genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10712295--10712642	177	2.0	176	88	0	516	26	23	20	28	1.99
10712549--10712953	220	1.8	220	85	1	569	25	22	20	30	1.99
10712659--10712806	45	3.3	45	66	5	122	23	26	18	31	1.97
10712635--10712820	88	2.1	88	88	0	273	26	22	21	29	1.99
10712712--10715067	132	17.8	132	87	3	3093	26	24	19	29	1.98
10712916--10714803	44	42.9	44	63	12	291	26	24	19	29	1.98
10719522--10719568	19	2.5	20	86	6	62	48	12	17	21	1.79
10721429--10721729	3	99.7	3	67	14	111	61	2	6	28	1.36
10721515--10721577	28	2.4	27	82	12	78	63	4	4	26	1.34
10721594--10721753	59	2.6	57	77	17	155	64	2	6	26	1.30
10721669--10721728	23	2.7	23	86	2	77	61	1	5	31	1.27
10721797--10721852	21	2.6	22	77	8	62	64	0	8	26	1.23
10721827--10721861	18	1.9	18	88	0	52	74	0	2	22	0.95
10722144--10722196	25	2.1	25	82	10	63	13	18	9	58	1.61
10723794--10725376	228	6.9	228	80	4	1311	29	22	24	23	1.99
10723793--10725376	684	2.3	679	78	5	1578	29	22	24	23	1.99
10723793--10725380	456	3.5	453	81	3	1528	29	22	24	23	1.99
10725488--10725670	87	2.1	87	95	1	330	31	16	16	34	1.92
10727345--10727376	9	3.7	9	95	4	57	12	21	21	43	1.86
10728720--10728777	30	1.9	30	100	0	116	58	13	3	24	1.51
10728811--10728853	22	2.0	22	90	0	68	60	11	9	18	1.57
10734940--10734976	19	1.9	19	89	10	58	27	37	2	32	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10736309--10736334	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
10737038--10737083	17	2.6	17	79	3	56	67	4	4	23	1.27
10750087--10750188	51	2.0	51	92	3	170	27	7	25	39	1.83
10751108--10751145	10	3.4	12	79	20	55	39	0	0	60	0.97
10751097--10751153	21	2.8	20	76	10	62	43	0	3	52	1.18
10753277--10753326	26	1.9	26	100	0	100	42	12	6	40	1.67
10767646--10767743	40	2.5	40	84	0	133	35	22	11	30	1.89
10771549--10771598	25	2.0	25	100	0	100	24	12	20	44	1.85
10774440--10774510	35	2.0	35	94	0	124	33	5	16	43	1.72
10785660--10785704	20	2.1	21	88	8	65	15	6	2	75	1.11
10788077--10788107	13	2.4	13	94	0	53	29	32	25	12	1.93
10791489--10791519	12	2.6	12	89	0	53	16	9	0	74	1.07
10796290--10796314	11	2.3	11	100	0	50	40	20	0	40	1.52
10797064--10797373	46	6.7	46	92	0	478	23	23	14	38	1.92
10799022--10799236	46	4.7	46	90	1	306	21	24	13	40	1.90
10803670--10803701	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
10808222--10808267	21	2.1	22	84	8	58	54	0	6	39	1.26
10808281--10808318	19	2.0	20	84	5	51	68	2	0	28	1.03
10809984--10810034	26	2.0	26	84	0	66	33	3	0	62	1.13
10809995--10810057	26	2.4	26	82	10	67	28	6	0	65	1.17
10809995--10810061	27	2.5	28	77	18	72	29	5	0	64	1.17
10810044--10810130	41	2.2	40	82	2	102	24	1	9	65	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10810766--10810822	30	2.0	28	82	6	69	28	10	7	54	1.60
10814038--10814063	9	2.9	9	100	0	52	23	0	19	57	1.40
10815365--10815398	16	2.1	16	94	0	59	29	14	11	44	1.81
10822354--10822412	23	2.6	21	76	10	55	42	1	3	52	1.28
10825590--10825624	18	1.9	18	88	11	54	68	5	0	25	1.11
10825800--10825869	29	2.4	29	81	9	90	62	0	4	32	1.14
10837856--10837889	16	2.1	16	88	0	50	5	5	14	73	1.21
10846421--10846453	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
10853255--10853340	6	14.3	6	77	9	68	16	6	1	75	1.07
10853262--10853334	10	7.3	10	71	22	55	16	6	1	75	1.09
10853257--10853334	32	2.4	34	82	10	99	16	6	1	75	1.07
10855090--10855130	22	1.9	22	85	5	57	19	7	24	48	1.74
10860399--10860484	6	14.3	6	77	9	68	16	6	1	75	1.07
10860406--10860478	10	7.3	10	71	22	55	16	6	1	75	1.09
10860401--10860478	32	2.4	34	82	10	99	16	6	1	75	1.07
10862234--10862274	22	1.9	22	85	5	57	19	7	24	48	1.74
10863383--10863415	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
