genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74166348--74166394	23	2.0	23	95	0	85	36	29	10	23	1.89
74176120--74176188	35	2.0	35	94	0	120	33	17	14	34	1.90
74182107--74182199	34	2.8	34	83	4	109	25	22	24	26	2.00
74184035--74184237	53	3.8	53	75	5	201	20	22	18	37	1.94
74191493--74191602	53	2.1	52	83	6	141	20	22	15	40	1.90
74194719--74194852	40	3.3	40	83	5	162	28	26	20	24	1.99
74202608--74202775	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
74202643--74202828	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
74202645--74202828	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
74213457--74213555	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
74216236--74216352	58	2.0	58	94	0	207	44	22	7	25	1.79
74220461--74220521	25	2.5	24	84	12	72	21	27	19	31	1.97
74226146--74226418	35	7.8	35	78	6	259	43	19	8	29	1.79
74226153--74226418	70	3.8	70	85	2	293	42	19	8	29	1.80
74226214--74226418	105	2.0	105	86	3	288	43	20	8	27	1.81
74228915--74229058	27	5.3	27	88	3	173	29	24	6	39	1.81
74228927--74229058	54	2.4	54	88	0	192	31	23	6	39	1.79
74229050--74229240	27	7.1	27	75	7	138	41	21	9	27	1.85
74229094--74229240	54	2.7	54	76	2	152	42	21	8	27	1.81
74229090--74229239	81	1.9	81	84	2	203	43	20	8	28	1.80
74229196--74229298	27	3.7	27	80	10	109	44	18	5	31	1.73
74229329--74229394	27	2.4	27	82	5	80	36	19	22	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74230112--74230188	20	3.8	20	89	0	118	42	11	16	28	1.84
74231231--74231356	24	5.2	24	89	5	175	28	22	19	30	1.98
74231409--74231464	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
74231409--74231465	20	2.8	20	100	0	114	35	19	10	35	1.86
74233279--74233335	25	2.3	25	84	0	78	22	28	19	29	1.98
74233480--74233567	42	2.1	42	86	0	122	32	13	17	36	1.89
74233593--74233671	31	2.5	31	83	0	104	31	16	26	25	1.96
74233655--74233732	29	2.7	29	93	2	138	30	24	24	20	1.98
74237706--74237751	24	1.9	24	86	0	65	32	23	15	28	1.95
74237862--74237919	24	2.4	24	82	11	73	29	18	22	29	1.98
74242084--74242133	23	2.3	23	83	10	61	24	2	28	46	1.64
74244578--74244730	42	3.5	41	74	13	135	24	23	20	30	1.99
74244703--74244884	48	3.8	48	74	5	145	29	24	18	27	1.98
74262966--74262995	13	2.3	13	94	0	51	53	10	16	20	1.71
74265450--74265549	28	3.6	27	78	2	92	19	23	22	36	1.95
74265450--74265560	27	4.1	26	80	9	114	18	22	20	38	1.93
74265450--74265560	55	2.0	54	82	5	134	18	22	20	38	1.93
74270591--74270683	38	2.4	38	85	0	114	24	22	25	26	2.00
74270687--74270927	43	5.6	43	90	0	383	10	24	32	32	1.90
74275116--74275212	38	2.6	38	81	0	113	22	25	27	23	2.00
74275195--74275456	43	6.1	43	89	0	384	12	24	32	30	1.92
74278257--74278281	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74279713--74280053	47	7.2	47	87	3	486	32	8	30	28	1.87
74279713--74280053	95	3.6	96	89	1	508	32	8	30	28	1.87
74280171--74280249	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
74282102--74282232	43	3.0	43	97	0	244	23	16	34	25	1.95
74282214--74282287	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
74282310--74282707	40	9.9	40	94	1	654	27	19	27	25	1.98
74282311--74282795	120	4.0	117	86	5	569	27	19	27	25	1.99
74282720--74282840	40	3.0	40	79	0	134	23	19	28	27	1.99
74285281--74285305	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
74286737--74287078	47	7.2	47	88	2	495	31	8	30	29	1.87
74286737--74287078	96	3.6	96	91	0	517	31	8	30	29	1.87
74286740--74287078	143	2.4	143	89	3	506	32	8	30	28	1.87
74287196--74287274	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
74292487--74292567	27	3.0	26	84	8	99	16	22	22	39	1.92
74298660--74298689	12	2.5	12	100	0	60	16	16	13	53	1.73
74308068--74308136	24	2.9	24	78	2	59	15	27	0	56	1.40
74308089--74308137	18	2.7	18	83	0	62	16	24	0	59	1.37
