Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  21  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5777837--5777906
35
2.0
35
100
0
140
11
22
8
57
1.61
5787549--5787598
25
2.0
25
84
0
64
38
2
6
54
1.37
5791336--5791416
40
2.0
40
100
0
162
58
7
7
27
1.52
5793741--5793777
5
7.6
5
87
6
58
78
2
0
18
0.87
5793741--5793777
14
2.6
14
91
4
56
78
2
0
18
0.87
5803826--5803877
26
2.0
26
100
0
104
38
11
19
30
1.87
5809579--5809607
14
2.1
14
100
0
58
44
0
0
55
0.99
5809609--5809640
14
2.3
14
94
0
55
28
3
21
46
1.66
5823498--5823522
13
1.9
13
100
0
50
84
0
16
0
0.63
5823810--5823834
3
8.3
3
100
0
50
68
0
32
0
0.90
5833235--5833313
38
2.1
38
97
0
149
35
16
12
35
1.87
5833297--5833347
24
2.1
24
100
0
102
37
15
19
27
1.92
5833538--5833576
19
2.1
19
100
0
78
25
15
23
35
1.94
5834163--5834226
26
2.5
25
78
12
67
45
1
1
51
1.20
5835701--5835840
53
2.6
53
85
2
183
29
25
17
27
1.98
5836849--5836972
61
2.0
61
98
0
239
22
8
22
45
1.79
5837424--5837457
14
2.3
15
90
5
52
29
5
0
64
1.17
5837448--5837508
17
3.5
18
74
17
56
29
8
0
62
1.24
5837621--5837671
3
17.0
3
100
0
102
33
0
0
66
0.92
5837697--5837748
19
2.7
19
69
3
50
23
9
0
67
1.20
5840499--5840895
138
2.8
137
79
7
372
48
17
12
21
1.79
5841092--5841172
40
2.0
40
100
0
162
51
9
0
38
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5841094--5841164
20
3.3
23
66
22
73
56
9
0
33
1.32
5843742--5843876
62
2.2
62
80
7
148
28
15
22
33
1.95
5844246--5844287
22
1.9
22
90
9
68
45
4
0
50
1.23
5844655--5844720
30
2.2
30
83
5
80
54
9
6
30
1.56
5849708--5849757
3
16.7
3
82
0
64
36
38
0
26
1.57
5849708--5849757
15
3.3
15
94
0
82
36
38
0
26
1.57
5857665--5857720
26
2.2
26
96
0
103
39
16
17
26
1.91
5864236--5864284
26
2.0
24
88
8
71
65
6
0
28
1.16
5864348--5864380
15
2.1
16
88
11
50
69
0
0
30
0.88
5865175--5865261
43
2.0
44
86
2
122
36
20
19
22
1.95
5865336--5865419
43
1.9
44
87
2
125
28
23
22
25
1.99
5865440--5865765
88
3.7
85
81
8
359
34
21
23
20
1.96
5866476--5866604
42
3.1
42
91
0
213
31
17
22
28
1.97
5866907--5866931
12
2.1
12
100
0
50
40
36
8
16
1.77
5868014--5868053
19
2.1
20
90
9
66
27
2
5
65
1.27
5868071--5868111
22
2.0
22
85
9
59
29
0
7
63
1.21
5869340--5869372
17
2.1
16
88
11
50
30
0
0
69
0.88
5869419--5869477
21
2.8
22
80
7
61
22
0
8
69
1.15
5869448--5869496
26
2.0
26
88
8
75
30
0
6
63
1.19
5872800--5872910
56
2.0
56
100
0
222
28
20
21
28
1.98
5883067--5883091
12
2.1
12
100
0
50
16
8
36
40
1.77
5883572--5883601
14
2.1
15
93
6
53
60
0
0
40
0.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5883554--5883600
20
2.3
20
79
13
53
57
0
0
42
0.98
5884018--5884058
19
2.3
18
87
8
57
80
2
0
17
0.82
5886292--5886329
16
2.4
16
86
8
51
31
2
0
65
1.06
5888170--5888209
20
2.1
19
85
4
53
55
2
2
40
1.27
5889980--5890013
17
2.0
17
88
11
52
26
0
17
55
1.42
5890186--5890223
15
2.7
14
88
8
51
42
2
2
52
1.29
5892523--5892594
36
2.0
36
94
0
126
15
15
9
59
1.60
5895284--5895330
13
3.5
13
82
11
51
78
0
12
8
0.95
5904881--5905220
131
2.6
131
89
2
501
27
17
19
35
1.94
5916568--5917132
176
3.2
174
82
4
654
32
19
24
23
1.98
5916569--5917132
87
6.4
89
82
2
604
32
19
24
23
1.98
5919546--5919930
129
3.0
129
84
2
522
35
19
18
27
1.95
5921008--5921060
18
3.1
17
77
20
56
60
1
5
32
1.31
5923557--5923896
131
2.6
130
88
2
481
27
16
19
36
1.93
5927068--5927112
21
2.3
19
85
11
56
8
8
4
77
1.10
5927445--5927490
22
2.2
20
85
11
58
43
2
2
52
1.25
