genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  217  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70845694--70845729	19	1.9	19	88	5	56	47	11	0	41	1.39
70846026--70846084	30	2.0	30	86	0	82	32	23	6	37	1.81
70855613--70855664	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
70855703--70855789	27	3.3	27	86	1	95	21	20	19	37	1.94
70857165--70857387	79	2.8	78	81	9	256	25	27	21	25	2.00
70857165--70857387	39	5.7	40	85	8	257	25	27	21	25	2.00
70859702--70859978	27	10.3	27	88	0	401	23	25	19	31	1.98
70872607--70872993	48	8.0	48	91	0	603	36	5	26	31	1.80
70876795--70876860	33	2.0	34	84	3	89	25	22	21	30	1.99
70876833--70876893	28	2.2	28	84	0	77	29	26	21	22	1.99
70877051--70877126	27	2.8	27	80	7	75	38	22	19	19	1.94
70877291--70877387	27	3.6	27	81	2	106	25	21	19	32	1.97
70877300--70877365	26	2.5	27	87	5	98	25	25	18	30	1.98
70878423--70878487	32	2.0	32	100	0	130	44	6	40	9	1.61
70880369--70880535	42	3.9	42	73	8	131	24	16	26	32	1.96
70882367--70882398	6	5.7	6	92	7	50	15	0	0	84	0.63
70884122--70884303	39	4.6	39	82	8	210	25	27	21	24	2.00
70884122--70884303	77	2.3	81	83	9	225	25	27	21	24	2.00
70892118--70892302	79	2.3	81	83	9	229	25	27	22	24	2.00
70892118--70892302	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
70905064--70905227	43	3.8	42	75	12	145	33	27	18	20	1.96
70915490--70915653	43	3.8	42	75	12	145	32	26	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70915548--70915656	44	2.5	42	82	10	123	35	23	21	19	1.96
70927092--70927379	48	6.0	48	92	1	454	36	6	26	31	1.81
70931478--70931524	23	2.0	23	95	0	85	23	21	10	44	1.83
70932679--70932749	31	2.3	31	82	4	81	45	8	18	28	1.78
70932727--70932804	27	2.9	27	86	3	104	43	8	25	21	1.82
70961707--70962903	408	2.9	404	91	2	1900	36	9	19	33	1.85
70973735--70973836	27	4.0	26	73	15	70	34	18	19	27	1.95
70973765--70973811	22	2.1	22	84	0	58	31	23	17	27	1.96
70981142--70981279	35	3.9	35	72	12	100	18	23	21	36	1.95
70983335--70983371	15	2.5	15	90	0	56	27	16	24	32	1.96
70992273--70992619	47	7.4	47	93	1	552	31	8	31	28	1.86
70996660--70996836	39	4.5	39	93	2	275	18	20	29	31	1.97
71003594--71003763	93	1.8	93	88	0	259	30	25	19	24	1.98
71003586--71003809	46	4.8	46	78	6	238	29	26	19	24	1.98
71007843--71008025	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
71007844--71008027	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
71007896--71008050	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
71013769--71013946	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71013770--71013925	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
71013766--71013946	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71021934--71022111	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71021935--71022090	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71021931--71022111	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71031020--71031105	43	2.0	43	84	8	113	27	30	18	23	1.98
71035528--71035712	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
71035509--71035712	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
71038189--71038274	43	2.0	43	84	8	113	27	30	18	23	1.98
71042697--71042881	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
71042678--71042881	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
71045385--71045466	43	1.9	43	82	5	103	26	29	19	24	1.98
71056812--71056859	23	2.1	23	92	7	80	35	16	2	45	1.59
71059409--71059633	40	5.7	40	86	5	269	25	27	22	24	2.00
71059411--71059633	119	1.9	120	83	6	292	25	27	22	25	2.00
71065348--71065467	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
71066596--71066780	79	2.3	80	82	7	207	24	22	27	25	2.00
71066597--71066780	40	4.6	40	81	6	187	25	22	27	25	2.00
