genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24951420--24951533	46	2.5	46	94	2	185	23	23	14	37	1.92
24953675--24953726	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
24954711--24954751	21	2.0	21	90	0	64	9	19	34	36	1.85
24955435--24955535	40	2.5	40	95	0	184	46	21	6	24	1.76
24957522--24957663	64	2.2	64	85	0	212	46	14	12	26	1.80
24957595--24957701	48	2.2	48	94	0	196	41	15	15	27	1.88
24957799--24957952	12	12.8	12	67	10	73	51	11	11	25	1.71
24957896--24957952	6	9.5	6	82	0	51	59	10	8	21	1.57
24957896--24957952	18	3.2	18	87	0	78	59	10	8	21	1.57
24958462--24958530	31	2.2	32	80	10	90	23	10	20	46	1.80
24973072--24973105	11	2.8	12	86	13	52	47	2	0	50	1.16
24973162--24973195	15	2.3	15	90	10	52	73	2	20	2	1.09
24973810--24973843	5	6.6	5	93	3	50	41	0	14	44	1.45
24974705--24974746	21	2.0	22	90	4	68	35	4	16	42	1.69
24975420--24975458	19	2.0	20	90	5	62	33	0	17	48	1.48
24976406--24976456	19	2.6	19	87	9	68	19	5	0	74	1.02
24983272--24983335	29	2.2	30	83	8	87	46	20	4	28	1.70
24983612--24983652	18	2.3	18	100	0	82	63	0	0	36	0.95
24988876--24988915	7	5.7	7	96	0	71	0	25	15	60	1.35
24996443--24996477	15	2.2	16	90	5	54	34	2	8	54	1.46
24999092--24999129	17	2.2	17	100	0	76	39	18	26	15	1.91
25001191--25001340	48	3.1	48	80	5	126	29	19	28	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25008788--25009056	48	5.6	48	80	4	247	31	17	27	24	1.97
25008969--25009078	48	2.3	48	82	3	123	28	19	31	20	1.97
25009056--25009101	23	2.0	23	95	0	83	19	21	32	26	1.97
25010614--25011084	242	2.0	229	85	6	629	33	23	15	27	1.94
25012022--25012060	20	2.0	20	89	0	60	38	12	0	48	1.42
25021221--25021259	20	2.1	19	85	9	53	56	2	5	35	1.35
25021621--25021679	21	2.7	22	75	19	61	45	10	6	37	1.65
25021776--25021819	19	2.4	18	81	7	54	52	0	0	47	1.00
25042823--25042883	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
25044996--25045076	24	3.2	24	81	6	90	51	0	1	46	1.08
25045089--25045140	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
25054245--25054400	35	4.5	35	76	0	150	42	17	9	30	1.82
25058640--25058686	5	9.4	5	100	0	94	40	0	0	59	0.97
25059950--25060004	15	3.7	15	90	2	85	36	0	12	50	1.41
25060376--25060463	21	4.1	21	85	5	104	17	22	25	35	1.95
25060389--25060463	21	3.5	21	90	3	105	14	22	26	36	1.93
25068650--25068725	20	4.4	17	72	21	61	51	5	0	43	1.24
25071223--25071279	28	2.0	28	100	0	114	31	0	10	57	1.32
25076788--25076862	34	2.2	34	79	9	82	50	2	0	46	1.15
25077834--25077870	18	2.1	18	94	0	65	48	8	10	32	1.67
25078485--25078561	37	2.1	37	100	0	154	51	12	18	16	1.75
25080004--25080080	38	2.0	38	100	0	154	27	25	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25081858--25081897	21	2.0	21	90	5	64	50	17	2	30	1.59
25086103--25087557	488	3.0	488	97	0	2671	27	21	15	36	1.93
25093494--25093533	21	2.0	21	90	5	64	50	17	2	30	1.59
25094702--25094758	28	2.0	28	83	13	71	40	17	0	42	1.49
25094689--25094837	79	1.9	78	83	6	194	39	24	0	36	1.56
25094774--25094840	29	2.3	30	82	5	84	40	20	0	38	1.53
25095838--25095895	19	3.0	20	82	10	66	43	5	1	50	1.35
25099456--25099493	19	2.0	20	84	5	51	28	2	2	65	1.19
25103041--25103135	34	2.7	35	79	6	104	25	27	17	29	1.98
25110372--25110418	25	1.9	25	91	4	78	36	0	10	53	1.36
25110381--25110410	15	2.1	15	93	6	53	33	0	13	53	1.40
25117203--25117250	13	3.6	13	80	5	60	2	27	0	70	0.98
25117193--25117231	18	2.1	19	85	4	53	2	28	0	69	1.02
25123208--25123262	29	1.9	28	88	3	83	34	20	21	23	1.97
25127909--25127968	29	2.1	29	84	6	77	30	10	25	35	1.88
25132335--25132360	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
25134700--25134918	46	4.7	46	77	14	193	27	19	29	23	1.98
