genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60601128--60601346	79	2.8	80	78	9	218	24	20	27	27	1.99
60601129--60601346	40	5.5	38	75	14	156	24	20	27	27	1.99
60608095--60608279	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
60608076--60608279	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
60611025--60611374	140	2.5	138	81	7	368	24	13	10	52	1.71
60613144--60613189	22	2.1	22	84	4	58	54	6	13	26	1.62
60613352--60613402	26	2.0	26	88	3	77	64	5	0	29	1.17
60613364--60613412	26	2.0	24	92	8	80	63	8	0	28	1.23
60616781--60616934	56	2.7	58	81	5	152	42	16	16	25	1.88
60616813--60616934	58	2.1	56	83	5	147	41	18	17	22	1.90
60617319--60617373	21	2.6	21	73	0	56	54	1	1	41	1.21
60620920--60621188	47	5.8	46	73	14	178	24	29	18	27	1.98
60621019--60621184	46	3.6	44	76	12	154	24	28	18	27	1.98
60620967--60621188	94	2.4	92	83	8	245	24	29	18	27	1.98
60625323--60625373	25	2.0	25	92	0	84	29	21	9	39	1.85
60628549--60628667	47	2.5	48	81	6	129	23	27	18	30	1.98
60630314--60630383	26	2.7	26	82	4	79	27	10	30	32	1.89
60630338--60630419	27	3.1	26	72	11	69	28	13	26	31	1.94
60647840--60647918	39	2.0	39	100	0	158	22	22	15	39	1.91
60651960--60651998	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
60651959--60651998	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
60656537--60656593	22	2.5	22	81	10	71	31	17	22	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60656517--60656603	23	3.9	22	74	15	70	33	17	21	27	1.96
60662581--60662613	16	2.0	17	88	5	50	45	18	6	30	1.73
60663663--60663806	43	3.4	43	81	2	166	27	22	15	34	1.95
60665467--60665554	6	14.3	6	71	17	65	48	14	17	19	1.81
60665476--60665554	31	2.5	31	87	0	104	49	13	17	18	1.80
60665673--60665732	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
60666059--60666523	27	17.2	27	88	0	561	39	7	22	30	1.81
60666059--60666523	81	5.7	81	87	0	624	39	7	22	30	1.81
60666122--60666675	27	20.5	26	81	7	184	36	7	22	33	1.82
60666059--60666601	54	10.0	54	81	4	463	38	7	22	31	1.82
60667394--60667536	71	2.0	71	98	0	277	38	31	6	23	1.80
60669500--60669644	49	2.9	50	81	8	152	36	17	25	20	1.94
60674955--60675234	47	6.0	47	90	0	434	31	11	29	26	1.92
60674982--60675057	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
60674954--60675242	141	2.0	140	95	1	515	31	11	29	27	1.91
60675123--60675198	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
60675397--60675541	37	3.9	37	94	0	245	22	19	33	24	1.97
60678250--60678286	18	2.1	18	100	0	74	35	21	5	37	1.77
60679148--60679329	79	2.3	80	83	6	210	25	28	21	25	1.99
60679148--60679329	40	4.6	40	83	6	203	25	28	21	25	1.99
60680456--60680574	56	2.1	56	98	1	231	22	22	9	45	1.81
60684154--60684205	20	2.6	21	78	9	63	36	17	9	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60684157--60684262	40	2.7	39	72	10	97	37	16	9	35	1.82
60684167--60684234	20	3.4	19	76	11	57	39	16	10	33	1.82
60684412--60684468	25	2.3	24	82	11	71	29	17	21	31	1.96
60684412--60684469	23	2.4	24	85	8	73	29	17	20	32	1.95
60684434--60684490	23	2.5	22	80	5	60	35	17	19	28	1.94
60687098--60687224	46	2.7	46	84	3	166	22	21	25	31	1.98
60692716--60692761	20	2.3	20	88	0	65	36	21	6	34	1.80
60692724--60692771	20	2.4	19	83	13	60	43	18	8	29	1.79
60692977--60693044	22	3.0	22	91	2	100	30	20	23	25	1.98
60694820--60694932	43	2.6	42	80	6	120	29	25	17	27	1.98
60694913--60694968	28	2.0	28	92	0	94	28	26	14	30	1.95
60698118--60698178	27	2.2	28	91	2	97	34	27	8	29	1.86
60698287--60698368	27	3.0	27	82	7	103	19	25	23	31	1.98
60698287--60698401	55	2.1	56	80	8	128	19	24	21	34	1.96
60699466--60699499	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
60702679--60702860	40	4.6	40	85	4	226	26	22	27	23	1.99
60710721--60710860	40	3.5	40	84	5	169	26	24	27	21	1.99
60715685--60715749	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
