genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115637255

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77464758--77465127	174	2.1	175	84	5	482	37	18	15	27	1.92
77464796--77465123	88	3.8	86	86	6	439	36	19	15	28	1.92
77464798--77465123	174	1.9	173	87	5	487	36	19	15	28	1.92
77465959--77466036	39	2.0	39	87	5	113	12	19	15	52	1.74
77477697--77477756	30	2.0	30	84	15	79	58	3	3	35	1.31
77480367--77480498	47	2.8	48	89	3	196	33	28	17	21	1.96
77484243--77484445	40	5.1	40	79	9	209	26	28	21	24	1.99
77484227--77484446	79	2.8	80	81	7	234	27	27	20	25	1.99
77487448--77487639	40	4.8	40	79	0	213	27	27	20	24	1.99
77487448--77487640	80	2.4	80	89	0	296	27	26	20	24	1.99
77492215--77492992	47	16.6	47	92	3	1103	28	29	8	33	1.88
77492474--77492547	22	3.3	22	66	23	64	25	31	12	31	1.92
77492215--77492992	285	2.8	283	88	5	1132	28	29	8	33	1.88
77493978--77494028	25	2.0	25	85	7	68	15	29	0	54	1.41
77502723--77502834	42	2.7	42	85	0	134	27	27	18	25	1.98
77508766--77509101	39	8.6	39	90	3	482	30	28	22	19	1.98
77509177--77509258	28	2.9	28	81	0	92	29	20	9	40	1.85
77515392--77515691	39	7.7	39	90	1	442	29	29	22	18	1.97
77515764--77515845	28	2.9	28	81	0	92	28	24	10	36	1.89
77520343--77520508	38	4.3	38	84	3	190	34	25	19	20	1.96
77520334--77520537	76	2.6	76	82	6	214	33	26	19	20	1.97
77524799--77524961	42	3.7	42	79	4	146	29	29	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77524714--77524881	90	1.9	90	82	5	214	23	28	19	28	1.98
77524844--77525010	48	3.6	48	78	10	143	31	28	13	25	1.94
77529690--77529933	40	6.1	40	92	1	375	22	22	28	26	1.99
77537822--77537905	40	2.1	40	91	4	134	22	25	29	22	1.99
77547615--77547747	39	3.4	39	90	1	160	21	28	24	25	1.99
77550211--77550342	47	2.8	48	87	2	185	33	28	15	23	1.95
77555218--77555289	24	3.0	24	78	6	76	37	19	23	19	1.94
77556676--77556852	47	3.8	47	86	0	237	23	16	29	30	1.96
77556676--77556851	94	1.9	94	89	0	271	23	16	30	30	1.96
77563750--77563968	46	4.7	46	79	9	239	21	20	28	29	1.98
77563743--77563914	93	1.8	93	93	0	299	22	20	28	29	1.98
77585007--77585067	26	2.3	26	83	5	70	67	0	9	22	1.20
77586379--77586435	29	1.9	30	85	3	80	56	21	3	19	1.57
77587206--77587284	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
77587266--77587368	43	2.4	43	95	0	188	26	34	14	24	1.94
77589221--77589299	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
77589418--77589987	47	12.1	47	92	0	897	29	30	9	31	1.88
77600700--77600728	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
77605836--77605972	47	2.9	47	95	0	247	32	11	29	26	1.92
77605952--77605991	19	2.1	19	100	0	80	32	10	30	27	1.89
77605905--77606038	66	2.0	66	97	0	250	31	12	30	25	1.93
77605858--77606079	113	2.0	113	95	0	399	31	12	30	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77605971--77606100	47	2.8	47	93	0	215	33	11	30	25	1.91
77605971--77606140	47	3.6	47	86	3	173	31	11	30	25	1.92
77606124--77606249	46	2.7	46	80	0	144	36	11	28	23	1.89
77607744--77607940	40	4.9	40	96	0	358	25	22	26	25	2.00
77620595--77620622	13	2.2	13	100	0	56	35	7	14	42	1.73
77621947--77621979	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
77624885--77624966	5	15.8	5	76	20	80	76	0	3	19	0.93
77624905--77624969	31	2.1	31	91	5	105	80	0	3	16	0.85
77624905--77624967	6	10.5	6	80	13	67	79	0	3	17	0.86
77628596--77628624	5	6.0	5	92	8	51	0	20	0	79	0.74
77628591--77628624	14	2.5	14	95	4	61	0	20	0	79	0.73
77629080--77629154	24	3.1	24	100	0	150	33	12	9	45	1.73
77632197--77632277	5	15.8	5	75	22	71	77	0	3	18	0.91
77632214--77632276	14	4.2	15	88	10	85	79	0	3	17	0.86
77635212--77635239	13	2.2	13	100	0	56	35	7	14	42	1.73
77636554--77636586	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
77639489--77639570	5	15.8	5	76	20	80	76	0	3	19	0.93
