genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30352561--30352780	39	5.6	40	81	5	209	24	26	23	26	2.00
30352548--30352702	79	2.0	79	88	2	231	24	25	23	26	2.00
30352561--30352743	79	2.3	78	83	6	208	24	25	22	27	2.00
30353086--30353164	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
30355067--30355145	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
30355263--30355793	47	11.4	47	94	1	874	29	29	8	32	1.87
30355479--30355551	22	3.3	22	62	11	58	28	28	10	31	1.91
30361641--30361668	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
30363937--30363990	11	5.4	10	78	12	58	35	9	18	37	1.83
30364038--30364159	26	4.8	26	92	1	176	26	26	21	26	1.99
30366422--30366446	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
30366500--30366527	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
30368792--30368839	20	2.3	21	92	3	80	35	10	18	35	1.85
30368887--30368957	26	2.8	26	95	2	126	23	25	23	26	2.00
30370693--30370725	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
30372530--30372694	43	3.9	43	73	12	153	30	22	15	30	1.95
30376469--30376525	23	2.5	23	85	5	71	22	24	17	35	1.95
30384478--30384538	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
30397160--30397326	46	3.5	46	75	12	156	28	28	16	25	1.97
30398405--30398462	21	2.8	21	89	0	80	34	25	24	15	1.95
30398391--30398495	21	5.0	21	79	5	79	38	22	21	17	1.93
30398391--30398495	42	2.4	43	79	6	115	38	22	21	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30398691--30398785	28	3.6	25	81	16	104	46	32	4	16	1.67
30398702--30398785	28	3.0	28	92	1	132	45	32	3	19	1.67
30404583--30404661	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
30404780--30405243	47	9.7	47	93	2	750	29	29	8	32	1.87
30409470--30409502	13	2.5	13	100	0	66	15	33	33	18	1.92
30416442--30416488	24	1.9	24	86	4	67	65	0	6	27	1.16
30420475--30420516	22	2.0	21	81	13	50	38	2	4	54	1.34
30420551--30420584	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
30425302--30425347	23	2.0	23	95	0	83	26	6	23	43	1.78
30430675--30431052	47	8.1	47	93	1	598	32	9	29	28	1.88
30433054--30433156	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
30433138--30433211	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
30433522--30433717	40	4.9	40	81	5	184	26	22	27	24	2.00
30433522--30433718	80	2.5	81	82	5	222	25	22	26	24	2.00
30437116--30437448	47	7.1	47	94	0	531	31	9	31	28	1.88
30445355--30445399	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
30447068--30447115	21	2.3	21	88	0	69	14	31	33	20	1.93
30449096--30449144	25	2.0	25	84	8	64	55	4	6	34	1.44
30450181--30450222	15	2.9	14	82	10	57	35	0	11	52	1.38
30450608--30450666	20	2.9	21	76	19	70	15	23	25	35	1.94
30452527--30452678	43	3.5	44	73	13	129	32	23	17	26	1.97
30456891--30456922	16	2.0	16	100	0	64	12	18	18	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30460930--30461114	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
30460931--30461114	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
30460983--30461147	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
30468246--30468430	40	4.7	40	81	10	202	23	22	27	26	1.99
30468247--30468463	79	2.7	78	77	12	219	25	21	27	25	2.00
30471059--30471103	23	1.9	24	86	13	67	26	6	17	48	1.72
30476994--30477064	34	2.1	34	89	0	106	38	2	23	35	1.70
30478226--30478418	27	7.2	27	77	10	155	37	20	10	31	1.87
30478233--30478418	54	3.5	54	79	5	182	38	18	10	32	1.85
30478348--30478429	27	3.1	26	77	6	76	39	13	13	34	1.84
30478779--30478843	22	3.0	22	79	0	67	23	24	20	32	1.98
30495490--30495736	40	6.2	40	92	3	376	25	27	23	24	2.00
30499890--30499938	25	2.0	25	87	0	71	30	16	22	30	1.96
30499919--30499976	25	2.3	25	84	0	71	37	24	13	24	1.91
