genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83716425--83716480	19	2.9	19	79	12	69	39	17	1	41	1.60
83716848--83717107	45	6.0	45	79	6	191	32	26	16	24	1.96
83720777--83720820	22	2.0	22	100	0	88	45	13	13	27	1.81
83725369--83725460	48	1.9	48	81	0	112	25	17	30	27	1.97
83731602--83731715	28	4.0	29	70	17	76	24	25	26	23	2.00
83738882--83738919	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
83746324--83746361	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
83750782--83751009	40	5.7	40	90	3	361	26	27	21	24	1.99
83759172--83759393	39	5.7	40	73	17	137	26	27	22	24	2.00
83766404--83766673	40	6.8	40	94	0	459	25	21	29	22	1.99
83774882--83775153	40	6.8	40	93	1	445	26	21	28	23	1.99
83774874--83775153	122	2.3	122	92	1	458	26	21	28	23	1.99
83786249--83786369	57	2.1	57	83	6	147	32	15	21	30	1.95
83790632--83790661	14	2.1	14	100	0	60	43	13	0	43	1.43
83792976--83793008	17	2.0	17	88	5	50	33	18	0	48	1.48
83793288--83793422	46	2.9	46	89	0	189	23	22	14	40	1.90
83795241--83795488	123	2.0	123	99	0	487	28	23	6	41	1.79
83795687--83795725	11	3.5	11	92	0	69	69	0	2	28	1.02
83795688--83795729	19	2.2	19	87	8	59	71	0	2	26	0.98
83795681--83795729	3	17.3	3	76	19	52	69	0	2	28	1.00
83795699--83795774	19	3.7	21	74	10	59	57	6	1	34	1.33
83797262--83797349	27	3.1	27	85	8	115	31	22	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83797455--83797519	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
83800993--83801101	37	2.9	37	93	0	182	26	30	19	23	1.98
83801242--83801773	48	11.0	48	94	0	911	31	28	5	34	1.81
83805869--83805903	6	5.8	6	96	0	61	54	0	28	17	1.43
83808190--83808558	184	2.0	184	93	1	632	25	13	28	33	1.93
83808605--83808643	17	2.3	17	81	0	51	53	10	25	10	1.66
83822767--83822805	20	2.0	20	100	0	78	10	30	35	23	1.88
83824064--83824216	42	3.6	42	78	6	139	27	23	15	33	1.94
83824064--83824218	84	1.8	84	84	0	211	27	23	15	33	1.95
83829309--83829432	47	2.7	44	78	12	133	27	18	29	24	1.98
83837229--83837405	67	2.6	67	81	7	173	31	16	29	21	1.96
83837253--83837436	67	2.8	64	77	8	194	29	17	30	22	1.97
83840265--83840324	26	2.3	26	81	16	72	33	6	16	43	1.74
83842165--83842216	25	2.1	25	92	0	86	23	13	17	46	1.83
83844023--83844087	27	2.4	27	79	5	69	21	23	18	36	1.95
83844141--83844222	27	3.0	26	83	7	92	35	9	13	41	1.77
83844204--83844326	27	4.6	27	78	8	117	27	8	21	43	1.80
83844209--83844359	80	1.9	80	82	5	189	28	11	18	41	1.85
83844348--83844407	27	2.3	27	82	2	68	35	6	21	36	1.80
83844364--83844501	27	5.1	27	90	1	179	37	7	26	28	1.83
83846808--83846890	31	2.7	30	90	7	132	27	25	15	31	1.96
83847099--83847179	25	3.2	24	81	13	85	23	23	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83847980--83848057	27	2.9	26	70	14	68	23	19	19	38	1.93
83848075--83848284	110	1.9	108	81	3	251	30	8	20	40	1.82
83848076--83848311	27	8.7	27	75	9	131	30	8	19	40	1.82
83848074--83848326	54	4.7	53	76	10	158	31	9	19	39	1.85
83848316--83848445	27	4.8	27	80	7	147	39	5	23	31	1.77
83848316--83848445	54	2.4	54	90	2	199	39	5	23	31	1.77
83849577--83849659	31	2.7	31	94	3	143	27	27	15	28	1.96
83849879--83849948	25	2.8	25	89	4	97	24	22	27	25	2.00
83851811--83851884	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
83858191--83858229	18	2.2	18	95	0	69	48	15	12	23	1.79
83862459--83862553	40	2.4	41	85	3	122	25	15	26	32	1.96
83863069--83863100	15	2.1	16	94	5	57	50	0	21	28	1.49
83867804--83867964	44	3.8	40	75	11	119	27	14	25	32	1.94
83870126--83870245	56	2.1	56	100	0	240	45	9	22	22	1.80
83871375--83871559	40	4.7	40	82	7	209	23	22	28	25	1.99
83871428--83871582	79	2.0	79	83	7	199	25	20	27	26	1.99
83888923--83889018	48	2.0	48	93	0	165	27	18	26	28	1.98
