genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.180.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58276489--58276642	43	3.6	42	73	6	132	24	17	27	30	1.97
58276499--58276611	41	2.7	43	79	4	113	22	15	27	35	1.93
58281792--58281840	21	2.3	21	100	0	98	26	16	20	36	1.93
58287884--58288146	56	4.7	55	86	2	332	33	22	15	28	1.95
58287881--58288146	112	2.4	113	87	3	378	32	21	16	28	1.95
58292071--58292180	6	17.8	6	68	15	64	48	11	20	20	1.80
58292091--58292180	25	3.4	25	76	16	99	45	12	21	21	1.83
58292083--58292180	31	3.4	31	76	16	118	46	12	20	20	1.82
58292297--58292395	27	3.7	27	84	6	121	36	19	24	20	1.95
58292563--58292620	22	2.6	22	86	0	71	34	22	24	18	1.96
58292776--58292806	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
58292948--58293224	27	10.3	28	83	8	292	24	19	18	36	1.94
58292949--58293220	81	3.4	81	90	1	413	24	20	18	36	1.95
58293208--58293510	27	11.3	27	79	5	303	30	7	21	40	1.82
58293154--58293497	80	4.3	79	79	7	329	30	8	20	40	1.83
58296847--58296910	26	2.4	27	82	10	87	37	25	9	28	1.87
58297014--58297121	27	4.0	27	91	2	155	20	25	20	34	1.96
58297013--58297122	55	2.0	54	89	5	168	20	24	20	35	1.96
58298718--58298937	46	4.7	48	80	12	226	25	20	32	21	1.97
58301343--58301457	27	4.3	26	85	7	140	38	23	20	17	1.93
58301567--58301606	20	2.0	20	95	0	71	37	5	12	45	1.64
58301587--58301640	28	2.0	27	92	3	90	31	7	22	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58312717--58312773	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
58315338--58315409	34	2.1	35	84	7	94	20	26	11	41	1.86
58320069--58320252	40	4.6	40	82	6	196	25	27	22	25	2.00
58320073--58320252	79	2.3	80	80	7	206	23	28	22	25	2.00
58322967--58323038	34	2.1	35	82	7	85	20	23	11	44	1.84
58324595--58324672	26	2.9	26	73	7	66	29	15	16	38	1.90
58327943--58328109	46	3.6	44	75	11	131	28	18	27	25	1.98
58335373--58335424	20	2.6	20	100	0	104	25	36	26	11	1.90
58341617--58341658	21	2.0	21	86	13	61	47	19	4	28	1.69
58343965--58344236	91	3.0	91	98	1	528	34	18	15	31	1.92
58351653--58351696	20	2.3	20	81	11	58	40	4	9	45	1.56
58351652--58351698	18	2.5	20	78	21	57	40	4	8	46	1.54
58354160--58354208	23	2.1	23	92	0	80	34	12	8	44	1.71
58354850--58355006	42	3.7	42	90	2	226	28	24	15	31	1.95
58354973--58355066	49	1.9	48	91	2	152	32	24	13	28	1.94
58354977--58355151	47	3.7	46	83	3	170	31	25	14	28	1.95
58355167--58355346	31	5.8	31	91	2	290	26	27	18	26	1.98
58356467--58356501	16	2.1	18	89	10	56	37	14	2	45	1.59
58364191--58364242	26	2.0	26	85	7	70	42	19	1	36	1.62
58371493--58371590	40	2.4	41	81	3	110	26	26	16	30	1.97
58374459--58374774	55	5.9	54	82	6	363	22	24	18	34	1.96
58374470--58374766	108	2.7	108	92	1	479	21	24	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58375544--58375601	30	1.9	31	85	3	82	29	24	12	34	1.91
58378975--58379078	51	2.0	51	92	3	174	33	21	12	32	1.91
58384602--58384726	42	2.9	43	73	11	105	28	24	20	26	1.99
58384591--58384738	43	3.5	43	74	12	126	27	26	20	25	1.99
58404859--58404891	16	2.1	17	88	11	52	33	0	24	42	1.55
58410313--58410346	17	1.9	18	88	5	52	8	41	38	11	1.73
58410576--58410671	27	3.6	27	88	0	138	28	13	15	42	1.85
58412032--58412113	41	2.0	41	92	0	137	25	31	23	19	1.98
58412380--58412860	27	17.4	27	76	10	186	30	10	19	39	1.86
58412375--58412509	55	2.5	54	78	8	139	30	11	17	40	1.86
58412375--58412832	54	8.3	55	77	12	264	29	10	20	38	1.87
58412502--58412574	38	1.9	38	88	0	110	28	9	16	45	1.79
58412470--58412601	65	2.0	65	98	0	255	28	9	16	44	1.80
58412540--58412816	81	3.4	81	81	6	314	29	9	21	39	1.85
58412637--58412859	53	4.2	53	80	2	178	30	11	21	37	1.88
58415619--58415662	23	1.9	23	95	0	79	25	2	25	47	1.63
58424750--58424803	27	2.0	27	100	0	108	22	22	22	33	1.97
