Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  321  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
107215286--107215319
16
2.1
17
88
5
52
52
32
0
14
1.42
107215231--107215345
53
2.1
54
79
3
124
47
31
1
19
1.59
107215472--107215522
15
3.5
15
75
2
50
23
1
27
47
1.63
107216049--107216136
7
12.3
7
81
11
81
76
2
0
21
0.90
107216049--107216136
15
6.1
14
75
11
81
76
2
0
21
0.90
107216067--107216146
7
11.0
7
88
5
79
73
1
0
25
0.90
107216088--107216149
8
8.2
8
84
10
60
69
1
0
29
0.98
107216067--107216156
22
4.0
23
75
5
62
71
1
0
27
0.94
107216066--107216156
15
6.1
15
76
2
76
71
1
0
27
0.93
107216195--107216257
26
2.4
27
79
12
69
74
1
3
20
1.04
107216220--107216257
18
2.2
16
90
9
58
76
0
0
23
0.79
107218124--107218166
4
10.8
4
100
0
86
76
0
0
23
0.78
107218114--107218183
8
8.6
8
81
9
61
77
1
0
21
0.85
107220022--107220289
43
6.3
42
88
2
376
24
18
30
27
1.98
107220022--107220289
127
2.1
128
91
0
430
24
18
30
27
1.98
107220022--107220289
84
3.2
84
88
2
376
24
18
30
27
1.98
107220337--107220367
16
1.9
16
93
0
53
9
22
25
41
1.84
107227566--107227590
13
1.9
13
100
0
50
28
8
16
48
1.74
107227902--107227962
21
2.9
21
79
13
63
34
0
18
47
1.49
107228777--107228953
45
3.9
45
94
2
286
18
18
21
41
1.91
107229137--107229407
18
14.6
18
72
14
149
35
12
15
36
1.85
107229125--107229407
36
7.6
36
71
13
180
36
12
15
36
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
107229137--107229327
54
3.6
51
77
9
168
35
12
15
36
1.85
107232916--107233145
46
5.0
46
95
0
388
37
15
24
22
1.93
107233538--107233570
17
2.0
17
94
5
59
48
0
15
36
1.45
107241338--107241400
20
3.2
20
97
0
117
19
30
31
19
1.96
107246260--107246306
22
2.3
20
82
13
60
70
8
4
17
1.29
107246931--107246991
19
3.3
19
93
6
108
37
16
8
37
1.78
107248766--107248879
31
3.7
31
92
2
187
28
26
17
28
1.98
107248903--107248994
42
2.2
42
96
0
166
31
20
16
31
1.95
107249142--107249211
25
2.8
25
93
0
113
24
22
27
25
2.00
107250013--107250077
27
2.4
27
82
5
78
21
24
18
35
1.96
107250131--107250336
27
7.6
27
79
4
126
33
9
16
39
1.81
107250137--107250344
54
3.8
53
80
5
166
32
8
17
41
1.79
107250195--107250344
81
1.9
81
85
5
214
30
8
19
42
1.80
107250219--107250344
27
4.7
27
84
2
164
30
7
20
40
1.81
107250194--107250377
54
3.4
54
78
3
147
31
10
17
40
1.84
107250194--107250377
81
2.3
81
82
5
212
31
10
17
40
1.84
107250376--107250518
27
5.3
27
84
5
182
37
6
25
30
1.83
107252616--107252682
22
3.0
23
78
8
68
44
17
22
14
1.86
107260625--107260654
12
2.5
12
100
0
60
36
13
26
23
1.92
107262715--107262762
15
3.1
15
77
11
51
64
2
10
22
1.35
107262735--107262886
75
2.0
75
87
3
216
63
0
14
21
1.35
107262815--107262953
21
6.1
22
72
21
110
62
0
13
23
1.31
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
107262798--107263022
48
4.7
47
89
7
305
64
0
12
23
1.28
107262816--107263022
95
2.2
93
90
4
319
63
0
12
24
1.29
107262937--107263012
26
3.4
21
72
27
68
64
0
9
26
1.23
107262975--107263016
19
2.2
18
87
8
57
71
0
4
23
1.05
107262798--107263049
47
5.3
46
86
8
276
63
0
13
22
1.29
107262798--107263049
95
2.6
93
83
8
285
63
0
13
22
1.29
107263353--107263393
19
2.2
19
86
4
57
68
0
9
21
1.18
107263382--107263482
5
18.0
5
74
17
67
54
0
16
28
1.43
107263384--107263495
12
9.0
12
68
16
50
51
0
17
30
1.46
107263386--107263482
28
3.2
28
77
18
97
54
0
16
28
1.42
107263576--107263623
25
1.9
25
87
8
71
62
0
10
27
1.27
107263610--107263697
11
7.7
11
73
16
63
64
1
14
19
1.35
107263610--107263644
5
6.6
5
87
12
52
60
0
20
20
1.37
107264011--107264049
18
2.2
18
86
4
53
66
2
7
23
1.30
107264180--107264213
17
2.0
17
94
0
59
58
2
14
23
1.50
107264189--107264229
21
2.0
20
90
4
64
60
0
12
26
1.31
107264236--107264298
5
12.4
5
78
18
