genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.122.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38769290--38769359	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
38769563--38769760	27	7.3	27	87	4	258	25	21	17	35	1.95
38769767--38770001	27	8.7	27	83	4	242	30	8	20	40	1.83
38769766--38770001	81	2.9	81	84	3	296	30	8	20	40	1.83
38769994--38770258	27	9.8	27	89	0	359	39	6	24	29	1.81
38773192--38773249	30	1.9	30	86	6	82	25	31	27	15	1.96
38774305--38774619	27	11.6	27	83	3	262	40	20	8	31	1.81
38774305--38774620	54	5.8	54	77	5	307	40	20	8	31	1.82
38774305--38774620	81	3.9	80	77	8	307	40	20	8	31	1.82
38774305--38774620	108	2.9	108	85	0	398	40	20	8	31	1.82
38774666--38774825	27	5.9	27	88	0	230	34	16	21	27	1.95
38774666--38774825	54	3.0	54	93	0	266	34	16	21	27	1.95
38775031--38775125	25	3.8	25	91	0	154	27	25	20	27	1.99
38775030--38775138	25	4.4	25	80	11	118	29	22	20	27	1.98
38775029--38775150	50	2.4	50	86	5	140	27	24	20	27	1.99
38777862--38777905	20	2.3	20	84	7	56	15	36	29	18	1.92
38779578--38779897	96	3.3	94	81	6	349	24	28	20	27	1.99
38779578--38779895	144	2.2	145	83	4	383	24	27	20	27	1.99
38779578--38779910	48	6.9	48	84	3	294	25	28	19	26	1.99
38789634--38789756	20	6.1	20	73	11	72	41	18	27	12	1.86
38789653--38789761	40	2.7	40	82	2	121	40	20	28	11	1.86
38794703--38794741	21	1.9	20	89	5	60	41	25	7	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38799826--38800009	40	4.6	40	76	10	171	24	27	23	24	2.00
38799854--38799957	39	2.6	39	86	1	145	25	26	22	25	2.00
38799826--38800007	79	2.3	80	77	6	181	24	27	23	24	2.00
38804437--38804495	28	2.1	28	96	0	109	37	27	8	27	1.85
38806821--38806853	17	2.0	17	88	5	50	39	24	3	33	1.71
38815363--38815413	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
38816045--38816177	46	2.9	46	84	6	155	29	18	30	21	1.97
38816045--38816211	46	3.6	46	76	11	128	29	17	28	23	1.97
38816232--38816403	49	3.5	49	76	3	152	27	20	28	23	1.99
38819379--38819567	40	4.7	39	89	3	218	26	19	26	27	1.99
38819341--38819560	80	2.8	80	81	8	259	25	20	25	27	1.99
38827332--38827554	40	5.7	40	87	6	296	24	21	27	25	1.99
38857956--38858068	46	2.4	46	85	7	140	29	19	28	23	1.98
38860177--38860391	40	5.4	40	87	5	258	24	20	27	26	1.99
38860170--38860391	80	2.8	79	86	3	286	25	21	27	26	1.99
38868150--38868269	40	3.0	40	93	2	206	24	22	28	25	1.99
38870367--38870422	21	2.7	21	94	2	96	10	33	30	25	1.90
38883357--38883466	47	2.3	47	84	3	132	31	28	14	25	1.95
38886706--38886794	34	2.6	34	78	7	90	26	21	25	25	1.99
38892827--38893047	112	2.0	112	98	0	424	41	4	19	34	1.73
38895886--38896068	37	4.8	38	79	13	182	26	17	28	26	1.98
38895889--38896027	74	1.9	73	86	7	201	25	17	30	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38895998--38896322	48	7.3	42	80	10	235	28	16	25	29	1.97
38896022--38896209	48	3.9	48	90	4	299	30	17	24	28	1.97
38906795--38906896	34	3.0	34	79	1	98	26	20	25	27	1.99
38909801--38910023	47	4.7	47	73	17	133	26	18	29	25	1.98
38912693--38912732	21	2.0	21	85	5	55	35	20	15	30	1.93
38915038--38915128	28	3.2	28	80	9	112	24	37	14	24	1.92
38915037--38915140	28	3.7	28	75	10	104	25	33	14	25	1.94
38920576--38920865	49	5.8	49	83	3	364	28	25	18	26	1.98
38920581--38920868	100	2.9	100	96	0	522	28	25	19	26	1.99
38939882--38939908	14	1.9	14	100	0	54	22	7	11	59	1.56
38940329--38940354	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
38947261--38947315	27	2.0	27	82	6	67	50	0	3	45	1.19
38950243--38950337	25	3.8	25	74	10	95	29	24	21	25	1.99
38960659--38960693	18	1.9	18	88	0	52	17	2	25	54	1.57
38961786--38961911	47	2.7	44	82	13	148	27	17	30	23	1.97
38962198--38962222	13	1.9	13	100	0	50	40	28	32	0	1.57
