genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60870083--60870264	79	2.3	80	83	6	219	25	28	22	24	2.00
60880012--60880245	28	8.4	28	93	2	366	33	28	12	25	1.92
60888254--60888433	28	6.5	28	94	2	303	33	28	11	26	1.91
60888254--60888433	83	2.2	82	91	3	299	33	28	11	26	1.91
60890999--60891204	54	3.8	56	93	4	350	33	29	11	25	1.91
60890999--60891204	28	7.5	28	95	3	350	33	29	11	25	1.91
60890999--60891229	82	2.8	82	91	5	367	33	29	11	25	1.91
60899296--60899477	28	6.5	28	98	0	330	34	28	11	25	1.91
60902841--60902879	20	1.9	21	89	5	62	20	7	0	71	1.10
60908747--60908861	44	2.7	42	81	7	124	27	26	20	25	1.99
60909662--60909989	162	2.0	162	100	0	656	36	17	9	36	1.82
60911523--60911633	29	3.9	29	80	6	113	25	31	15	27	1.95
60913296--60913359	27	2.4	27	100	0	128	48	14	20	17	1.81
60913589--60913706	43	2.8	43	78	7	116	25	18	27	28	1.98
60924535--60924568	13	2.5	14	90	4	52	26	0	5	67	1.13
60924717--60925044	50	6.5	50	75	8	299	26	15	24	33	1.95
60924716--60924901	101	1.8	101	82	2	239	26	16	24	32	1.96
60924712--60924991	151	1.9	151	94	1	499	26	16	25	32	1.96
60924712--60925044	151	2.2	151	88	1	488	26	15	24	33	1.95
60925255--60925286	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
60928541--60928579	15	2.6	15	84	8	53	15	17	12	53	1.72
60934951--60935064	27	4.2	28	82	4	119	34	20	24	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60934951--60935065	54	2.1	53	82	6	133	33	20	24	20	1.97
60945006--60945178	46	3.7	46	77	13	210	21	20	27	30	1.98
60945003--60945173	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	29	1.98
60947917--60947978	26	2.3	26	77	2	70	33	25	8	32	1.85
60948083--60948196	27	4.2	26	86	4	129	21	22	19	35	1.96
60948083--60948196	54	2.1	54	83	6	142	21	22	19	35	1.96
60950006--60950030	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
60951031--60951071	17	2.4	16	88	8	55	73	0	7	19	1.07
60952453--60952486	15	2.3	15	89	0	50	61	2	5	29	1.34
60953115--60953139	13	1.9	13	100	0	50	8	36	32	24	1.84
60957417--60957531	29	4.0	29	78	1	124	28	14	29	26	1.95
60962961--60963228	40	6.7	40	94	0	455	21	26	20	30	1.98
60971679--60971943	40	6.7	40	95	1	464	22	26	20	30	1.98
60971679--60971943	79	3.3	80	95	2	464	22	26	20	30	1.98
60971679--60971943	119	2.2	120	94	2	464	22	26	20	30	1.98
60979886--60980062	27	6.6	27	82	6	189	27	16	28	28	1.97
60979887--60980041	82	1.9	80	86	5	222	27	16	28	27	1.97
60979886--60980062	55	3.3	53	82	6	187	27	16	28	28	1.97
60979883--60980062	82	2.2	80	82	3	218	27	16	27	28	1.97
60979967--60980073	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
60984091--60984317	40	5.7	40	93	1	384	22	26	19	31	1.98
60989616--60989989	47	8.0	47	94	0	631	33	12	28	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60990152--60990333	37	4.9	37	95	1	303	25	19	30	24	1.98
60999729--60999770	17	2.5	17	81	11	50	73	4	4	16	1.17
61008057--61008261	53	3.8	53	73	4	187	38	17	25	18	1.92
61027328--61027364	18	2.2	18	85	9	51	37	16	8	37	1.78
61028002--61028072	36	2.0	36	97	0	133	25	25	14	35	1.93
61035739--61035954	40	5.4	40	92	2	330	24	28	23	23	2.00
61046833--61046875	18	2.4	18	84	7	52	74	2	20	2	1.04
61049407--61049564	40	4.0	40	92	0	262	24	19	27	29	1.98
61049422--61049590	80	2.1	80	83	2	205	23	21	27	27	1.99
61053859--61053911	25	2.1	25	96	0	97	30	13	28	28	1.94
61054613--61054792	59	2.9	60	86	8	213	42	2	2	53	1.25
61054952--61054997	16	2.9	16	90	0	74	34	26	2	36	1.69
61073576--61073751	46	3.8	46	77	10	187	21	21	28	28	1.98
61073573--61073744	93	1.8	93	91	0	281	22	21	28	27	1.99
61077278--61077337	20	3.0	20	100	0	120	30	35	0	35	1.58
61079266--61079303	18	2.2	18	90	9	62	71	2	5	21	1.19
61092742--61092766	11	2.3	11	100	0	50	40	8	16	36	1.77