5929021--5929079
27
2.2
27
87
0
91
38
30
3
27
1.73
5933351--5933375
8
3.1
8
100
0
50
88
0
0
12
0.53
5946894--5946958
12
5.3
12
70
9
51
63
0
4
32
1.15
5946905--5946977
19
3.8
19
76
16
55
63
0
6
30
1.21
5946879--5946948
24
2.8
26
85
12
101
61
1
5
31
1.28
5947006--5947065
21
2.9
21
74
0
57
61
3
3
31
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5947387--5947443
24
2.4
23
73
21
55
56
14
5
24
1.59
5947795--5947878
25
3.4
25
74
22
79
57
4
8
29
1.49
5949191--5949239
25
2.0
25
87
0
71
10
4
46
38
1.57
5949310--5949358
21
2.3
21
82
3
53
30
4
30
34
1.76
5950473--5950502
15
1.9
16
93
6
53
36
13
0
50
1.42
5951561--5951759
68
3.0
64
80
8
168
23
29
16
30
1.96
5955828--5955885
26
2.2
25
81
9
62
39
3
1
55
1.27
5957795--5957871
39
2.0
39
100
0
154
50
7
12
28
1.68
5960215--5960348
51
2.7
49
77
16
123
39
5
4
50
1.45
5963200--5963224
12
2.1
12
100
0
50
40
16
20
24
1.91
5968757--5971024
453
5.0
452
89
2
3362
31
16
16
35
1.91
5968757--5970987
902
2.5
907
89
2
3461
31
16
16
35
1.91
5975035--5975183
74
2.0
74
98
0
289
42
14
8
33
1.77
5977001--5977046
21
2.1
23
84
8
60
30
2
4
63
1.26
5980218--5980339
46
2.7
46
96
0
217
42
24
9
23
1.83
5981292--5981352
32
1.9
32
86
6
88
52
16
3
27
1.59
5981325--5981378
27
2.0
27
89
7
83
51
18
3
25
1.62
5983113--5983170
21
2.8
20
80
12
55
53
41
1
3
1.28
5983124--5983172
25
2.0
25
83
0
62
61
32
2
4
1.26
5985640--5985675
12
3.0
12
95
0
63
27
25
5
41
1.77
5993940--5994114
71
2.5
70
85
1
226
27
14
24
34
1.94
5994127--5994562
72
6.0
71
72
11
258
27
16
19
35
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5994339--5994562
72
3.0
72
85
9
306
30
16
19
33
1.94
5994516--5994611
49
2.0
49
95
0
174
29
17
20
32
1.96
5994444--5994683
121
2.0
121
92
1
401
30
16
18
33
1.94
5994565--5994913
75
4.7
74
85
4
398
30
16
19
32
1.94
5994371--5994760
198
2.0
195
85
7
525
31
16
17
34
1.93
5994565--5994917
77
4.7
75
85
5
419
31
16
19
32
1.94
5994565--5994917
149
2.4
150
84
5
439
31
16
19
32
1.94
5994760--5995226
230
2.0
228
83
4
591
29
18
19
32
1.96
5994932--5995056
63
2.0
63
88
3
189
32
18
22
27
1.97
5995076--5995237
88
1.8
88
82
2
209
26
16
19
37
1.93
5995260--5995319
30
2.0
30
90
6
95
20
6
28
45
1.76
5996147--5996199
25
2.2
24
87
9
81
75
18
1
3
1.05
5996147--5996215
26
2.7
26
84
13
81
68
24
2
4
1.22
5998262--5998305
22
2.0
22
100
0
88
50
9
4
36
1.55
6002758--6002823
26
2.5
27
77
2
71
57
0
9
33
1.30
6002866--6002924
21
3.0
21
74
16
63
67
5
3
23
1.26
6008721--6008777
21
2.6
22
73
15
64
28
0
5
66
1.13
6009362--6009402
23
1.9
21
85
14
57
53
0
21
24
1.46
6009732--6009781
15
3.3
15
77
0
64
36
2
10
52
1.47
6009778--6009802
13
1.9
13
100
0
50
52
0
0
48
1.00
6010426--6010466
19
2.2
19
87
12
59
46
0
24
29
1.53
6010414--6010453
13
3.2
13
80
19
50
50
0
25
25
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6015221--6015343
51
2.4
52
89
2
178
26
21
12
39
1.88
6016192--6016241
16
3.1
16
79
2
55
58
0
0
42
0.98
6017935--6017965
5
6.2
5
96
0
53
19
22
22
35
1.96
6022910--6023032
51
2.4
52
87
2
169
27
21
11
39
1.87
6024096--6024124
14
2.1
14
100
0
58
51
20
6
20
1.70
6035172--6035241
5
12.8
5
78
15
52
21
2
1
74
1.03
6035177--6035240
17
3.8
17
82
13
71
21
3
1
73
1.06
6036055--6036229
96
1.9
94
83
8
221
33
16
22
28
1.95
6036812--6036841
15
2.0
15
93
0
51
50
0
10
40
1.36
6039044--6039095
18
3.2
15
76
23
52
26
3
0
69
1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349