genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66088223--66088282	27	2.3	27	82	2	68	23	23	20	33	1.97
66092978--66093110	45	3.0	43	82	8	126	35	26	17	21	1.95
66092978--66093110	44	3.0	45	85	6	155	35	26	17	21	1.95
66093505--66093534	8	3.6	8	95	4	51	60	26	0	13	1.34
66095713--66095879	42	4.0	41	74	6	138	32	25	14	27	1.95
66100332--66100693	47	7.6	47	89	3	523	28	29	8	34	1.86
66104838--66104957	60	2.0	61	81	6	145	27	25	19	27	1.99
66104989--66105032	19	2.2	20	84	4	54	34	25	18	22	1.96
66109748--66109967	40	5.4	40	84	3	280	23	24	26	25	2.00
66109749--66109967	83	2.7	80	86	6	282	23	24	26	25	2.00
66113952--66114019	25	2.6	26	69	4	66	52	17	2	26	1.58
66117072--66117105	17	1.9	18	94	5	61	41	5	14	38	1.70
66117092--66117143	19	2.7	19	88	11	88	48	13	11	26	1.77
66118346--66118439	23	4.1	23	84	0	125	48	4	24	22	1.68
66118346--66118436	46	2.0	46	91	0	146	48	4	24	23	1.69
66122851--66122944	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
66125085--66125152	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
66124974--66125301	174	1.9	174	94	0	575	31	24	14	29	1.94
66125254--66125332	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
66133238--66133305	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
66133127--66133454	174	1.9	174	94	1	586	30	24	14	30	1.95
66133407--66133485	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66135438--66135673	43	5.5	43	77	1	195	31	24	13	30	1.94
66135483--66135648	85	1.9	86	81	1	199	31	25	13	28	1.93
66135707--66135801	42	2.3	41	85	5	120	36	24	6	32	1.81
66138900--66138935	18	2.0	18	100	0	72	33	22	16	27	1.95
66139478--66139547	35	2.0	35	91	0	113	18	31	24	25	1.98
66145782--66145994	47	4.6	47	74	12	145	24	30	17	27	1.97
66145869--66145993	46	2.7	46	85	5	153	23	32	18	25	1.97
66160868--66160926	20	2.9	19	82	9	73	69	1	8	20	1.23
66160868--66160925	30	1.9	30	86	6	82	68	1	8	20	1.25
66161282--66161442	33	4.8	32	69	8	97	27	23	16	32	1.96
66161270--66161509	101	2.4	101	89	0	354	27	22	16	33	1.95
66163443--66163485	19	2.3	19	84	11	54	55	4	0	39	1.20
66171622--66171710	26	3.1	29	81	13	112	49	0	3	47	1.18
66171731--66171778	8	5.9	8	80	4	60	31	0	0	68	0.90
66171731--66171780	17	3.0	17	82	5	66	32	0	0	68	0.90
66180979--66181070	27	3.4	27	86	0	121	34	20	20	23	1.96
66181071--66181124	27	2.0	26	89	3	81	22	20	20	37	1.95
66184017--66184240	122	1.9	120	88	5	344	40	11	19	29	1.86
66184684--66184794	55	2.0	55	80	3	125	15	29	28	26	1.96
66189053--66189230	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
66189074--66189229	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
66198659--66198688	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66203813--66203838	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
66221953--66222126	45	3.8	45	79	15	203	28	29	20	21	1.98
66221962--66222131	93	1.8	92	93	1	295	28	30	20	21	1.98
66224489--66224567	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
66224490--66224575	29	3.0	30	81	11	99	56	15	17	10	1.65
66224500--66224575	15	5.2	14	70	19	57	56	14	17	11	1.67
66227293--66227463	92	1.8	93	93	1	299	27	30	21	21	1.98
66227285--66227459	46	3.8	46	79	11	205	28	29	20	21	1.98
66229833--66229909	15	5.2	15	75	12	70	55	15	16	11	1.68
66229831--66229909	29	2.7	29	78	11	79	55	15	17	11	1.68
66231015--66231187	45	3.8	45	75	17	162	20	20	29	28	1.98
66234110--66234155	18	2.5	20	82	13	62	28	10	15	45	1.79
66241349--66241426	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
66241379--66241706	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
66260103--66260146	23	1.9	23	81	9	54	61	9	4	25	1.45
66279102--66279283	40	4.6	40	90	2	287	25	26	22	25	2.00
