genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63218188--63218241	24	2.2	24	96	0	99	31	18	14	35	1.91
63229912--63230406	27	18.3	27	88	0	695	31	24	5	39	1.78
63230398--63230566	27	6.3	26	76	11	119	36	21	12	29	1.90
63230438--63230562	54	2.3	53	83	1	160	39	21	9	29	1.85
63230438--63230576	27	5.2	26	83	3	143	40	20	9	30	1.84
63230553--63230642	27	3.3	27	80	14	103	43	17	7	31	1.78
63230704--63230768	27	2.4	27	84	5	87	33	18	24	23	1.96
63231578--63231647	25	2.8	24	89	4	95	24	25	24	25	2.00
63231578--63231674	25	4.0	23	84	8	86	26	23	23	25	2.00
63231795--63231886	42	2.2	42	94	0	157	32	11	19	35	1.88
63231910--63232111	31	6.5	31	94	1	334	26	15	28	29	1.96
63238241--63238452	55	3.9	54	80	6	241	33	16	25	24	1.96
63238244--63238446	108	1.9	110	87	4	304	32	17	25	24	1.97
63242937--63243109	46	3.7	46	76	10	181	21	19	27	31	1.97
63242934--63243104	93	1.8	93	92	0	288	21	19	28	30	1.97
63246306--63246330	11	2.3	11	100	0	50	20	8	36	36	1.82
63251081--63251129	12	4.2	12	81	5	64	18	8	4	69	1.30
63254560--63254705	37	3.9	37	73	10	116	42	12	8	36	1.72
63259249--63259287	16	2.4	17	91	4	62	48	35	5	10	1.59
63260800--63260855	29	1.9	29	92	0	94	28	16	26	28	1.97
63262716--63262740	13	1.9	13	100	0	50	24	16	36	24	1.94
63263249--63263313	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63263419--63263508	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
63263431--63263519	27	3.2	28	79	4	72	22	26	19	31	1.97
63263419--63263533	55	2.1	56	80	8	128	19	24	21	34	1.96
63264596--63264629	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
63267916--63268138	79	2.8	78	83	9	274	24	27	22	26	2.00
63267916--63268138	39	5.7	40	87	8	275	24	27	22	26	2.00
63270392--63270442	25	2.0	25	100	0	102	27	17	35	19	1.94
63275555--63275777	79	2.8	78	82	9	265	24	26	22	26	2.00
63275555--63275777	39	5.7	40	86	8	266	24	26	22	26	2.00
63279583--63279651	29	2.4	29	97	0	129	23	15	37	23	1.93
63281926--63281988	27	2.3	27	94	0	108	31	28	7	31	1.86
63282094--63282183	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
63282104--63282194	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
63282094--63282208	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
63282647--63282690	22	2.0	22	82	8	54	15	4	6	72	1.22
63285952--63285990	19	2.1	19	90	0	60	41	23	2	33	1.68
63286128--63286233	47	2.2	48	83	3	135	36	17	21	23	1.95
63286128--63286241	24	4.8	24	76	5	108	36	18	21	22	1.95
63286126--63286265	24	5.8	24	75	7	99	35	17	21	25	1.95
63290079--63290301	45	5.0	45	82	5	244	22	15	26	34	1.95
63292069--63292095	8	3.4	8	100	0	54	22	0	37	40	1.54
63295129--63295866	47	15.6	47	91	2	1172	28	29	8	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63295129--63295866	96	7.8	94	91	2	1172	28	29	8	33	1.87
63295129--63295866	143	5.2	143	96	0	1311	28	29	8	33	1.87
63299191--63299258	34	2.0	34	100	0	136	41	17	23	17	1.90
63300457--63300555	27	3.5	28	90	2	137	27	13	28	31	1.94
63300486--63300568	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
63300457--63300569	28	4.0	27	83	6	100	29	12	25	32	1.92
63305360--63305388	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
63306569--63306621	26	2.0	26	88	0	79	43	20	18	16	1.88
63306814--63307012	27	7.4	27	85	0	254	23	19	18	38	1.93
63306814--63307015	81	2.5	80	87	0	287	23	19	18	38	1.93
63309546--63309712	45	3.7	45	90	0	235	24	14	26	34	1.94
63319297--63319410	38	2.9	39	88	2	167	34	11	10	43	1.75
63325353--63325402	18	2.6	19	75	15	50	0	16	4	80	0.87
63326615--63326710	39	2.5	39	83	8	108	31	8	12	47	1.71
63329699--63329743	23	2.0	23	91	8	74	66	4	11	17	1.38
63332314--63332412	50	1.9	52	93	4	175	31	15	14	39	1.87
63334117--63334169	26	2.0	26	96	0	97	26	3	13	56	1.54