58433813--58433980	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
58433836--58433980	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
58435168--58435243	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
58441871--58442038	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
58441894--58442038	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58443226--58443301	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
58453063--58453099	16	2.2	17	95	4	67	13	5	29	51	1.63
58458253--58458286	17	1.9	18	88	5	52	8	41	38	11	1.73
58458516--58458611	27	3.6	27	91	0	156	29	13	15	41	1.85
58459973--58460054	41	2.0	41	90	4	130	26	30	23	19	1.98
58460319--58460800	27	17.4	27	76	10	195	30	10	19	39	1.86
58460314--58460448	55	2.5	54	78	8	139	30	11	17	40	1.86
58460312--58460806	54	9.0	55	78	11	329	30	10	19	38	1.86
58460441--58460513	38	1.9	38	88	0	110	28	9	16	45	1.79
58460409--58460540	65	2.0	65	98	0	255	28	9	16	44	1.80
58460479--58460756	81	3.4	80	82	4	326	29	9	21	39	1.85
58460479--58460806	81	4.1	80	80	4	318	31	10	20	38	1.86
58460479--58460806	27	12.2	27	82	1	282	31	10	20	38	1.86
58559097--58559315	40	5.6	40	86	6	279	25	21	29	24	1.99
58559097--58559290	79	2.5	80	88	3	286	24	20	29	25	1.99
58561609--58561779	43	4.0	43	78	6	195	26	19	24	29	1.98
58561933--58561963	16	1.9	16	93	0	53	48	6	9	35	1.62
58564740--58564774	18	2.0	17	88	5	52	71	14	0	14	1.15
58571462--58571497	14	2.5	15	91	8	58	52	0	2	44	1.15
58573535--58573789	55	4.8	53	79	8	245	34	17	25	22	1.96
58573542--58573742	108	1.8	110	87	4	300	32	18	25	23	1.97
58573981--58574011	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58578191--58578244	26	2.0	27	82	10	67	46	11	11	31	1.74
58581108--58581299	53	3.7	53	80	7	198	36	17	24	21	1.95
58581108--58581307	49	3.9	50	81	7	163	36	17	25	21	1.94
58581499--58581528	15	1.9	16	93	6	53	40	0	23	36	1.55
58583445--58583622	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
58583446--58583601	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
58583442--58583622	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
58583527--58583633	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
58591411--58591588	27	6.6	26	82	6	178	26	15	28	29	1.96
58591412--58591567	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
58591408--58591588	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	29	1.97
58599468--58599502	12	2.8	13	91	4	54	40	0	60	0	0.97
58599465--58599500	18	2.0	18	94	0	63	41	0	58	0	0.98
58600877--58600909	13	2.5	13	100	0	66	27	21	27	24	1.99
58602623--58602672	11	4.5	11	78	14	57	34	0	4	62	1.14
58604344--58604456	33	3.5	32	81	7	131	37	13	23	25	1.91
58604449--58604595	31	4.7	31	89	6	235	26	18	28	26	1.98
58604449--58604629	62	2.9	62	87	4	240	28	17	28	26	1.97
58604686--58604750	27	2.4	27	92	0	103	38	13	26	21	1.91
58620252--58620326	36	2.1	36	100	0	150	36	36	5	22	1.77
58625958--58625983	9	2.9	9	100	0	52	23	0	0	76	0.78
58632024--58632107	41	2.0	41	95	0	150	34	11	23	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58637691--58637944	45	5.6	45	75	7	156	34	17	18	28	1.94
58637823--58638012	49	4.0	48	80	6	233	37	17	16	28	1.91
58637782--58638006	94	2.4	94	87	0	315	35	16	18	29	1.93
58637989--58638089	43	2.3	43	88	5	141	32	14	24	27	1.95
58644632--58644814	51	3.6	50	79	7	199	28	30	13	27	1.94
58644635--58644809	52	3.5	50	83	10	205	28	30	12	28	1.93
58652512--58652679	49	3.4	49	81	6	205	28	25	19	26	1.99
58652506--58652688	100	1.8	100	89	4	289	28	25	19	25	1.99
58652783--58652905	49	2.5	49	82	2	156	29	28	17	24	1.98
58652568--58652997	215	2.0	215	95	0	772	29	25	15	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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