genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6536559--6536633	3	24.3	3	72	20	50	64	1	4	30	1.20
6536557--6536633	12	6.1	12	77	18	68	63	1	3	31	1.20
6536559--6536620	18	3.3	18	81	14	72	62	1	3	32	1.20
6536555--6536633	27	3.0	26	71	17	74	63	1	3	31	1.20
6537182--6537234	18	3.3	18	65	29	55	24	7	52	15	1.68
6537150--6537235	30	2.9	30	92	0	136	26	6	48	17	1.72
6537776--6538308	87	6.2	87	82	8	604	19	21	21	37	1.94
6537776--6538229	44	10.5	44	67	13	228	18	21	21	37	1.94
6538024--6538272	44	5.6	44	72	7	182	18	22	22	36	1.95
6537776--6538265	256	1.9	255	89	1	766	18	22	21	37	1.94
6538074--6538328	43	5.8	43	73	4	204	22	22	21	33	1.97
6548493--6548692	3	64.3	3	67	22	55	60	2	7	29	1.37
6548615--6548692	25	3.0	27	70	19	76	64	1	3	30	1.20
6549207--6549292	30	2.9	30	98	0	163	24	6	52	16	1.68
6549239--6549291	18	3.3	18	65	29	55	24	7	52	15	1.68
6552534--6552585	25	2.1	25	85	0	68	28	11	9	50	1.70
6556727--6556768	15	2.8	15	81	0	57	52	11	16	19	1.74
6583290--6583332	21	2.0	21	86	8	61	48	9	2	39	1.48
6585390--6585447	28	2.2	27	82	11	75	51	6	1	39	1.39
6603358--6603391	17	1.9	17	88	5	50	52	14	0	32	1.42
6619600--6619692	18	5.2	18	88	0	132	34	15	21	29	1.94
6628744--6628776	16	2.0	17	88	5	50	69	0	0	30	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6629230--6629335	37	2.9	37	92	2	178	16	15	20	47	1.83
6629416--6629500	42	2.0	42	93	0	143	22	21	11	44	1.84
6629265--6629466	91	2.2	89	87	5	307	19	18	16	45	1.86
6636481--6636579	52	1.9	52	83	2	128	56	1	9	33	1.37
6636621--6636795	26	6.9	25	73	11	97	58	4	5	30	1.41
6636679--6636796	26	4.5	26	77	9	109	60	5	5	28	1.42
6636647--6636796	50	2.9	50	76	13	137	60	4	5	30	1.40
6664774--6664813	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
6665419--6665443	12	2.1	12	100	0	50	36	8	8	48	1.62
6674593--6674721	67	1.9	67	98	0	249	43	14	13	28	1.83
6677043--6677067	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
6678138--6678173	17	2.1	17	90	10	56	50	0	5	44	1.25
6679076--6679128	24	2.2	24	82	0	61	49	3	5	41	1.44
6686253--6686295	17	2.4	18	81	18	54	58	4	4	32	1.39
6686395--6686425	16	1.9	16	93	0	53	54	6	6	32	1.51
6687797--6687857	27	2.3	27	80	5	70	11	11	37	39	1.78
6698570--6698700	58	2.3	58	90	0	199	32	19	23	23	1.97
6702228--6702475	50	4.9	50	78	2	255	27	17	25	30	1.97
6707316--6707363	26	1.9	24	91	8	78	27	2	4	66	1.21
6707309--6707361	21	2.4	23	76	20	60	24	1	5	67	1.22
6707324--6707367	13	3.4	13	74	0	52	31	2	4	61	1.28
6707709--6707769	27	2.2	28	82	8	72	59	9	4	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6710101--6710174	26	2.7	27	75	21	66	66	2	2	28	1.19
6710107--6710142	17	2.2	16	90	5	54	69	2	0	27	1.02
6710357--6710469	44	2.8	41	78	13	108	38	7	3	51	1.47
6713431--6713477	16	3.3	14	80	13	51	34	2	6	57	1.36
6713726--6713778	27	2.0	27	81	7	63	50	3	18	26	1.64
6714131--6714156	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
6717727--6717774	22	2.2	23	78	14	57	27	2	8	62	1.35
6717989--6718041	3	17.7	3	84	7	72	33	5	0	60	1.20
6718006--6718067	18	3.7	16	80	18	56	32	4	0	62	1.16
6718219--6718256	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
6718350--6718410	24	2.6	23	73	17	61	24	9	3	62	1.41
6718519--6718573	3	18.7	3	76	10	51	32	3	5	58	1.38
6723555--6723633	39	2.0	39	92	0	131	22	13	20	43	1.87
6726969--6727087	24	5.0	24	93	0	184	30	30	27	11	1.92
6727122--6727280	60	2.9	51	81	16	155	27	31	20	20	1.98
6727155--6727268	60	1.9	60	98	0	219	24	30	22	21	1.99
