genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18072717--18072774	27	2.1	28	80	3	64	51	3	10	34	1.53
18075493--18075539	23	2.0	23	100	0	94	25	21	8	44	1.80
18081701--18081752	22	2.3	23	83	6	61	19	23	17	40	1.91
18085225--18085256	7	4.6	7	100	0	64	31	0	0	68	0.90
18086961--18086999	21	1.9	20	84	5	51	30	25	5	38	1.78
18086960--18087010	21	2.5	20	78	12	50	31	25	5	37	1.80
18087865--18087923	23	2.5	24	78	13	61	38	6	3	50	1.45
18089874--18089916	23	1.9	23	85	4	61	34	16	2	46	1.60
18095732--18095809	3	26.7	3	73	10	63	57	3	1	37	1.25
18098966--18099110	71	2.0	71	83	0	182	32	20	16	31	1.94
18101091--18101160	34	2.1	34	94	0	122	47	20	11	21	1.81
18112800--18112829	6	5.0	6	100	0	60	0	33	16	50	1.46
18118507--18118553	23	2.0	23	95	0	85	38	8	2	51	1.45
18119656--18119740	44	1.9	44	100	0	170	41	14	14	30	1.85
18129685--18129778	39	2.4	38	80	5	100	24	28	23	23	1.99
18140327--18140387	30	2.0	30	81	9	70	59	6	34	0	1.24
18141837--18141917	39	2.1	39	84	6	103	24	23	25	25	2.00
18147549--18147600	13	4.0	13	79	0	59	55	11	1	30	1.46
18153639--18153843	52	3.9	51	80	5	173	28	25	20	25	1.99
18155410--18155576	24	6.8	24	70	14	90	35	19	24	20	1.96
18155410--18155575	25	6.8	25	73	6	115	34	19	24	20	1.96
18155505--18155573	26	2.7	25	82	4	75	31	23	27	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18163530--18163557	13	2.2	13	100	0	56	14	21	0	64	1.29
18164035--18164079	10	4.5	10	88	0	54	48	0	0	51	1.00
18164046--18164083	10	3.8	10	96	0	67	44	0	0	55	0.99
18164046--18164083	15	2.5	15	95	0	67	44	0	0	55	0.99
18164146--18164180	14	2.6	14	86	4	54	71	2	25	0	1.00
18168710--18168739	5	5.8	5	92	7	51	83	0	0	16	0.65
18169068--18169143	29	2.6	29	95	0	134	31	25	13	30	1.93
18173177--18173206	5	5.8	5	92	7	51	83	0	0	16	0.65
18190393--18190487	14	6.8	14	73	7	50	40	14	12	32	1.84
18190393--18190510	28	4.2	28	78	5	96	40	14	11	33	1.82
18190407--18190515	14	7.9	14	71	8	53	39	14	12	33	1.84
18198028--18198123	48	2.0	48	84	8	124	42	22	4	30	1.72
18198362--18198497	49	2.8	48	77	4	130	29	30	14	25	1.95
18200411--18200440	12	2.4	12	94	5	51	20	16	23	40	1.91
18202472--18203029	138	4.0	136	88	3	828	41	7	5	45	1.58
18204875--18205005	45	2.9	45	80	0	154	24	22	13	38	1.91
18207140--18207221	21	4.0	21	81	7	96	25	13	7	53	1.65
18208697--18208740	23	1.9	23	85	0	61	40	2	4	52	1.34
18209722--18209755	13	2.6	13	90	0	50	2	8	11	76	1.12
18210334--18210422	43	2.0	44	91	2	144	30	20	21	28	1.98
18215579--18215665	44	2.0	43	90	2	138	21	9	14	54	1.69
18216042--18216084	22	2.0	22	100	0	86	51	18	16	13	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18217890--18217924	3	11.7	3	100	0	70	34	31	0	34	1.58
18226130--18226201	31	2.3	31	95	0	126	52	8	9	29	1.63
18228382--18228423	11	3.7	11	90	6	66	88	0	11	0	0.53
18229308--18229341	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
18229468--18229520	20	2.7	20	85	8	65	75	1	9	13	1.12
18229512--18229548	15	2.5	14	87	12	56	70	2	21	5	1.20
18229512--18229570	26	2.4	25	85	5	75	72	1	22	3	1.08
18236776--18236834	5	11.4	5	76	16	50	72	3	22	1	1.08
18236780--18236833	26	2.1	25	86	3	72	72	3	22	1	1.10
18236790--18236842	26	2.0	26	85	7	72	73	1	22	1	1.03
18241843--18241933	43	2.1	43	89	2	148	17	17	34	30	1.93
18242476--18242508	12	2.8	12	100	0	66	51	0	9	39	1.34
18253649--18253702	23	2.2	23	80	12	54	18	20	20	40	1.91
18253849--18253913	33	1.9	34	90	3	105	30	21	21	26	1.98
18254860--18254925	29	2.2	31	86	10	93	53	0	15	31	1.42
18254854--18254927	29	2.5	30	75	18	82	51	0	17	31	1.46
18257463--18257505	17	2.5	17	81	7	52	55	0	23	20	1.43
18257754--18257863	54	2.0	54	98	0	211	44	8	18	29	1.78
18259258--18259294	19	1.9	19	88	0	56	45	10	16	27	1.80
