Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  58  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16809717--16809813
22
4.3
22
84
7
108
35
19
22
22
1.96
16809688--16809812
45
2.7
45
78
12
128
34
20
21
24
1.97
16811533--16811594
31
2.0
31
93
0
106
27
24
14
33
1.94
16812316--16812373
21
2.8
21
75
15
66
50
8
3
37
1.50
16813705--16813768
31
2.1
31
100
0
128
26
15
15
42
1.87
16817544--16817682
69
2.0
69
87
2
199
20
28
13
38
1.90
16817899--16817972
7
10.6
7
75
13
64
16
2
1
79
0.91
16817896--16817972
19
3.7
21
81
18
90
16
2
1
79
0.92
16817899--16817996
44
2.3
43
81
10
112
16
4
2
77
1.01
16818076--16818122
21
2.3
20
92
3
76
38
0
0
61
0.96
16818382--16818438
20
2.7
21
91
8
98
63
0
0
36
0.95
16821561--16821635
5
15.0
5
73
13
57
18
1
5
74
1.08
16821562--16821636
6
12.7
6
74
14
59
17
1
5
76
1.05
16822884--16823151
92
2.9
92
83
1
340
28
22
18
30
1.97
16824472--16824521
22
2.3
23
82
10
68
54
0
0
46
1.00
16824472--16824538
21
3.1
22
83
10
68
53
1
0
44
1.09
16824553--16824586
17
1.9
18
88
5
52
61
0
2
35
1.11
16824668--16824741
22
3.3
22
73
19
64
55
2
0
41
1.14
16824679--16824747
23
3.1
21
77
20
70
56
4
0
39
1.19
16824747--16824780
4
8.5
4
93
0
59
76
2
0
20
0.92
16835681--16835835
33
4.7
33
86
1
195
36
19
7
36
1.81
16835825--16835920
29
3.3
29
91
0
147
26
29
13
31
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16835840--16836106
31
8.7
31
85
4
305
26
27
16
29
1.97
16837708--16837757
22
2.3
22
92
0
82
28
0
32
40
1.57
16840937--16840979
17
2.3
19
84
11
54
41
6
16
34
1.75
16844357--16844778
139
3.0
137
80
8
444
24
13
10
50
1.74
16844844--16844921
21
3.8
21
72
14
81
26
1
6
65
1.25
16844987--16845032
22
2.1
22
83
0
56
71
2
4
21
1.14
16846419--16846522
22
4.9
21
73
17
65
16
4
2
75
1.09
16846564--16846629
33
2.0
34
94
5
118
37
0
0
62
0.96
16846587--16846646
21
2.9
21
90
5
86
36
0
1
61
1.06
16846576--16846633
14
3.9
14
74
22
55
37
0
0
62
0.96
16846595--16846662
21
3.1
21
87
6
91
42
0
1
55
1.08
16846729--16846794
15
4.5
14
77
5
51
46
0
3
50
1.16
16846708--16846775
15
4.5
15
73
12
59
41
0
1
57
1.08
16846708--16846775
31
2.2
30
82
12
77
41
0
1
57
1.08
16846856--16846892
18
2.1
17
90
5
56
78
0
2
18
0.87
16847152--16847216
20
3.1
22
71
20
59
52
0
1
46
1.10
16847359--16847445
9
9.2
9
70
11
50
77
3
4
14
1.07
16847367--16847400
9
3.8
9
85
14
52
79
2
0
17
0.86
16847354--16847396
13
3.2
13
86
3
50
76
4
0
18
0.95
16847352--16847409
23
2.5
24
83
8
66
75
3
1
18
1.03
16847674--16847706
14
2.3
15
94
5
59
57
0
0
42
0.98
16847762--16847884
23
5.0
25
68
19
71
51
1
0
47
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16847793--16847855
33
1.9
33
90
6
101
58
0
0
41
0.98
16847884--16847944
13
4.6
13
82
10
61
78
3
1
16
0.96
16847898--16847966
22
3.1
21
78
19
54
76
2
2
17
1.03
16848740--16848789
23
2.2
23
81
0
55
32
0
4
64
1.12
16848756--16848841
22
4.0
22
74
15
74
29
1
2
67
1.10
16848749--16848799
23
2.2
23
82
6
68
29
0
3
66
1.09
16851719--16851750
15
2.1
15
94
0
55
15
6
9
68
1.36
16853368--16853494
21
6.0
21
72
3
94
18
24
17
39
1.92
16853374--16853517
42
3.4
42
84
3
173
18
23
17
40
1.90
16855808--16855904
48
2.0
48
89
0
149
36
3
5
55
1.38
16866048--16866096
18
2.7
19
84
12
68
71
0
2
26
0.97
16866044--16866108
26
2.5
26
82
5
78
63
0
1
35
1.04
16875842--16875906
25
2.6
25
90
0
103
18
32
16
32
1.94
16879367--16879403
15
2.5
14
87
12
56
70
2
21
5
1.20
16879367--16879419
26
2.1
26
85
3
72
71
1
22
3
1.12
16881368--16881558
39
4.9
39
86
1
256
29
27
23
19
1.98
16881368--16881560
