genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87588028--87588200	43	4.0	43	77	8	163	21	17	28	32	1.96
87588039--87588160	42	2.9	41	80	11	129	21	18	28	31	1.97
87593476--87593649	88	2.0	88	86	4	244	26	14	25	33	1.94
87604237--87604624	40	9.7	40	92	0	632	21	27	20	30	1.98
87607622--87607803	94	1.9	94	98	0	355	40	20	5	34	1.76
87615926--87615961	17	2.1	18	89	5	56	16	41	27	13	1.87
87615925--87615965	18	2.3	19	83	12	59	14	43	29	12	1.82
87619275--87619441	39	4.3	39	87	0	235	22	25	19	31	1.98
87619278--87619441	78	2.1	78	91	0	265	23	25	19	32	1.98
87621781--87624407	762	3.5	759	87	2	3579	33	25	16	25	1.96
87628075--87628107	15	2.2	15	100	0	66	15	12	18	54	1.71
87628915--87629027	27	4.2	26	81	8	109	19	23	20	37	1.95
87636698--87636810	27	4.2	26	83	8	127	18	23	21	36	1.95
87638615--87638774	43	3.7	43	80	8	173	31	26	18	23	1.97
87641198--87641308	42	2.6	41	80	5	125	31	25	14	28	1.95
87646813--87646990	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
87646834--87646989	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
87650201--87650846	47	13.6	47	94	2	1103	32	8	29	29	1.86
87650201--87650846	96	6.8	94	94	1	1103	32	8	29	29	1.86
87650201--87650841	143	4.5	143	95	1	1110	32	8	29	29	1.86
87652275--87652403	40	3.2	40	93	0	222	26	19	27	27	1.99
87660953--87660983	16	1.9	16	93	0	53	29	22	0	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87670406--87670598	43	4.5	43	79	3	192	27	17	22	31	1.97
87670698--87670824	56	2.3	56	95	0	227	28	14	23	33	1.95
87678090--87678326	43	5.5	43	74	2	172	26	16	27	29	1.96
87678085--87678296	86	2.5	86	80	0	253	25	16	27	30	1.96
87678090--87678335	129	1.9	129	81	1	296	26	15	27	30	1.96
87678395--87678481	43	2.0	43	82	12	108	27	18	26	27	1.98
87688725--87688835	29	3.8	29	86	0	150	24	22	12	40	1.89
87689082--87689151	30	2.4	30	97	2	133	47	11	5	35	1.64
87689118--87689207	45	2.2	41	83	15	107	47	17	3	31	1.64
87689132--87689226	45	2.1	45	96	0	172	47	17	3	31	1.64
87695720--87695783	27	2.4	27	86	0	83	25	17	18	39	1.92
87695736--87696020	27	10.6	27	84	3	344	29	10	21	38	1.87
87695764--87696020	53	4.8	54	86	1	340	29	9	21	39	1.85
87695762--87696020	80	3.2	81	87	3	371	29	9	21	39	1.85
87696337--87696428	28	3.3	28	93	0	148	26	38	17	18	1.93
87698013--87698117	47	2.2	47	94	0	183	27	29	7	35	1.85
87702523--87702793	40	6.8	40	95	0	481	24	30	25	19	1.98
87702834--87702925	38	2.4	38	83	0	112	25	25	20	29	1.99
87704864--87704968	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
87715622--87715702	33	2.4	34	76	12	87	28	19	23	28	1.98
87723198--87723250	26	2.0	26	89	7	81	35	22	15	26	1.93
87728012--87728040	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87728039--87728075	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
87728841--87728919	29	2.6	31	82	8	90	48	16	5	30	1.68
87735320--87735397	27	2.9	27	71	7	68	34	12	21	30	1.91
87735887--87735930	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
87735950--87735991	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
87735954--87735990	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
87736023--87736074	15	3.3	15	77	15	59	55	1	0	42	1.10
87736537--87736575	14	2.8	14	88	0	51	30	17	10	41	1.83
87737025--87737063	21	1.9	21	89	5	62	23	30	35	10	1.88
87738149--87738365	46	4.6	46	78	11	169	23	29	18	28	1.98
87740479--87740601	28	4.4	28	90	2	176	26	13	27	32	1.93
87740504--87740614	28	4.0	27	89	3	134	29	12	25	32	1.93
87760582--87760773	40	4.8	40	88	1	287	23	22	28	25	1.99
87763229--87763262	17	2.1	16	88	5	50	26	0	26	47	1.53
87763129--87763265	39	3.5	39	85	4	186	29	2	20	47	1.65
87773116--87773288	93	1.9	93	91	0	283	27	30	21	20	1.98
