genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.336.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   

This is table  336  of  349  ( 41854 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111282486--111282519	14	2.4	14	85	0	50	64	0	2	32	1.08
111283272--111283304	17	2.0	17	88	5	50	33	15	3	48	1.60
111283590--111283862	92	3.0	92	89	0	402	20	23	14	41	1.90
111283590--111283862	46	5.9	46	89	0	359	20	23	14	41	1.90
111285937--111285967	11	2.8	11	100	0	62	74	0	0	25	0.82
111285937--111286005	11	6.1	11	77	12	59	63	2	0	33	1.09
111286601--111286650	24	2.1	24	96	0	91	22	4	50	24	1.66
111286629--111286683	17	3.5	16	73	19	53	18	0	49	32	1.48
111286629--111286696	30	2.3	30	86	0	91	19	0	47	33	1.50
111287012--111287292	133	2.1	133	86	5	379	27	21	21	29	1.99
111287330--111287963	85	7.5	85	86	3	832	20	26	22	29	1.99
111287330--111287963	341	1.9	341	89	3	990	20	26	22	29	1.99
111288039--111288175	40	3.3	40	65	25	104	16	19	24	39	1.92
111287981--111288175	84	2.3	84	86	1	266	16	21	23	38	1.93
111290066--111290099	9	3.8	9	88	0	50	5	5	0	88	0.64
111294539--111294580	18	2.3	18	84	8	50	59	11	4	23	1.51
111294569--111294749	3	60.3	3	69	15	74	64	3	3	28	1.27
111294599--111294652	14	3.8	14	79	13	56	70	0	0	29	0.88
111294711--111294749	14	2.7	14	84	4	51	64	0	2	33	1.08
111298139--111298178	21	1.9	21	94	0	71	22	10	7	60	1.54
111300186--111300210	13	1.9	13	100	0	50	36	8	24	32	1.84
111314713--111314787	37	2.0	37	92	0	123	40	14	14	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111316235--111316517	18	15.3	18	69	13	119	37	14	11	36	1.83
111316226--111316517	36	7.9	36	69	13	155	38	14	11	36	1.82
111316236--111316517	54	5.1	55	72	13	159	37	14	11	36	1.83
111316320--111316517	72	2.8	69	80	7	193	38	14	11	35	1.83
111316634--111316750	47	2.5	47	84	2	155	39	22	22	16	1.92
111319047--111319072	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
111319521--111319596	24	3.2	23	83	10	91	18	13	30	38	1.89
111321510--111321789	41	6.8	41	91	5	390	28	24	19	27	1.99
111328104--111328167	30	2.2	30	83	8	78	39	4	7	48	1.53
111331449--111331490	21	2.0	22	90	4	68	69	0	0	30	0.89
111338443--111338470	14	2.0	14	100	0	56	21	0	7	71	1.09
111342839--111342884	10	4.6	10	81	10	58	69	0	0	30	0.89
111342839--111342881	11	4.2	11	85	8	56	72	0	0	27	0.85
111343173--111343208	18	1.9	19	88	5	56	25	5	0	69	1.10
111343169--111343208	20	2.1	19	90	4	62	25	5	0	70	1.08
111356385--111356466	11	7.4	11	72	13	69	28	3	1	67	1.15
111358893--111358958	31	2.1	32	82	2	80	56	3	3	37	1.30
111359020--111359051	7	4.6	7	96	0	55	62	21	15	0	1.32
111363773--111363814	20	2.0	20	90	4	66	61	0	7	30	1.22
111373106--111373303	102	1.9	102	94	0	351	32	15	17	35	1.91
111378467--111378545	25	3.3	25	65	28	71	35	10	25	29	1.88
111378283--111378570	47	6.1	47	92	0	486	35	12	26	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111378594--111378720	46	2.8	46	93	0	209	34	9	32	23	1.87
111388078--111388176	52	1.9	52	100	0	198	54	7	4	34	1.46
111390707--111390748	19	2.2	19	91	0	66	14	19	33	33	1.91
111390887--111390947	28	2.1	29	85	8	81	60	4	3	31	1.34
111390904--111391038	18	8.0	16	69	22	73	62	4	4	28	1.34
111390915--111391006	48	1.9	48	82	12	118	63	5	4	27	1.36
111390877--111391023	66	2.2	67	84	4	190	61	4	6	27	1.40
111399527--111400016	245	2.0	245	92	1	813	35	19	15	29	1.93
111409165--111409228	27	2.3	27	89	7	94	54	0	3	42	1.16
111409668--111409733	24	2.7	24	79	9	71	40	12	3	43	1.57
111413061--111413085	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
111414822--111414855	18	1.9	18	88	5	52	29	11	2	55	1.50
111417935--111418035	51	2.0	51	96	0	184	25	23	18	31	1.98
111422809--111422846	14	2.8	13	88	11	58	31	0	0	68	0.90
111424681--111425082	46	8.7	46	91	0	554	40	13	22	22	1.89
111425256--111425322	25	2.7	25	88	0	98	58	1	16	23	1.47
