genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85429765--85429809	23	1.9	24	81	4	56	31	2	22	44	1.65
85429974--85430009	16	2.3	15	86	9	54	36	0	0	63	0.94
85432473--85432518	20	2.3	20	96	0	83	43	13	15	28	1.83
85433489--85433556	22	3.0	22	78	8	75	20	26	19	33	1.96
85434922--85434997	38	2.0	38	97	0	143	32	13	22	31	1.92
85436187--85436335	40	3.6	40	82	8	165	26	24	26	22	2.00
85442993--85443068	38	2.0	38	97	0	143	31	13	22	32	1.92
85444255--85444399	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
85463947--85464118	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
85463939--85464114	46	3.8	46	80	10	205	28	29	20	21	1.98
85483705--85483794	40	2.2	40	86	0	126	28	14	26	30	1.95
85490151--85491100	27	35.2	27	80	8	798	28	21	9	41	1.84
85490151--85491095	108	8.8	108	89	2	1276	28	21	9	41	1.84
85490151--85491100	54	17.6	54	86	4	1116	28	21	9	41	1.84
85491090--85491217	27	4.8	27	82	8	95	33	17	18	29	1.95
85491105--85491217	54	2.1	54	89	0	172	35	17	18	28	1.94
85491196--85491256	21	3.0	21	81	13	92	29	18	24	27	1.98
85491195--85491254	18	3.2	18	84	11	84	30	18	25	26	1.98
85491484--85491566	27	3.1	26	86	5	103	19	20	21	38	1.93
85491654--85491712	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
85491877--85491950	27	2.8	27	81	6	80	17	22	21	37	1.94
85492093--85492139	6	7.8	6	90	9	78	17	17	14	51	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85494669--85494850	40	4.4	41	77	9	140	28	12	25	34	1.92
85500990--85501201	40	5.3	40	91	1	329	23	21	25	29	1.99
85514690--85514862	46	3.7	46	78	13	210	21	20	27	30	1.98
85514687--85514857	93	1.8	93	94	0	306	21	20	28	29	1.98
85516869--85516899	16	1.9	16	93	0	53	32	22	3	41	1.70
85517105--85517186	26	3.2	26	63	30	68	32	26	14	25	1.95
85517100--85517339	50	4.8	50	77	3	248	29	25	18	27	1.98
85517159--85517342	101	1.8	101	86	0	269	29	24	19	27	1.98
85523692--85523859	40	4.2	40	80	1	149	25	27	23	23	2.00
85527146--85527174	14	2.1	14	100	0	58	20	27	24	27	1.99
85530488--85530562	37	2.0	37	97	2	141	32	22	13	32	1.93
85537186--85537296	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
85537209--85537353	40	3.6	40	85	4	184	23	25	24	26	2.00
85538542--85538617	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
85558310--85558465	27	5.8	28	76	8	119	17	28	19	35	1.94
85558425--85558488	27	2.4	27	81	5	76	17	25	20	37	1.93
85558571--85558656	45	1.9	45	85	0	118	25	20	10	43	1.84
85561533--85561680	43	3.4	43	79	13	155	28	18	22	30	1.97
85570208--85570265	30	1.9	30	89	0	89	29	22	8	39	1.84
85575337--85575454	43	2.8	42	81	7	148	24	18	25	31	1.98
85578949--85579135	27	6.9	27	87	2	223	32	22	5	39	1.77
85578952--85579135	54	3.4	54	86	0	260	32	23	4	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85578952--85579135	81	2.3	81	89	3	273	32	23	4	39	1.76
85579167--85579344	27	6.6	27	85	5	227	41	21	8	28	1.82
85579310--85579403	27	3.4	27	79	5	98	41	17	8	32	1.79
85579191--85579403	54	3.9	55	80	4	182	40	18	8	31	1.82
85580335--85580402	24	2.8	25	93	2	111	22	29	25	23	1.99
85580550--85580641	42	2.2	42	96	0	166	31	14	20	33	1.92
85580665--85580810	31	4.7	31	95	0	258	28	17	26	28	1.97
85583883--85583914	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
85583998--85584031	14	2.6	14	90	9	54	26	20	14	38	1.91
85588209--85588453	47	5.2	47	89	0	364	33	9	30	26	1.88
85590348--85590460	27	4.2	26	84	8	136	17	23	22	36	1.95
85590348--85590460	55	2.1	54	86	5	156	17	23	22	36	1.95
85594797--85595226	48	9.0	48	78	5	345	25	27	20	26	1.99
85595815--85595863	21	2.3	21	96	0	89	38	20	14	26	1.91
85597931--85598025	43	2.2	43	81	7	113	33	15	23	27	1.95
85597953--85598035	43	1.9	43	82	4	105	34	14	22	27	1.93
