genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59619575--59619635	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
59620761--59620800	19	2.2	18	86	4	53	50	0	10	40	1.36
59620874--59620911	15	2.5	16	83	12	53	39	0	0	60	0.97
59621881--59621931	18	2.8	18	79	8	68	3	35	0	60	1.15
59629559--59629595	18	2.1	18	94	0	65	35	8	21	35	1.83
59630561--59630678	42	2.8	42	80	6	132	26	18	22	32	1.97
59637060--59637281	40	5.6	40	87	3	297	23	26	22	27	2.00
59640596--59640623	13	2.2	13	100	0	56	39	10	35	14	1.81
59647508--59647568	28	2.2	28	84	0	77	27	24	22	24	2.00
59647719--59647775	27	2.1	27	83	0	69	40	22	21	15	1.91
59648481--59648562	41	2.0	40	97	2	155	32	24	13	29	1.93
59651420--59651590	93	1.8	93	94	0	306	28	28	20	22	1.98
59651415--59651587	46	3.7	46	79	13	210	29	27	20	22	1.98
59671456--59671529	25	3.0	25	75	13	80	28	18	25	27	1.98
59677707--59677761	26	2.1	26	82	3	65	27	16	20	36	1.93
59694887--59694937	21	2.4	21	86	0	75	19	19	17	43	1.89
59696765--59696910	37	3.9	37	92	0	220	25	32	18	23	1.97
59697118--59697451	47	7.1	47	92	0	524	27	29	11	31	1.92
59697257--59697333	22	3.4	22	67	22	68	28	28	12	29	1.94
59703474--59703511	18	2.1	19	90	5	60	34	15	0	50	1.45
59703693--59703823	43	3.1	43	83	4	167	31	26	17	24	1.97
59703701--59703837	43	3.2	43	81	6	163	29	25	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59711125--59711237	46	2.4	46	81	12	133	24	29	16	29	1.97
59717189--59717246	30	1.9	30	89	0	89	37	8	27	25	1.85
59718052--59718245	50	3.9	50	82	1	210	27	17	24	29	1.97
59728618--59729341	47	15.3	47	95	1	1250	32	8	29	29	1.87
59729319--59729363	22	2.0	22	100	0	90	33	4	35	26	1.77
59741610--59741730	47	2.6	47	84	8	151	23	28	17	30	1.97
59744760--59744813	25	2.2	25	100	0	108	29	24	11	35	1.90
59746329--59746496	46	3.6	46	77	15	141	25	28	18	27	1.98
59747847--59748024	27	6.6	27	82	5	171	28	28	15	26	1.96
59747868--59748023	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
59756198--59756368	46	3.7	46	74	14	154	23	29	19	27	1.98
59759027--59759249	40	5.7	40	82	8	208	24	21	28	26	1.99
59759106--59759282	79	2.2	80	81	3	198	24	21	28	24	1.99
59766399--59766569	39	4.3	39	85	6	202	25	21	28	25	1.99
59766346--59766569	79	2.8	79	81	7	222	25	20	27	25	1.99
59766426--59766602	79	2.2	80	80	4	191	25	21	28	24	1.99
59768009--59768175	43	3.9	42	76	7	185	32	26	14	26	1.94
59772065--59772252	27	7.0	27	83	0	196	27	11	17	44	1.82
59774089--59774136	17	2.8	17	78	6	53	20	16	20	41	1.90
59776617--59776686	25	2.8	24	84	4	77	31	24	20	24	1.98
59779193--59779301	25	4.4	24	82	6	103	27	22	21	29	1.99
59779209--59779300	25	3.7	25	80	4	114	26	22	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59779505--59779636	54	2.4	54	87	0	183	25	20	18	35	1.95
59779504--59779637	27	5.0	27	78	1	135	24	20	19	35	1.96
59779626--59779835	27	7.8	27	76	10	155	30	7	20	41	1.80
59779657--59779835	27	6.6	27	80	5	182	29	7	20	41	1.80
59779666--59779835	81	2.1	81	86	4	236	30	7	20	41	1.80
59779827--59779981	27	5.7	27	90	1	204	39	6	23	30	1.80
59779710--59779859	81	1.9	81	80	5	178	30	6	22	40	1.78
59779798--59779995	81	2.4	81	79	1	236	37	6	21	34	1.78
59779799--59779995	54	3.6	54	79	6	193	37	6	21	34	1.79
59787891--59787940	6	8.2	6	84	2	64	68	4	0	28	1.08
59795847--59795957	42	2.6	41	79	8	116	31	27	18	22	1.97
59797005--59797046	21	2.0	22	86	13	61	40	16	14	28	1.88
59798441--59798610	91	1.8	93	87	2	254	27	28	21	22	1.99
59815716--59815933	40	5.7	40	85	10	260	25	28	22	23	1.99
59815722--59815933	113	1.9	115	84	5	288	25	28	22	24	1.99
59818016--59818147	56	2.4	56	88	2	194	36	24	11	28	1.90
59821493--59821674	40	4.6	40	86	4	235	22	27	23	26	1.99
