genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.288.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96480893--96480933	19	2.2	19	95	0	73	21	26	17	34	1.95
96480861--96480960	46	2.2	46	87	0	137	24	21	19	36	1.95
96480812--96480994	100	1.8	100	91	0	303	22	21	18	37	1.94
96480836--96480987	73	2.1	73	88	0	223	22	21	19	36	1.95
96481044--96481108	27	2.4	27	92	0	112	33	13	15	36	1.87
96481098--96481345	27	9.2	27	90	2	322	31	9	19	40	1.83
96483317--96483362	19	2.4	19	85	0	56	43	13	21	21	1.86
96483492--96483602	27	4.2	26	82	5	132	36	21	26	16	1.94
96483492--96483613	54	2.3	54	84	1	156	36	20	24	18	1.94
96483504--96483631	27	4.6	30	73	14	89	34	21	26	17	1.96
96483879--96484180	27	11.2	27	82	4	304	24	22	18	34	1.96
96483877--96484180	54	5.6	54	84	1	385	24	22	18	34	1.96
96483881--96484180	81	3.7	81	90	0	476	24	22	18	34	1.96
96484165--96484349	81	2.3	81	81	3	203	33	8	18	38	1.82
96484220--96484532	27	11.6	27	87	2	380	30	9	21	39	1.84
96485704--96485748	23	2.0	23	82	8	56	15	2	4	77	1.02
96485878--96486022	69	2.1	69	96	1	263	31	11	19	37	1.86
96486076--96486118	21	2.0	21	100	0	86	18	0	9	72	1.11
96489743--96489779	16	2.3	17	86	9	51	56	0	37	5	1.22
96494406--96494582	43	4.1	43	91	1	255	27	18	31	23	1.97
96500572--96500679	9	11.3	9	73	11	90	32	0	22	44	1.59
96500704--96501567	242	3.6	242	98	0	1676	32	14	17	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96504592--96504647	27	2.0	28	82	3	69	26	17	39	16	1.91
96504704--96504735	13	2.5	13	95	5	57	34	0	40	25	1.56
96505171--96505204	18	2.0	18	88	11	54	67	0	0	32	0.91
96505320--96505394	26	2.9	27	88	4	109	45	4	6	44	1.48
96505783--96505873	29	3.1	28	78	7	92	32	36	1	29	1.65
96506242--96506296	28	1.9	29	82	10	69	58	7	0	34	1.26
96506301--96506525	114	2.0	116	80	8	264	28	20	19	31	1.97
96506584--96506706	40	3.1	40	76	12	119	26	19	20	34	1.96
96506830--96506892	11	5.8	10	85	9	54	41	44	0	14	1.45
96506829--96506892	22	2.9	22	83	0	83	42	43	0	14	1.45
96506853--96506891	11	3.5	12	93	6	57	41	43	0	15	1.46
96506843--96506901	22	2.7	22	81	0	73	37	44	1	16	1.59
96512815--96512896	41	2.0	41	100	0	164	31	2	26	39	1.70
96516181--96516213	17	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
96518584--96518619	13	2.9	12	84	8	54	44	38	0	16	1.48
96522066--96522141	22	3.3	21	75	20	71	55	0	2	42	1.14
96525895--96525999	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
96527952--96528042	38	2.4	38	80	7	105	29	18	23	28	1.98
96528074--96528303	40	5.8	40	94	2	410	19	23	31	24	1.98
96528074--96528303	78	2.9	80	95	1	410	19	23	31	24	1.98
96532701--96532805	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
96537421--96537451	16	1.9	16	93	0	53	25	3	38	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96549007--96549060	28	2.0	28	88	3	83	44	7	0	48	1.31
96550871--96550928	30	1.9	30	82	6	73	20	36	29	13	1.91
96551995--96552032	12	3.1	12	88	7	58	10	5	0	84	0.77
96560990--96561104	43	2.7	43	80	12	146	30	26	20	23	1.98
96563017--96563225	37	5.5	39	82	12	226	23	20	28	27	1.99
96563017--96563194	77	2.3	77	83	12	224	24	19	29	26	1.98
96571001--96571225	40	5.7	40	86	7	282	24	22	27	25	2.00
96574623--96574670	5	9.6	5	82	13	55	14	2	2	81	0.88
96574623--96574688	10	6.3	11	77	8	50	15	3	3	78	0.99
96578382--96578602	40	5.6	40	93	1	347	25	26	22	25	2.00
96585468--96585685	40	5.5	40	89	3	325	27	27	21	24	1.99
96591173--96591319	43	3.4	42	77	7	118	22	17	24	35	1.95
96591173--96591319	42	3.4	43	75	8	129	22	17	24	35	1.95
96605045--96605549	47	10.6	47	92	3	796	28	29	8	33	1.86
96605045--96605549	96	5.3	94	94	1	796	28	29	8	33	1.86
96608887--96608942	24	2.3	24	78	6	69	17	21	23	37	1.94
