genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93213986--93214046	25	2.5	25	75	17	65	31	26	22	19	1.98
93215487--93215538	22	2.4	22	93	0	86	34	17	19	28	1.94
93215706--93215750	22	2.0	22	83	8	56	26	2	20	51	1.59
93218829--93218879	16	3.2	16	88	0	66	25	19	9	45	1.81
93219791--93219927	47	2.8	48	84	6	188	30	24	18	25	1.98
93222521--93222569	21	2.4	22	80	13	59	59	0	0	40	0.98
93224152--93224209	31	1.9	31	86	6	84	43	13	6	36	1.71
93224149--93224213	31	2.3	27	80	15	76	43	12	6	38	1.67
93227401--93227566	46	3.6	46	76	13	187	28	30	19	20	1.97
93227409--93227580	93	1.8	93	91	2	283	27	30	20	21	1.98
93240909--93241085	93	1.9	93	86	4	250	38	18	16	26	1.92
93243708--93243746	21	1.9	20	84	5	51	61	7	0	30	1.24
93243878--93243932	18	3.2	18	80	16	64	65	0	1	32	1.03
93244625--93244690	32	2.1	32	97	0	123	39	9	22	28	1.85
93246289--93246339	20	2.7	18	80	14	59	43	0	19	37	1.51
93246985--93247106	46	2.7	46	85	2	165	28	16	28	26	1.97
93247170--93247342	49	3.6	48	79	5	179	27	21	28	21	1.99
93247072--93247342	142	1.9	145	84	8	376	26	20	28	23	1.99
93252149--93252186	16	2.4	16	95	0	67	39	21	5	34	1.76
93255979--93256045	22	2.9	22	82	10	73	32	5	1	59	1.31
93256190--93256253	30	2.1	30	88	0	92	43	18	6	31	1.75
93261121--93261187	20	3.3	20	95	4	118	35	10	19	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93261132--93261187	11	5.5	11	75	16	66	35	10	19	33	1.87
93268666--93268701	8	4.5	8	89	0	54	44	19	22	13	1.86
93269207--93269293	20	4.3	20	94	2	149	35	11	19	33	1.88
93269218--93269293	11	7.5	11	74	16	83	35	11	19	32	1.88
93269229--93269285	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
93269343--93269415	26	2.8	27	89	8	116	24	26	21	27	2.00
93273711--93273755	24	1.9	23	82	13	56	48	24	6	20	1.73
93274877--93275041	35	4.8	35	70	11	106	29	24	15	30	1.96
93274832--93275078	103	2.4	101	87	3	386	29	23	15	31	1.95
93276581--93276802	40	5.6	40	85	4	236	26	27	21	24	1.99
93276734--93276811	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
93284465--93284685	40	5.6	39	86	4	239	26	28	20	24	1.99
93284468--93284685	79	2.8	79	83	4	235	25	28	21	24	1.99
93297548--93297715	40	4.2	40	82	8	148	27	27	20	24	1.99
93297583--93297768	80	2.3	80	83	9	229	27	27	20	23	1.99
93297585--93297768	40	4.6	40	83	7	205	27	27	21	23	1.99
93304209--93304391	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
93304188--93304391	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
93304989--93305076	37	2.4	37	100	0	176	32	22	14	29	1.94
93305669--93305714	24	1.9	24	86	8	67	6	17	2	73	1.14
93308891--93309073	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
93308870--93309073	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93309672--93309759	37	2.4	37	100	0	176	32	22	14	29	1.94
93317315--93317961	40	16.2	40	93	0	1062	24	27	18	29	1.98
93326535--93326639	52	2.0	52	100	0	210	27	15	22	34	1.94
93331810--93331919	26	4.2	26	91	0	175	35	24	6	33	1.81
93349088--93349262	46	3.8	46	77	11	196	20	20	30	29	1.97
93349085--93349255	92	1.8	93	92	1	290	20	20	30	28	1.98
93356659--93356834	46	3.8	46	78	12	207	19	21	30	28	1.98
93356656--93356827	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
93359034--93359209	49	3.7	48	74	12	166	25	31	17	26	1.97
93360811--93361032	39	5.7	40	84	9	257	25	22	27	24	2.00
93360863--93361055	78	2.5	78	84	8	207	26	21	27	24	1.99
93375413--93375506	42	2.2	42	79	5	100	25	22	22	29	1.99
93375511--93375585	37	2.0	37	94	5	134	28	29	20	22	1.98
93390046--93390208	45	3.8	43	75	12	138	23	16	28	31	1.96
93390385--93390446	20	3.3	20	70	21	71	48	1	14	35	1.54
93390381--93390450	35	2.0	35	100	0	140	45	2	14	37	1.59
93392807--93392847	16	2.4	17	88	8	57	41	0	2	56	1.13
