genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2415135--2415169	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2415028--2415311	120	2.4	120	89	2	428	44	2	4	48	1.35
2415255--2415289	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2415255--2415309	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
2415525--2415576	16	3.2	16	88	0	86	38	32	0	28	1.57
2417308--2417336	15	1.9	15	100	0	58	6	6	3	82	0.93
2420784--2420841	31	1.9	31	82	6	75	41	6	15	36	1.74
2425844--2425891	15	3.2	15	79	5	53	41	2	2	54	1.24
2426428--2426590	83	2.0	83	81	4	195	26	25	26	22	2.00
2426428--2426609	83	2.2	83	79	3	188	26	24	27	21	1.99
2427118--2427213	30	3.2	31	77	11	87	40	1	9	48	1.42
2427165--2427240	30	2.6	29	81	6	80	44	2	6	46	1.43
2431311--2431339	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
2432457--2432523	31	2.2	31	83	5	82	23	7	17	50	1.71
2432468--2432527	31	1.9	31	90	6	95	23	10	20	46	1.80
2434208--2434259	22	2.4	22	74	6	52	73	3	3	19	1.15
2441493--2441531	20	2.0	20	100	0	78	15	33	15	35	1.89
2442480--2442518	18	2.1	19	85	4	53	41	0	0	58	0.98
2442479--2442532	22	2.4	22	84	9	65	46	0	0	53	1.00
2442558--2442609	17	3.1	16	78	8	50	38	0	0	61	0.96
2445640--2445717	31	2.6	31	80	10	90	48	12	6	32	1.67
2447249--2447329	30	2.9	29	72	9	78	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447253--2447327	28	2.6	30	74	16	77	56	0	0	44	0.99
2447253--2447338	30	3.0	27	72	14	75	52	1	0	46	1.08
2450891--2451177	149	2.0	144	90	4	450	35	14	13	36	1.86
2451809--2451837	14	2.1	14	100	0	58	51	6	20	20	1.70
2452906--2452942	14	2.8	14	80	12	51	37	5	21	35	1.77
2460464--2460528	15	4.4	14	72	16	51	30	0	1	67	1.00
2460465--2460529	31	2.1	31	85	5	87	29	0	1	69	0.98
2460490--2460531	23	1.9	22	85	9	59	30	0	2	66	1.04
2462642--2462715	3	25.0	3	94	2	132	64	0	1	33	1.02
2464848--2465015	91	1.8	91	88	0	255	23	12	20	43	1.86
2464912--2465294	100	3.8	101	84	3	468	27	11	19	40	1.87
2465241--2465349	56	2.0	55	87	1	155	24	9	19	46	1.79
2467866--2467894	15	1.9	15	100	0	58	13	6	6	72	1.26
2470984--2471030	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
2478020--2478064	23	1.9	24	86	13	67	11	6	24	57	1.57
2489980--2490006	14	1.9	14	100	0	54	59	22	0	18	1.38
2492424--2492579	47	3.3	46	84	4	190	26	29	9	33	1.88
2497205--2497253	18	2.7	18	77	0	53	28	24	42	4	1.73
2503557--2503582	13	2.0	13	100	0	52	30	0	38	30	1.58
2504716--2504784	32	2.2	32	84	7	88	27	17	10	44	1.80
2511126--2511153	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
2519976--2520016	7	5.9	7	88	0	55	43	0	12	43	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2519974--2520018	14	3.2	14	80	0	63	42	0	17	40	1.50
2519977--2520016	21	1.9	21	89	0	62	45	0	10	45	1.37
2520965--2521003	7	5.6	7	93	0	69	17	0	35	46	1.49
2524153--2524222	3	23.3	3	74	11	63	31	1	5	61	1.28
2524164--2524225	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
2524188--2524233	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
2524252--2524294	12	3.7	12	78	15	54	30	2	0	67	1.03
2524798--2524835	17	2.2	18	85	4	51	26	0	5	68	1.11
2536911--2537611	44	15.6	46	69	15	234	31	19	22	27	1.98
2536907--2537163	131	2.0	131	85	3	356	30	20	22	26	1.98
2537085--2537523	44	9.8	44	71	13	243	30	17	23	27	1.97
2536956--2537705	219	3.4	219	90	4	1101	31	18	22	27	1.97
2537261--2537713	234	1.9	232	87	3	669	32	18	21	27	1.97
2537583--2537704	44	2.8	44	78	5	122	31	14	22	31	1.94
2538983--2539052	3	23.3	3	74	11	63	31	1	5	61	1.28
2538994--2539055	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37