79
2.5
78
83
1
260
29
26
23
20
1.99
16881336--16881558
118
1.9
118
85
0
311
30
26
22
20
1.98
16882287--16882378
24
3.8
24
97
0
157
35
31
13
19
1.90
16882242--16882378
72
1.9
72
86
0
193
34
30
12
22
1.91
16882242--16882378
48
2.9
48
83
4
161
34
30
12
22
1.91
16883554--16883587
17
2.0
17
100
0
68
41
5
0
52
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16884803--16884836
6
5.7
6
89
0
50
41
0
8
50
1.34
16887306--16887530
39
5.7
39
85
3
155
28
27
23
20
1.99
16887338--16887528
39
4.9
39
87
1
274
27
28
24
19
1.98
16888257--16888348
24
3.8
24
97
0
157
35
31
13
19
1.90
16888212--16888348
72
1.9
72
86
0
193
34
30
12
22
1.91
16888212--16888348
48
2.9
48
83
4
161
34
30
12
22
1.91
16889524--16889557
17
2.0
17
100
0
68
41
5
0
52
1.25
16895815--16895882
25
2.7
25
81
0
91
22
26
17
33
1.96
16900155--16900202
10
4.8
10
79
7
53
68
2
2
27
1.11
16901029--16901107
31
2.6
29
80
7
95
44
1
2
51
1.23
16905146--16905184
20
2.0
20
85
10
53
41
0
17
41
1.50
16908348--16908380
14
2.4
14
94
0
57
9
9
15
66
1.43
16912816--16912854
16
2.4
16
86
4
51
28
0
20
51
1.48
16914641--16915456
409
2.0
409
100
0
1632
35
23
13
27
1.92
16922404--16922436
6
5.5
6
100
0
66
51
0
48
0
1.00
16962956--16962995
19
2.1
19
95
0
71
45
15
7
32
1.74
16964520--16964550
7
4.3
7
92
8
53
12
0
0
87
0.55
16964520--16964550
15
2.1
15
100
0
62
12
0
0
87
0.55
16964533--16964570
20
1.9
20
89
10
60
13
2
5
78
1.02
16973360--16973516
29
5.5
28
90
2
215
28
12
26
33
1.92
16973360--16973515
57
2.7
58
89
3
219
28
12
25
33
1.92
16977090--16977137
4
12.2
4
86
8
64
77
0
0
22
0.78
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
16997888--16997912
13
1.9
13
100
0
50
16
36
40
8
1.77
17005195--17005396
3
66.0
3
69
17
98
29
7
1
61
1.34
17010368--17010397
15
2.0
15
93
0
51
23
26
3
46
1.68
17014493--17014533
18
2.3
18
87
4
57
14
12
19
53
1.72
17016298--17016328
12
2.5
13
94
5
55
35
3
0
61
1.12
17016308--17016370
25
2.5
26
80
15
69
39
0
0
60
0.97
17016398--17016440
15
2.8
15
86
10
52
27
2
0
69
1.00
17016637--17016678
3
14.0
3
100
0
84
33
0
0
66
0.92
17022601--17022630
16
1.9
15
93
6
51
86
0
13
0
0.57
17023593--17023986
45
8.9
45
82
8
434
29
19
25
25
1.99
17025874--17025938
34
1.9
33
84
9
87
38
0
0
61
0.96
17025873--17025920
18
2.6
18
73
3
51
35
0
0
64
0.94
17025877--17025939
25
2.5
26
80
15
69
39
0
0
60
0.97
17025967--17026009
15
2.8
15
86
10
52
27
2
0
69
1.00
17026206--17026243
3
13.0
3
94
5
69
31
0
0
68
0.90
17029794--17030116
84
4.0
83
78
9
306
35
17
25
21
1.95
17029882--17030021
75
1.9
75
93
0
244
37
16
21
24
1.93
17029798--17030102
159
1.9
159
84
2
407
36
17
24
22
1.95
17030709--17030752
21
2.1
21
95
0
79
45
6
0
47
1.29
17031079--17031239
78
2.1
78
95
0
286
41
13
16
28
1.86
17031533--17031784
75
3.2
79
80
9
271
21
25
17
36
1.95
17031695--17031863
93
1.8
93
86
0
248
23
28
17
31
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17034421--17034501
41
2.0
41
97
0
153
37
23
22
17
1.94
17041906--17042031
42
3.0
42
88
0
171
28
12
25
33
1.92
17041955--17042052
42
2.3
42
87
3
135
31
17
22
28
1.96
17049320--17049466
42
3.3
42
83
8
170
27
28
14
29
1.95
17049373--17049467
49
1.9
50
91
2
156
28
29
14
27
1.95
17049389--17049560
47
3.7
46
83
3
164
29
28
15
26
1.96
17049578--17049664
31
2.8
31
91
0
147
27
28
18
25
1.98
17049640--17049816
50
3.5
50
92
0
291
25
22
16
36
1.94
17051987--17052044
29
2.0
29
100
0
116
37
17
13
31
1.89
17057004--17057028
3
8.3
3
100
0
50
68
0
0
32
0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349