genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89943045--89943199	28	5.8	26	79	8	152	27	16	28	27	1.97
89943037--89943220	81	2.3	81	77	5	203	26	16	28	28	1.97
89947280--89947326	23	2.0	23	91	0	76	48	12	14	23	1.78
89953493--89953536	19	2.2	21	80	15	58	38	0	4	56	1.20
89953496--89953536	18	2.2	20	86	8	59	36	0	4	58	1.20
89962069--89962138	11	6.5	11	74	9	54	24	7	2	65	1.31
89962055--89962123	22	3.2	22	82	13	81	24	4	0	71	1.05
89967021--89967071	11	4.8	10	81	11	57	29	31	0	39	1.57
89968826--89968862	18	2.1	18	94	0	65	24	27	8	40	1.83
89968828--89968869	18	2.3	18	87	0	57	23	28	4	42	1.74
89973459--89973883	48	8.8	48	78	3	388	26	26	18	28	1.98
89973459--89973883	96	4.4	96	81	1	465	26	26	18	28	1.98
89973461--89973883	144	2.9	143	80	4	438	26	26	18	29	1.98
89979599--89979630	15	2.1	15	94	0	55	25	34	15	25	1.95
89980221--89980274	28	1.9	28	85	14	76	16	44	24	14	1.85
89984393--89984717	48	6.7	48	80	3	305	26	25	18	29	1.98
89984446--89984717	144	1.9	144	87	0	400	27	25	16	29	1.97
89985958--89986032	21	3.5	21	94	1	114	25	49	21	4	1.67
89987985--89988020	18	2.0	18	100	0	72	44	5	5	44	1.50
89989326--89989886	125	4.5	125	86	4	746	27	17	17	36	1.93
89990462--89990584	19	6.4	18	69	18	70	60	2	4	31	1.30
89990457--89990578	10	12.4	10	68	22	55	60	1	4	32	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89990496--89990584	28	3.1	28	73	9	81	64	3	4	28	1.29
89991497--89991555	20	2.8	20	80	10	57	37	3	0	59	1.14
89992653--89992701	21	2.3	21	89	0	71	10	44	32	12	1.75
89998240--89998300	18	3.4	18	83	0	86	40	13	4	40	1.65
89998231--89998354	36	3.2	36	75	13	113	41	12	7	37	1.71
89998240--89998310	18	3.9	18	75	10	65	40	14	5	39	1.69
89998336--89998385	18	2.7	19	78	6	66	50	8	8	34	1.61
90000147--90000187	22	1.9	21	85	5	55	58	4	0	36	1.20
90013068--90013134	18	3.6	19	80	11	77	37	0	5	56	1.24
90012987--90013136	19	7.3	20	66	20	71	32	1	7	58	1.34
90015273--90015330	27	2.1	27	80	0	62	29	12	31	27	1.92
90015285--90015441	27	5.8	27	75	10	124	31	10	30	26	1.90
90015285--90015441	81	1.9	81	80	2	181	31	10	30	26	1.90
90015392--90015456	27	2.4	27	81	0	76	40	12	24	23	1.89
90015435--90015501	27	2.5	27	80	0	71	41	17	16	23	1.89
90017453--90017483	14	2.2	14	94	0	53	35	6	16	41	1.74
90018743--90018787	23	2.0	23	100	0	90	35	8	17	37	1.81
90020358--90020382	6	4.2	6	100	0	50	36	0	64	0	0.94
90028037--90028249	40	5.3	40	91	1	331	23	22	26	27	1.99
90036217--90036375	40	4.0	40	94	0	264	23	21	26	28	1.99
90044523--90044561	20	2.0	20	89	0	60	15	5	2	76	1.06
90046630--90046654	13	1.9	13	100	0	50	16	32	36	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90047431--90047456	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
90048363--90048394	16	2.0	16	93	0	55	46	21	6	25	1.74
90049313--90049353	18	2.3	18	100	0	82	39	12	4	43	1.63
90050202--90050284	27	3.3	27	71	22	97	20	21	12	45	1.83
90050198--90050296	49	2.0	49	100	0	198	20	22	12	45	1.83
90057379--90057604	92	2.4	95	82	6	264	26	18	32	22	1.97
90057377--90057603	47	4.8	47	76	12	207	27	18	32	22	1.97
90057383--90057604	97	2.4	91	82	6	248	27	18	31	22	1.97
90059412--90059550	35	4.0	35	83	0	161	34	22	13	29	1.92
90064672--90064728	20	2.9	19	82	12	71	56	1	3	38	1.27
90064617--90064752	68	2.0	70	85	2	186	52	5	2	40	1.36
90071046--90071354	48	6.6	48	73	19	246	27	26	16	29	1.97
90070994--90071364	96	3.9	95	81	10	440	26	27	17	29	1.97
90071153--90071324	86	2.0	86	95	0	308	27	28	16	26	1.97
90074103--90074137	17	2.0	18	94	5	63	57	11	5	25	1.56
90077032--90077056	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
90078148--90078189	14	3.1	14	77	16	52	50	0	4	45	1.23