61095989--61096122	48	2.8	48	82	4	153	28	28	18	24	1.98
61098488--61098561	27	2.7	27	87	0	103	35	21	20	22	1.96
61100072--61100168	8	11.8	8	69	18	56	63	3	0	32	1.10
61100092--61100162	27	2.6	27	73	8	72	61	2	0	35	1.10
61100092--61100316	10	23.8	9	64	20	77	59	4	3	32	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61100125--61100159	18	1.9	18	100	0	70	68	0	0	31	0.90
61100076--61100157	43	1.9	42	85	11	114	62	2	0	35	1.09
61100245--61100316	28	2.5	29	82	8	85	63	2	4	29	1.27
61100272--61100327	20	2.8	19	78	5	58	64	3	1	30	1.21
61100267--61100325	28	2.1	28	81	12	68	62	5	1	30	1.26
61100870--61100951	19	4.3	18	75	16	69	34	2	1	62	1.16
61100870--61101004	9	15.0	9	70	14	84	32	2	2	62	1.19
61100860--61100951	28	3.3	27	76	10	78	32	2	2	63	1.19
61101373--61101442	31	2.3	32	80	9	83	41	18	14	25	1.88
61108939--61109084	37	3.9	37	95	0	247	26	30	19	23	1.98
61109247--61109479	47	5.0	47	91	0	367	26	27	12	33	1.92
61109332--61109450	22	5.1	22	63	25	66	24	28	13	33	1.93
61110412--61110490	40	2.0	40	100	0	158	36	12	7	43	1.71
61115386--61115535	75	2.0	75	97	0	282	31	15	20	32	1.94
61123378--61123562	79	2.3	81	82	7	218	25	27	22	24	2.00
61123359--61123562	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
61132189--61132807	48	12.9	48	92	0	1013	35	6	25	31	1.82
61134630--61134966	40	8.4	40	89	1	489	22	21	27	28	1.99
61138466--61138816	129	2.8	128	90	3	532	32	21	16	29	1.95
61138717--61138985	73	3.7	71	80	8	269	34	23	14	27	1.94
61138717--61138985	146	1.9	142	84	7	364	34	23	14	27	1.94
61148234--61148400	46	3.6	45	75	16	180	22	20	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61155132--61155279	40	3.7	40	94	0	251	21	27	20	30	1.98
61165218--61165712	48	10.3	48	91	0	792	36	6	25	31	1.81
61165853--61165955	37	2.8	37	95	0	179	22	18	32	27	1.97
61168631--61168855	40	5.6	40	82	5	249	25	24	26	23	2.00
61168631--61168891	80	3.3	80	82	3	303	26	24	26	23	2.00
61168631--61168891	120	2.2	120	84	4	332	26	24	26	23	2.00
61170505--61171110	40	15.1	40	89	0	827	25	21	27	25	2.00
61170510--61171096	120	4.9	120	92	0	942	25	22	27	25	2.00
61171272--61171322	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
61174770--61175279	48	10.6	48	91	0	804	36	6	25	30	1.82
61174770--61175279	144	3.5	144	96	0	894	36	6	25	30	1.82
61175203--61175354	75	2.0	75	94	0	268	37	8	23	30	1.85
61175255--61175306	27	1.9	27	92	0	86	34	11	25	28	1.91
61175163--61175402	123	2.0	123	90	0	381	35	7	26	30	1.85
61175282--61175518	48	4.9	48	91	0	375	36	7	24	31	1.83
61175107--61175450	171	2.0	171	96	0	634	36	7	25	31	1.83
61175059--61175498	219	2.0	219	90	0	700	35	7	25	31	1.83
61177262--61177439	40	4.5	40	88	3	202	24	25	26	23	2.00
61178851--61178953	37	2.8	37	95	0	179	22	20	31	26	1.98
61180783--61180905	22	5.3	22	62	27	58	32	13	29	25	1.93
61180767--61180951	47	3.9	47	91	0	289	33	11	28	26	1.92
61181156--61181305	37	4.1	37	94	0	246	23	18	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61190987--61191171	79	2.3	81	82	7	218	25	22	27	24	2.00
61190987--61191171	40	4.7	40	83	6	216	25	22	27	24	2.00
61191040--61191204	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
61201824--61201973	43	3.5	42	76	8	151	26	20	26	27	1.99
61203097--61203135	19	2.0	20	85	5	53	15	10	20	53	1.70
61208722--61208859	43	3.2	43	76	8	122	27	20	25	26	1.99
61208719--61208875	85	1.8	85	81	5	192	25	22	26	25	2.00
61210692--61210916	49	4.5	49	88	2	306	25	17	27	29	1.98
61217582--61217885	47	6.4	47	91	2	430	27	29	8	34	1.87
61224082--61224116	9	4.0	9	85	7	54	48	0	20	31	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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