87773117--87773284	46	3.6	46	78	4	185	28	29	21	20	1.98
87775192--87775275	29	2.9	29	81	13	93	55	15	17	10	1.67
87775188--87775266	15	5.4	15	77	10	83	58	12	18	10	1.62
87775199--87775275	15	5.2	15	76	9	70	55	14	18	11	1.68
87778189--87778322	46	2.9	47	76	5	146	29	29	20	20	1.98
87780831--87781001	46	3.7	46	77	13	197	22	21	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87780828--87780998	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
87785160--87785350	40	4.8	40	88	2	260	23	24	29	23	1.99
87788646--87788681	10	3.6	10	92	0	54	33	0	2	63	1.08
87792742--87792792	16	3.2	16	86	8	77	58	0	1	39	1.09
87793073--87793118	17	2.9	17	81	12	53	60	0	6	32	1.22
87793722--87793781	31	1.9	31	86	6	86	48	1	0	50	1.11
87793766--87793800	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
87793804--87793844	8	5.2	8	83	16	59	60	0	0	39	0.96
87793804--87793844	14	2.6	16	82	17	59	60	0	0	39	0.96
87793873--87793914	21	2.0	21	90	0	66	45	14	0	40	1.45
87797385--87797418	17	2.0	17	88	0	50	29	0	0	70	0.87
87799025--87799058	12	2.8	12	90	4	50	61	2	0	35	1.11
87800835--87800880	12	3.2	14	79	20	51	4	26	2	67	1.21
87802621--87802656	17	2.2	16	90	5	54	30	33	16	19	1.94
87803390--87803444	18	3.1	17	76	10	56	69	1	3	25	1.15
87803517--87803628	9	12.9	9	69	16	58	59	3	4	32	1.34
87811359--87811420	32	1.9	32	90	0	97	12	9	25	51	1.70
87812926--87813048	61	2.0	61	98	0	237	35	11	26	26	1.90
87825827--87825860	18	1.9	17	88	5	50	73	0	2	23	0.97
87827284--87827470	39	4.7	40	79	9	213	26	28	20	25	1.99
87827284--87827470	79	2.4	79	82	5	227	26	28	20	25	1.99
87841777--87841810	18	1.9	17	88	5	50	73	0	2	23	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87843233--87843418	39	4.7	40	79	10	213	25	28	20	25	1.99
87851854--87851912	30	2.0	30	86	0	82	20	11	6	61	1.53
87852178--87852255	21	3.4	21	71	21	75	34	6	0	58	1.23
87852186--87852270	25	3.4	25	79	9	111	35	5	0	58	1.22
87852209--87852235	14	1.9	14	100	0	54	29	3	0	66	1.09
87852177--87852270	49	1.9	48	97	2	179	35	5	0	59	1.20
87852746--87852901	71	2.3	69	84	9	203	30	5	12	52	1.60
87864334--87864625	44	6.7	44	86	3	392	31	14	25	28	1.95
87864334--87864625	88	3.3	88	86	1	435	31	14	25	28	1.95
87864563--87864694	69	1.9	69	84	3	176	29	15	24	31	1.95
87864632--87864850	44	5.0	43	82	7	235	35	12	23	28	1.92
87864516--87864729	113	1.9	113	89	0	329	31	15	22	29	1.95
87864474--87864774	157	1.9	157	85	4	419	32	14	23	29	1.94
87864632--87864850	88	2.5	87	85	5	287	35	12	23	28	1.92
87864432--87864796	201	1.8	201	84	2	509	33	13	24	28	1.93
87864386--87864853	245	1.9	243	85	4	647	32	13	25	28	1.94
87865890--87866500	44	13.9	44	84	5	738	27	26	13	32	1.94
87865890--87866500	88	7.0	88	87	3	838	27	26	13	32	1.94
87868683--87868733	19	2.6	19	82	14	68	56	1	5	35	1.35
87868936--87868962	9	3.0	9	100	0	54	11	22	22	44	1.84
87869042--87869083	17	2.4	18	84	8	59	50	4	0	45	1.23
87869173--87869206	17	2.0	17	88	0	50	67	2	0	29	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87869247--87869291	21	2.1	23	84	12	60	42	4	0	53	1.21
87869247--87869299	20	2.6	20	79	8	54	45	3	0	50	1.19
87869355--87869422	34	2.0	35	82	2	84	44	5	4	45	1.48
87870740--87870797	25	2.3	25	78	3	62	29	24	5	41	1.76
87872275--87872335	30	2.0	31	84	12	83	32	4	6	55	1.47
87878001--87878029	7	4.1	7	100	0	58	31	27	41	0	1.56
87882002--87882058	30	1.9	30	85	0	78	26	31	28	14	1.94
87889475--87889514	19	2.0	21	85	9	57	22	27	0	50	1.50
87894104--87894150	24	2.0	24	100	0	94	38	12	4	44	1.62
87906226--87906352	43	3.0	43	74	10	125	33	19	18	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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