96608948--96609015	25	2.7	25	79	4	75	20	23	20	35	1.96
96610830--96610937	43	2.5	43	86	0	144	25	11	24	39	1.88
96618209--96618315	43	2.5	43	90	1	162	24	14	25	36	1.93
96624245--96624469	47	4.7	47	91	2	351	32	8	30	28	1.87
96624588--96624740	37	4.1	37	91	0	234	21	18	33	26	1.97
96631689--96631800	13	8.7	12	75	21	86	33	2	1	61	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96631691--96631743	15	3.9	14	88	11	76	33	3	0	62	1.13
96631691--96631766	25	2.8	26	79	18	84	32	3	0	63	1.13
96631681--96631794	27	4.3	26	77	17	94	33	3	1	61	1.23
96639267--96639827	47	11.6	47	89	6	707	29	29	8	33	1.86
96639669--96639827	49	3.0	55	82	14	197	30	27	6	34	1.83
96645931--96646101	46	3.7	46	78	10	156	21	26	20	30	1.98
96646825--96646849	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
96647139--96647174	18	2.1	17	89	5	54	13	16	8	61	1.56
96648830--96648865	6	5.8	6	90	3	54	0	22	0	77	0.76
96649479--96649606	62	2.1	62	86	0	175	27	28	23	21	1.99
96651282--96651311	10	3.0	10	95	0	51	53	10	0	36	1.35
96652602--96652630	11	2.5	12	88	11	51	48	0	10	41	1.37
96653982--96654045	32	2.0	32	100	0	128	37	6	15	40	1.73
96663246--96663437	55	3.6	54	81	2	233	36	18	24	19	1.94
96663249--96663475	53	4.2	52	76	6	186	38	17	23	20	1.93
96669411--96669437	13	2.1	13	100	0	54	48	0	7	44	1.31
96693020--96693148	46	2.8	46	93	0	222	29	27	21	20	1.98
96702813--96703005	40	4.8	40	93	1	318	24	21	29	24	1.99
96709479--96709625	47	3.1	47	86	0	177	33	10	29	27	1.89
96709832--96709940	37	2.9	37	94	0	182	22	20	30	26	1.98
96710814--96710917	52	2.0	52	98	0	199	32	9	18	39	1.83
96711189--96711334	42	3.5	42	80	2	159	26	17	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96711189--96711342	84	1.8	83	80	1	182	27	16	27	27	1.97
96712297--96712327	13	2.4	13	88	0	53	9	19	54	16	1.68
96713983--96714030	25	1.9	25	86	0	69	35	25	14	25	1.94
96714074--96714129	11	5.5	11	75	16	66	35	10	21	32	1.88
96714073--96714129	20	2.8	20	97	0	105	35	10	21	33	1.87
96714175--96714247	25	2.9	25	91	4	112	27	24	21	26	2.00
96714176--96714260	25	3.4	25	88	6	111	30	21	22	25	1.98
96714469--96714553	38	2.5	35	87	12	115	35	17	24	22	1.95
96719041--96719225	48	3.9	48	94	0	334	34	7	29	29	1.84
96719366--96719504	37	3.8	37	96	1	253	23	20	31	24	1.98
96719366--96719504	73	1.9	74	95	1	253	23	20	31	24	1.98
96726351--96726400	5	10.0	5	75	16	50	36	8	20	36	1.82
96726356--96726411	11	5.5	11	73	16	57	33	12	19	33	1.89
96726355--96726411	20	2.8	20	97	0	105	33	12	19	35	1.89
96737044--96737080	16	2.3	16	100	0	74	45	8	18	27	1.77
96738835--96738982	39	3.8	39	90	0	226	30	24	18	26	1.98
96744385--96744415	15	2.1	15	100	0	62	12	25	6	54	1.62
96751444--96751522	39	2.0	39	100	0	158	54	10	17	17	1.70
96755397--96755444	23	2.1	23	92	0	78	33	6	27	33	1.82
96755982--96756012	16	1.9	16	100	0	62	22	19	19	38	1.93
96759894--96760044	37	4.1	37	94	0	259	25	31	19	23	1.98
96760253--96760592	47	7.1	47	84	8	425	26	29	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96760253--96760570	147	2.2	147	88	5	470	26	28	12	32	1.92
96760253--96760592	100	3.5	98	91	4	521	26	29	12	32	1.92
96764472--96764823	40	8.8	40	94	0	578	24	29	23	23	1.99
96766090--96766235	37	3.9	37	96	0	265	25	31	19	23	1.98
96766444--96766787	47	7.1	47	82	9	411	26	29	12	32	1.92
96766444--96766787	102	3.5	98	89	4	507	26	29	12	32	1.92
96766467--96766765	149	2.0	150	90	2	465	26	27	12	33	1.92
96769384--96769453	27	2.6	27	93	2	104	31	27	12	28	1.93
96769384--96769481	28	3.5	28	88	2	126	31	27	13	27	1.94
96778533--96778781	56	4.4	56	89	1	374	33	22	14	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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