10868400--10868450	14	3.4	14	78	10	57	45	5	0	49	1.26
10868399--10868449	17	3.2	17	73	21	56	43	5	0	50	1.26
10870365--10870447	26	3.2	26	96	1	148	31	7	25	36	1.83
10871931--10871983	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
10887676--10887823	60	2.4	62	86	7	198	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10887711--10887816	28	3.7	28	73	19	101	27	17	27	27	1.98
10890753--10890812	26	2.3	26	79	0	75	36	20	23	20	1.95
10892665--10892710	21	2.2	21	88	7	67	56	4	19	19	1.58
10895456--10895512	29	2.0	29	100	0	114	26	31	14	28	1.94
10897751--10897815	32	2.0	32	81	3	76	29	10	23	36	1.88
10897804--10897866	33	1.9	33	83	6	83	33	11	22	33	1.89
10902068--10902114	3	15.3	3	78	12	51	63	0	6	29	1.19
10902063--10902113	18	2.8	17	85	11	57	64	0	5	29	1.17
10905373--10905426	27	2.0	27	100	0	108	18	33	7	40	1.78
10907057--10907089	7	4.7	7	100	0	66	57	15	27	0	1.38
10909683--10909773	46	2.0	46	97	0	173	24	17	27	30	1.97
10912370--10912438	17	3.8	18	87	12	106	34	14	11	39	1.82
10912370--10912438	36	1.9	36	94	5	122	34	14	11	39	1.82
10912558--10912597	20	2.0	20	85	5	53	10	2	12	75	1.15
10912801--10912967	42	3.8	42	79	10	140	26	27	15	30	1.96
10912805--10912967	87	1.9	88	88	5	251	26	27	15	30	1.96
10912997--10913252	78	3.3	77	87	3	363	25	22	17	34	1.95
10921531--10921565	18	2.1	16	89	10	52	2	31	0	65	1.07
10922428--10922468	18	2.3	18	91	0	64	17	26	4	51	1.65
10925317--10925374	22	2.6	22	78	7	55	39	17	5	37	1.72
10925353--10925425	19	3.9	19	89	7	114	34	13	10	41	1.80
10925358--10925433	36	2.1	36	85	9	102	35	11	13	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10925358--10925433	19	4.2	19	86	9	88	35	11	13	39	1.81
10925543--10925583	21	2.0	20	85	4	55	12	2	14	70	1.26
10925745--10925779	18	2.0	18	88	5	54	48	8	11	31	1.69
10926521--10926546	10	2.6	10	100	0	52	26	19	7	46	1.77
10929043--10929072	11	2.6	11	94	5	51	10	6	3	80	1.01
10929867--10930000	60	2.2	60	98	0	259	19	6	14	58	1.58
10932710--10932768	5	11.0	5	75	24	50	20	22	18	38	1.93
10932716--10932778	19	3.3	19	90	0	99	20	22	19	38	1.94
10932696--10932768	24	3.2	24	74	21	77	20	24	16	38	1.93
10936692--10938146	138	10.6	138	91	1	2299	31	16	21	29	1.96
10937609--10938543	458	2.0	458	92	0	1566	31	16	21	30	1.95
10937939--10939294	138	9.8	138	90	1	1940	31	16	22	29	1.96
10936692--10939291	276	9.4	272	85	5	2133	31	16	21	29	1.95
10936692--10939112	414	5.8	412	86	4	2152	31	16	21	29	1.95
10939269--10939477	45	4.6	45	69	13	113	31	13	21	33	1.93
10938077--10939523	414	3.5	411	84	5	1666	31	15	21	30	1.95
10939225--10939557	138	2.4	138	92	0	549	30	15	21	33	1.93
10939567--10939756	88	2.2	87	90	0	290	26	17	28	27	1.98
10939718--10940167	44	10.4	44	84	4	540	28	16	30	24	1.96
10939718--10940122	172	2.4	172	96	0	738	28	16	31	23	1.96
10939704--10940101	128	3.1	128	87	4	543	29	17	30	22	1.96
10941678--10941809	61	2.2	59	95	2	237	19	6	14	59	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10948544--10948585	22	1.9	22	90	9	68	64	0	23	11	1.27
10948544--10948593	23	2.2	22	86	10	66	66	2	22	10	1.32
10956217--10956288	32	2.3	31	83	11	92	37	9	18	34	1.83
10957438--10957472	18	2.0	18	88	5	54	48	8	11	31	1.69
10973137--10973208	32	2.3	31	83	11	92	37	9	18	34	1.83
10974361--10974395	18	2.0	18	88	5	54	48	8	11	31	1.69
10991643--10992362	100	7.2	100	90	2	943	33	21	18	26	1.96
10991636--10992101	50	9.3	50	73	10	398	34	19	17	27	1.94
10991693--10992354	50	13.2	50	69	7	335	33	21	18	26	1.97
10996794--10996865	32	2.3	31	83	11	92	37	9	18	34	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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