genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56522654--56522711	28	2.1	28	81	12	66	27	1	5	65	1.23
56528229--56528269	21	2.0	21	85	0	55	65	7	4	21	1.37
56528250--56528276	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
56528310--56528546	62	3.9	64	79	11	307	30	16	15	37	1.90
56528330--56528506	55	3.1	54	76	17	196	31	17	14	37	1.89
56528950--56529045	44	2.2	46	80	12	103	29	15	26	29	1.96
56528813--56529220	177	2.3	177	86	5	558	29	17	25	27	1.98
56529333--56529651	179	1.8	175	82	9	414	30	16	24	28	1.97
56529520--56529798	148	1.9	142	86	4	396	32	16	23	27	1.96
56531381--56531427	25	1.9	24	82	4	58	34	2	4	59	1.29
56534640--56534674	15	2.3	15	100	0	70	28	8	20	42	1.81
56535083--56535120	9	4.2	9	93	0	67	47	0	31	21	1.51
56537917--56538030	43	2.7	42	78	6	122	29	24	17	28	1.97
56542412--56542482	23	3.2	23	77	18	96	28	8	12	50	1.69
56545126--56545255	48	2.7	49	81	1	163	24	17	31	26	1.97
56545239--56545438	48	4.3	48	71	12	130	29	19	25	26	1.98
56547753--56547826	19	3.6	19	71	18	67	37	1	5	55	1.31
56549904--56549971	34	2.0	34	97	0	127	22	35	7	35	1.82
56550609--56550692	41	2.0	41	100	0	168	39	2	19	39	1.64
56551520--56551713	51	3.8	51	88	2	284	30	26	12	30	1.93
56551520--56551713	101	1.9	102	87	3	284	30	26	12	30	1.93
56553844--56553918	34	2.2	34	81	6	82	30	25	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56566268--56566324	29	2.0	28	89	3	87	22	17	29	29	1.97
56567486--56567770	43	6.7	43	84	4	240	29	23	20	26	1.99
56567486--56567770	86	3.3	85	84	3	331	29	23	20	26	1.99
56567492--56567770	129	2.2	128	81	3	319	30	22	19	27	1.98
56568649--56568686	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
56574208--56574247	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
56576308--56576559	133	1.9	133	95	0	459	51	17	9	20	1.74
56579939--56579989	12	4.3	11	79	16	57	39	1	0	58	1.09
56579978--56580009	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
56580875--56580914	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
56581072--56581292	41	5.4	41	84	3	293	19	23	21	35	1.96
56581072--56581292	81	2.7	82	84	1	300	19	23	21	35	1.96
56581071--56581292	122	1.8	122	89	1	347	19	22	21	35	1.96
56582935--56583221	27	10.6	27	86	0	394	39	20	8	31	1.83
56582935--56583282	54	6.4	54	85	2	360	38	20	9	31	1.84
56582935--56583275	81	4.2	80	85	3	398	39	21	9	30	1.84
56582935--56583282	27	12.9	27	80	7	289	38	20	9	31	1.84
56583205--56583329	27	4.6	27	76	4	90	37	23	8	30	1.85
56583314--56583489	27	6.5	27	85	5	248	35	18	19	26	1.95
56583314--56583489	54	3.3	54	89	3	273	35	18	19	26	1.95
56583314--56583489	81	2.2	81	90	2	282	35	18	19	26	1.95
56583939--56583980	13	3.1	13	86	10	57	71	2	21	4	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56583952--56583995	17	2.9	15	81	15	54	70	4	20	4	1.23
56592891--56592999	43	2.6	41	77	11	105	28	26	21	23	1.99
56595292--56595401	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
56603214--56603315	42	2.4	43	81	6	118	29	25	18	26	1.98
56607012--56607043	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
56607055--56607245	51	3.8	49	78	6	177	25	18	26	29	1.98
56607060--56607284	51	4.5	50	80	6	161	26	17	26	28	1.98
56609770--56609865	29	3.3	29	82	1	113	27	15	28	29	1.96
56610150--56610202	26	2.1	25	82	6	63	41	24	20	13	1.88
56620184--56620279	27	3.6	26	85	5	120	28	17	18	35	1.94
56620266--56620320	26	2.1	26	86	0	74	34	14	14	36	1.87
56628350--56628430	38	2.1	38	93	0	135	23	28	20	27	1.99
56630310--56630378	34	2.0	34	88	0	102	31	14	23	30	1.94
56634876--56635394	47	10.6	47	81	11	542	29	29	8	33	1.86
56634926--56635004	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
56634876--56635394	141	3.5	141	79	12	619	29	29	8	33	1.86