63334121--63334176	26	2.2	26	90	0	85	25	5	10	58	1.52
63334617--63334861	49	4.9	49	85	4	303	26	18	26	28	1.98
63337965--63338053	27	3.3	27	76	6	83	29	14	16	39	1.89
63337979--63338480	27	18.6	27	83	0	549	30	9	20	40	1.84
63340331--63340441	40	2.8	40	79	4	125	31	27	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63343369--63343498	27	4.9	27	72	2	75	41	20	7	30	1.80
63343397--63343510	53	2.1	54	82	4	133	43	19	6	30	1.75
63343490--63343953	27	17.2	27	85	1	509	30	20	7	41	1.80
63344257--63344318	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
63344419--63344518	6	16.3	6	70	15	71	19	18	13	50	1.78
63344419--63344509	37	2.5	37	87	0	128	18	18	12	50	1.77
63346521--63346651	27	4.8	26	76	10	111	39	22	8	29	1.83
63346602--63346693	27	3.4	27	79	5	87	42	20	5	31	1.75
63346521--63346666	54	2.7	54	78	10	154	41	21	7	29	1.81
63346643--63347106	27	17.2	27	87	0	579	31	21	6	40	1.80
63347342--63347393	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
63347616--63347709	6	15.3	6	68	16	50	19	18	13	48	1.80
63347616--63347688	31	2.4	31	85	0	101	19	19	13	47	1.82
63349687--63349810	27	4.7	26	72	13	83	40	22	8	28	1.84
63349738--63349826	27	3.3	27	82	6	108	39	20	10	30	1.85
63349711--63349837	54	2.4	54	78	5	139	39	22	9	29	1.85
63349792--63349880	27	3.3	26	79	6	79	40	20	6	32	1.78
63349833--63350285	27	16.8	27	87	0	557	32	21	6	39	1.79
63350776--63350832	25	2.3	25	87	0	78	19	21	12	47	1.81
63353743--63353789	15	3.2	14	85	8	67	63	2	23	10	1.37
63363047--63363156	42	2.6	43	78	4	125	28	19	23	29	1.98
63366702--63366768	27	2.4	27	80	2	80	52	8	8	29	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63366698--63366764	28	2.4	28	80	2	82	53	10	7	28	1.62
63369644--63369851	37	5.9	37	84	12	276	26	30	18	23	1.98
63369716--63369767	26	2.0	26	100	0	104	26	26	19	26	1.99
63369681--63369804	63	2.0	63	96	0	230	25	29	19	25	1.98
63369644--63369841	100	2.0	100	92	0	333	27	30	18	23	1.98
63369998--63370132	48	2.8	48	97	0	252	30	27	7	34	1.84
63370102--63370295	47	4.1	47	89	0	280	27	29	10	32	1.90
63370217--63370296	25	3.3	25	68	16	69	32	27	6	33	1.82
63375197--63375279	26	3.2	25	83	13	89	25	22	19	32	1.97
63375337--63375393	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
63375329--63375405	20	3.8	20	96	0	145	33	19	11	35	1.88
63375329--63375404	11	7.5	11	74	16	83	32	19	11	35	1.88
63384934--63385170	50	4.8	49	81	12	252	31	26	17	25	1.97
63384934--63385173	101	2.4	99	85	5	297	31	25	17	25	1.97
63386833--63386875	19	2.3	18	84	15	52	4	18	0	76	0.95
63387821--63387998	85	2.1	84	95	3	322	36	8	28	26	1.86
63390182--63390668	47	10.1	47	86	6	641	30	12	30	26	1.93
63390182--63390668	98	5.0	94	89	4	650	30	12	30	26	1.93
63390182--63390668	145	3.3	145	89	4	712	30	12	30	26	1.93
63390401--63390476	24	3.2	24	62	23	61	28	13	32	25	1.93
63390642--63390732	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
63390193--63390717	245	2.2	244	88	5	755	31	12	30	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63390876--63390966	37	2.5	37	98	0	173	23	20	31	24	1.98
63395799--63395976	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
63395800--63395955	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
63395796--63395976	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
63398964--63399156	80	2.4	80	82	5	221	26	29	20	23	1.99
63398934--63399103	40	4.3	40	90	0	234	25	28	21	24	1.99
63398934--63399156	120	1.9	119	81	6	272	26	28	21	24	1.99
63399088--63399165	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
63402611--63402668	21	2.7	22	72	20	59	65	6	0	27	1.18
63404000--63404051	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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