111425404--111425436	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
111432701--111432750	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
111433467--111433500	18	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
111434779--111434814	18	2.0	18	94	0	63	5	30	22	41	1.76
111435337--111435367	2	15.5	2	93	0	53	3	48	0	48	1.17
111442959--111443484	183	2.9	183	87	2	754	17	17	27	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111450144--111450202	11	5.4	10	78	11	55	37	47	1	13	1.53
111450144--111450202	22	2.7	22	83	0	82	37	47	1	13	1.53
111454812--111454841	12	2.4	13	94	5	53	53	23	0	23	1.46
111456440--111456565	48	2.5	51	91	8	204	30	26	19	23	1.98
111458775--111458846	19	3.1	24	77	18	82	36	19	6	37	1.79
111458798--111458860	19	3.3	19	93	0	108	36	19	7	36	1.81
111463932--111463989	22	2.6	22	80	0	80	24	22	27	25	2.00
111466035--111466104	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
111466035--111466132	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
111477334--111477368	15	2.3	15	95	0	61	34	14	20	31	1.92
111478420--111478468	22	2.2	22	81	0	62	30	24	22	22	1.99
111489235--111489411	49	3.7	50	79	11	176	23	30	18	27	1.98
111496343--111496375	14	2.3	15	94	5	59	0	33	0	66	0.92
111496352--111496394	19	2.3	19	84	8	52	2	27	0	69	1.00
111496608--111496638	16	2.0	15	93	6	53	19	9	0	70	1.14
111506652--111506808	41	3.7	44	79	14	168	30	28	17	23	1.97
111520749--111520946	89	2.2	88	87	3	281	24	24	17	33	1.96
111521944--111522189	67	3.7	67	75	6	198	35	19	21	23	1.96
111525761--111525789	14	2.1	14	100	0	58	13	0	6	79	0.93
111527581--111527610	14	2.1	14	93	0	51	26	6	6	60	1.47
111528894--111528935	19	2.2	20	86	4	59	11	11	14	61	1.56
111534716--111534760	22	2.0	23	86	4	65	60	4	4	31	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111535699--111535736	6	6.3	6	93	0	67	18	15	15	50	1.79
111537566--111537648	41	2.0	40	90	2	130	38	1	14	45	1.53
111537780--111537853	29	2.5	29	78	12	78	51	13	13	21	1.75
111539107--111539185	39	2.0	40	92	2	133	60	8	5	25	1.47
111539496--111539559	29	2.2	30	83	10	87	62	3	1	32	1.20
111540208--111540257	20	2.6	19	82	14	59	26	4	2	68	1.18
111540271--111540332	19	3.2	18	77	20	63	40	0	8	51	1.31
111543113--111543166	26	2.0	27	92	3	92	29	14	7	48	1.71
111544823--111544895	35	2.1	35	100	0	146	46	8	13	31	1.73
111544970--111545007	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
111555466--111555529	17	3.6	17	89	6	83	40	10	12	35	1.78
111555491--111555538	19	2.5	20	77	16	64	43	8	14	33	1.75
111555458--111555529	19	3.9	19	85	10	96	40	9	13	36	1.78
111555484--111555535	17	2.9	17	81	15	61	42	11	11	34	1.77
111562211--111562662	84	5.4	83	88	5	608	32	24	19	23	1.97
111562211--111562662	163	2.7	166	85	5	617	32	24	19	23	1.97
111562716--111562798	43	1.9	43	85	2	112	33	16	24	25	1.96
111562795--111563711	207	4.4	207	93	0	1516	30	17	23	29	1.97
111564078--111564238	17	8.9	18	81	14	97	37	10	14	36	1.81
111564077--111564238	53	3.0	53	91	5	245	38	10	14	36	1.81
111564077--111564238	70	2.2	73	91	5	267	38	10	14	36	1.81
111565212--111565291	24	3.3	24	78	5	81	48	0	30	21	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111567541--111567572	16	1.9	17	93	6	57	25	18	0	56	1.42
111567945--111568005	30	2.0	30	100	0	122	32	9	13	44	1.76
111569247--111569283	18	2.1	18	89	0	56	51	0	27	21	1.48
111569255--111569329	24	3.1	24	88	0	96	52	0	26	21	1.47
111577536--111577589	28	1.9	28	88	0	81	29	1	14	53	1.52
111585065--111585107	20	2.2	19	88	12	61	58	2	0	39	1.11
111585164--111585213	12	3.9	13	71	12	50	60	0	6	34	1.21
111585234--111585277	13	3.2	13	77	22	54	56	0	6	36	1.26
111585233--111585289	28	2.0	29	93	3	98	56	0	5	38	1.22
111585257--111585344	18	4.9	18	72	15	74	60	3	4	31	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349