66295576--66295727	41	3.7	41	93	0	243	36	25	19	18	1.95
66302210--66302346	46	3.0	46	85	2	186	24	30	8	35	1.86
66302320--66302511	47	4.1	47	91	1	278	25	30	11	32	1.91
66317708--66317746	20	2.0	19	85	5	51	56	5	15	23	1.59
66318495--66318649	41	3.8	41	79	1	159	19	26	17	36	1.94
66323722--66323950	50	4.6	50	81	3	280	29	26	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66323722--66323980	101	2.6	101	86	1	342	29	25	19	25	1.99
66325023--66325210	40	4.7	40	90	3	308	24	28	22	23	1.99
66325000--66325210	80	2.7	80	89	4	313	24	27	22	25	2.00
66328869--66329415	47	11.6	47	95	2	850	28	29	8	32	1.87
66328946--66329020	24	3.2	24	61	21	59	26	33	12	28	1.92
66328869--66329415	143	3.9	141	91	3	850	28	29	8	32	1.87
66330679--66330857	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
66332125--66332372	40	6.3	40	89	2	367	25	28	22	24	1.99
66332125--66332372	79	3.1	79	88	2	356	25	28	22	24	1.99
66332117--66332372	118	2.2	119	89	2	390	25	27	22	24	2.00
66332320--66332430	58	1.9	57	92	1	186	24	27	22	26	2.00
66332501--66332575	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
66335003--66335496	47	10.6	47	94	2	827	28	29	8	33	1.87
66335003--66335496	186	2.6	185	93	2	812	28	29	8	33	1.87
66336751--66336927	84	2.1	84	96	2	329	26	28	8	36	1.86
66340924--66341207	50	5.7	49	77	17	243	26	33	9	30	1.88
66340924--66341180	100	2.6	94	78	17	274	27	33	8	30	1.87
66340925--66341437	50	10.4	49	73	18	212	27	31	9	30	1.89
66341127--66341437	48	6.3	47	75	18	187	27	29	10	31	1.90
66342764--66342928	87	1.9	86	85	12	230	28	25	7	38	1.84
66342763--66342944	88	2.1	85	82	11	228	27	27	8	36	1.85
66344375--66344514	41	3.3	41	84	11	167	22	29	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66347180--66347455	50	5.7	45	75	17	211	28	30	9	31	1.89
66347555--66347675	51	2.5	50	82	16	150	31	25	7	35	1.84
66348981--66349087	38	2.7	40	81	11	148	26	27	21	25	1.99
66348948--66349083	40	3.5	40	81	8	147	25	27	21	25	1.99
66353465--66353525	29	2.1	29	100	0	122	37	31	3	27	1.73
66359220--66359252	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
66362022--66362057	12	3.3	11	88	11	56	33	0	0	66	0.92
66365510--66365636	63	2.0	63	100	0	254	36	26	13	23	1.92
66367446--66367567	59	2.1	59	98	0	235	35	15	21	27	1.94
66369867--66369902	17	2.1	18	89	5	56	47	5	5	41	1.50
66371487--66371525	18	2.2	18	85	0	51	23	10	20	46	1.81
66373204--66373268	11	6.1	11	75	5	62	36	13	16	32	1.89
66373204--66373254	21	2.4	21	90	0	75	37	11	19	31	1.88
66373206--66373266	32	1.9	31	83	3	77	36	11	18	34	1.86
66373302--66373348	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
66373540--66373622	31	2.7	31	84	14	111	30	18	26	25	1.98
66377331--66377395	27	2.4	27	84	2	78	30	29	13	26	1.94
66379899--66379992	25	3.8	25	87	2	118	24	25	22	27	2.00
66380140--66380273	42	3.2	42	96	0	241	32	14	19	34	1.91
66380297--66380380	31	2.7	31	96	1	152	27	17	27	27	1.98
66383107--66383163	28	2.1	28	83	3	71	22	29	26	21	1.99
66383296--66383360	27	2.4	27	76	2	69	40	16	24	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66383496--66383695	27	7.4	27	84	2	240	25	22	18	34	1.96
66383497--66383695	54	3.7	54	88	0	281	25	22	17	34	1.96
66383930--66383967	19	2.0	19	85	10	51	21	44	21	13	1.85
66386819--66386852	8	4.2	8	100	0	68	11	0	0	88	0.52
66389464--66390946	47	31.3	47	95	2	2536	31	8	29	29	1.87
66389464--66390946	143	10.4	141	94	2	2536	31	8	29	29	1.87
66389464--66390946	190	7.8	190	96	0	2652	31	8	29	29	1.87
66393870--66393935	32	2.1	32	94	0	114	24	13	10	51	1.72
66397909--66397999	45	2.0	45	89	0	137	38	24	13	24	1.91
66406845--66406888	22	2.0	22	81	0	52	50	15	4	29	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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