	47	13.1	47	87	5	882	26	30	13	30	1.93
26236541--26237168	145	4.3	142	92	3	936	26	30	13	30	1.93
26236541--26237169	98	6.5	98	90	4	915	26	30	13	30	1.93
26239352--26239530	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
26241475--26241509	18	1.9	18	88	0	52	28	5	31	34	1.81
26243129--26243192	34	1.9	33	84	9	85	25	21	26	26	2.00
26268165--26268189	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26271351--26271396	20	2.3	20	88	0	74	21	30	30	17	1.96
26272359--26272442	37	2.3	36	83	2	96	33	16	21	28	1.95
26272375--26272458	36	2.3	37	85	6	109	26	16	27	29	1.97
26272432--26272626	42	4.7	41	73	6	142	27	13	27	32	1.94
26276572--26276647	40	1.9	40	86	0	107	17	13	32	36	1.88
26276662--26276734	28	2.6	29	76	4	78	30	9	30	30	1.89
26284232--26284295	28	2.3	28	97	0	119	18	43	17	20	1.88
26290224--26290316	46	2.0	46	97	0	177	29	9	13	47	1.75
26290231--26290328	46	2.1	46	90	0	151	30	12	15	41	1.83
26292825--26292868	19	2.4	18	82	14	54	43	11	34	11	1.77
26299686--26299726	13	3.2	13	96	0	73	21	21	34	21	1.97
26300138--26300176	6	6.3	6	85	5	51	15	5	0	79	0.90
26306075--26306130	9	6.2	9	74	13	53	67	0	1	30	1.01
26306066--26306128	29	2.2	28	84	15	78	66	0	1	31	1.01
26306074--26306125	17	2.8	18	77	13	61	71	0	1	26	0.97
26306066--26306130	28	2.3	27	82	12	78	67	0	1	30	1.00
26309975--26310007	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
26310303--26310611	46	6.7	46	90	1	433	22	23	12	40	1.89
26315235--26315267	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
26315563--26315871	46	6.7	46	93	1	460	22	22	13	41	1.88
26317981--26318048	29	2.3	30	87	5	93	29	17	5	47	1.71
26322741--26322771	12	2.6	12	100	0	62	25	41	25	6	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26329865--26329891	7	3.9	7	100	0	54	29	14	25	29	1.95
26329896--26329934	7	5.6	7	85	11	53	17	0	41	41	1.50
26332218--26332391	27	6.4	27	90	6	178	25	25	14	33	1.94
26332218--26332391	54	3.2	53	84	9	201	25	25	14	33	1.94
26334361--26334467	26	4.2	26	91	2	180	32	7	23	36	1.83
26334361--26334467	51	2.1	52	94	1	189	32	7	23	36	1.83
26341442--26341549	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
26344571--26344620	21	2.3	21	86	10	66	62	2	0	36	1.07
26349810--26349853	22	1.9	24	90	9	74	0	13	15	70	1.17
26364750--26364781	12	2.7	12	95	0	55	50	3	3	43	1.33
26374518--26374573	25	2.2	25	87	6	78	41	19	7	32	1.79
26375839--26375887	16	3.1	16	90	0	80	16	22	16	44	1.86
26377978--26378077	44	2.3	42	80	8	103	24	18	24	34	1.96
26378018--26378105	42	2.0	44	82	8	110	23	15	25	35	1.95
26389378--26389428	21	2.3	22	93	6	86	43	0	23	33	1.54
26397295--26397567	46	5.8	48	75	12	235	22	32	20	25	1.98
26397292--26397567	94	2.9	95	79	8	319	22	31	19	25	1.98
26399218--26399423	27	7.6	27	83	3	254	40	19	8	31	1.81
26399218--26399424	54	3.8	54	87	1	290	40	19	8	31	1.81
26399218--26399484	81	3.3	81	81	3	270	38	20	8	31	1.84
26399218--26399484	27	9.9	26	78	5	219	38	20	8	31	1.84
26399407--26399532	27	4.7	27	72	13	71	37	24	8	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26399516--26399710	27	7.3	27	82	1	212	37	18	18	25	1.94
26399516--26399694	54	3.3	54	80	1	234	37	18	18	25	1.94
26399516--26399692	80	2.2	81	85	1	239	37	19	18	24	1.94
26400157--26400263	6	17.3	6	75	19	96	18	19	14	46	1.84
26400157--26400249	25	3.7	25	92	0	159	18	20	15	46	1.84
26428999--26429216	40	5.5	40	93	1	359	24	27	23	24	2.00
26442086--26442195	40	2.8	40	91	4	161	26	26	21	25	2.00
26442109--26442195	40	2.2	40	100	0	174	26	27	21	24	1.99
26443750--26444387	47	13.6	47	94	1	1057	29	29	8	31	1.87
26446820--26447044	40	5.7	40	87	6	325	26	28	23	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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