30503876--30504056	28	6.3	29	89	1	260	31	30	12	25	1.92
30504273--30504318	16	2.9	16	80	0	56	13	21	10	54	1.69
30515454--30515531	39	2.0	39	100	0	156	30	10	15	43	1.80
30518989--30519084	29	3.3	29	91	1	149	29	31	13	26	1.94
30519301--30519331	16	1.9	16	93	0	53	9	22	19	48	1.78
30531610--30531638	10	2.9	10	100	0	58	31	0	17	51	1.45
30538513--30538688	68	2.6	68	79	12	184	21	28	15	34	1.94
30554064--30554195	47	2.8	47	84	11	173	25	18	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30556837--30556861	13	1.9	13	100	0	50	24	28	24	24	2.00
30560429--30560558	46	2.8	46	83	12	151	29	32	20	18	1.96
30563839--30563868	3	10.0	3	100	0	60	0	66	0	33	0.92
30563941--30564011	35	2.1	35	81	7	83	21	7	15	56	1.63
30568721--30568905	79	2.3	82	81	7	211	25	27	22	24	2.00
30568721--30568905	40	4.7	40	79	10	191	25	27	22	24	2.00
30574294--30574363	32	2.3	30	81	16	81	45	10	7	37	1.65
30574973--30575034	23	2.7	23	80	16	74	41	3	0	54	1.16
30575578--30575607	16	1.9	15	93	6	51	40	0	3	56	1.16
30577310--30577358	3	16.3	3	86	0	71	0	26	0	73	0.83
30577312--30577358	18	2.6	18	93	0	85	0	25	0	74	0.82
30578619--30578669	26	2.0	25	81	11	59	47	17	0	35	1.48
30586772--30586804	17	1.9	17	88	11	50	51	6	6	36	1.51
30587333--30587835	132	3.8	132	82	3	548	25	17	25	31	1.97
30587333--30587867	66	8.1	65	70	8	222	25	17	25	31	1.97
30591946--30592059	43	2.7	43	81	0	147	24	16	26	32	1.96
30592442--30592481	21	1.9	21	89	0	62	2	50	17	30	1.59
30592862--30592894	13	2.5	13	95	0	57	54	6	3	36	1.41
30596210--30596235	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
30598033--30598258	52	4.3	52	88	3	294	33	0	16	49	1.52
30598133--30598216	9	9.6	9	76	12	68	30	1	17	50	1.54
30601040--30601471	116	3.7	115	84	4	564	31	26	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30601040--30601471	232	1.9	230	87	3	643	31	26	14	27	1.95
30601597--30601627	14	2.1	15	94	5	55	74	0	0	25	0.82
30601741--30601790	26	1.9	26	87	0	73	42	4	4	50	1.40
30601760--30601790	16	1.9	16	93	0	53	38	3	0	58	1.15
30601905--30601949	7	6.3	7	92	2	72	28	55	0	15	1.41
30601987--30602065	7	10.9	7	72	12	52	41	35	2	20	1.66
30602308--30602371	7	9.0	7	75	3	56	46	28	1	23	1.61
30602305--30602355	15	3.5	15	78	5	59	47	29	1	21	1.62
30607897--30608283	197	2.0	196	96	0	720	38	18	19	23	1.93
30611422--30611479	29	2.0	29	100	0	116	48	27	0	24	1.51
30612276--30612335	28	2.1	30	84	6	79	53	5	8	33	1.53
30616771--30616863	48	1.9	48	86	4	134	22	19	29	29	1.98
30642286--30642452	40	4.2	40	85	5	216	23	22	28	25	1.99
30642286--30642452	79	2.1	79	83	6	214	23	22	28	25	1.99
30650314--30650520	40	5.2	40	88	4	287	24	22	27	25	2.00
30650314--30650530	119	1.8	119	84	7	298	24	23	27	24	2.00
30653861--30653897	15	2.5	15	90	0	56	13	29	24	32	1.93
30655472--30655501	15	1.9	16	93	6	53	43	20	0	36	1.52
30656877--30657292	67	6.2	68	78	9	356	25	23	15	35	1.94
30656867--30657296	134	3.2	134	83	3	474	25	23	15	35	1.94
30656874--30657296	201	2.1	201	81	4	487	25	23	15	35	1.94
30675497--30675545	19	2.8	18	75	22	50	79	6	2	12	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30675495--30675550	27	2.0	28	86	10	80	76	5	5	12	1.12
30678671--30678886	46	4.7	46	76	6	179	23	30	18	27	1.98
30678619--30678892	46	5.8	47	70	15	149	24	30	18	26	1.98
30679448--30679519	35	2.1	35	100	0	144	41	19	11	27	1.85
30686335--30686466	50	2.8	46	79	15	137	25	30	18	25	1.98
30688100--30688168	27	2.6	27	73	0	66	23	21	11	43	1.85
30688362--30688423	27	2.3	27	91	0	97	29	24	9	37	1.87
30689950--30690004	29	1.9	28	88	3	83	21	20	25	32	1.97
30708662--30708834	45	3.9	45	79	6	174	26	28	21	23	1.99
30708827--30709035	38	5.5	38	92	0	310	31	25	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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