genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26755425--26755467	22	2.0	22	90	0	68	23	27	13	34	1.93
26758202--26758253	21	2.4	22	83	3	70	23	36	19	21	1.95
26761788--26761855	34	2.0	34	88	0	100	39	25	7	27	1.82
26763637--26763761	47	2.7	46	83	9	155	28	20	27	24	1.99
26763732--26763897	46	3.6	47	79	8	139	28	18	28	24	1.98
26771258--26771523	47	5.7	48	76	11	205	28	19	28	23	1.98
26773097--26773217	60	2.0	60	90	0	188	31	15	5	47	1.69
26775854--26775917	31	2.1	31	96	0	119	32	21	7	37	1.83
26776770--26776902	46	2.9	47	83	5	146	33	24	20	21	1.97
26779298--26779338	19	2.2	19	100	0	82	41	12	4	41	1.64
26779298--26779349	19	2.8	19	88	5	54	40	9	7	42	1.66
26781572--26781719	67	2.2	66	83	8	174	32	17	28	21	1.96
26797010--26797323	39	8.0	38	82	4	297	31	26	19	22	1.98
26797027--26797323	78	3.8	78	83	2	371	30	25	19	23	1.98
26809563--26809596	17	2.0	17	100	0	68	23	29	23	23	1.99
26822834--26822886	9	6.1	9	80	8	65	50	3	1	43	1.30
26822904--26822939	18	1.9	18	88	5	54	44	0	0	55	0.99
26825628--26825730	24	4.2	24	72	14	68	16	20	24	38	1.92
26825970--26826047	38	2.1	38	97	0	147	20	14	23	42	1.88
26826980--26827136	43	3.7	42	76	9	140	28	19	22	29	1.98
26830897--26830956	23	2.5	24	84	15	88	63	0	5	31	1.16
26836359--26836391	14	2.4	14	100	0	66	54	0	18	27	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26837518--26837583	24	2.8	23	77	11	71	15	25	24	34	1.94
26841819--26841926	26	4.2	26	95	0	198	36	25	6	31	1.82
26845767--26845810	21	2.0	22	86	4	63	18	27	22	31	1.97
26854132--26854215	26	3.1	26	72	24	91	36	2	13	47	1.55
26854126--26854202	18	4.2	17	72	15	64	33	5	12	48	1.64
26856915--26857871	145	6.6	144	81	11	990	27	6	7	58	1.51
26856917--26857872	291	3.3	287	87	6	1289	27	6	7	58	1.51
26857422--26857472	20	2.6	19	72	9	57	25	0	7	66	1.18
26857438--26857872	147	3.0	147	87	6	641	27	6	7	58	1.50
26858269--26858348	3	28.0	3	73	12	62	0	32	0	67	0.91
26858291--26858373	25	3.2	24	79	17	87	0	28	0	71	0.87
26858271--26858375	28	3.7	29	76	18	105	0	30	0	69	0.89
26858563--26858601	17	2.4	16	83	8	51	10	10	10	69	1.38
26858581--26858612	12	2.6	12	95	5	55	12	6	9	71	1.29
26859459--26859546	31	2.8	31	81	10	90	30	1	2	65	1.12
26859473--26859515	19	2.2	20	87	4	61	30	0	2	67	1.03
26859481--26859538	21	2.7	22	80	19	70	31	1	0	67	1.01
26859472--26859572	9	10.3	9	69	19	60	33	1	1	62	1.18
26859689--26859951	92	2.9	88	76	8	237	32	9	17	41	1.80
26862392--26862429	20	1.9	20	84	10	51	31	5	10	52	1.58
26863850--26864009	59	2.8	58	85	4	234	30	6	16	46	1.73
26863949--26863988	13	3.1	13	88	0	53	30	0	20	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26869963--26870033	36	2.0	36	91	0	115	32	5	16	45	1.71
26877482--26877514	17	2.1	17	88	11	52	24	15	12	48	1.78
26891536--26891571	18	2.0	18	89	10	56	58	0	2	38	1.13
26897053--26897211	27	5.9	27	80	11	166	35	22	23	18	1.96
26897053--26897211	54	3.0	54	86	2	205	35	22	23	18	1.96
26898815--26898922	26	4.2	26	95	0	198	36	25	6	31	1.82
26900271--26900371	34	2.7	39	76	17	113	27	24	20	26	1.99
26900291--26900371	34	2.4	34	87	2	117	30	22	19	27	1.98
26909659--26909795	43	3.2	42	78	10	118	27	18	26	28	1.98
26911327--26911378	19	2.8	17	83	13	59	67	1	28	1	1.12
26914234--26914326	26	3.7	26	73	17	81	49	0	1	49	1.07
26915083--26915117	18	1.9	17	94	5	52	51	5	5	37	1.50
26916018--26916069	19	2.7	19	72	21	54	40	9	11	38	1.74
26917526--26917603	39	2.0	39	100	0	156	41	30	2	25	1.69
26934915--26934950	16	2.3	16	95	4	65	36	0	0	63	0.94
26935954--26935978	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
26937996--26938048	22	2.4	22	84	6	63	39	1	1	56	1.21
