Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  42  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11774221--11774249
14
2.0
15
93
6
51
31
0
0
68
0.89
11775066--11775190
62
2.0
62
100
0
250
48
16
12
22
1.79
11780952--11780991
20
2.0
20
100
0
80
45
20
15
20
1.86
11784089--11784308
116
1.9
115
87
0
323
32
15
20
31
1.93
11787018--11787064
6
7.7
6
81
13
51
0
23
0
76
0.78
11787019--11787058
17
2.4
16
91
4
62
0
25
0
75
0.81
11787044--11787104
33
1.9
32
83
6
79
6
21
4
67
1.33
11788114--11788161
20
2.5
19
83
10
53
68
2
6
22
1.23
11788156--11788217
27
2.3
26
78
8
70
51
11
0
37
1.38
11790445--11790500
20
2.8
20
100
0
112
33
16
10
39
1.83
11792902--11792992
19
4.9
19
89
8
152
38
10
14
36
1.81
11792902--11792999
35
2.7
37
86
12
141
38
10
15
35
1.81
11801509--11802233
298
2.4
298
93
0
1252
32
18
22
26
1.97
11801860--11802068
89
2.4
89
79
9
223
29
17
24
28
1.97
11801860--11802104
87
2.8
86
78
9
230
31
16
23
27
1.96
11802097--11802391
78
3.8
78
84
5
389
32
19
22
25
1.97
11802421--11802589
89
1.9
89
88
0
257
30
15
29
24
1.96
11802405--11802604
45
4.5
45
83
1
249
32
16
28
23
1.95
11802951--11803041
19
4.9
19
89
8
152
37
9
15
37
1.81
11802951--11803064
19
5.8
22
84
14
87
36
8
15
38
1.79
11803329--11803367
18
2.1
19
90
4
62
33
0
0
66
0.92
11804009--11804051
19
2.3
19
95
0
77
32
16
16
34
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11807959--11807993
16
2.2
16
90
5
54
60
0
22
17
1.37
11808747--11808794
19
2.6
19
78
18
57
60
0
2
37
1.09
11811325--11811384
25
2.5
23
76
7
66
75
11
11
1
1.13
11812271--11812306
17
2.1
18
89
5
56
19
8
8
63
1.47
11812492--11812686
26
7.5
26
69
13
87
31
4
4
58
1.38
11812794--11812863
25
2.7
25
76
8
70
28
8
4
58
1.47
11812858--11812928
18
3.9
18
70
7
63
29
1
2
66
1.15
11812857--11812925
36
1.9
35
85
2
93
30
1
2
65
1.16
11812941--11812989
20
2.4
21
82
3
64
28
2
6
63
1.30
11815037--11815123
42
2.1
42
100
0
174
39
4
16
40
1.69
11815550--11815596
23
2.0
23
83
0
58
10
31
12
44
1.77
11819080--11819189
26
4.2
26
95
0
166
34
6
23
35
1.80
11820379--11820420
21
2.0
22
85
4
59
61
0
7
30
1.22
11820433--11820476
20
2.2
20
84
8
54
77
6
13
2
1.07
11822834--11822917
26
3.2
26
94
0
141
33
3
25
38
1.73
11828628--11828711
26
3.2
26
94
0
141
33
4
23
38
1.76
11837988--11838032
22
2.0
22
83
8
56
35
11
0
53
1.37
11839905--11839971
34
1.9
35
84
3
91
32
10
13
43
1.78
11839920--11839958
20
2.0
20
84
0
51
28
12
12
46
1.79
11841315--11841384
27
2.6
27
80
8
79
51
20
2
25
1.61
11844257--11844289
8
4.1
8
92
0
57
63
21
15
0
1.30
11845090--11845162
24
3.0
24
89
0
119
36
4
46
12
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11853955--11854135
89
2.0
89
94
0
317
30
23
11
33
1.91
11859647--11859862
45
4.8
45
79
2
220
45
13
16
24
1.83
11859648--11859857
89
2.3
89
83
4
253
45
13
16
24
1.83
11864786--11864860
38
2.1
35
85
7
96
46
33
5
14
1.67
11871508--11871551
23
2.0
21
82
8
52
45
4
20
29
1.71
11875826--11876298
138
3.4
137
87
3
664
32
17
21
28
1.96
11875963--11876186
44
5.0
44
69
13
125
32
17
21
29
1.96
11878039--11878068
14
2.2
14
94
5
53
20
0
3
76
0.92
11878279--11878304
9
2.9
9
100
0
52
42
11
0
46
1.40
11878398--11878444
22
2.1
22
85
14
62
23
6
4
65
1.33
11878697--11878738
21
2.0
21
100
0
84
47
9
19
23
1.78
11883024--11883058
3
11.7
3
100
0
70
34
0
0
65
0.93
11884351--11884385
2
17.5
2
87
0
52
51
2
0
45
1.16
11885254--11885313
29
2.1
29
100
0
120
23
25
13
38
1.91
11887482--11887528
24
2.0
24
91
0
76
36
21
21
21
1.96
11896356--11896406
18
2.8
18
93
0
93
15
33
33
17
