genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2681941--2681981	22	1.9	22	85	5	57	24	9	2	63	1.37
2685747--2685793	22	2.1	23	84	7	62	46	0	0	53	1.00
2695900--2695928	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2704164--2704190	13	2.1	13	100	0	54	55	22	14	7	1.64
2707159--2707193	18	1.9	18	88	0	52	25	0	0	74	0.82
2717489--2717518	16	1.9	15	93	6	51	70	3	0	26	1.03
2720602--2720629	12	2.3	12	100	0	56	25	17	7	50	1.72
2739424--2739461	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
2758284--2758782	3	162.3	3	66	10	150	56	3	10	30	1.48
2758626--2758697	31	2.3	31	83	4	92	58	1	5	34	1.30
2758641--2758745	34	3.2	33	73	14	92	60	2	5	30	1.34
2758781--2758808	3	9.3	3	100	0	56	35	0	32	32	1.58
2773710--2773795	28	3.0	28	84	1	109	20	4	26	47	1.70
2773997--2774080	21	4.0	21	87	4	98	13	23	26	36	1.91
2774009--2774069	21	2.8	21	95	5	104	11	26	27	34	1.91
2775161--2775347	46	3.9	48	75	15	163	25	15	28	29	1.96
2779891--2779931	17	2.5	17	88	4	57	58	4	4	31	1.40
2787185--2787298	51	2.2	51	92	0	183	28	22	13	35	1.92
2787277--2787327	14	3.6	14	78	0	57	19	29	11	39	1.87
2793685--2793718	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
2798324--2798357	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
2798818--2798874	24	2.4	25	77	14	66	50	3	7	38	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2809651--2809689	18	2.2	18	85	0	51	35	12	17	33	1.88
2810703--2810731	14	2.1	14	100	0	58	27	6	13	51	1.66
2814536--2814607	35	2.1	35	100	0	144	40	25	2	31	1.70
2816546--2816601	29	1.9	29	96	0	103	23	8	23	44	1.81
2819620--2819741	61	2.0	61	98	0	235	27	33	16	22	1.95
2820714--2820751	20	1.9	20	94	0	67	15	7	5	71	1.28
2824073--2824108	16	2.2	17	90	5	56	33	2	2	61	1.25
2831418--2831668	125	2.0	125	99	0	493	34	19	5	41	1.73
2832545--2832588	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
2833288--2833323	19	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
2839188--2839236	22	2.2	23	78	10	57	18	20	6	55	1.64
2839573--2839661	44	2.0	44	100	0	178	42	20	2	34	1.64
2843790--2843828	20	1.9	20	89	5	60	12	12	5	69	1.35
2845947--2845989	17	2.6	17	81	3	52	58	13	6	20	1.59
2849479--2849537	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
2849581--2849635	17	3.2	17	75	15	51	58	0	1	40	1.09
2850188--2850239	16	3.2	17	71	13	56	57	0	26	15	1.38
2860697--2860783	40	2.2	40	89	0	138	35	21	22	19	1.96
2861366--2861410	22	2.0	22	82	0	54	20	2	31	46	1.62
2861461--2861517	21	2.7	21	81	8	53	22	0	29	47	1.52
2861425--2861516	29	3.2	28	73	6	78	20	2	32	44	1.64
2861630--2861668	20	1.9	21	94	5	71	30	0	30	38	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2861673--2861722	22	2.3	21	79	3	55	24	0	30	46	1.53
2861721--2861763	21	2.0	21	83	16	54	20	2	46	30	1.63
2861228--2861794	301	1.9	299	85	6	797	29	2	22	45	1.65
2861882--2862010	58	2.2	59	86	6	192	22	40	3	34	1.70
2862292--2862356	7	8.2	8	88	8	73	69	3	0	27	1.03
2862302--2862353	7	7.0	7	91	8	77	69	3	0	26	1.06
2862293--2862356	16	4.1	15	86	11	85	68	3	0	28	1.04
2865783--2865836	6	8.7	6	76	15	56	20	1	3	74	1.07
2869069--2869098	14	2.1	14	93	0	51	40	16	13	30	1.87
2871746--2871797	25	2.0	27	85	11	72	28	19	1	50	1.58
2877336--2877413	29	2.6	30	79	4	86	47	8	14	29	1.74
2878748--2878803	21	2.7	21	88	0	85	25	7	37	30	1.82
2879020--2879102	18	4.8	18	68	24	70	49	3	2	44	1.32
2881188--2881230	18	2.4	17	81	11	50	25	4	4	65	1.32
2886171--2886266	47	2.0	49	87	4	142	40	14	21	22	1.90
2895393--2895706	46	6.8	46	92	0	405	41	14	23	21	1.89
2898858--2898955	49	2.0	49	90	4	153	38	14	22	24	1.91
