genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36546004--36546299	27	10.9	27	87	0	358	41	21	16	19	1.90
36546000--36546271	109	2.5	106	87	5	391	42	22	16	18	1.89
36547635--36547820	54	3.5	52	73	13	135	37	17	22	22	1.94
36547623--36547830	53	3.9	53	75	8	195	37	16	22	23	1.94
36550200--36550416	43	5.1	43	93	0	346	31	31	24	12	1.92
36552317--36552347	15	2.1	15	100	0	62	19	6	35	38	1.77
36556118--36556335	68	3.2	67	86	6	257	31	15	29	22	1.95
36563685--36563842	68	2.3	67	96	0	271	30	14	31	24	1.95
36566244--36566379	55	2.5	53	77	3	139	36	21	22	19	1.96
36570723--36570774	20	2.6	19	79	8	59	23	3	1	71	1.13
36573464--36573489	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
36576028--36576389	49	7.7	47	70	10	165	25	29	18	27	1.98
36576230--36576389	46	3.4	46	75	8	155	22	30	19	28	1.98
36576266--36576399	46	3.0	44	82	7	162	21	30	20	26	1.98
36577192--36577256	31	2.1	31	100	0	130	50	3	30	15	1.59
36582493--36582532	21	2.0	20	90	5	62	27	35	27	10	1.89
36583293--36583363	30	2.4	30	92	4	117	49	16	7	26	1.72
36583829--36584140	49	6.6	49	70	11	134	24	28	18	28	1.98
36584017--36584142	46	2.7	46	83	8	159	21	29	20	28	1.98
36587512--36587552	20	2.1	20	86	4	57	26	0	24	48	1.51
36592041--36592085	19	2.4	18	85	14	56	48	2	15	33	1.57
36592154--36592202	22	2.2	22	100	0	98	36	4	10	48	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36598296--36598495	53	3.7	54	82	5	217	22	25	18	33	1.97
36598339--36598497	55	2.9	53	80	11	171	23	25	16	33	1.96
36598482--36598603	47	2.6	47	93	0	199	25	22	14	36	1.93
36602486--36602670	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
36602487--36602670	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
36602487--36602703	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
36604835--36604983	27	5.5	27	77	6	90	38	19	10	31	1.85
36604835--36604982	54	2.7	53	78	6	154	38	19	10	31	1.85
36604960--36605196	27	8.8	27	88	0	296	29	23	8	38	1.84
36605149--36605334	27	6.8	26	71	12	90	35	22	9	32	1.86
36605190--36605261	28	2.6	28	88	2	101	41	22	6	29	1.79
36605285--36605376	27	3.4	27	90	0	139	27	22	8	41	1.83
36604960--36605376	81	5.1	81	74	4	345	31	22	8	36	1.85
36605381--36605718	27	12.6	27	84	3	394	36	20	18	25	1.95
36605962--36606115	67	2.3	67	96	0	281	18	27	22	31	1.97
36606218--36606339	6	19.8	6	75	14	88	17	16	16	50	1.79
36606218--36606273	25	2.2	25	93	0	94	19	19	14	46	1.84
36606218--36606344	43	2.9	43	80	4	139	18	15	16	49	1.80
36607979--36608066	27	3.3	27	79	4	97	30	12	15	40	1.85
36607979--36608242	54	4.9	54	75	8	171	31	10	19	38	1.86
36608022--36608230	27	7.8	27	75	8	194	31	10	20	38	1.85
36607993--36608242	81	3.1	81	76	7	240	31	9	20	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36609724--36609805	28	2.9	28	88	0	119	32	12	28	26	1.92
36610212--36610252	21	1.9	22	85	5	57	41	4	21	31	1.74
36616340--36616418	28	2.8	28	88	0	113	32	11	26	29	1.91
36618464--36618588	27	4.7	26	77	8	105	31	10	16	42	1.81
36621384--36621437	28	1.9	28	92	0	90	29	22	25	22	1.99
36621731--36621804	27	2.7	27	72	4	69	40	20	18	20	1.92
36622126--36622190	33	1.9	34	87	3	96	41	23	10	24	1.86
36622238--36622455	27	8.1	27	79	4	226	32	9	19	38	1.84
36622279--36622457	81	2.2	81	87	2	252	32	8	18	39	1.82
36624924--36624958	18	2.1	17	89	10	54	11	40	31	17	1.85
36628885--36628913	15	2.0	15	93	6	51	55	20	13	10	1.68
36629540--36629577	15	2.6	15	91	4	60	60	10	13	15	1.59
36631406--36631440	18	2.1	17	89	10	54	11	40	31	17	1.85
36648245--36648345	52	2.0	52	84	5	134	19	22	10	46	1.81
36649177--36649238	29	2.2	28	85	2	79	25	16	29	29	1.96
36655060--36655159	50	2.0	50	100	0	200	30	20	20	30	1.97
36658454--36658503	19	2.5	19	80	6	55	52	2	2	44	1.24
36659194--36659382	105	1.8	102	95	4	344	43	6	3	45	1.48