38964367--38964404	16	2.4	16	86	0	58	50	15	21	13	1.78
38964508--38964602	29	3.3	29	82	5	113	27	15	31	25	1.96
38967632--38967863	43	5.4	43	91	3	337	13	23	32	30	1.93
38968205--38968306	43	2.3	45	77	14	115	26	24	27	21	1.99
38971937--38972022	40	2.2	39	85	6	111	26	30	17	25	1.97
38980404--38980564	38	4.0	38	78	13	178	31	25	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38985718--38985895	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
38985739--38985894	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
38988276--38988499	40	5.6	40	85	3	288	25	23	25	25	2.00
38988283--38988495	83	2.6	80	86	5	270	24	23	25	25	2.00
38991574--38991633	31	1.9	31	100	0	120	11	26	40	21	1.88
38998271--38998364	48	2.0	48	85	8	129	41	27	11	19	1.86
39000785--39000878	48	2.0	48	87	8	138	40	27	12	19	1.88
39001949--39002061	37	3.1	37	76	13	99	40	2	4	52	1.36
39002102--39002142	21	2.0	21	90	0	64	51	2	2	43	1.28
39006717--39006755	19	2.1	19	100	0	78	15	5	12	66	1.41
39006722--39006764	19	2.3	19	87	0	59	18	9	9	62	1.51
39006964--39007011	20	2.2	22	85	10	64	14	4	8	72	1.23
39010329--39010370	19	2.2	20	82	4	50	0	76	4	19	0.96
39018556--39018595	20	2.0	20	85	0	53	60	12	0	27	1.33
39018796--39018849	3	18.0	3	81	7	65	61	1	5	31	1.30
39019827--39019856	9	3.4	9	95	4	53	23	13	53	10	1.69
39020248--39020447	87	2.3	87	80	6	206	27	21	21	30	1.98
39020318--39020622	44	6.9	46	72	13	187	26	20	20	33	1.97
39021836--39021872	1	37.0	1	94	0	65	0	2	0	97	0.18
39033058--39033097	20	2.0	20	85	0	53	60	12	0	27	1.33
39033214--39033262	24	2.1	23	82	14	57	51	2	8	38	1.43
39033296--39033348	3	17.7	3	80	7	63	62	1	5	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39034319--39034348	9	3.4	9	95	4	53	23	13	53	10	1.69
39045125--39045392	131	2.0	131	97	0	509	31	25	10	33	1.89
39051296--39051334	20	1.9	21	84	5	53	43	2	12	41	1.56
39051658--39051818	79	2.0	79	95	0	286	37	16	11	34	1.85
39053999--39054062	28	2.3	28	88	0	101	37	12	21	28	1.90
39055450--39055620	93	1.8	93	93	2	299	27	29	21	21	1.99
39055442--39055617	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
39074717--39074893	92	1.9	92	91	2	293	38	13	15	32	1.86
39093285--39093332	16	2.9	16	76	11	51	47	2	8	41	1.45
39094509--39094559	26	2.0	26	85	11	70	66	1	31	0	1.03
39094524--39094564	14	2.9	15	76	23	52	70	0	29	0	0.87
39094850--39094892	2	22.0	2	95	4	79	0	0	51	48	1.00
39099394--39099434	19	2.2	19	100	0	82	46	14	12	26	1.80
39104987--39105013	13	2.1	13	100	0	54	37	25	0	37	1.57
39106832--39106934	23	4.3	24	78	10	97	34	16	21	27	1.95
39109929--39110004	35	2.2	35	82	0	89	21	21	26	31	1.98
39121010--39121040	6	5.2	6	100	0	62	83	0	16	0	0.64
39121100--39121133	17	1.9	18	88	5	52	47	2	0	50	1.16
39121420--39121460	17	2.4	17	91	4	64	36	0	0	63	0.95
39121840--39121864	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
39138300--39138532	49	4.7	50	84	2	317	25	18	27	28	1.98
39138300--39138578	150	1.9	150	89	4	438	25	18	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39147043--39147220	83	2.2	83	86	3	243	24	26	19	28	1.99
39158704--39158789	45	1.9	45	95	0	154	38	26	12	22	1.90
39158720--39158789	21	3.2	21	68	18	61	37	25	14	22	1.92
39159802--39159834	8	4.0	8	92	7	57	12	12	0	75	1.04
39159802--39159834	17	2.0	16	94	5	57	12	12	0	75	1.04
39162568--39162750	40	4.6	40	95	2	316	26	27	22	22	1.99
39174845--39175380	47	11.4	47	95	0	883	32	8	29	28	1.88
39175499--39175577	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
39178918--39178998	40	2.0	40	92	0	135	32	18	19	29	1.96
39185251--39185305	23	2.3	23	87	3	83	61	12	3	21	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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