18268704--18268773	29	2.4	29	92	2	115	31	12	22	32	1.92
18276589--18276745	29	5.5	28	90	2	215	28	12	26	33	1.92
18276589--18276744	57	2.7	58	89	3	219	28	12	25	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18282338--18282375	20	2.1	19	85	14	53	23	26	10	39	1.87
18293372--18293736	46	8.0	46	88	1	509	21	23	15	39	1.91
18293377--18293741	183	2.0	183	89	1	552	21	23	15	40	1.91
18293423--18293736	137	2.3	138	93	1	540	21	23	14	39	1.91
18295848--18295896	3	17.3	3	76	19	52	69	0	2	28	1.00
18295854--18295892	11	3.5	11	92	0	69	69	0	2	28	1.02
18295855--18295896	19	2.2	19	87	8	59	71	0	2	26	0.98
18295866--18295941	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
18302392--18302480	42	2.1	42	87	0	124	24	30	20	24	1.99
18304191--18304236	18	2.7	18	83	6	60	45	8	4	41	1.55
18304193--18304231	8	4.9	8	87	0	51	46	7	5	41	1.55
18311814--18311870	26	2.1	27	90	3	89	35	17	24	22	1.95
18311897--18311963	26	2.5	26	90	7	100	35	16	26	20	1.94
18311886--18311963	27	2.9	27	83	11	106	34	16	25	23	1.95
18311814--18312057	93	2.6	93	91	3	375	36	16	22	24	1.95
18311986--18312058	27	2.7	27	89	0	101	35	21	19	23	1.96
18311980--18312070	27	3.4	27	83	3	94	32	20	17	28	1.96
18319009--18319116	26	4.2	26	93	0	189	33	7	24	35	1.83
18328651--18328810	51	3.2	50	86	1	212	28	23	16	31	1.96
18332864--18332894	16	1.9	16	100	0	62	58	6	12	22	1.58
18333900--18334059	44	3.5	43	81	12	203	29	21	16	31	1.96
18333941--18334057	50	2.3	51	88	1	173	28	23	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18336856--18336944	36	2.4	37	84	1	117	34	14	6	43	1.72
18338663--18338712	20	2.8	17	82	17	57	4	20	2	74	1.08
18338678--18338738	28	2.2	28	85	5	79	3	14	8	73	1.19
18338812--18338837	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
18342732--18342817	18	4.7	18	82	1	100	40	13	9	36	1.77
18342732--18342820	36	2.4	37	83	1	126	39	14	10	35	1.80
18342956--18343061	47	2.3	47	93	3	178	39	23	20	16	1.92
18342939--18343053	47	2.3	50	79	13	146	42	23	18	15	1.88
18343242--18343290	20	2.4	21	73	10	57	30	6	0	63	1.19
18344875--18344943	34	2.1	33	82	12	81	53	7	0	39	1.29
18349653--18349738	18	4.7	18	82	1	100	40	13	9	36	1.77
18349653--18349741	36	2.4	37	83	1	126	39	14	10	35	1.80
18354296--18354341	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
18360318--18360362	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
18362085--18362306	67	3.4	64	77	9	232	31	15	28	23	1.95
18368503--18368620	38	3.1	38	81	2	148	18	17	28	34	1.94
18376702--18377021	46	7.0	46	89	1	419	21	24	15	39	1.91
18376702--18377021	137	2.3	138	87	1	446	21	24	15	39	1.91
18379190--18379226	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
18391655--18391716	5	12.6	5	98	1	117	40	0	0	59	0.97
18406724--18406958	121	1.9	119	83	4	301	23	20	14	40	1.90
18406957--18407051	46	2.1	46	90	4	147	25	15	21	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18406998--18407146	54	2.7	54	80	7	176	23	14	19	42	1.88
18409020--18409048	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
18409221--18409266	23	2.0	24	82	4	58	63	2	6	28	1.31
18414729--18414765	14	2.6	15	83	12	51	56	0	5	37	1.22
18418276--18418390	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
18418276--18418409	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
18425642--18425756	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
18425642--18425775	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
18432868--18432972	50	2.1	50	96	0	192	30	5	24	39	1.79
18433396--18433458	33	1.9	33	86	0	90	33	9	11	46	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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