6728316--6728344	6	4.8	6	100	0	58	68	13	17	0	1.20
6735020--6735078	29	2.0	29	93	0	100	40	0	35	23	1.55
6738432--6738498	30	2.2	31	84	7	84	49	19	8	22	1.76
6742548--6742670	38	3.2	38	91	0	192	21	21	26	30	1.98
6742664--6742791	46	2.9	45	82	7	131	25	21	28	24	1.99
6746386--6746416	15	2.1	15	94	5	55	22	12	9	54	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6746585--6746653	31	2.3	31	80	7	79	21	7	20	50	1.72
6749061--6749723	159	4.2	159	92	2	1088	21	17	26	33	1.96
6749061--6749723	312	2.1	315	93	1	1125	21	17	26	33	1.96
6756354--6756412	8	7.9	8	76	14	54	40	8	0	50	1.33
6756354--6756412	22	2.7	22	89	0	91	40	8	0	50	1.33
6756997--6757198	109	1.9	109	93	2	352	29	17	19	33	1.95
6758642--6758674	15	2.1	16	88	5	50	27	12	0	60	1.32
6760903--6761026	61	2.0	61	100	0	248	20	26	14	38	1.91
6761623--6761736	42	2.7	42	82	6	142	28	26	14	31	1.94
6761708--6761830	47	2.6	48	83	3	153	29	26	14	29	1.95
6761869--6761955	45	1.9	45	95	0	156	20	33	17	28	1.95
6761914--6762018	31	3.4	31	90	0	165	23	28	17	30	1.97
6761994--6762122	50	2.5	51	87	5	181	25	20	17	36	1.94
6765782--6765852	13	5.5	13	81	0	79	38	25	8	28	1.85
6767433--6767632	109	1.8	109	93	2	348	33	20	17	28	1.95
6768219--6768273	8	6.9	8	74	15	51	50	0	9	40	1.34
6768223--6768273	22	2.3	22	93	0	84	50	0	9	39	1.35
6769909--6770077	44	3.8	42	76	6	131	30	25	16	27	1.97
6770195--6770428	125	1.9	125	88	0	360	24	18	21	35	1.96
6770570--6770688	44	2.7	45	78	8	136	25	23	25	26	2.00
6770544--6770675	45	3.0	45	75	8	135	22	21	25	29	1.99
6770635--6770817	88	2.1	88	88	4	271	24	25	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6770689--6770953	131	2.0	131	93	0	449	25	26	22	26	2.00
6770681--6770865	43	4.3	43	72	17	166	24	26	22	26	2.00
6770832--6771247	88	4.8	88	90	2	615	25	24	22	27	2.00
6770624--6771030	219	1.9	219	87	1	609	25	26	23	25	2.00
6770832--6771247	175	2.4	175	90	1	636	25	24	22	27	2.00
6772483--6772542	14	4.3	14	81	10	61	13	23	0	63	1.29
6772499--6772543	7	6.4	7	82	7	56	13	20	0	66	1.24
6772875--6772915	6	7.0	6	83	5	57	0	19	0	80	0.71
6772876--6772923	23	2.1	22	92	3	78	2	16	0	81	0.79
6772911--6772965	21	2.6	21	86	11	76	12	3	7	76	1.12
6772911--6772966	22	2.6	22	88	8	80	12	3	7	76	1.11
6772927--6772968	15	2.9	14	80	19	50	11	0	7	80	0.88
6778751--6778950	109	1.8	109	93	2	348	33	20	17	28	1.95
6779538--6779591	8	6.9	8	77	12	58	51	0	9	38	1.34
6779540--6779591	22	2.3	23	93	3	88	51	0	9	38	1.35
6787331--6787372	21	2.0	21	85	0	57	42	14	19	23	1.87
6787711--6787757	17	2.8	17	76	20	53	55	4	2	38	1.31
6788062--6788109	14	3.4	14	72	11	53	43	0	22	33	1.54
6788065--6788121	28	2.0	28	93	0	96	47	0	24	28	1.52
6792631--6792707	24	3.2	24	84	0	109	25	36	18	19	1.94
6799162--6799202	3	13.7	3	94	0	73	29	0	2	68	1.03
6799664--6799711	11	4.6	10	92	2	69	79	4	16	0	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6801361--6801391	12	2.5	12	94	5	53	48	0	16	35	1.46
6801358--6801422	26	2.6	25	75	4	67	49	1	23	26	1.59
6804263--6804536	46	6.0	46	90	0	388	23	25	13	36	1.92
6804434--6804513	25	3.4	24	65	26	62	25	28	13	32	1.94
6806669--6806696	11	2.5	11	100	0	56	71	0	0	28	0.86
6806670--6806745	19	3.7	21	79	10	77	60	6	0	32	1.22
6809142--6809202	15	4.1	14	70	8	50	49	3	1	45	1.28
6814755--6814870	3	39.0	3	78	1	108	62	0	6	30	1.27
6814893--6814961	20	3.5	20	78	4	68	55	2	7	34	1.43
6815043--6815099	13	4.3	13	77	16	55	66	5	5	22	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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