56635162--56635208	22	2.1	22	100	0	94	36	27	0	36	1.57
56635068--56635302	116	2.0	116	97	0	443	30	28	7	34	1.85
56635021--56635349	163	2.0	163	97	0	622	30	28	7	33	1.85
56635115--56635255	69	2.0	69	98	0	273	31	27	6	34	1.82
56634974--56635394	210	2.0	210	97	0	797	29	28	8	33	1.86
56643343--56643459	48	2.4	48	81	4	128	19	17	27	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56645434--56645465	13	2.5	13	89	0	55	43	28	6	21	1.77
56646156--56646270	42	2.7	43	76	9	126	33	26	13	26	1.94
56647255--56647336	25	3.4	25	84	5	105	25	21	21	30	1.99
56647539--56647755	27	8.0	27	86	3	258	23	21	20	34	1.97
56647543--56647754	54	3.9	54	89	1	284	24	22	19	34	1.96
56647571--56647761	81	2.4	81	89	1	285	24	20	18	35	1.95
56647797--56647949	27	5.7	27	84	3	182	29	6	21	42	1.78
56647823--56647973	81	1.9	81	81	2	187	31	5	21	41	1.77
56647941--56648232	27	10.8	27	90	0	449	39	9	22	28	1.85
56650128--56650152	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
56653756--56654054	47	6.4	47	88	2	440	28	30	8	33	1.87
56653756--56654054	140	2.1	141	88	1	440	28	30	8	33	1.87
56657616--56657929	40	7.9	40	90	0	495	24	28	23	22	1.99
56659778--56660075	47	6.4	47	90	1	456	28	30	8	32	1.87
56659778--56660073	139	2.1	137	87	4	430	28	30	8	33	1.87
56663452--56663520	24	2.9	24	88	0	84	30	7	39	23	1.82
56664521--56664550	16	1.9	15	93	6	51	46	23	26	3	1.68
56666609--56666832	40	5.6	40	80	7	238	25	21	25	27	2.00
56666613--56666832	83	2.7	79	83	8	241	25	22	25	26	2.00
56668396--56668500	27	3.9	26	80	8	104	20	23	21	34	1.97
56668393--56668507	54	2.2	53	85	1	158	18	24	22	34	1.96
56668644--56668724	36	2.4	32	79	15	99	11	20	24	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56668654--56668725	36	2.0	36	94	0	126	11	22	25	41	1.86
56674766--56674819	24	2.2	24	90	0	90	35	3	40	20	1.70
56677097--56677187	39	2.3	39	96	0	164	27	23	27	21	1.99
56677097--56677219	39	3.1	39	90	1	147	26	21	26	24	2.00
56685005--56685126	39	3.1	39	89	1	172	26	22	27	22	1.99
56687278--56687388	27	4.2	26	80	10	109	18	23	22	35	1.96
56687275--56687388	54	2.1	53	85	1	156	18	23	22	35	1.96
56689715--56689807	27	3.5	26	82	8	107	18	23	23	34	1.96
56692016--56692229	55	4.0	54	81	6	218	21	23	17	37	1.93
56692020--56692237	54	4.0	54	81	5	235	21	23	16	38	1.93
56692031--56692229	108	1.8	108	86	1	290	22	23	18	36	1.95
56692216--56692337	47	2.6	47	92	0	190	24	22	14	38	1.92
56692311--56692472	47	3.5	47	79	10	145	19	22	21	35	1.96
56696077--56696280	53	3.8	53	76	3	165	37	17	23	22	1.94
56707514--56707629	42	2.7	42	75	9	108	33	27	13	25	1.94
56710194--56710460	140	1.9	142	81	7	330	23	28	20	26	1.99
56720606--56720876	46	5.8	48	73	13	185	22	32	19	25	1.97
56720606--56720876	94	2.9	94	77	9	277	22	32	19	25	1.97
56725274--56725320	20	2.3	20	88	0	67	51	2	12	34	1.52
56726102--56726206	52	2.0	53	92	1	176	38	21	14	25	1.92
56727088--56727133	18	2.6	18	92	0	74	43	17	19	19	1.88
56730746--56730923	27	6.6	27	81	5	153	28	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56730767--56730922	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	27	1.97
56738721--56738898	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
56738742--56738897	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
56743009--56743066	29	2.0	29	100	0	116	24	17	27	31	1.97
56753311--56753417	29	3.8	27	73	13	90	25	31	15	27	1.96
56755063--56755176	42	2.7	42	82	4	140	27	26	20	26	1.99
56762807--56762857	25	2.0	25	96	0	93	33	15	13	37	1.87
56770043--56770227	40	4.7	40	81	7	200	24	22	28	25	1.99
56770096--56770260	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
56771850--56771878	15	1.9	15	100	0	58	72	0	0	27	0.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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