90096495--90096847	40	8.8	40	83	4	354	40	26	18	14	1.89
90096503--90096857	80	4.4	80	84	6	416	40	26	18	14	1.89
90096490--90096857	120	3.1	119	81	5	404	40	26	18	14	1.88
90100540--90100678	51	2.7	51	82	6	140	28	27	16	27	1.97
90103454--90103527	15	5.0	14	79	9	60	56	16	12	14	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90107009--90107197	50	3.7	50	79	2	180	31	25	17	25	1.97
90107064--90107193	52	2.6	50	82	2	152	33	27	13	24	1.93
90114779--90114810	17	2.0	17	88	11	50	37	9	12	40	1.75
90134361--90134582	46	4.8	45	72	13	148	25	19	30	23	1.98
90148494--90148526	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
90149671--90149710	21	1.9	21	84	0	53	35	7	22	35	1.82
90152100--90152158	28	2.1	28	96	0	109	42	6	23	27	1.79
90152808--90152942	69	2.0	69	86	5	193	20	27	23	28	1.99
90154600--90154633	16	2.1	16	100	0	68	29	0	23	47	1.52
90155607--90155650	20	2.2	20	91	0	70	45	9	0	45	1.35
90157227--90157270	22	2.0	21	91	4	70	11	18	27	43	1.84
90157341--90157545	42	4.8	43	84	5	229	28	31	17	22	1.96
90157544--90157573	15	2.0	15	93	0	51	43	3	0	53	1.17
90157542--90157585	17	2.7	17	86	6	56	45	4	0	50	1.22
90157547--90157592	17	2.8	17	83	9	51	36	6	0	56	1.25
90157819--90157904	43	2.0	43	88	0	127	44	10	10	34	1.73
90162405--90162463	7	8.4	7	86	0	73	32	45	0	22	1.52
90162395--90162463	14	4.9	14	85	0	66	31	44	0	23	1.53
90163151--90163394	41	6.0	41	91	0	380	27	28	23	20	1.99
90163449--90163523	40	1.9	39	86	10	109	22	18	21	37	1.94
90166945--90167201	111	2.3	111	83	2	320	33	26	13	26	1.93
90166972--90167201	55	4.1	56	85	1	302	33	25	13	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90169932--90169959	14	2.0	14	100	0	56	42	21	0	35	1.53
90170571--90170639	6	11.5	6	79	0	57	33	33	28	4	1.77
90170583--90170639	30	1.9	30	88	0	87	35	31	28	5	1.79
90170583--90170634	18	2.9	18	79	0	68	36	30	26	5	1.80
90171104--90171243	49	2.9	49	92	0	235	43	10	11	34	1.75
90174985--90175024	4	9.5	4	84	10	53	0	22	0	77	0.77
90174984--90175027	22	2.0	22	95	0	79	0	25	0	75	0.81
90182152--90182256	25	4.2	25	91	0	156	40	14	7	37	1.74
90182667--90182721	25	2.2	25	100	0	110	41	10	9	38	1.72
90183132--90183186	25	2.2	25	93	0	101	41	12	9	36	1.75
90182202--90184012	465	3.9	465	98	0	3532	35	13	16	34	1.88
90183599--90183653	25	2.2	25	93	0	101	41	12	9	36	1.75
90182202--90184012	932	1.9	930	98	0	3532	35	13	16	34	1.88
90185116--90185170	26	2.1	26	96	0	101	43	12	16	27	1.84
90188872--90188911	20	2.0	21	85	9	57	70	12	0	17	1.18
90190703--90190738	16	2.2	16	90	5	54	19	0	5	75	1.00
90191002--90191044	9	4.8	9	80	8	52	60	2	0	37	1.10
90191022--90191063	22	1.9	22	95	0	75	59	4	0	35	1.19
90195760--90195897	73	1.9	72	86	0	186	46	11	10	31	1.75
90199850--90200008	27	5.9	27	81	11	175	34	21	24	19	1.96
90199868--90200011	54	2.7	54	93	2	236	34	22	24	18	1.96
90200969--90201024	26	2.4	22	73	21	58	37	17	7	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90200976--90201034	26	2.3	26	93	0	100	35	22	6	35	1.80
90205272--90205307	16	2.3	16	90	4	56	22	2	11	63	1.39
90206275--90206433	27	5.9	27	79	11	166	34	20	24	20	1.96
90206293--90206436	54	2.7	54	90	2	227	34	22	24	18	1.96
90207394--90207449	26	2.4	22	73	21	58	37	16	7	39	1.76
90207401--90207459	26	2.3	26	90	0	91	35	20	6	37	1.79
90213809--90213843	6	5.8	6	100	0	70	34	0	65	0	0.93
90215490--90215523	14	2.4	14	90	0	50	35	14	2	47	1.60
90216351--90216415	33	2.0	33	84	0	85	16	43	12	27	1.84
90216674--90216831	48	3.3	48	87	3	212	49	10	9	30	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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