genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  244  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80658041--80658166	42	3.0	43	82	2	146	23	19	26	31	1.98
80658054--80658166	43	2.7	42	81	9	122	22	20	26	30	1.98
80663362--80663735	38	8.8	40	69	19	215	29	14	24	30	1.95
80663397--80663700	47	6.8	48	72	16	258	30	14	23	31	1.95
80663442--80663733	85	3.4	85	92	0	494	29	14	24	30	1.95
80666806--80667021	39	5.5	40	82	9	239	25	21	28	24	1.99
80666802--80666986	79	2.3	78	86	5	248	25	22	28	24	1.99
80666802--80667021	79	2.8	78	79	12	243	26	21	27	24	1.99
80669757--80669876	43	2.8	42	74	2	123	23	16	26	33	1.96
80678951--80679002	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
80679043--80679102	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
80693874--80694138	27	9.8	27	88	1	334	31	23	6	39	1.79
80693874--80694138	81	3.3	81	88	1	379	31	23	6	39	1.79
80694090--80694202	27	4.2	27	77	2	84	39	23	5	30	1.77
80694183--80694299	27	4.3	27	91	0	180	39	19	10	30	1.85
80694131--80694299	81	2.1	81	83	4	207	40	20	8	30	1.82
80694183--80694338	27	5.8	27	83	4	165	37	20	10	30	1.87
80694183--80694338	81	1.9	80	81	8	183	37	20	10	30	1.87
80694321--80694461	54	2.6	54	87	0	201	37	16	19	26	1.93
80694329--80694488	81	2.0	81	86	0	221	35	16	21	27	1.94
80694327--80694464	27	5.1	27	80	3	170	36	17	21	25	1.94
80694692--80694761	25	2.8	25	88	0	113	27	25	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80713308--80713360	29	1.9	26	88	11	79	35	7	7	49	1.60
80714219--80714247	8	3.6	8	100	0	58	34	0	0	65	0.93
80714822--80714910	38	2.4	38	83	5	101	43	4	5	46	1.47
80718448--80718746	145	2.0	147	90	2	469	33	12	21	32	1.91
80723068--80723249	40	4.6	40	91	1	276	26	29	21	22	1.99
80723068--80723252	79	2.3	80	90	0	282	27	28	22	22	1.99
80723068--80723291	40	5.6	39	82	10	233	26	29	21	22	1.99
80723068--80723290	80	2.8	78	84	9	274	26	29	21	22	1.99
80731191--80731430	38	6.2	38	85	9	278	25	28	22	23	1.99
80731191--80731391	77	2.6	77	88	6	291	25	27	22	23	2.00
80731191--80731430	77	3.1	76	83	12	278	25	28	22	23	1.99
80772988--80773192	28	7.4	28	90	2	281	32	28	13	25	1.94
80781400--80781542	29	4.8	29	80	12	164	34	26	13	25	1.94
80781400--80781542	59	2.4	59	86	6	182	34	26	13	25	1.94
80781458--80781559	29	3.5	28	85	9	134	29	28	15	26	1.96
80784910--80784952	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
80785393--80785575	56	3.3	55	85	6	235	25	13	28	32	1.94
80785418--80785598	28	6.5	28	94	1	276	26	13	28	31	1.94
80786585--80787748	612	1.9	612	98	0	2247	30	16	23	29	1.96
80791670--80791939	88	3.1	87	63	16	194	34	18	21	26	1.96
80791634--80792366	176	4.1	177	83	4	861	31	17	22	27	1.97
80796355--80796393	12	3.2	12	81	0	51	64	10	5	20	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80797837--80797882	3	15.7	3	82	13	51	30	2	4	63	1.26
80799541--80799601	18	3.4	18	73	8	70	50	9	9	29	1.67
80799541--80799613	36	2.0	36	100	0	146	53	8	10	27	1.64
80799815--80799876	27	2.3	27	86	5	81	61	6	3	29	1.37
80799805--80799876	27	2.7	26	81	10	74	58	6	4	30	1.43
80800042--80800071	15	2.0	15	93	0	51	63	0	3	33	1.11
80800531--80800672	3	47.3	3	68	13	69	58	2	9	29	1.42
80814317--80814901	48	12.1	48	94	1	965	36	6	26	30	1.82
80815050--80815156	37	2.9	37	95	0	187	22	17	31	28	1.97
80820453--80820497	22	2.0	22	86	0	63	48	13	2	35	1.54
80824152--80824196	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
80825924--80825960	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
80830368--80830427	31	1.9	31	93	0	102	25	33	15	26	1.95
80831060--80831119	31	1.9	31	100	0	120	23	30	16	30	1.96
80836152--80836201	20	2.5	20	73	0	55	30	18	24	28	1.97
80836134--80836238	40	2.6	40	81	0	120	33	20	24	21	1.97