51
63
0
22
14
1.30
107264236--107264299
17
4.1
16
71
20
64
64
0
21
14
1.29
107266894--107267213
90
3.6
90
90
1
500
57
12
5
24
1.55
107267716--107267854
74
1.9
74
92
3
235
33
17
25
23
1.96
107268010--107268163
75
2.1
72
83
9
188
33
16
16
33
1.92
107272481--107272741
132
2.0
132
88
0
387
30
18
18
33
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
107272512--107273143
132
4.8
132
72
6
429
28
18
17
35
1.93
107284667--107285436
44
17.1
44
79
6
709
27
15
30
27
1.96
107284894--107285014
61
2.0
61
95
0
215
20
19
32
28
1.97
107284850--107285058
105
2.0
105
97
0
391
23
17
32
26
1.97
107287347--107287397
23
2.1
24
82
7
59
29
5
7
56
1.51
107288081--107288711
132
4.8
130
73
7
429
28
19
16
34
1.94
107289305--107289392
31
3.0
31
76
14
87
38
4
7
48
1.53
107294504--107294557
20
2.8
20
80
2
56
68
0
5
25
1.11
107294484--107294566
29
2.8
29
72
15
73
62
2
3
31
1.25
107294750--107294844
38
2.5
38
79
6
102
31
4
2
62
1.26
107294750--107294806
19
2.9
21
75
24
61
29
3
1
64
1.20
107295216--107295253
14
2.9
13
81
11
51
73
2
0
23
0.95
107295765--107295890
51
2.5
51
82
0
171
42
13
5
38
1.68
107300076--107300221
41
3.6
41
92
5
226
29
25
19
26
1.98
107307640--107307785
41
3.6
41
92
5
226
29
25
19
26
1.98
107311189--107311326
51
2.7
51
80
0
168
43
13
5
38
1.65
107314238--107314284
19
2.3
21
82
10
53
27
21
0
51
1.48
107315442--107315480
20
2.0
20
85
10
53
51
2
0
46
1.14
107315782--107315832
11
4.5
11
85
9
66
11
1
9
76
1.10
107315782--107315832
24
2.2
22
86
6
66
11
1
9
76
1.10
107316044--107316082
12
3.3
12
82
7
53
33
0
0
66
0.92
107316044--107316079
11
3.2
11
92
4
54
30
0
0
69
0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
107316387--107316425
11
3.6
11
93
3
62
10
35
43
10
1.73
107319111--107319166
28
2.0
28
89
0
85
32
26
7
33
1.84
107324232--107324294
28
2.2
28
88
0
90
33
28
6
31
1.82
107333181--107333224
21
2.1
21
100
0
88
27
25
4
43
1.74
107333289--107333347
26
2.2
26
79
8
66
52
1
8
37
1.42
107333303--107333359
26
2.2
26
78
6
62
54
3
7
35
1.45
107335228--107335279
24
2.2
24
85
0
68
53
9
3
32
1.51
107336101--107336128
7
4.0
7
100
0
56
14
0
0
85
0.59
107341239--107341344
42
2.5
43
81
3
133
35
24
23
16
1.94
107341264--107341334
21
3.3
21
94
4
115
32
26
28
12
1.93
107343216--107343277
22
2.8
23
85
7
92
46
12
19
20
1.83
107352281--107352326
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
107352288--107352332
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
107360052--107360097
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
107360059--107360103
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
107361708--107361841
14
8.9
15
67
17
64
57
0
8
33
1.34
107362183--107362225
21
2.0
22
86
13
63
72
0
4
23
1.04
107375398--107375531
14
8.9
15
67
17
64
57
0
8
33
1.34
107375866--107375908
21
2.0
22
86
13
63
72
0
4
23
1.04
107378470--107378508
20
2.0
20
85
10
53
51
2
0
46
1.14
107379777--107379820
8
5.9
8
79
15
58
47
0
0
52
1.00
107380098--107380137
13
3.2
13
89
3
64
37
17
5
40
1.72
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
107385526--107385624
17
5.6
17
85
7
135
39
12
12
36
1.80
107385518--107385622
35
2.9
35
94
4
174
39
11
12
37
1.79
107385526--107385624
18
5.6
18
87
4
148
39
12
12
36
1.80
107386125--107386169
24
1.9
23
82
13
56
31
2
0
66
1.04
107394694--107394792
29
3.4
29
74
10
103
29
31
17
22
1.96
107394658--107394824
58
2.9
58
93
0
273
28
28
19
23
1.98
107394720--107394821
29
3.5
29
74
10
109
29
26
20
23
1.99
107394978--107395371
43
9.2
43
90
0
590
32
31
22
12
1.92
107409846--107409950
27
3.9
26
80
12
113
19
25
20
35
1.95
107409846--107409957
54
2.1
54
86
3
154
18
25
20
35
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349