93392816--93392893	16	4.6	16	74	16	59	33	2	2	61	1.23
93392816--93392874	20	3.2	18	83	11	66	33	1	3	61	1.23
93392812--93392894	36	2.4	34	80	9	98	34	3	2	59	1.28
93392816--93392874	10	6.3	9	74	18	50	33	1	3	61	1.23
93392816--93392874	3	19.0	3	74	19	50	33	1	3	61	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93392925--93393019	44	2.2	42	80	12	97	30	4	3	62	1.30
93393316--93393340	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
93399288--93399395	36	2.9	37	90	2	173	28	30	17	23	1.97
93399621--93400350	48	14.9	48	90	3	1034	31	26	6	35	1.81
93403625--93403729	28	3.7	27	76	12	95	31	30	16	21	1.95
93403756--93404124	40	9.2	40	89	2	546	26	28	20	24	1.99
93405386--93405494	37	2.9	37	94	0	191	28	31	18	22	1.97
93405641--93406708	48	22.1	48	90	2	1617	31	26	6	35	1.82
93405641--93406701	291	3.7	292	96	1	1895	31	26	6	35	1.82
93413754--93413972	40	5.6	38	81	10	221	24	28	22	24	2.00
93413754--93413972	74	2.8	79	80	12	220	24	28	22	24	2.00
93413754--93413972	114	1.9	117	82	8	279	24	28	22	24	2.00
93421889--93422057	39	4.3	40	90	4	238	24	28	23	24	2.00
93421887--93422073	79	2.4	79	82	8	236	24	27	21	25	1.99
93427240--93427804	119	4.7	119	92	0	896	34	16	18	30	1.93
93427240--93427804	239	2.4	239	91	0	916	34	16	18	30	1.93
93427752--93427997	84	3.0	83	86	1	348	34	20	18	26	1.96
93429506--93429567	16	3.6	16	72	16	52	32	3	1	62	1.20
93429994--93430018	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
93431325--93431358	16	2.1	16	100	0	68	50	11	11	26	1.73
93434913--93435008	29	3.3	29	89	1	149	29	31	13	26	1.94
93436821--93436862	22	2.0	20	86	9	57	40	4	21	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93437554--93437624	21	3.2	21	64	24	56	47	14	2	35	1.58
93437552--93437642	45	2.0	45	100	0	182	46	15	4	34	1.66
93438220--93438276	29	2.0	29	82	6	71	43	17	21	17	1.88
93440010--93440179	46	3.6	45	81	9	178	31	19	26	22	1.98
93440013--93440233	49	4.6	48	78	7	173	31	19	25	23	1.98
93440010--93440233	98	2.3	95	83	4	263	31	19	25	23	1.98
93444599--93444660	31	2.0	32	87	3	90	30	17	17	33	1.94
93444944--93444974	16	1.9	16	93	0	53	29	16	25	29	1.96
93445142--93445332	27	7.1	27	83	0	247	25	18	17	37	1.93
93445289--93445472	27	6.9	26	74	10	131	30	10	20	39	1.86
93445320--93445525	27	7.7	27	79	2	164	29	8	20	40	1.83
93445317--93445525	81	2.6	81	81	6	221	29	9	21	40	1.84
93445478--93445539	27	2.3	27	82	0	79	29	6	25	38	1.81
93445320--93445539	54	4.1	54	77	5	187	30	8	21	40	1.82
93445518--93445836	27	11.8	27	90	0	449	39	7	22	29	1.82
93445813--93445875	27	2.3	27	80	0	63	30	6	20	42	1.77
93448214--93448283	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
93448503--93448704	27	7.5	27	85	5	248	24	19	19	36	1.95
93448501--93448699	54	3.7	54	86	1	274	24	19	19	36	1.95
93448503--93448710	81	2.6	80	89	3	310	24	19	19	37	1.94
93448689--93448897	27	7.8	27	80	6	210	29	9	21	39	1.85
93448662--93448911	54	4.6	54	78	5	238	30	10	21	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93448662--93448911	81	3.1	81	82	1	261	30	10	21	38	1.87
93448891--93449097	27	7.7	27	82	0	227	40	7	21	30	1.80
93448848--93449114	81	3.3	81	81	1	248	38	7	20	33	1.80
93448891--93449125	54	4.4	54	80	1	229	39	7	21	31	1.80
93448890--93449125	81	2.9	81	84	3	305	39	7	21	31	1.80
93451493--93451575	25	3.4	24	80	11	96	26	20	24	28	1.99
93451791--93451965	27	6.5	27	86	2	226	26	20	18	34	1.95
93451788--93451960	54	3.2	54	86	3	249	26	21	17	34	1.96
93451981--93452136	27	5.8	27	84	3	161	30	8	19	41	1.82
93451981--93452131	54	2.8	54	83	2	178	29	9	19	41	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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