85605179--85605210	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
85611505--85611588	43	2.0	43	90	0	132	21	17	32	28	1.96
85619455--85619512	30	2.0	30	82	3	73	44	10	8	36	1.69
85629334--85629534	53	3.7	53	78	4	206	19	24	18	37	1.94
85639486--85639559	27	2.8	26	79	6	76	36	18	24	20	1.95
85639724--85639782	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85639870--85639952	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
85640108--85640171	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
85640152--85640346	27	7.2	27	80	2	212	26	18	17	36	1.93
85640150--85640346	54	3.6	54	86	2	288	26	18	18	37	1.93
85640154--85640346	81	2.4	81	81	1	235	26	18	17	36	1.93
85640351--85640705	27	13.1	27	83	3	437	40	9	21	27	1.85
85640341--85640705	108	3.4	108	90	1	547	40	10	21	28	1.85
85644597--85644652	15	3.7	15	79	13	69	42	8	7	41	1.63
85644592--85644652	31	2.0	31	100	0	122	42	9	6	40	1.64
85657703--85658200	47	10.6	47	91	3	768	33	8	29	29	1.87
85657703--85658200	96	5.3	94	91	3	768	33	8	29	29	1.87
85657703--85658200	143	3.5	143	93	1	808	33	8	29	29	1.87
85661271--85661487	47	4.6	48	77	12	184	24	29	17	29	1.97
85661327--85661439	46	2.4	46	84	7	131	25	30	15	28	1.96
85663094--85663294	108	1.8	110	87	4	300	23	25	16	33	1.96
85663047--85663298	55	4.7	54	78	8	232	22	25	17	34	1.95
85672349--85672395	22	2.1	22	96	0	85	23	23	19	34	1.97
85674417--85674672	55	4.8	54	79	7	240	22	25	16	35	1.94
85674465--85674665	108	1.8	110	87	4	300	24	25	16	33	1.96
85676124--85676213	29	3.1	28	84	7	119	28	15	27	27	1.96
85679572--85679743	43	4.0	43	77	10	181	30	26	18	24	1.97
85682422--85682503	30	2.7	30	94	0	146	34	29	9	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85685014--85685199	40	4.7	40	87	6	236	26	26	21	25	1.99
85692343--85692435	30	3.2	30	74	7	86	26	13	32	26	1.94
85694001--85694256	40	6.4	40	90	2	349	25	27	22	24	2.00
85776664--85776885	39	5.6	39	91	2	295	24	20	27	27	1.99
85776625--85776885	79	3.3	78	84	6	305	24	20	27	27	1.99
85776626--85776885	118	2.2	118	82	4	310	24	20	28	26	1.99
85776664--85776920	79	3.3	79	84	3	234	25	20	28	26	1.99
85776661--85776920	118	2.2	117	80	5	290	25	20	27	26	1.99
85780241--85780285	12	3.8	11	80	13	54	20	51	0	28	1.48
85780234--85780285	24	2.2	24	82	6	61	21	50	0	28	1.49
85782464--85782530	27	2.5	27	90	0	107	35	16	13	34	1.88
85782553--85782652	27	3.7	26	84	5	119	20	25	23	32	1.98
85788699--85788791	27	3.4	27	83	0	123	44	11	18	25	1.84
85800236--85800268	14	2.5	13	90	9	50	33	27	0	39	1.57
85802837--85802928	42	2.2	42	86	0	121	20	25	26	28	1.99
85806565--85806846	51	5.5	51	79	4	196	29	26	16	26	1.97
85806610--85806846	50	4.7	49	78	8	172	31	26	16	26	1.96
85814038--85814090	27	2.0	27	96	0	97	16	20	32	30	1.95
85831178--85831218	18	2.3	18	95	0	73	34	12	24	29	1.91
85843220--85843280	31	2.0	30	87	9	88	27	4	9	57	1.52
85843363--85843402	18	2.1	18	86	9	53	25	0	10	65	1.24
85866369--85866746	48	7.9	48	84	4	435	25	28	19	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85873169--85873348	48	3.8	48	86	0	252	27	28	18	25	1.98
85873169--85873345	96	1.8	96	90	0	282	28	28	18	24	1.98
85883759--85883792	16	2.2	16	89	5	52	26	8	14	50	1.72
85884026--85884122	38	2.6	38	77	11	92	21	3	3	72	1.13
85887639--85887672	15	2.2	16	89	5	52	52	0	17	29	1.45
85889680--85889725	22	2.1	22	84	8	58	39	0	8	52	1.33
85901061--85901091	12	2.7	11	90	9	53	25	3	0	70	1.02
85901254--85901287	11	3.0	11	86	4	50	70	2	0	26	1.01
85903769--85903833	28	2.4	27	78	2	67	29	23	18	29	1.98
85905056--85905110	23	2.6	23	80	11	64	20	30	30	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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