77639509--77639573	31	2.1	31	91	5	105	80	0	3	16	0.85
77639509--77639571	6	10.5	6	80	13	67	79	0	3	17	0.86
77643200--77643228	5	6.0	5	92	8	51	0	20	0	79	0.74
77643195--77643228	14	2.5	14	95	4	61	0	20	0	79	0.73
77643684--77643758	24	3.1	24	100	0	150	33	12	9	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77652012--77652187	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
77652009--77652180	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
77659100--77659275	46	3.8	46	81	10	214	21	21	28	28	1.98
77659097--77659268	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
77659479--77659526	24	2.0	24	100	0	96	50	8	20	20	1.74
77667781--77668638	436	2.0	435	99	0	1680	26	17	28	27	1.98
77668850--77669147	27	10.8	27	78	5	240	37	21	10	30	1.86
77669186--77669300	27	4.3	27	79	0	122	33	18	20	26	1.96
77669184--77669299	54	2.1	54	82	3	144	35	17	20	26	1.95
77669813--77669931	6	19.3	6	72	17	75	18	15	15	50	1.78
77669817--77669922	31	3.4	31	92	0	176	17	15	16	50	1.78
77669813--77669947	62	2.2	61	88	4	191	18	14	15	51	1.77
77672015--77672306	27	10.8	27	82	1	334	38	21	9	30	1.86
77672015--77672359	81	4.3	80	79	2	323	38	22	9	29	1.86
77672290--77672350	27	2.3	27	82	0	77	42	21	8	27	1.81
77672397--77672510	53	2.1	54	86	1	167	35	14	21	27	1.93
77672397--77672510	27	4.3	27	81	6	133	35	14	21	27	1.93
77672757--77672835	26	3.0	26	94	5	133	18	27	21	31	1.97
77672757--77672858	53	1.9	53	80	7	118	22	24	20	32	1.98
77672980--77673094	31	3.7	31	88	3	160	20	16	14	48	1.81
77672980--77673089	6	17.8	6	72	19	84	19	17	14	49	1.80
77672980--77673089	19	5.9	18	66	21	57	19	17	14	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77675631--77676394	47	16.1	47	92	1	1213	31	9	30	28	1.88
77676513--77676591	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
77678269--77678491	40	5.7	40	85	7	271	26	21	26	25	1.99
77678269--77678491	79	2.8	80	84	8	271	26	21	26	25	1.99
77700646--77700767	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
77700618--77700914	47	6.3	47	94	0	445	27	31	9	31	1.89
77704259--77704739	40	12.1	40	93	1	768	24	27	22	24	2.00
77704629--77704735	23	5.2	23	58	25	58	22	28	25	23	1.99
77704793--77704867	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
77707317--77707438	22	5.3	22	64	21	70	24	30	11	33	1.91
77707289--77707541	47	5.4	47	88	3	343	26	31	9	32	1.87
77712152--77712292	47	3.0	47	78	11	164	24	28	19	28	1.98
77716071--77716146	40	1.9	40	94	0	134	31	11	25	31	1.91
77716066--77716156	40	2.3	40	84	0	128	28	15	23	32	1.95
77717700--77717880	48	3.8	48	90	0	281	29	24	18	26	1.98
77725333--77725367	13	2.7	13	100	0	70	17	34	28	20	1.95
77734794--77735015	40	5.6	40	89	3	315	26	26	22	24	2.00
77734794--77735015	79	2.8	79	90	2	329	26	26	22	24	2.00
77740732--77740800	34	2.0	34	100	0	138	28	10	23	37	1.87
77741107--77741328	40	5.6	39	83	7	229	27	25	20	26	1.99
77741100--77741321	77	2.8	76	80	8	216	27	25	19	27	1.99
77745170--77745344	49	3.5	49	83	3	242	29	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77745162--77745349	100	1.9	100	94	0	331	29	23	19	27	1.98
77748290--77748404	29	4.0	28	79	2	113	27	15	28	27	1.96
77749483--77749516	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
77752778--77752813	17	2.1	18	89	5	56	25	22	33	19	1.97
77752879--77752994	57	2.0	57	83	3	144	25	15	31	27	1.96
77752871--77752985	29	4.0	29	84	6	137	27	14	28	28	1.95
77776173--77776340	56	3.0	56	88	5	225	33	24	14	27	1.94
77781242--77781270	13	2.2	13	100	0	58	44	20	0	34	1.52
77783858--77783915	22	2.6	22	88	0	89	32	29	27	10	1.90
77787359--77787415	27	2.1	27	93	6	98	36	21	17	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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