83889972--83890013	11	3.9	11	78	15	52	33	0	23	42	1.55
83889979--83890018	20	2.0	20	100	0	80	30	0	25	45	1.54
83889979--83890025	20	2.5	19	93	6	78	31	0	25	42	1.55
83890932--83890956	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
83891693--83891823	47	2.8	47	80	12	153	29	21	29	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83899351--83899388	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
83899618--83899788	93	1.8	93	92	0	288	29	28	19	22	1.98
83899613--83899782	46	3.7	46	77	10	184	30	27	18	22	1.98
83899663--83899804	46	3.1	45	72	18	123	29	28	19	23	1.98
83906465--83906502	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
83906731--83906901	93	1.8	93	92	0	288	28	29	20	21	1.98
83906726--83906898	46	3.7	46	78	10	199	29	28	20	21	1.98
83908352--83908569	46	4.7	45	79	13	192	29	19	28	22	1.98
83908348--83908620	94	2.9	94	80	8	254	28	19	28	23	1.98
83909576--83909728	71	2.2	71	89	0	225	24	23	40	11	1.87
83909621--83909686	29	2.3	29	94	0	114	21	22	43	12	1.85
83909650--83909758	42	2.6	41	89	7	173	21	26	41	11	1.86
83913077--83913121	17	2.6	17	83	10	65	42	2	2	53	1.25
83913822--83913861	17	2.3	18	83	12	57	35	2	0	62	1.09
83914099--83914170	29	2.4	30	79	4	74	41	4	9	44	1.56
83917106--83917164	20	3.2	20	67	18	63	38	3	5	52	1.40
83917090--83917164	36	2.1	36	100	0	150	36	2	5	56	1.36
83917091--83917148	17	3.3	17	68	17	55	29	1	6	62	1.31
83917102--83917173	36	2.2	32	82	12	83	37	2	6	52	1.43
83918372--83918397	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
83920672--83920721	25	2.0	25	88	0	73	34	14	16	36	1.88
83922822--83922923	45	2.2	47	83	8	122	24	21	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83925260--83925370	43	2.6	43	88	0	177	27	34	27	9	1.89
83925363--83925546	38	4.8	38	92	0	260	29	26	22	21	1.99
83927244--83927416	46	3.7	46	77	11	192	23	20	27	28	1.99
83927238--83927408	93	1.8	93	89	2	272	23	21	26	28	1.99
83933456--83933954	43	11.6	43	91	0	811	30	32	25	11	1.91
83933947--83934092	38	3.8	38	89	0	211	28	26	23	21	1.99
83940881--83940920	22	1.9	20	90	10	62	47	30	10	12	1.74
83942109--83942147	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
83943826--83943882	28	2.0	28	100	0	114	38	17	21	22	1.93
83951629--83951708	41	2.0	41	92	0	133	25	30	23	21	1.99
83951954--83952251	27	11.1	27	82	0	328	31	8	19	40	1.82
83955405--83955621	46	4.6	48	81	6	214	23	29	18	27	1.98
83955421--83955671	46	5.4	46	78	9	208	24	29	18	28	1.98
83955453--83955666	94	2.3	93	84	5	263	23	29	18	28	1.98
83958742--83958802	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
83963459--83963635	27	6.6	27	84	1	212	26	12	18	42	1.86
83963459--83963641	81	2.2	81	87	0	267	26	14	17	42	1.87
83963459--83963635	54	3.3	53	86	3	237	26	12	18	42	1.86
83966483--83966623	38	3.7	38	93	0	219	21	22	26	29	1.99
83966619--83966912	43	6.8	43	95	0	516	11	26	31	29	1.92
83966888--83966928	16	2.6	16	100	0	82	9	34	29	26	1.88
83979477--83979531	25	2.2	25	93	0	92	47	27	10	14	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83985759--83985785	14	1.9	14	100	0	54	22	7	7	62	1.46
83991537--83991590	6	9.2	6	85	4	65	12	7	0	79	0.92
83991520--83991584	23	2.9	21	82	8	67	13	6	1	78	1.01
83998391--83998646	55	4.8	53	79	11	224	35	17	24	22	1.95
83998399--83998599	108	1.8	110	87	4	300	34	16	24	23	1.95
84001400--84001495	35	2.8	34	85	1	120	29	22	19	28	1.98
84001400--84001501	34	2.9	35	85	1	125	29	22	19	28	1.98
84009218--84009294	29	2.7	29	89	0	118	25	31	18	24	1.97
84009183--84009294	58	1.9	58	81	3	136	26	31	15	26	1.96
84010662--84010700	16	2.4	16	91	0	60	7	2	35	53	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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