26942195--26942317	65	1.9	65	94	0	219	32	6	25	35	1.82
26945329--26945483	38	3.9	40	82	8	167	25	21	25	27	2.00
26945334--26945483	78	1.9	79	84	4	205	26	21	24	28	1.99
26945481--26945630	43	3.5	43	90	0	237	9	23	34	33	1.87
26945481--26945648	86	2.0	86	85	0	228	11	23	33	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26945964--26946090	45	2.9	45	87	5	163	24	22	29	23	1.99
26951533--26951562	14	2.1	14	93	0	51	46	0	10	43	1.37
26957055--26957407	178	2.0	179	90	1	564	21	22	10	45	1.82
26957550--26957592	18	2.4	18	92	0	68	32	11	2	53	1.50
26974651--26974677	11	2.5	11	100	0	54	25	22	0	51	1.48
26979107--26979152	12	3.8	12	75	18	51	58	0	0	41	0.98
26979222--26979265	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
26982479--26982554	27	3.1	27	62	31	71	34	9	10	46	1.70
26982461--26982555	45	2.1	45	100	0	190	36	8	9	45	1.67
26998313--26998371	24	2.5	24	88	0	91	20	22	18	38	1.93
27003810--27003855	18	2.5	19	82	10	60	45	2	17	34	1.61
27004018--27004079	24	2.6	24	82	5	72	19	25	20	33	1.96
27005767--27005807	20	1.9	22	85	14	59	58	2	31	7	1.38
27007682--27007793	27	4.1	27	77	7	111	37	23	22	16	1.94
27009032--27009074	22	2.0	22	85	0	59	67	2	23	6	1.27
27013470--27013581	27	4.1	27	82	10	131	37	22	24	16	1.93
27013470--27013581	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
27016437--27016491	28	2.0	28	100	0	110	54	9	18	18	1.69
27016957--27017073	57	2.1	57	86	0	162	26	20	7	45	1.78
27020503--27020581	42	1.9	42	87	5	117	53	2	6	37	1.40
27024739--27024795	22	2.7	22	86	10	75	70	7	17	5	1.29
27026095--27026136	18	2.3	18	91	0	66	30	14	16	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27028109--27028143	6	5.5	6	87	12	52	80	0	20	0	0.72
27028109--27028150	20	2.1	20	95	0	75	78	0	21	0	0.75
27036260--27036385	55	2.3	55	80	4	139	25	26	30	17	1.97
27042869--27042957	5	16.8	5	73	21	67	74	1	5	19	1.08
27042869--27042957	12	8.4	10	74	21	67	74	1	5	19	1.08
27042884--27042961	40	1.9	41	84	7	106	73	1	6	19	1.12
27046427--27046497	34	2.1	34	100	0	142	26	16	25	30	1.97
27053374--27053446	35	2.1	35	94	0	128	47	20	5	26	1.71
27064213--27064387	45	4.0	45	86	3	214	25	25	21	26	2.00
27071534--27071568	16	2.4	14	90	9	52	77	0	2	20	0.90
27084822--27084902	36	2.2	36	93	4	137	24	16	18	40	1.90
27104207--27104235	12	2.3	13	94	5	51	17	0	24	58	1.38
27105646--27105870	49	4.5	49	83	3	297	28	28	17	25	1.98
27105649--27105870	100	2.2	99	85	3	302	29	27	17	25	1.97
27121456--27121526	35	2.0	35	97	0	133	26	25	7	40	1.81
27125481--27125519	9	4.6	8	87	9	51	71	0	2	25	0.98
27125481--27125519	4	9.2	4	83	10	51	71	0	2	25	0.98
27125486--27125520	13	2.7	13	86	13	54	71	0	5	22	1.07
27125481--27125519	17	2.3	17	86	8	53	71	0	2	25	0.98
27125617--27125670	16	3.5	16	73	16	60	50	0	5	44	1.25
27126704--27126753	15	3.0	15	83	16	55	44	2	14	40	1.56
27126713--27126764	16	2.9	16	74	20	50	44	1	13	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27126906--27127007	45	2.3	45	79	5	116	23	20	16	39	1.92
27127134--27127222	18	4.9	18	83	5	117	40	11	12	35	1.79
27132206--27132251	13	3.5	13	84	3	56	71	0	0	28	0.86
27132209--27132251	9	4.8	9	80	11	52	74	0	0	25	0.82
27132349--27132402	16	3.5	16	73	16	60	50	1	5	42	1.36
27132524--27132558	18	1.9	18	88	0	52	71	2	25	0	1.00
27133435--27133484	15	3.0	15	83	16	55	44	2	14	40	1.56
27133452--27133491	20	2.0	20	90	9	64	42	5	12	40	1.64
27133615--27133721	45	2.4	45	79	3	117	25	16	15	42	1.88
27133848--27133907	18	3.3	18	85	0	84	41	11	10	36	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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