71066649--71066813	79	2.1	79	82	6	192	26	21	26	25	1.99
71079444--71079521	27	2.9	27	82	0	102	37	21	17	23	1.94
71079675--71079761	27	3.2	26	80	6	93	22	21	18	36	1.95
71079910--71079976	28	2.4	27	82	7	73	25	19	23	31	1.98
71079939--71080005	33	2.0	33	88	5	100	23	23	26	25	2.00
71098592--71098661	35	2.0	35	97	0	131	38	25	4	31	1.75
71101755--71101827	37	2.0	37	94	0	128	28	31	17	21	1.97
71102035--71102219	47	3.9	47	89	0	271	26	28	11	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71106085--71106134	25	2.0	25	84	7	66	26	32	12	30	1.92
71106310--71106808	40	12.6	40	94	1	851	23	29	24	23	1.99
71108085--71108197	37	3.1	37	96	0	199	27	30	19	22	1.98
71108402--71108586	47	3.9	47	91	0	289	26	28	11	33	1.92
71108495--71108570	22	3.3	22	67	16	64	25	27	13	34	1.93
71119313--71119420	42	2.5	43	80	7	123	25	27	23	24	2.00
71119313--71119470	84	1.9	85	84	6	214	24	28	21	25	1.99
71119352--71119485	42	3.2	42	72	10	112	25	27	21	25	1.99
71126911--71127084	50	3.7	47	77	12	153	25	31	17	25	1.97
71131040--71131079	19	2.1	19	100	0	80	10	25	35	30	1.88
71136030--71136131	50	2.1	50	87	5	145	48	11	8	31	1.71
71138334--71138537	46	4.4	45	90	3	300	43	14	23	19	1.87
71141857--71141978	43	2.9	42	80	7	156	27	26	16	29	1.97
71145843--71145899	20	2.8	20	91	0	87	45	0	31	22	1.53
71163676--71163897	47	4.8	46	80	11	197	24	20	26	28	1.99
71163674--71163847	47	3.7	47	83	6	221	25	20	25	28	1.99
71164121--71164158	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
71175284--71175434	42	3.6	42	81	1	185	30	22	15	31	1.95
71182854--71183358	40	12.6	40	93	0	832	24	27	19	27	1.99
71190633--71190977	40	8.6	40	93	1	566	24	28	20	27	1.99
71194111--71194250	57	2.4	58	80	4	142	27	22	20	29	1.98
71203062--71203339	136	2.0	136	90	3	443	35	18	23	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71212545--71212600	27	2.1	27	86	6	78	28	8	7	55	1.57
71212888--71212971	31	2.7	31	80	14	93	41	2	1	54	1.21
71212951--71212994	22	1.9	23	86	9	63	52	0	0	47	1.00
71212932--71213004	22	3.1	23	77	11	60	46	0	0	53	1.00
71214018--71214083	35	1.9	34	87	3	96	50	1	4	43	1.32
71214083--71214127	23	1.9	23	86	4	63	42	2	4	51	1.34
71215110--71215147	14	2.6	15	75	8	51	73	0	0	26	0.83
71215101--71215143	23	1.9	23	90	4	70	72	0	0	27	0.85
71225146--71225216	16	4.4	16	87	0	97	36	7	25	30	1.83
71225456--71225488	17	1.9	17	93	0	57	60	0	0	39	0.97
71225898--71225982	43	2.0	43	95	0	152	30	27	11	30	1.92
71230080--71230238	68	2.3	71	89	5	243	49	4	33	12	1.60
71232432--71232471	21	1.9	21	85	10	55	55	0	7	37	1.29
71244684--71244716	12	2.8	12	95	4	59	9	33	27	30	1.88
71246471--71246600	49	2.7	49	85	3	165	26	26	19	27	1.99
71246476--71246727	129	2.0	129	95	0	450	25	28	18	27	1.98
71246796--71246962	46	3.6	45	78	12	169	22	28	19	29	1.98
71252689--71253051	47	7.7	46	72	11	186	26	19	29	24	1.98
71252870--71253004	49	2.7	50	83	7	168	25	20	29	25	1.99
71254651--71254701	26	2.2	22	73	26	59	35	11	17	35	1.87
71261289--71261331	18	2.5	17	80	20	54	44	16	0	39	1.48
71261823--71261958	65	2.1	66	95	2	256	21	13	25	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71272062--71272377	46	6.7	47	75	10	199	27	18	30	23	1.98
71272062--71272278	46	4.7	46	77	10	210	27	19	30	22	1.98
71273518--71273557	21	2.0	21	90	5	64	10	32	30	27	1.89
71280098--71280140	20	2.2	20	95	0	77	37	30	23	9	1.86
71287126--71287155	12	2.4	13	88	11	53	0	0	13	86	0.57
71287424--71287453	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
71288741--71288784	23	1.9	23	85	0	61	61	4	0	34	1.16
71294859--71294899	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
71295392--71295581	68	2.8	68	83	4	215	34	18	6	39	1.78
71301089--71301170	3	27.3	3	77	9	78	30	4	3	60	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349