59829456--59829636	40	4.6	40	82	8	201	22	25	22	28	1.99
59831500--59831539	20	2.0	21	85	5	55	60	15	5	20	1.53
59831722--59831763	11	3.7	11	78	15	50	52	26	2	19	1.58
59831919--59832002	22	3.9	21	69	12	62	38	17	13	30	1.88
59839488--59839737	27	9.1	27	66	21	96	31	5	0	62	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59839492--59839765	36	7.6	36	67	19	126	31	4	1	62	1.25
59839517--59839582	11	6.0	11	75	22	50	31	1	0	66	1.01
59839529--59839654	62	1.9	64	81	13	150	30	5	0	62	1.23
59839621--59839656	17	2.1	17	89	0	54	33	2	2	61	1.25
59839680--59839778	12	8.4	12	69	24	59	36	1	3	59	1.20
59839681--59839756	15	5.2	15	77	19	65	36	1	2	59	1.20
59839678--59839778	40	2.5	40	80	15	109	35	0	2	60	1.19
59839522--59839759	40	6.1	40	67	21	105	31	5	1	62	1.25
59839703--59839766	21	3.1	21	72	14	62	34	0	3	62	1.11
59853936--59854043	37	2.9	37	94	0	180	25	32	19	22	1.97
59854206--59854463	47	5.5	47	90	0	372	25	28	13	32	1.93
59854206--59854511	94	3.2	94	84	3	375	26	27	12	33	1.92
59854434--59854963	48	10.7	48	85	6	693	32	27	5	34	1.81
59854434--59854963	96	5.4	96	88	7	774	32	27	5	34	1.81
59854551--59854579	14	2.1	14	100	0	58	41	31	0	27	1.56
59854503--59854636	62	2.1	62	90	1	205	35	28	4	32	1.77
59860120--59860180	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
59861210--59861294	44	1.9	44	90	0	134	30	12	24	31	1.93
59862977--59863270	17	15.7	18	66	21	94	31	4	1	62	1.23
59863009--59863268	40	6.3	37	69	24	107	30	4	1	63	1.22
59862990--59863277	29	10.4	28	68	21	105	31	4	1	62	1.23
59862978--59863264	38	7.4	38	68	19	127	31	4	1	63	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59863115--59863149	12	2.8	12	91	4	52	34	8	0	57	1.29
59863187--59863271	12	7.0	12	74	20	61	34	1	1	63	1.10
59863210--59863271	21	3.0	20	75	15	72	32	0	1	66	1.02
59862977--59863267	15	18.2	16	66	22	71	31	4	1	62	1.23
59862978--59863271	24	12.7	24	66	19	85	31	4	1	62	1.23
59862977--59863271	43	7.0	43	69	19	121	31	4	1	62	1.23
59874560--59874585	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
59875963--59876248	40	7.2	40	94	1	486	22	22	26	28	1.99
59883968--59884058	34	2.7	33	77	11	96	26	20	24	28	1.99
59891711--59891801	34	2.7	33	76	17	89	27	20	21	29	1.98
59894088--59894148	30	2.0	30	100	0	122	40	9	9	39	1.72
59896433--59896490	30	1.9	31	82	3	73	41	1	22	34	1.64
59898903--59899126	40	5.6	40	85	3	279	25	22	26	25	2.00
59898909--59899126	83	2.7	80	87	5	280	24	22	27	25	2.00
59907129--59907352	40	5.6	40	87	3	306	24	23	26	25	2.00
59907133--59907352	83	2.7	80	88	5	302	23	24	27	25	2.00
59922448--59922528	31	2.6	31	75	7	83	20	24	30	23	1.99
59928150--59928425	40	6.9	40	93	0	464	23	28	21	26	1.99
59939129--59939316	94	2.0	94	93	0	322	30	10	20	38	1.86
59957589--59957651	31	2.0	31	100	0	126	31	26	6	34	1.82
59957820--59957907	11	7.7	11	72	20	56	72	5	5	15	1.23
59957832--59957863	13	2.3	15	89	10	50	75	9	3	12	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59957846--59957908	22	2.9	21	83	9	65	73	6	6	14	1.24
59957832--59957911	35	2.3	35	82	8	101	72	6	5	16	1.23
59962348--59962571	40	5.6	40	84	6	292	25	25	23	25	2.00
59962348--59962571	83	2.8	80	87	4	308	25	25	23	25	2.00
59965767--59965829	31	2.0	31	93	6	110	31	23	6	38	1.80
59965933--59966056	48	2.6	48	88	5	171	27	20	29	22	1.99
59969578--59971131	47	32.6	47	86	8	1888	32	8	29	29	1.86
59969578--59971131	141	10.9	141	88	6	2254	32	8	29	29	1.86
59970503--59970552	24	2.1	24	96	0	91	26	8	40	26	1.83
59970458--59970601	73	2.0	72	94	2	254	30	7	32	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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