1.92
11896899--11896959
20
3.1
19
74
9
59
39
0
3
57
1.15
11897101--11897191
44
2.1
44
100
0
182
64
6
2
26
1.29
11899040--11899221
42
4.4
42
78
5
199
21
24
36
16
1.94
11899040--11899227
84
2.3
83
82
2
225
21
25
36
16
1.94
11900131--11900185
10
5.6
10
78
4
58
7
12
20
60
1.56
11903539--11903566
3
9.3
3
100
0
56
64
0
0
35
0.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11919753--11919802
22
2.2
22
89
3
73
32
2
16
50
1.56
11923499--11923543
22
2.0
22
91
0
72
33
2
15
48
1.57
11928306--11928330
13
1.9
13
100
0
50
52
0
0
48
1.00
11949997--11950145
50
3.0
50
77
5
133
38
20
10
29
1.87
11950116--11950238
35
3.5
36
82
5
144
45
17
5
31
1.71
11959991--11960085
42
2.3
42
77
10
108
27
28
23
21
1.99
11960467--11960505
10
3.9
10
80
12
53
28
0
2
69
1.02
11962575--11962771
84
2.3
84
81
5
227
16
21
16
45
1.85
11962639--11962773
21
6.4
21
68
3
83
15
22
17
45
1.85
11962584--11962773
42
4.5
42
82
3
188
16
21
17
44
1.87
11965254--11965501
33
7.6
33
78
3
187
36
13
22
27
1.91
11965254--11965501
98
2.5
98
76
7
216
36
13
22
27
1.91
11969031--11969072
21
2.2
20
84
16
54
33
7
26
33
1.83
11973058--11973137
31
2.6
31
85
0
88
30
15
12
42
1.83
11973081--11973164
31
2.7
30
80
7
96
33
15
9
41
1.79
11977301--11977434
49
2.8
48
86
2
187
37
26
14
22
1.92
11978241--11978324
42
2.0
42
92
0
141
35
22
5
35
1.79
11979747--11979887
40
3.5
40
76
10
144
28
16
24
30
1.96
11982306--11982378
34
2.1
34
97
0
137
36
4
27
31
1.76
11984098--11984235
43
3.2
43
77
10
140
26
26
20
26
1.99
11993170--11993195
13
2.0
13
100
0
52
46
0
0
53
1.00
11996142--11996185
23
1.9
23
90
0
70
22
15
6
54
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11999071--11999104
16
2.2
16
89
5
52
35
2
5
55
1.39
11999628--11999694
23
2.9
24
72
20
63
50
1
0
47
1.10
11999632--11999673
22
1.9
22
85
9
59
52
2
0
45
1.13
12004518--12004553
16
2.2
16
90
0
54
80
13
0
5
0.88
12012319--12012385
19
3.5
19
91
0
116
43
11
20
23
1.85
12016199--12016233
10
3.3
10
92
8
52
42
0
11
45
1.40
12017302--12017340
12
3.1
12
82
10
51
0
17
12
69
1.19
12018781--12018814
18
1.9
18
94
5
61
11
20
44
23
1.84
12023670--12023718
3
16.3
3
100
0
98
67
0
0
32
0.91
12024880--12024923
22
2.0
22
100
0
88
27
27
9
36
1.87
12027189--12027283
25
3.8
25
91
0
154
25
22
25
27
2.00
12027416--12027473
25
2.3
25
100
0
116
22
17
27
32
1.96
12027431--12027488
25
2.3
25
87
0
80
25
17
20
36
1.94
12033854--12033902
26
2.0
24
88
8
71
63
6
0
30
1.19
12034512--12034625
43
2.7
43
81
8
135
26
21
23
28
1.99
12050528--12050581
23
2.4
23
84
6
67
57
7
3
31
1.44
12050531--12050601
3
23.3
3
71
8
54
60
5
2
30
1.34
12051186--12051242
17
3.4
17
75
4
53
17
3
7
71
1.22
12055352--12055391
20
2.0
20
85
0
53
47
0
5
47
1.24
12056775--12056845
34
2.1
34
97
0
133
45
12
7
35
1.70
12063030--12063066
8
4.8
8
93
6
67
24
10
0
64
1.25
12063054--12063105
23
2.2
24
86
3
70
30
11
1
55
1.46
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12063115--12063147
16
2.1
16
88
11
50
33
0
9
57
1.30
12063282--12063307
11
2.4
11
100
0
52
34
0
0
65
0.93
12071611--12071966
176
2.0
176
97
0
676
37
8
17
36
1.80
12074259--12074390
40
3.4
39
76
7
124
32
22
17
27
1.96
12084192--12084218
13
2.1
13
100
0
54
14
14
29
40
1.86
12091753--12091841
31
2.9
31
80
6
92
25
32
28
13
1.94
12092248--12092309
31
2.0
31
90
0
97
29
27
24
19
1.98
12094771--12094841
21
3.4
21
68
1
54
25
5
21
47
1.72
12094869--12094895
11
2.5
11
100
0
54
37
0
0
62
0.95
12095050--12095091
20
2.0
20
86
9
57
33
0
9
57
1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349