60715855--60715944	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
60715865--60715955	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
60715855--60715969	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
60720405--60720449	17	2.5	18	82	10	56	48	6	4	40	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60725214--60725274	29	2.1	29	100	0	122	18	6	19	55	1.63
60728636--60728735	29	3.4	29	87	0	146	22	14	25	39	1.91
60728658--60728736	16	5.3	16	66	17	62	21	16	22	39	1.92
60738871--60738996	27	4.7	27	86	2	173	28	23	13	34	1.92
60738860--60738996	53	2.5	53	82	2	166	27	21	13	36	1.92
60741935--60741970	18	2.1	18	89	5	56	27	13	13	44	1.82
60743075--60743131	28	2.0	28	83	6	71	26	26	17	29	1.97
60743083--60743207	29	4.3	29	78	1	117	30	28	14	27	1.95
60750754--60750785	16	2.0	16	93	0	55	37	0	9	53	1.34
60750964--60751016	3	18.0	3	84	11	65	64	0	5	30	1.17
60758658--60758735	24	3.3	23	87	7	102	34	3	41	20	1.71
60760170--60760277	27	4.0	27	83	8	123	16	23	20	39	1.92
60763380--60763412	14	2.4	14	100	0	66	24	0	21	54	1.45
60769537--60769582	24	1.9	25	82	8	60	26	4	8	60	1.44
60773362--60773473	27	4.1	27	82	12	131	16	24	22	37	1.93
60773362--60773473	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	37	1.93
60777775--60777902	46	2.8	46	91	0	211	20	20	28	30	1.97
60780806--60780874	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
60780797--60780884	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
60782131--60782159	15	1.9	15	100	0	58	48	0	6	44	1.29
60783284--60783412	46	2.8	46	92	0	213	20	20	27	30	1.98
60786449--60786672	40	5.6	40	86	3	288	23	23	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60786453--60786672	83	2.7	80	87	6	286	23	23	27	25	2.00
60790604--60790646	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
60791856--60791943	27	3.2	26	85	7	113	13	25	25	36	1.92
60791867--60791967	27	3.7	27	83	8	89	15	24	22	36	1.94
60791856--60791967	54	2.1	54	83	3	136	15	24	24	36	1.93
60797003--60797086	29	2.8	30	84	13	111	27	21	19	32	1.97
60797398--60797445	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
60797481--60797528	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
60808348--60808383	4	9.2	4	93	6	65	22	0	0	77	0.76
60809374--60809434	28	2.1	29	90	3	97	29	11	27	31	1.92
60821378--60821533	27	5.7	27	82	7	163	26	14	29	29	1.95
60821378--60821528	82	1.9	81	87	4	223	26	15	29	29	1.96
60821405--60821554	55	2.8	54	79	4	149	26	15	30	28	1.96
60821377--60821554	27	6.6	27	81	3	160	26	15	29	29	1.96
60821376--60821554	82	2.2	79	80	10	200	26	15	29	29	1.96
60833359--60833532	46	3.8	46	78	13	203	28	28	20	22	1.99
60833367--60833537	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
60833957--60834016	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
60840143--60840336	47	4.1	47	89	0	280	33	10	28	26	1.90
60840172--60840243	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
60840307--60840442	50	2.8	48	86	8	211	36	7	26	30	1.84
60840301--60840463	50	3.3	50	80	14	201	33	7	28	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60840589--60840692	37	2.9	35	83	11	122	21	17	33	27	1.95
60840589--60840670	33	2.3	35	87	8	114	20	19	35	24	1.96
60847616--60847654	21	1.9	21	89	5	62	23	28	20	28	1.99
60849868--60849929	28	2.3	27	91	2	97	37	29	8	25	1.85
60850035--60850147	27	4.2	26	82	7	127	19	22	20	38	1.94
60852685--60852741	22	2.4	24	85	8	73	26	31	10	31	1.90
60863943--60864127	40	4.7	40	80	7	198	27	27	21	24	1.99
60863920--60864074	79	2.0	80	83	7	201	27	26	20	25	1.99
60863971--60864125	79	1.9	79	81	8	181	27	27	20	25	1.99
60870081--60870263	40	4.6	40	82	9	207	25	28	22	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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