80836236--80836278	19	2.2	19	83	4	50	37	11	20	30	1.89
80852882--80853141	40	6.5	40	92	0	421	23	28	21	27	1.99
80854724--80854895	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
80854671--80854893	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
80854751--80854928	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
80861676--80861900	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80861676--80861933	119	2.2	119	80	6	274	25	21	27	25	1.99
80871512--80871876	49	7.7	48	74	12	283	24	29	19	26	1.98
80871512--80871736	96	2.3	96	96	0	405	24	28	20	25	1.99
80871512--80871922	46	8.7	49	74	10	251	24	29	18	27	1.98
80873109--80873229	44	2.8	44	84	3	138	33	28	19	19	1.96
80873911--80873959	23	2.1	23	100	0	98	42	14	16	26	1.86
80887879--80887922	20	2.2	20	91	0	70	29	36	13	20	1.91
80890425--80890553	18	7.4	17	66	20	61	52	3	27	16	1.58
80892258--80892304	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
80895513--80895591	29	2.7	29	84	5	97	27	31	15	25	1.95
80899389--80899496	45	2.4	45	89	4	157	24	21	28	25	1.99
80902425--80902856	48	9.0	48	92	0	693	37	6	24	30	1.81
80911200--80911399	44	4.5	44	86	4	278	25	21	28	25	1.99
80911195--80911362	89	1.9	89	94	0	300	24	20	27	27	1.99
80918532--80918680	36	4.0	38	88	6	198	27	19	28	24	1.99
81000018--81000191	39	4.5	39	92	5	264	24	21	26	27	1.99
81001252--81001299	24	2.0	24	100	0	96	33	12	29	25	1.92
81004881--81004929	24	2.0	24	100	0	98	24	12	22	40	1.88
81008151--81008327	40	4.5	41	87	7	260	24	22	25	27	2.00
81008150--81008327	79	2.3	79	93	3	297	25	21	25	27	2.00
81011612--81011649	19	2.0	19	89	0	58	23	26	5	44	1.74
81018222--81018320	48	2.1	48	98	0	189	39	14	15	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81020469--81020726	39	6.6	39	88	1	347	22	21	26	29	1.99
81023549--81023584	18	2.0	18	94	0	63	11	8	22	58	1.59
81025176--81025332	79	2.0	79	97	0	296	28	14	17	39	1.89
81025183--81025307	41	3.1	41	61	26	95	28	16	14	41	1.87
81025609--81025638	12	2.5	12	94	0	51	16	26	30	26	1.97
81028058--81028207	43	3.5	43	77	5	133	31	24	18	26	1.97
81028297--81028346	25	2.0	25	100	0	100	32	24	12	32	1.91
81032709--81032858	43	3.5	42	74	10	117	32	27	17	23	1.97
81033970--81033994	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
81034197--81034338	72	2.0	72	91	0	230	28	12	23	35	1.91
81043223--81043257	17	2.1	17	100	0	70	37	5	11	45	1.64
81044948--81045104	43	3.7	43	77	13	146	21	17	29	32	1.96
81046713--81046838	46	2.7	46	91	2	191	30	26	20	21	1.98
81047259--81047318	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
81053874--81053919	21	2.2	21	100	0	92	45	4	23	26	1.71
81055766--81055810	22	2.0	23	83	8	58	37	4	0	57	1.19
81058460--81058484	13	1.9	13	100	0	50	68	0	32	0	0.90
81061486--81061548	32	2.0	32	90	0	99	33	22	22	22	1.97
81062041--81062181	54	2.6	53	78	5	149	30	11	19	38	1.87
81062048--81062181	27	5.0	27	79	5	110	31	10	20	37	1.87
81071295--81071349	26	2.1	26	82	3	65	45	18	14	21	1.85
81071774--81071877	27	3.9	27	88	0	163	27	10	21	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81071770--81071877	54	2.0	54	96	0	198	27	11	20	40	1.86
81073032--81073079	14	3.4	14	77	11	62	60	6	29	4	1.40
81073029--81073084	28	2.0	28	100	0	112	57	7	28	7	1.52
81076293--81076410	47	2.5	47	95	0	218	34	13	26	25	1.93
81076621--81076728	37	2.9	37	91	0	171	25	19	29	25	1.98
81079860--81080032	48	3.6	48	84	1	186	26	18	29	26	1.98
81081716--81081773	28	2.1	28	86	0	80	25	32	15	25	1.95
81081992--81082062	8	8.9	8	100	0	142	11	25	25	38	1.89
81083329--81083360	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
81085101--81085163	25	2.5	25	89	0	99	49	12	19	19	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349