2539018--2539063	23	2.0	23	82	0	56	30	4	10	54	1.55
2539082--2539124	12	3.7	12	78	15	54	30	2	0	67	1.03
2539632--2539669	17	2.2	18	85	4	51	26	0	5	68	1.11
2546705--2546760	22	2.8	21	76	15	64	32	0	3	64	1.11
2548708--2548750	21	2.0	22	86	4	61	67	4	6	20	1.33
2551400--2551476	31	2.6	30	77	6	86	37	11	12	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554712--2554765	17	3.2	17	74	10	65	57	7	5	29	1.49
2554699--2554765	34	2.0	34	100	0	134	53	5	5	34	1.50
2557477--2557510	16	2.2	15	89	5	50	52	0	5	41	1.25
2560884--2560914	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
2564329--2564432	53	2.0	52	96	1	190	25	31	11	30	1.91
2565090--2565125	5	7.2	5	90	9	56	2	0	16	80	0.83
2565485--2565514	10	3.0	10	90	0	51	36	0	13	50	1.42
2572615--2572789	87	2.0	87	95	1	314	44	12	9	33	1.74
2572919--2573016	9	10.8	9	72	14	67	61	3	0	35	1.12
2573613--2573673	27	2.2	28	80	11	72	31	0	4	63	1.15
2573649--2573718	19	3.7	19	73	17	65	34	1	4	60	1.25
2573849--2573885	15	2.4	16	86	4	58	35	0	0	64	0.94
2578723--2578791	31	2.3	29	81	16	79	33	5	5	55	1.48
2581390--2581445	25	2.2	26	93	6	105	14	17	14	53	1.73
2581792--2581875	29	2.9	30	82	12	95	40	2	14	42	1.58
2582937--2582994	26	2.4	25	80	8	66	44	3	1	50	1.29
2585825--2585864	13	2.9	14	81	7	55	50	0	0	50	1.00
2585818--2585883	27	2.4	26	78	9	69	53	0	0	46	1.00
2585827--2585883	14	4.2	14	80	12	66	50	0	0	49	1.00
2598408--2598457	22	2.3	21	80	12	57	58	8	0	34	1.28
2599304--2599346	23	1.9	23	85	4	61	48	2	2	46	1.27
2599371--2599421	21	2.4	21	80	9	59	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2600020--2600081	24	2.6	23	77	7	61	22	20	6	50	1.71
2601246--2601289	20	2.1	21	84	12	56	27	2	0	70	0.99
2601251--2601290	14	2.9	13	88	7	53	25	2	0	72	0.97
2602350--2602397	24	2.0	24	100	0	96	33	12	50	4	1.59
2605013--2605060	25	2.0	23	84	8	60	41	33	6	18	1.76
2611094--2611156	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
2611276--2611316	14	3.1	14	76	20	52	17	36	0	46	1.48
2616515--2616571	28	2.0	28	86	0	78	31	26	7	35	1.83
2616699--2616739	14	3.1	14	76	20	52	17	39	0	43	1.49
2622275--2622372	49	2.0	49	100	0	196	30	14	10	44	1.78
2626659--2626684	8	3.2	8	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2627746--2627805	16	3.9	16	68	14	54	53	6	15	25	1.65
2627748--2627817	31	2.2	32	82	12	92	50	7	15	27	1.70
2630529--2630558	14	2.1	14	100	0	60	36	6	23	33	1.81
2630750--2630777	12	2.3	12	100	0	56	32	7	0	60	1.24
2638619--2638682	32	2.0	32	96	0	119	70	3	7	18	1.25
2638621--2638676	19	3.3	18	67	27	50	71	3	7	17	1.23
2639250--2639307	18	3.2	17	72	18	55	68	5	0	25	1.10
2639498--2639591	45	2.1	45	95	0	170	42	21	11	24	1.86
2641259--2641311	27	1.9	28	88	3	81	52	5	0	41	1.25
2648153--2648179	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2648556--2648584	13	2.1	14	93	6	51	0	6	3	89	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2655627--2655673	25	1.9	24	87	12	69	17	6	4	72	1.22
2660422--2660461	18	2.2	19	86	4	55	85	2	7	5	0.83
2664725--2664763	18	2.0	20	80	9	55	64	0	0	35	0.94
2664726--2664763	19	2.1	19	90	5	60	63	0	0	36	0.95
2668901--2668938	11	3.5	11	82	10	51	55	2	0	42	1.14
2669995--2670020	12	2.2	12	100	0	52	23	19	15	42	1.89
2671281--2671343	13	4.8	13	76	9	65	38	6	19	36	1.77
2671287--2671343	26	2.1	27	87	3	80	42	5	19	33	1.74
2671598--2671665	22	3.3	19	74	20	57	42	0	1	55	1.08
2673891--2674035	69	2.1	69	97	1	272	42	12	13	31	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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