genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33836531--33836602	37	1.9	37	81	10	85	38	1	18	41	1.59
33837089--33837135	18	2.6	18	77	12	51	44	10	14	29	1.79
33838782--33838833	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
33838751--33839116	103	3.6	102	93	3	603	30	29	19	19	1.97
33838987--33839038	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
33839444--33839507	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
33839451--33839507	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
33844254--33844501	27	9.3	27	80	3	196	39	20	8	31	1.82
33844254--33844506	53	4.7	53	75	5	197	40	20	8	30	1.82
33844254--33844429	80	2.2	80	88	2	255	42	19	7	30	1.80
33844254--33844475	80	2.8	81	82	4	218	40	20	8	30	1.81
33844247--33844506	107	2.4	107	83	1	333	40	21	8	30	1.82
33844496--33844726	27	8.6	27	85	0	282	36	19	17	25	1.94
33845307--33845415	27	4.1	26	84	5	110	20	21	21	37	1.94
33845532--33845594	6	10.3	6	77	16	67	19	15	15	49	1.80
33850861--33850938	39	2.0	39	89	0	120	34	19	14	32	1.91
33851820--33851849	14	2.1	14	100	0	60	50	13	6	30	1.67
33854566--33854625	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
33854580--33854647	28	2.4	28	92	0	109	27	25	14	32	1.95
33856635--33856732	22	4.5	22	72	10	67	43	18	19	18	1.88
33856783--33856884	27	3.8	27	73	7	82	41	20	18	19	1.91
33856872--33856935	22	2.9	22	76	0	74	35	20	23	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33857292--33857384	27	3.5	26	92	2	141	31	15	19	34	1.92
33860122--33860189	22	3.1	22	75	12	68	42	14	25	17	1.87
33860283--33860337	22	2.5	22	78	0	74	36	21	21	20	1.95
33860691--33860767	27	2.9	27	94	0	127	32	10	16	40	1.83
33860720--33860798	26	3.0	26	85	5	88	29	8	21	40	1.83
33863450--33863497	13	3.7	13	82	0	60	37	20	2	39	1.65
33870018--33870351	47	7.1	47	89	0	472	32	11	30	26	1.91
33870137--33870211	22	3.3	22	66	23	64	32	13	29	25	1.93
33870559--33870810	37	6.8	37	97	0	459	24	18	32	25	1.97
33873359--33873397	21	1.9	20	89	5	60	43	0	25	30	1.55
33880904--33881207	47	6.4	47	91	3	425	32	9	30	26	1.88
33881058--33881179	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
33884682--33884741	27	2.2	27	82	5	68	26	13	23	36	1.92
33886244--33886599	46	7.7	46	74	11	271	30	25	19	25	1.98
33886244--33886608	138	2.6	138	88	3	538	29	25	19	24	1.98
33886244--33886599	92	3.9	92	74	10	312	30	25	19	25	1.98
33895719--33895926	104	2.0	104	97	0	389	32	30	11	25	1.91
33903835--33903887	26	2.0	26	82	7	63	22	16	20	39	1.92
33905156--33905239	24	3.5	24	91	0	123	23	38	2	35	1.68
33905148--33905239	12	7.7	12	66	9	53	23	36	2	36	1.68
33909662--33909744	38	2.1	38	82	4	94	31	10	12	45	1.76
33910883--33910937	26	2.0	26	86	13	74	63	3	10	21	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33915264--33915368	48	2.2	48	79	6	124	36	22	19	21	1.95
33915638--33915671	16	2.2	16	90	10	54	41	14	0	44	1.45
33915944--33915975	16	2.0	16	93	0	55	6	28	40	25	1.79
33917106--33917253	42	3.5	41	77	8	129	31	23	14	31	1.94
33927434--33927648	40	5.4	40	85	5	260	25	28	22	23	1.99
33936391--33936419	12	2.3	13	94	5	51	27	3	6	62	1.37
33939099--33939183	34	2.5	36	78	14	101	30	23	17	28	1.97
33955809--33956121	158	2.0	158	98	0	608	33	9	20	36	1.85
33964950--33965005	28	2.0	29	82	3	69	14	17	44	23	1.85
33969816--33969859	22	2.0	22	95	0	79	54	2	0	43	1.12
33985386--33985579	47	4.1	47	87	0	271	32	11	28	26	1.92
33985415--33985486	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
33985783--33985891	37	2.9	37	93	0	173	23	18	30	27	1.98
33987608--33987830	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
33987688--33987865	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
33995552--33995774	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
33995632--33995809	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