36660149--36660286	54	2.6	54	88	2	188	35	19	20	24	1.96
36660153--36660295	27	5.3	27	83	4	162	36	20	18	24	1.95
36660947--36660998	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
36662331--36662554	53	4.2	54	78	2	227	20	23	16	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36673442--36673518	27	2.9	27	90	0	118	40	19	6	33	1.77
36673611--36673750	27	5.2	27	81	3	167	35	17	20	26	1.95
36673611--36673747	53	2.6	53	82	6	163	35	17	20	26	1.95
36673955--36674017	25	2.5	25	89	5	92	26	22	22	28	1.99
36680353--36680669	47	6.7	47	90	0	447	32	9	30	27	1.88
36680788--36680866	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
36682078--36682427	158	2.2	159	90	2	549	24	22	28	25	1.99
36682078--36682427	40	8.8	40	90	2	535	24	22	28	25	1.99
36686132--36686448	47	6.7	47	94	0	519	32	8	30	28	1.87
36686179--36686257	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
36686320--36686398	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
36686567--36686645	37	2.1	37	88	0	113	24	17	31	26	1.97
36694840--36695024	40	4.7	40	82	6	216	25	28	22	24	1.99
36694840--36695024	79	2.3	80	80	8	198	25	28	22	24	1.99
36696150--36696269	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
36697171--36697231	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
36700705--36700873	48	3.5	48	87	3	234	26	17	29	27	1.97
36712512--36712905	38	10.3	38	82	2	439	22	21	23	32	1.98
36714770--36714815	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
36715615--36715794	48	3.8	48	90	0	279	27	17	28	26	1.97
36723775--36723879	43	2.4	43	87	3	149	23	34	19	22	1.96
36724379--36724406	14	2.0	14	100	0	56	50	0	14	35	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36725445--36725483	20	2.0	20	89	0	60	35	12	5	46	1.65
36734101--36734131	16	1.9	16	100	0	62	45	19	9	25	1.81
36738414--36738544	42	3.1	42	73	10	113	28	25	19	26	1.98
36738555--36738596	21	2.0	21	90	0	66	23	28	19	28	1.98
36741734--36741958	46	4.8	47	78	9	185	28	19	28	23	1.98
36743955--36744041	42	2.1	42	84	0	111	21	16	29	32	1.95
36744024--36744114	43	2.1	43	93	0	155	25	19	19	35	1.96
36744906--36744937	13	2.4	14	94	5	57	53	9	0	37	1.34
36749982--36750176	9	21.7	9	70	13	89	36	1	14	47	1.54
36750034--36750145	30	3.6	30	72	17	111	36	2	14	46	1.59
36750013--36750176	64	2.6	64	92	0	274	35	1	15	47	1.56
36750270--36750852	99	5.7	98	77	12	605	53	3	6	36	1.41
36750369--36750549	57	3.3	56	70	17	153	56	3	4	34	1.37
36750533--36750599	19	3.6	18	68	6	53	59	0	2	37	1.13
36750532--36750609	37	2.1	37	80	7	95	56	1	3	38	1.26
36750191--36750869	209	3.3	209	94	0	1198	54	3	6	36	1.42
36764203--36764419	84	2.6	83	84	5	294	25	21	12	40	1.89
36764358--36764482	61	2.0	61	95	0	223	27	16	12	43	1.85
36764854--36764946	7	13.0	7	72	13	73	37	38	1	22	1.62
36764842--36764898	21	2.7	20	84	10	69	36	36	0	26	1.57
36764858--36764944	14	6.1	14	77	15	90	37	37	1	22	1.62
36764856--36764946	29	3.2	28	81	7	103	38	37	1	23	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36764960--36764997	15	2.6	15	79	4	51	44	31	0	23	1.54
36765012--36765065	14	3.9	14	77	0	54	44	35	0	20	1.52
36765429--36765580	40	3.8	40	76	6	155	25	24	24	26	2.00
36765429--36765580	80	1.9	80	80	2	180	25	24	24	26	2.00
36768926--36768970	18	2.6	17	86	10	56	33	17	0	48	1.48
36768926--36768963	18	2.1	18	90	9	60	31	15	0	52	1.43
36768935--36768970	17	2.1	18	89	5	56	38	16	0	44	1.48
36773386--36773412	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
36788632--36788692	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
36796241--36796287	6	7.5	6	86	9	67	78	2	2	17	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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