25136054--25136103	21	2.4	21	100	0	100	10	36	32	22	1.87
25146236--25146439	41	5.0	41	79	5	209	34	24	14	27	1.94
25148176--25148278	37	2.8	37	92	0	161	23	30	21	25	1.99
25148419--25148874	48	9.5	48	98	0	840	30	28	7	33	1.84
25148853--25148895	21	2.0	21	95	0	77	32	23	4	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25148805--25148943	69	2.0	69	95	0	251	31	25	5	36	1.80
25148757--25148991	117	2.0	117	96	0	434	31	26	5	35	1.81
25148874--25149200	48	6.8	48	96	0	564	31	27	5	35	1.80
25148709--25149039	165	2.0	165	95	0	599	31	27	5	35	1.80
25148661--25149087	213	2.0	213	94	0	746	31	27	5	35	1.80
25155038--25155107	35	2.0	35	100	0	140	51	11	11	25	1.71
25165824--25165867	21	2.1	21	91	0	70	36	18	18	27	1.94
25168078--25168140	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
25171062--25171086	8	3.1	8	100	0	50	12	0	0	88	0.53
25177235--25177360	35	3.6	35	84	2	164	41	26	11	20	1.86
25185969--25186012	15	3.0	15	80	6	54	52	2	4	40	1.34
25190389--25190456	21	3.2	21	95	2	118	20	38	20	20	1.94
25193630--25193668	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
25194351--25194406	21	2.7	21	76	17	71	25	8	1	64	1.32
25199192--25199360	43	4.0	43	79	6	182	31	26	15	25	1.96
25206186--25206381	55	3.6	52	77	10	180	36	16	25	22	1.94
25206193--25206393	108	1.8	110	84	8	277	35	16	24	23	1.95
25206509--25206553	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
25206632--25206662	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
25210746--25210936	55	3.5	53	75	5	159	36	18	23	21	1.95
25210753--25210953	108	1.8	110	86	4	291	35	18	23	22	1.96
25212314--25212847	177	3.1	173	82	5	598	26	26	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25212560--25212844	88	3.2	87	66	9	209	26	27	17	29	1.97
25222962--25223027	33	2.0	33	93	0	114	30	25	13	30	1.94
25226658--25226886	125	1.8	125	87	1	343	39	15	17	28	1.89
25227599--25227654	26	2.2	25	87	3	76	50	1	14	33	1.53
25231211--25231256	22	2.1	22	95	0	83	34	13	21	30	1.91
25232678--25232716	20	2.0	20	85	10	53	17	20	12	48	1.80
25232679--25232770	20	4.6	19	72	12	51	16	17	10	55	1.69
25232673--25232783	21	5.5	21	70	15	65	16	19	9	54	1.70
25240790--25240920	56	2.4	55	87	5	176	35	25	12	27	1.91
25244549--25244609	26	2.3	27	80	11	72	31	27	13	27	1.94
25247838--25248082	69	3.6	69	81	6	266	27	23	15	33	1.94
25248202--25248396	73	2.7	73	84	1	230	29	25	17	28	1.97
25250592--25250640	24	2.0	24	100	0	98	42	12	20	24	1.86
25251320--25251397	33	2.3	33	84	4	93	25	1	15	57	1.46
25274037--25274079	19	2.4	18	85	11	61	41	0	32	25	1.56
25277623--25277813	96	2.0	96	90	0	301	36	31	18	13	1.90
25277784--25277932	78	2.0	71	86	11	203	33	31	21	13	1.92
25277971--25278061	21	4.2	21	80	8	92	18	54	5	20	1.63
25277971--25278043	24	3.2	24	84	5	89	19	57	4	19	1.56
25285293--25285332	21	1.9	21	89	0	62	25	32	12	30	1.92
25289896--25290080	79	2.3	81	82	7	218	24	22	27	25	2.00
25289897--25290080	40	4.6	40	80	9	198	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25289949--25290112	79	2.1	79	81	6	190	26	20	26	25	1.99
25292516--25292541	11	2.4	11	100	0	52	34	7	23	34	1.83
25298965--25299046	43	1.9	43	89	0	128	32	20	14	31	1.93
25300893--25300929	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
25303540--25303606	31	2.2	31	86	0	89	52	8	4	34	1.53
25306750--25307096	175	2.0	175	94	0	606	45	4	7	42	1.52
25319906--25319967	30	2.1	30	100	0	124	58	9	9	22	1.59
25320382--25320414	9	3.8	9	92	8	59	9	9	0	81	0.87
25320383--25320413	8	3.8	8	95	4	53	9	9	0	80	0.90
25320430--25320503	36	2.0	36	85	12	98	21	5	4	68	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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