33999262--33999411	42	3.6	42	82	4	178	27	22	18	31	1.97
34004625--34004722	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
34006581--34006713	41	3.2	44	83	10	147	27	25	18	27	1.98
34009610--34009639	1	30.0	1	93	0	51	0	0	96	3	0.21
34021368--34021465	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34028167--34028457	51	6.0	48	92	4	399	30	29	8	31	1.88
34028167--34028457	47	6.0	49	92	4	414	30	29	8	31	1.88
34028167--34028455	100	2.9	100	89	5	437	30	29	8	31	1.88
34032470--34032598	29	4.5	29	87	2	145	28	12	26	32	1.92
34040541--34040642	29	3.5	29	89	2	143	28	12	27	31	1.93
34040629--34040655	14	1.9	14	100	0	54	25	22	29	22	1.99
34043677--34043730	21	2.5	22	85	11	76	18	33	35	12	1.89
34047559--34047685	46	2.7	47	80	4	134	28	18	27	25	1.98
34049236--34049314	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
34049432--34050021	47	12.4	47	93	1	840	28	29	9	32	1.88
34053498--34053716	39	5.6	40	84	5	243	25	27	23	23	2.00
34053485--34053716	79	2.9	77	81	6	252	25	28	23	23	2.00
34054022--34054100	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
34054082--34054184	43	2.4	43	95	0	179	28	36	13	21	1.91
34056037--34056115	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
34056234--34056775	47	11.4	47	93	2	782	28	30	9	31	1.88
34056249--34056775	187	2.8	190	89	3	801	28	30	9	31	1.88
34060869--34061006	40	3.5	40	90	1	215	23	23	28	25	2.00
34068782--34068929	38	3.8	38	82	5	154	35	9	10	43	1.72
34073880--34074013	65	2.0	66	97	1	252	32	23	8	35	1.86
34086683--34086764	26	3.2	26	91	0	128	31	7	24	36	1.83
34088108--34088189	26	3.2	26	91	0	137	34	8	21	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34089539--34089646	26	4.2	26	91	0	180	31	7	25	36	1.83
34090996--34091077	26	3.2	26	92	0	146	32	7	24	35	1.83
34092431--34092538	26	4.2	26	92	0	180	33	6	24	36	1.81
34093308--34093399	27	3.6	27	67	24	90	46	8	16	28	1.76
34093841--34093976	27	5.0	27	78	15	156	19	25	21	34	1.96
34093841--34093976	54	2.5	54	91	2	211	19	25	21	34	1.96
34094953--34094984	16	2.0	16	93	0	55	53	6	9	31	1.58
34098870--34098975	25	4.2	26	90	3	171	33	6	23	36	1.81
34098870--34098975	51	2.1	51	92	3	178	33	6	23	36	1.81
34100558--34100693	54	2.5	54	91	2	211	19	23	22	35	1.96
34100561--34100699	27	5.1	27	79	8	149	18	23	22	35	1.96
34103895--34104062	51	3.4	51	73	10	157	31	26	15	26	1.96
34109824--34109854	13	2.4	13	100	0	62	6	25	35	32	1.82
34115876--34115913	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
34118944--34118973	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
34119178--34119414	49	4.7	49	74	8	201	31	25	16	26	1.96
34119183--34119365	101	1.8	101	90	3	298	28	25	18	27	1.98
34131857--34131919	27	2.3	27	88	0	90	26	19	17	36	1.94
34140928--34141047	56	2.1	56	90	0	186	28	11	24	35	1.90
34141000--34141088	41	2.2	41	83	0	106	26	15	23	33	1.95
34140963--34141144	97	1.9	97	86	4	260	26	15	23	34	1.95
34147071--34147153	43	1.9	44	97	2	159	34	19	10	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34151991--34152151	34	4.6	35	87	1	218	18	11	29	40	1.86
34151991--34152151	69	2.3	70	87	3	218	18	11	29	40	1.86
34153795--34154001	48	4.3	47	75	6	155	27	15	29	27	1.96
34161226--34161263	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
34161492--34161662	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
34161487--34161659	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
34162081--34162140	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
34164020--34164057	19	2.0	19	85	10	51	13	21	44	21	1.85
34164274--34164401	27	4.8	27	86	1	159	36	20	18	24	1.95
34164543--34164643	27	3.8	27	74	1	87	21	22	21	33	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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