74308249--74308282	12	2.8	12	90	0	50	17	23	11	47	1.81
74314467--74314801	48	7.0	48	95	1	600	36	6	26	30	1.82
74314724--74314879	78	2.0	78	94	0	276	37	5	25	32	1.78
74315010--74315112	37	2.8	37	90	0	161	23	21	31	24	1.99
74318355--74318525	93	1.8	93	92	0	288	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74318350--74318522	46	3.7	46	79	10	199	29	28	20	21	1.98
74326412--74326552	56	2.5	54	82	4	147	30	34	17	17	1.93
74329895--74330159	47	5.5	48	75	13	231	27	21	27	23	1.99
74329881--74330160	94	2.9	96	84	7	352	28	20	27	23	1.99
74329928--74330156	47	4.7	49	80	7	252	28	20	27	22	1.99
74331182--74331357	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
74332486--74332670	40	4.7	40	81	5	198	24	22	27	25	2.00
74332486--74332670	79	2.3	81	83	7	218	24	22	27	25	2.00
74332541--74332693	79	1.9	79	84	7	204	26	20	27	25	1.99
74333634--74333698	33	2.0	33	96	0	121	30	16	9	43	1.80
74338666--74338838	40	4.3	41	86	5	185	24	22	27	24	2.00
74346609--74346780	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
74346556--74346778	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
74346636--74346813	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
74350070--74350177	53	2.0	56	81	5	132	29	34	17	18	1.94
74354110--74354216	23	4.7	23	81	4	117	32	26	17	23	1.97
74354110--74354216	46	2.3	46	87	3	144	32	26	17	23	1.97
74362715--74363007	50	5.8	49	75	9	243	25	15	26	31	1.96
74362760--74362996	101	2.4	99	80	5	253	25	15	27	31	1.96
74362718--74363013	151	1.9	153	86	2	418	25	15	27	31	1.96
74375325--74375388	34	1.9	33	84	9	85	31	28	23	17	1.97
74382615--74382779	83	2.0	83	92	0	276	45	16	12	26	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74383364--74383392	14	2.1	14	100	0	58	44	20	13	20	1.85
74383955--74384040	43	2.0	43	81	4	102	26	26	19	26	1.99
74386559--74386613	27	2.0	28	86	10	78	32	25	21	20	1.97
74386846--74386917	32	2.2	32	82	0	90	31	23	20	23	1.98
74387387--74387474	27	3.3	25	82	9	95	31	13	14	39	1.85
74387398--74387572	27	6.5	26	77	7	136	30	12	20	37	1.89
74387430--74387570	53	2.6	54	79	1	158	31	11	19	38	1.87
74398847--74399021	45	3.8	46	80	13	216	20	20	29	29	1.98
74401903--74401981	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
74401894--74401980	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
74404353--74404528	46	3.8	46	80	12	216	20	21	29	28	1.98
74404349--74404520	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
74407176--74407231	28	2.0	28	86	6	78	32	25	21	21	1.98
74407466--74407528	32	2.0	32	83	0	81	34	20	20	23	1.96
74412722--74412948	47	4.8	49	79	7	136	35	16	22	25	1.94
74412913--74413109	54	3.6	54	82	6	229	36	15	24	23	1.94
74418377--74418498	47	2.6	47	93	0	208	35	13	23	27	1.93
74418485--74418673	55	3.5	53	80	11	206	36	17	23	22	1.95
74425006--74425163	79	2.0	79	100	0	316	27	2	22	46	1.65
74433783--74433858	34	2.2	34	86	4	100	31	26	21	21	1.98
74434196--74434258	30	2.1	30	90	0	99	57	12	4	25	1.55
74450270--74450447	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74450271--74450426	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
74450267--74450447	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
74454597--74454938	185	1.8	186	95	0	623	23	27	26	22	2.00
74465274--74465326	26	2.0	26	100	0	106	30	3	15	50	1.61
74466007--74466038	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
74483123--74483344	40	5.6	39	85	7	240	24	22	27	25	2.00
74483176--74483377	76	2.6	77	83	6	214	25	21	27	25	2.00
74491143--74491366	40	5.7	40	86	7	273	24	22	27	25	2.00
74491143--74491366	79	2.8	80	85	8	287	24	22	27	25	2.00
74491196--74491399	79	2.6	79	84	5	227	25	21	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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