2900696--2900760	22	2.9	22	77	11	62	40	0	1	58	1.07
2902859--2902908	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
2907498--2907547	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
2908065--2908094	11	2.6	12	89	10	53	56	0	0	43	0.99
2908127--2908157	15	2.1	15	93	0	53	45	12	3	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2908719--2908764	23	2.0	23	100	0	92	17	13	4	65	1.42
2913080--2913104	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
2914749--2914782	15	2.4	15	90	9	54	35	0	44	20	1.52
2917262--2917302	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2930340--2930373	9	3.8	9	96	0	59	14	11	8	64	1.49
2932231--2932284	21	2.6	21	96	0	99	11	18	16	53	1.72
2943193--2943227	11	3.1	11	84	8	52	68	2	0	28	1.04
2943246--2943288	23	1.9	22	85	4	59	58	4	9	27	1.49
2943304--2943384	40	2.0	40	97	0	153	35	20	19	23	1.96
2945210--2945255	23	2.0	22	95	4	83	36	13	0	50	1.41
2946897--2946932	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
2951682--2951736	27	2.0	27	96	0	101	27	1	14	56	1.49
2951684--2951731	12	3.8	12	74	15	51	22	2	14	60	1.45
2962703--2962757	24	2.3	24	96	0	101	36	3	25	34	1.74
2963063--2963219	81	1.9	83	85	2	219	24	11	21	42	1.86
2964026--2964057	3	10.7	3	100	0	64	34	31	0	34	1.58
2965183--2965233	24	2.1	24	88	0	75	17	31	23	27	1.97
2965193--2965238	24	1.9	24	90	0	74	17	34	23	23	1.96
2966951--2966989	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
2972853--2972911	26	2.2	26	84	9	73	42	6	3	47	1.46
2978250--2978306	22	2.5	23	85	2	71	29	3	31	35	1.75
2978257--2978306	23	2.2	22	85	3	64	30	2	32	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2978910--2979064	39	3.9	40	91	2	233	47	3	18	30	1.64
2980862--2980886	13	1.9	13	100	0	50	8	28	16	48	1.74
2980869--2981131	44	6.0	44	83	7	284	25	25	17	30	1.97
2980876--2981187	132	2.4	130	87	4	437	25	25	18	31	1.98
2980876--2981224	132	2.6	132	85	4	393	25	26	17	30	1.97
2981229--2981810	205	2.8	205	94	0	1015	28	22	18	30	1.97
2989772--2989798	14	1.9	14	100	0	54	7	40	0	51	1.30
2989842--2989891	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
2994270--2994422	40	3.9	39	90	4	236	30	19	2	47	1.63
2995030--2995086	22	2.5	23	85	2	71	35	31	3	29	1.75
2995050--2995094	22	2.0	22	82	0	54	33	37	4	24	1.76
2999599--2999631	16	2.0	17	88	5	50	45	6	6	42	1.53
2999721--2999770	21	2.5	19	78	12	64	34	2	2	62	1.18
3007722--3007771	24	2.1	24	81	7	57	28	0	6	66	1.15
3008210--3008243	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
3011704--3011752	25	2.0	25	84	7	66	46	0	6	46	1.27
3016627--3016657	14	2.2	14	100	0	62	32	25	0	41	1.56
3016883--3016917	17	2.1	17	94	0	61	28	2	17	51	1.59
3018239--3018267	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
3022181--3022208	10	2.8	10	100	0	56	67	0	0	32	0.91
3024259--3024366	54	2.0	54	100	0	216	31	11	11	46	1.74
3034236--3034286	17	3.1	17	83	13	70	62	9	1	25	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3034893--3034926	17	2.0	17	100	0	68	17	0	52	29	1.45
3037512--3037564	18	2.9	18	88	0	70	39	16	9	33	1.81
3043824--3043861	3	12.7	3	88	0	58	34	5	0	60	1.19
3043696--3044149	147	3.1	147	89	6	687	29	4	5	59	1.42
3043991--3044033	23	1.9	22	86	13	61	32	0	9	58	1.30
3044017--3044056	10	4.1	10	83	3	55	37	0	10	52	1.35
3044006--3044052	16	3.0	16	75	3	51	36	0	6	57	1.24
3046679--3046715	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
3048873--3049148	46	6.0	46	91	1	410	38	15	24	21	1.92
3048873--3049183	46	6.7	46	90	1	399	40	14	24	21	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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